在【沙丘】六部曲最終章【聖殿：沙丘】的結尾，貝尼·傑瑟裏特艱難戰勝從「大離散」中歸來的尊母，被歐德雷翟訓練成貝尼·傑瑟裏特的尊母默貝拉成為大聖母。能夠指揮沙蟲的什阿娜對兩邊的融合表示擔憂，於是帶著沙蟲登上了無艦，跟鄧肯·艾達荷、邁斯·特格、特萊拉尊主斯凱特爾以及拉比和他的族人們一起離開聖殿星。
他們給無艦起名「伊薩卡號」。鄧肯預感到有兩個神秘人丹尼爾和馬蒂一直在追蹤並試圖捕獲伊薩卡號，所以冒險在沒有導航的前提下進入折疊空間，又在「時間神諭」(Oracle of Time，由女科學家諾瑪·森瓦前進演化而成的超級形態)的幫助下安全回到正常宇宙。
特萊拉變臉者逐個殺死各個星球上包括特萊拉長老在內的活人，然後變成他們的樣子。變臉者可汗（Khrone，正常譯作克羅恩，但是我就喜歡稱這個人為可汗，任性。）強迫僅存的特萊拉長老烏斯塔爾去特萊拉星侍奉叛軍首領尊母赫利卡，並讓他用死靈技術制造了殘暴的哈克南男爵的死靈，接著又造出來一個邪惡保羅。這一切都是在神秘人的指揮下進行的，後來神秘人又命令可汗放棄死靈男爵和邪惡保羅，因為伊薩卡號已經一步步落入了他設計好的陷阱。
留在聖殿星上的默貝拉一邊收拾爛攤子，一邊竭力平衡各方勢力。宇航公會請求默貝拉供應香料，遭到拒絕後被迫前往伊克斯尋求幫助。此時的伊克斯已經被特萊拉變臉者控制，他們答應向宇航公會提供導航技術支持。宇航公會的埃德瑞克擔心新的導航技術會淘汰掉領航員，就去特萊拉星尋求烏斯塔爾的幫助，希望得到人工合成香料的技術，以打破姐妹會對香料的壟斷。
在「伊薩卡號」上有許多秘密艙室被發現，裏面有貝尼·傑瑟裏特的幹屍，還住著一群混合人。特萊拉尊主斯凱特爾用一個裝著歷史上所有傳奇人物遺傳物質的「無熵膠囊」交換了一副讓自己重獲新生的身體。在什阿娜的堅持下，保羅、契尼、潔西卡、杜菲·哈瓦特、威靈頓·嶽以及雷托二世都被「穢土轉生」了，只不過他們剛被制造出來，還處於幼兒階段。有貝尼·傑瑟裏特害怕雷托二世長大後會成為新的雷托神帝，準備殺死這個嬰兒，卻被一只迅捷的觸手擊傷。無艦上的保羅偷食香料獲得了預知能力，看到自己將會死在「另一個自己」刀下。什阿娜意識到了死靈技術的危險，決定暫時停止制造更多死靈。
與默貝拉合作的李芝家族遭到叛軍襲擊，默貝拉率領姐妹會的特種部隊「女武神」（Valkyries），成功地襲擊了特萊拉星上的叛軍據點，發現包括赫利卡在內，許多尊母是變臉者偽裝的。特萊拉長老烏斯塔爾死於混戰，他制造的死靈瓦夫找到領航員埃德瑞克，把特萊拉的秘密技術交給宇航公會，幫助他們培育出沙蟲。
伊薩卡號偶然來到混合人的家園，船上的一些乘客打算留在這兒，於是由什阿娜帶著特格、杜菲和老拉比登陸這顆星球進行考察。特格警覺的發現這裏的統治者實際上是特萊拉變臉者，和什阿娜兩個人驚險逃回船上，最後一刻杜菲和拉比終於趕到，一起逃離混合人的家園。
默貝拉在記憶之海中苦苦追尋，終於獲得時間神諭的提示，得知神秘人就是在芭特勒聖戰中未被摧毀的思考機器奧姆紐斯和伊拉斯謨，它們的機器部隊正在重新集結，新版的永恒之心即將重返舊帝國淪陷全人類。尊母其實是由特萊拉女性演化而來，她們在大離散中逐漸擺脫了被改造成死靈培養皿的悲慘命運，又和曾經的魚言士以及一些貝尼·傑瑟裏特融合成為尊母，為了躲避思考機器制造的瘟疫而被迫殺回舊帝國。
默貝拉試圖團結所有人類，一起抵抗奧姆紐斯的入侵。可是特萊拉變臉者神出鬼沒，防不勝防，已經滲透到舊帝國各個角落。宇航公會也未能幸免，隨著領航員被新型導航儀取代，他們的香料供應也被切斷。死靈瓦夫透過基因改造使沙蟲獲得水生能力，並把它們放進了布瑟的海洋裏。「海蟲」迅速適應了新環境，產出了品質極高的「超級香料」。獲得救命稻草的埃德瑞克在途中遭到了可汗的劫殺，超級香料也落入奧姆紐斯之手。
