（超多圖預警~篇幅略長~分古代和現代討論）
勉強回答一下：
使用精靈的戰爭一直都會有。得分古代和現代戰爭討論， 臨界點在於精靈球的誕生和精靈研究的開始 。
古代戰爭中，精靈就是一個「高級步兵」，與人類混編的「舊式軍隊」，沒有精靈球的強力控制，還有嘩變的危險，更無法發揮出技能和內容的優勢 ，古代精靈軍隊規模往往龐大，而戰鬥力不高的同時，行軍和後勤都是問題。對於精靈了解不深，不能完全發揮出技能的威力。
現代戰爭中，由於有了精靈球，對於精靈軍隊有了絕對的控制，而且可以實作快速投放，精靈軍隊實作了「小型化」、「專業化」和「快速化」 。同時，由於科學技術的進步，人們對於精靈的了解深入，可以充分利用精靈的技能威力，後勤不再是問題，而戰術、地形等因素開始越發重要。
下面我們分古代和現代來看使用精靈參與戰爭的形式：
先說古代的情況：
精靈球出現之前的時代，就有很大規模的戰爭了，當然只要是戰爭就一定會有精靈參與，只是沒有精靈球的時候戰爭形式完全不一樣：
部隊上面是人類和精靈相互混編的形式 ，部隊中搭配一定的人類和精靈，都穿上鎧甲進行短兵相接的近身肉搏。這個時候的戰鬥形式遠遠不是訓練師指揮精靈作戰的專業化時代，而是 大量征發步兵，武裝精靈進行大規模冷兵器對打的戰術 。
軍隊中人類和精靈搭配，配合不多，大都是各打各的，從一些畫面中來看，短兵相接的瞬間，是人類再和人類的步兵戰鬥，而精靈再和精靈戰鬥。
雙方自然在武器裝備上面還會是冷兵器時代的頭盔、鎧甲，不僅僅裝備於人類，也會裝備於精靈 。從裝備和編制上看，古代的精靈戰爭中很少涉及技能，大多是以近戰的撞擊等物理技能沖散對方的陣型，進行戰鬥的。
正是因為戰術思想上面停留在用短兵相接的白刃戰沖垮對面的部隊上， 所以對於精靈的選用也是受到這種落後的軍事思想影響，地面系、巖石系、鋼系精靈較多 ，這些精靈的特點是大多人高馬大，沖擊力強，結實耐打的精靈。（這一點也有可能受到當時科技和對精靈研究水平不夠所限制）。
通訊效率則更為低下 ， 只能以水晶的方式傳遞語音 ，其他情報偵查則依賴於飛行系精靈，效率非常低下，想要獲取到最新的戰場資訊難上加難。
沖鋒的時候則是這種情景，軍隊在寬闊地帶展開，然後就無腦突進了，各種塵土飛揚。能夠區分雙方部隊的標致也就只有鎧甲的顏色而已。
這個時候真的沒有充分發揮出精靈技能的威力 。很多範圍性傷害的技能都沒有被開發出來， 如果這個時候能夠集中使用水箭龜編成了一個水炮營，那應該是威力無窮的 ，對面部隊中有噴火龍、大巖蛇、鐵甲暴龍等等，都是屬於被克制的型別，但是現在古代並沒有科技和理論支持支持，只能以這種簡單而低階的方式進行戰爭。
戰鬥接觸的時候就是這樣的，雙方精靈相互沖擊直到纏結在一起，不停地使用近戰的物理技能相互戰鬥，直到一方擊敗另一方。
大規模的決戰時候的場景如下：
古代精靈戰爭就是這樣，雙方各自動員大量的人力和精靈參與這種短兵相接的戰鬥。
唯一和原先古代戰爭不同的亮點在於空軍的出現 ，飛行系精靈的出現使得精靈組成的空軍可以發揮重要的作用：
飛行系精靈最大的好處就是偵查了，對於古代沒有精靈球的時代，軍隊都是慢速、大型，行軍的時候很容易被空中發現，可以為本方提供出很多資訊和對應時間。 比雕就是最為典型的偵查用精靈之一。
當然， 偵查和反偵察自然會孕育出「空戰」，也是飛行系精靈的纏鬥 ，和我們現在的空戰也有相似之處：
