分子生物學會不會破壞民族認同？答案是：會！但問題不在於分子生物學本身，而在於我們的錯誤認知。
例如前些時候，分子生物學愛好者一直宣揚華夏漢人是O2（舊稱O3）、壯傣苗瑤百越及東南亞土著是O1（舊稱O1、O2）、鮮卑滿蒙是C北、匈奴是QR、契丹遼朝是N等等觀點。但實際上，在5000-3000年前（即黃帝至周朝初期），中原華夏核心文化區已經出土的 Y-DNA 就有 N、O1、O2、Q、C，所以N、O1、O2、Q、C本來就是華夏土著，是漢族的本源成份。雖然現代漢族是以O2為主體（約占55%），但O1(O1a+O1b)也約占漢族30% ，說O1是壯傣苗瑤百越中文化而來是不準確、也不負責任的，因為O1早在5000-3000年前就是中原土著。再例如漢末曹操家族已經確定就是O1b，難道說曹操不是漢人？再例如現在越南泰國占絕對多數的O1b-M95，早在2800年前的西周時期，山西絳縣已經出土多例古DNA樣本。可見，漢族中的O1不是壯泰苗瑤百越中文化而來，而是漢族的本源成份。
因為O1在長江以南高頻，在東南亞各國占絕對多數，所以分子生物學愛好者認為百越就是O1。但實際上，8900年前的貴州獨山人（鄰近廣西邊境）卻是O2，這是現今發現最早的南方土著，還有尼泊爾也發現了5500年前的O2，越南也發現了3800年前的O2。所以，百越土著並非都是O1，O2也是百越土著之一。越南和平文化時期的古DNA樣本證實，6000-8000年前的東南亞土著是C、D，而O1、O2則是後期才從中國南下，進入東南亞各國的。
同樣道理，在4000-6000年前，從河北蔚縣（河北省張家口市一帶）至內蒙夏家店、遼寧朝陽一帶，已經大量發現O2古DNA樣本。而戰國時期，這片廣大地區正是東胡人的居地。戰國晚期，燕國大將秦開大破東胡、辟地千裏（東胡人被驅逐到內蒙、東北），於是從河北張家口至遼寧遼陽一帶新建立五個郡（史稱遼東五郡），並在燕國北境修築長城、防範東胡人南下。所以，O2也必然是東胡人的本源成份，而東胡正是鮮卑、烏桓的祖先。到了東晉「五胡亂華」時期，盡管胡人大舉南下，但遺傳基因上並不能改變北漢的主要成份——O2。至於鮮卑人中的C北，只是東胡人遷居大興安嶺過程中融入的北亞土著而已，C北並不是鮮卑人的本源成份。所以，說鮮卑人是C北也是不準確的。而契丹遼朝、女真金朝都是在東胡舊地上發展起來的國家，國民中也必然存在大量的O2及少量的N，所以契丹人、女真人融入漢族，只會增加北漢O2的含量，不會有太大改變。
而匈奴人的主體、發源地，其實是內蒙河套地區、陰山山脈以南一帶（史稱「南匈奴」），這裏南下不遠就是夏朝的西邑（許多學者研究認為，西邑就是夏朝所在）。所以西漢司馬遷認為，商滅夏，夏朝太子北逃，成為匈奴人的祖先。而漠北匈奴王庭（史稱「北匈奴」）測出的QR，其實與南匈奴人是大相徑庭的。
從下圖可知，中國南漢、北漢的單倍群構成其實差異不大，只有微小差別，其中O系(O*+O1+O2)約占80% 。相比較其它國家及民族，漢人血脈相對更純。而除了漢族主體O2，其它的 N、O1、Q、C也是漢族的本源構成。實際上，所謂「壯泰苗瑤」等等少數民族，只是建國後的民族劃分，其實民國、清朝以前，他們都屬於漢人。例如清朝，全國只劃分五大族群——滿、漢、蒙、回、藏。所以孫中山建立民國時，倡議的就是「五族共和」。
而從全國統治來說，劃分民族成份是逆歷史潮流的，是歷代政策的倒退。中國歷朝歷代，國策一直都在消彌民族、地域差別，提倡「書同文、車同軌、統一度量衡」，所以戰國七雄才融合成一個大秦、大漢，所以匈奴、鮮卑、突厥、契丹、女真都融入了漢族。沒有其它民族認同，全體合成一個「中華民族」，國家才不易分裂，國家才會興盛強大。