默貝拉委托伊克斯生產曾經被尊母用來摧毀沙丘星的湮滅武器，借以武裝姐妹會的新型戰艦。然而，伊克斯已經處在了變臉者可汗的控制之下。可汗也在嘗試擺脫奧姆紐斯的操縱，並且計劃打造一個由變臉者統治的宇宙。與此同時，奧姆紐斯對舊帝國展開全面進攻，向一個又一個世界釋放致命的病毒，瘟疫蔓延到整個宇宙。
在伊薩卡號上，什阿娜重新開機了死靈計畫，塞蕾娜·芭特勒、澤維爾·哈克南、雷托公爵、格尼·哈萊克和尖刀聖厄莉婭紛紛重生。期間，培養皿卻屢遭破壞，飛船系統也出現了故障。伊薩卡號被迫降落在凱爾索星球上，這個世界在多年前曾被姐妹會當做培養沙蟲的實驗場，如今已經沙漠化。重生的斯蒂爾格和列特-肯恩斯決定留下來，幫助當地人適應沙漠生活，讓他們為不可避免的未來做好準備。
伊薩卡號上的內鬼終於被揭穿，原來在混合人的家園考察時，杜菲和拉比遇害並被變臉者調包。變臉者隨時可以變成任何人的模樣，伊薩卡號上人人自危。在逐一排查的過程中，變臉者潛入駕駛艙，被躲在那裏的厄莉婭殺死。混亂中伊薩卡號駛進了奧姆紐斯的超速子網路陷阱。死靈特格超負荷使用「神速力」也未能把飛船開出包圍圈，力竭而亡。
伊薩卡號被俘，連同船員一起被帶到同步世界。先前特萊拉人制造的死靈男爵和邪惡保羅早已在這裏等候多時，剛一見面死靈男爵就殺掉了厄莉婭，報了幾千年之前的仇。奧姆紐斯安排兩個保羅進行決鬥，以便選出那個將要成為魁薩茨·哈德拉克的人。邪惡保羅獲勝，獲得食用超級香料的資格，卻在完全體先見之明的沖擊下陷入無盡的昏迷。嶽醫生假裝救治邪惡保羅，趁機偷襲並殺死了死靈男爵。決鬥中落敗的那個保羅則慢慢恢復了過去的記憶，並利用貝尼·傑瑟裏特的技能修復了身體的損傷。
默貝拉集結姐妹會最後的力量對奧姆紐斯發起決戰，但是她的新型戰艦和湮滅武器突然全部失效。千鈞一發之際，時間神諭和宇航公會的援軍同時出現，挫敗了奧姆紐斯一舉消滅姐妹會的計劃。
留在伊薩卡號上的雷托二世和沙蟲融為一體，馱著什阿娜和鄧肯從伊薩卡號的貨艙中殺出，在同步世界橫沖直撞，搗毀擋路的所有思考機器。戰鬥結束後，雷托二世告訴什阿娜，他現在必須回到夢境中，隨後鉆入地下消失不見。
鄧肯來到正在康復的保羅面前，保羅對他說，你才是最後的奎薩茨·哈德拉克。因為鄧肯透過數千次的重生已臻完美，是名副其實的鄧肯·一千條命。
變臉者可汗突然宣稱宇宙現在屬於變臉者，因為人類和思考機器都遭受了重創，而無處不在的變臉者勝券在握。伊拉斯謨對可汗的挑釁無動於衷，因為他事先在變臉者的體內裝入了自毀程式。隨著伊拉斯謨的指令發出，可汗和他的變臉者一個個痛苦倒下。
伊拉斯謨要求鄧肯在人類和思考機器兩邊做出選擇，鄧肯做出了融合的決定。伊拉斯謨向鄧肯傳授了執行同步世界所需的所有程式碼，使鄧肯成為融合了人類與思考機器的賽博體。伊拉斯謨請求鄧肯幫助他體驗一下死亡是什麽，當伊拉斯謨被關閉時，它終於體驗到了鄧肯的眾多死亡之一。
默貝拉的艦隊正準備乘勝追擊，思考機器突然全部停止運轉。她還沒搞清楚狀況就被時間神諭帶到了同步世界和鄧肯重逢。鄧肯將 同步世界的控制權交給了什阿娜，然後和默貝拉返回舊帝國，一起領導人類開始和思考機器融合的全新生存方式。
死靈瓦夫輾轉來到被摧毀的沙丘星，他看著自己帶來的最後一個沙蟲幼體在這裏枯萎死去，仿徨無措。突然，巨大的沙蟲從玻璃化的地表噴湧而出。原來，雷托二世早早預見到了尊母對沙丘的攻擊，所以保有雷托神帝記憶的沙蟲一直蟄伏在地下最深處，等待沙丘的自我修復。死靈瓦夫被一條沙蟲吞噬，終於和他的造物主融為一體。保羅和契尼回到了沙丘，慢慢看著這個世界重新煥發生機。
這就是【沙丘】系列小說最後的大結局。全部故事都包含在Brian Herbert和Kevin J. Anderson根據Frank Herbert生前的筆記和大綱續寫而成的【Hunters of Dune】和【Sandworms of Dune】這兩本書裏。