和現代戰鬥機空戰相似，「咬尾」戰術也是飛行系精靈「空戰」時候的基本策略 。想要與地方空軍或者偵查力量纏鬥，最常見的還是使用盔甲鳥從頭部突擊比較方便。 古代精靈空軍，還是以盔甲鳥為主力「機型」 。盔甲鳥為鋼系精靈，結識耐打，弱點較少，擁有不俗的戰鬥能力。
這就是見證了千年之間血雨腥風的歐魯德朗城（位於口袋世界的關都地區）的歷史，直到今日，每年一度的精靈競賽冠軍還會被授予稱號——「導波的勇者」（小智曾獲得此稱號），用以紀念終結戰爭的初代勇者，雅連。
戰術的落後只是一個方面，沒有精靈時期的古代戰爭，實際上行軍和後勤才是巨大問題 ：
由於沒有精靈球技術提供支持，人類和精靈混編，精靈大軍只能慢速行軍，而且目標很大，會被偵查發現（上文已經提到）， 而且會給後勤給養帶來巨大麻煩 ：
和現代的訓練師對戰有很大不同，在古代的軍隊中，你是根本不敢帶卡比獸這種精靈：
一天消耗400斤的食物，軍隊是根本無可能承受這種後勤保障壓力的。
軍隊的後勤收到烹飪效率和農業產量的雙重影響：
古代不僅僅食材上面僅限於樹果等植物，而且 烹飪起來頗為費事，以下是古代一個「精靈炊事班」的編制，可見一斑 ：
編制為一個人類士兵負責監督，一只菊草葉負責切菜品，一只火球鼠負責生火 ：
這些精靈在戰場上面戰鬥力有限，做飯勉強可以勝任，但是菊草葉只能用頭頂的葉子切菜，速度不快，更多的時候還得靠人類打罵才能快速幹活。 這就是舊式軍隊，精靈地位非常低，經常受到歧視，非常可憐。
同理，火球鼠也是，頻繁遭到打罵，然後盡管如此， 做飯的效率依舊很低 ，對於古代的精靈戰爭而言，還有更大的麻煩：
更為關鍵的是 古代的精靈農業水準，根本無法長時間支持如此大規模的精靈戰爭 ，古代的農業主要是 依靠肯泰羅進行的原始農業 ，效率低下，而且開墾的地方不多：
肯泰羅是古代農業中最為主要的生產力 ，和現代精靈農業相差太遠，這樣的農業水準 加上野外采集的樹果 ，根本難以支持龐大的精靈軍隊在外長期作戰。
說精靈球出現之前的精靈軍隊是「舊式軍隊」，不僅僅是因為戰術落後，戰鬥力低下以及無法發揮技能威力，還有精靈球出現之前，維系軍隊體制的一直是「口袋妖怪奴隸制度」：
精靈並不享有「寶可夢權力」，都是人類的奴隸，精靈身上套著的外套，就是專門用於控制精靈的工具，既不方便，而且可靠性不強。不聽話的精靈甚至會被關押至死。
由於這種「口袋妖怪奴隸制」基礎下，精靈軍隊本身對於主人的認可度不高，一旦裝置被破壞就會發生，精靈軍隊的嘩變的巨大風險 ：
比如皮卡丘破壞了火鋼獸的裝置，火鋼獸立即就倒戈了，並且解放了監獄中的精靈， 最後引發了古代最大的一次斯巴達克斯式的精靈起義 。
話雖如此，然而更多的時候 並不是「得寶可夢心者得天下」而是「得寶可夢兵權者」得天下 ，攝政王/大臣等權臣掌握了寶可夢兵權，篡位奪權都不是新鮮事：
火箭隊的武藏和小次郎曾經協助米拉祖王國的攝政王半藏發動政變，政變中將前代國王抓進監獄，自己當上新任國王，依靠的就是精靈軍隊的力量。
半藏擁有一只鬼蟬蛹和音速蟬組成的軍隊，是其統治的基礎， 盡管米拉組王國內所有的波克比（米拉組王國是波克比崇拜的國家）都對半藏恨之入骨，但是毫無辦法 。
提到精靈古代戰爭不得不提到AZ和他的最終兵器，這是一個慘無人道的武器，雖然最終終結了戰爭，這是口袋世界的「核武器」之一，已經被封禁 ：
AZ在千年以前，為了拯救自己的精靈花葉蒂，制造了一個以精靈生命為能量來源的機器，並復活了自己的精靈。
然而， 為了終結戰爭，這個機器最終被用於當做武器 ，並淪陷了很多地方。這個武器被稱為「最終兵器」。
該武器完全以精靈的生命力作為能量來源可以釋放出巨大的威力 ，甚至可以淪陷掉國家和世界。（玩過六世代遊戲【口袋妖怪XY】的同學對此應該都不陌生）
終結戰爭的同時，犧牲了很多精靈 ，AZ復活的精靈最終也因此離他而去，導致這種古代的「核武器」被封禁至今。
關於古代精靈的其他內容 可以參看我的這個回答，裏面有更為詳盡的內容：
任天堂有沒有關於電腦出現之前，工業革命時代的口袋妖怪世界觀設定？ - 知乎
現在說現代的精靈戰爭形式：
革命性的提升在於精靈球的出現，以及對於精靈科研的提升， 使得一方面人類對於精靈軍隊得以有絕對的控制，另一方面完全進行軍事轉型，部隊得以小型化、快速化、專業化，也有了更強的補給能力 。
在現在的戰爭和沖突中，不再存在人類和精靈混編的軍隊構成， 完全是以人類為主導的戰爭形式 ，相比於古代的戰爭形式， 現代精靈戰爭更為註重地形、戰術等因素，對於將領的要求更高。
精靈球是有劃時代意義的發明，使得精靈部隊可以透過少量承載精靈球的訓練師快速就位，而且解決了行軍目標大，容易被偵查發現的弊端。 除此之外，飼料技術的進步大大增加了補給能力 ：
大木博士曾經研發過一種「能量方塊」，可以頂300公斤食物 。這非常類似於我們現在軍事中的「壓縮餅乾」，可以快速補給軍隊需要，而不占用太多空間和重量。
由於這種能量方塊就是針對卡比獸這種食量大的精靈，所以，現代的精靈戰爭中，卡比獸不是不能編入軍隊的存在，也可以參與遠距離、快速投放等多種軍事活動。
另外，隨著對於精靈技能和能力的開發，很多時候占據有利地形的影響更為明顯：
巖漿團和洪水團曾經爭奪煙凸山的隕石，爆發了一場戰鬥，就體現出來了地形對於戰鬥走向的決定性影響。
戰鬥中，洪水團是兵分兩路，D隊前往控制封鎖纜車，而主力的A隊前往山頂爭奪隕石，但是遭遇到了巖漿團的主力部隊。
巖漿團顯然是提前來到了煙凸山的山頂，並且占領了有利的地形，結果戰鬥就在這樣的地形下面開打了：
如果就看雙方的精靈內容和技能，洪水團是占有優勢的 ，洪水團中精靈是以惡系+水系為主，輸出很高，而熔巖團這邊則是火系+惡系精靈，居於劣勢。
但是，戰鬥的結果完全相反， 由於熔巖團占據了高坡而且煙凸山的地形並不利於洪水團發揮了，結果是洪水團完敗，熔巖團最終控制了隕石 。
地形因素可見一斑，這都是現代精靈戰爭中精靈將領需要考慮的內容。
同時， 通訊方式的進步使得指揮的重要性大大增加 ：
人員攜行式通訊的普及，使得前方的將領和後方的指揮能夠即時互動， 這種時候高層指揮官對於局勢的判斷和決策就顯得非常重要了。
口袋世界中的人員攜行式通訊這一點，可以參看我的這個回答：
為什麽精靈寶可夢的動畫裏沒有手機一類的人員攜行式通訊工具？ - 知乎
然而，技術的進步並沒有降低對於將領的要求，恰恰相反，現代精靈戰爭中對於將領的需求更高了：
對於將領的要求，不僅僅限於地形和勘察，軍事策劃和指揮能力也有更高的要求，很多時候一個優秀的將領，比擁有很多強力的精靈重要很多：
比如在嘟嘟村和地鼠村的戰鬥中，我們就可以看到，一個優秀的將領可以起到多大的作用，以少勝多，以弱勝強都是可以做到的。
這還要求將領做到「知己知彼」，不僅僅需要熟知本方精靈的優勢和劣勢，還有了解對方精靈和陣容的優勢和劣勢。
而火箭隊的小次郎就是這樣一位出色的精靈軍隊的將領：
原本小次郎這邊戰鬥力處於巨大的劣勢，只有20名老人加上火箭隊三人組和小智、小霞、小剛三人，遠遠不及對面的50人還都是青壯年。
但是，小次郎出色的指揮才能使得這一場局勢有了懸念，當然，毫無懸念的是，一旦正面交鋒，幾乎毫無勝算，這一點小次郎也承認。
於是，小次郎策劃了一個「夜襲敵營」的作戰計劃，他並不希望在白天和對方「硬碰硬」， 也不希望本方偏防禦性的精靈地鼠正面面對嘟嘟大軍。
於是， 小次郎提出了「遊擊戰術」的最高方針 ，希望可以在夜間攪亂對方的精靈配置，限制對方的發揮。
具體的辦法是，小次郎決定派出一支小分隊去騷擾對方，在夜色的掩護下潛入敵陣，最好能夠對對方的嘟嘟利造成殺傷。
最終，選擇讓小智+小剛+小霞的三人組來完成這個任務。
理由也比較充分，小孩子畢竟比大人更難被發現，在夜色的掩護下進行突襲，肯定是小智一行人比較好，機動力也強。
同時，任命了小剛作為這一個小隊的指揮，比較合理。知人善任很關鍵，小剛除了在女人問題上面比較容易腦抽之外，其他時候還是比較靠譜，小智障則在訓練師以外的其他方面非常幼稚。
小次郎明白，對方主要的優勢在於嘟嘟利，嘟嘟利的機動性非常強，遠非本方地鼠可以相比 ，只有限制嘟嘟利正面的機動力，逼迫對面打陣地戰才對己方有利。
所以，小次郎提出了夜襲的計劃就是針對對方的嘟嘟利的，如果對方失去了嘟嘟利的機動力，必須來到己方村子攻堅的話，地鼠的優勢就能發揮出來。
戰略戰術上面毫無問題，剩下的就是執行了。 要我說，像小次郎這樣的精靈指揮官，「在哪裏都能頂得上五隊精靈」。
最後，人物分配完畢後，小次郎開始鼓舞士氣，進行執行階段。
小智一行人夜襲敵營出發之後，小次郎也沒有閑著，開始帶領村中的老人和地鼠一起構築自身的防線。
利用地鼠善於挖地洞的方式進行防禦，同時，出動所有的地鼠和村中的老人連夜設定陷阱和防禦體系，希望在陣地戰中擊垮對面。
這樣，地鼠在防禦方面的優勢得以發揮，可以揚長避短。
在構築了完整的陷阱防禦網路之後，戰鬥在小次郎的計劃中進行：（話說火箭隊一直都是陷阱大師，20年專註於各種陷阱，自然戰鬥力不同凡響）
對面的先頭部隊陷入各種陷阱之後，由武藏、阿柏蛇、喵喵為前陣開始對對面進行反撲。
擊潰對方之後，火箭隊出動空軍進行追擊，一起擊垮對面， 可謂是「立體作戰」的典型 。
小次郎作為現代精靈的將領，雖然沒有直接參戰，確實這一場戰鬥的核心人物 ，現代精靈戰爭不再是無腦沖陣，需要各種戰略戰術。
現代戰爭中，顯然對於精靈指揮官的要求很高，不僅僅會戰術層面（指揮精靈，排布陣型等），還要有戰略思考，需要思考如何最大化發揮出精靈自身的力量，更要審時度勢，隨機應變，針對不同的對手，采取不同的策略。
同時，精靈很多特性可以用於偵查：
毛球是一個典型，毛球這一只精靈， 內建「雷達」 ，在野生環境中可以感知到任何周圍的生物，軍隊等等，所以幾乎是必帶精靈之一，無論是防守還是進攻。
但是，道高一尺，魔高一丈，有了偵查手段也就有了反偵察手段：
超音蝠/大嘴蝠/叉字蝠都是內建回聲定位的精靈，可以當做聲吶、雷達使用，但是超音波也會被很多「隱形」材料吸收，無法感知，這就是隱形戰機的優勢所在了。
然而， 精靈球普及之後，帶來的現代戰爭以及部隊的小型化和快速化並不是完全積極的，由於大大降低了軍隊維護和訓練的成本，也給很多野心家提供了更多的機會 ：
由於軍隊維護和訓練成本降低， 很多人可以輕松地在無人察覺的情況下建立自己的私人軍隊 ，比如阿佐特王國的大臣賈維斯，幾乎在無人察覺的情況下在尼貝爾高原上面建立了屬於自己的精靈軍隊，險些徹底占領了阿佐特王國，這一切都是因為精靈球帶來的革新， 龐大的軍隊可以存在在體積很小的精靈球中，使得顛覆性活動可以在地下進行 。
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