这份答案经过底下评论区朋友指正，存在一些错误或者遗漏，有的改过来并加以注明了，有的我自己也摸不准到底哪个是对的，所以没有修改，在这说明一下。
首先我先表明一下立场，我认为网上以小精灵英文名词缀来判断其原型的方法并不靠谱，应该以日文名为标准，因为老美翻译的时候也有自己的文化因素，不信的朋友可以翻翻其他版本，类似西班牙语版本什么的，每个版本的名称翻译都不一样，咱们大陆和香港的翻译还有差异呢，更别说跨国了，因此如果通过名称来判断，我认为应该以日文为准。
初代御三家
小火龙：红色蜥蜴（因此喷火龙虽然叫龙，却只是蜥蜴，并不属于龙系神奇宝贝，有人说原型为蝾螈，我并不认同，因为后期喷火龙的西方龙形象明显更多的是承载自蜥蜴）
火恐龙：蜥蜴（开始往「龙」发展，头部特征和鸭嘴龙科的一种叫副龙栉龙的恐龙非常相似，生存于晚白垩纪的北美洲，名为Parasaurolophus，翻译为‘几乎有冠饰的蜥蜴’，因此这里也能看出，小火龙进化线更加偏向蜥蜴而不事蝾螈）
喷火龙：西方神话中的恶龙（蜥蜴一定程度上就是西方恶龙的原型，因此蜥蜴进化为恶龙并不违和）
杰尼龟：海龟+陆龟<小部分>（蓝色的皮肤是海水的颜色、相较于陆龟和淡水龟，除了龟壳为陆龟特征，其他部分更贴近海龟）
卡咪龟：海龟+陆龟<小部分>（耳朵和尾巴全都变成浪花的形状，开始生长出陆龟的爪子）
水箭龟：海龟+陆龟+炮（依然具备海龟的外形特征，四肢和爪子更贴近陆龟的形象，背后生长出可以发射水枪的炮筒）
妙蛙种子：青蛙+植物种子（动画设定为至今还未被研究出到底是植物还是动物）
妙蛙草：青蛙+花苞（皮肤颜色变深，长出露在嘴巴外面的獠牙，背后的种子变成花苞）
妙蛙花：蟾蜍+花朵<大王花>（比起青蛙，不再光滑的皮肤更加贴近蟾蜍的形象，现实中蟾蜍的体型也比青蛙要大，也更符合妙蛙种子进化线具有毒属性的特征，花瓣类似现实中的大王花<现实中大王花花瓣为五个，前期作品的妙蛙花同样为五个，后改为六个>）
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金银世代御三家
火球鼠：老鼠+豪猪（老鼠这部分很好懂，至于豪猪是因为其背部的火焰类似豪猪的针，战斗时会变得熊熊燃烧，并且火球鼠的日文名 Hinoarashi很可能来自豪猪的日文名yama-arashi ）
火岩鼠：老鼠+豪猪+獾（这个形态虽然名字还有鼠，但是外形已经很贴近獾了）
火暴兽：火山+獾+鼠（属性中增加了‘火山神奇宝贝’）
小锯鳄：锯齿鳄+短吻鳄（锯齿鳄这个很好理解了，区别于流氓鳄的原型长吻鳄，小锯鳄一家则为短吻鳄）
蓝鳄：锯齿鳄+短吻鳄
大力鳄：锯齿鳄+短吻鳄（还真的是坚定不移呢）
菊草叶：菊苣（菊科菊苣属多年生草本植物，原产欧洲，又称咖啡草、咖啡萝卜）
月桂叶：月桂的叶子（月桂（Laurus nobilis），又名桂冠树、月桂冠、香叶（月桂叶），为樟科月桂属常绿小乔木。原产于地中海及小亚细亚一带。）
大菊花：老鹳草+食草恐龙（取材的原型是老鹳草的花朵和类似腕龙这种食草大型恐龙）
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宝石世代御三家
火稚鸡：日本传说妖怪「波山」（据记载波山长得像一只巨大的鸡，能吐出类似「狐火」的火）
力壮鸡：日本传说妖怪「波山」
火焰鸡：日本传说中一种能够吐火的鸡，波山+格斗家
木守宫：肥尾日行守宫（可以说一毛一样了）
森林蜥蜴：肥尾日行守宫+恐爪龙（小臂的叶片灵感应该来自恐爪龙）
蜥蜴王：叶尾日行守宫+恐爪龙
水跃鱼：娃娃鱼+六角龙鱼（有很多人说这货的原型是六角龙鱼，但是六角龙鱼是没有头顶的鳍的，我更倾向于跳跳鱼，而且「跃」和「跳」的词意也很贴合），感谢评论区指正。
沼跃鱼：六角龙鱼+跳跳鱼（被网友玩坏的沼跃鱼，看穿了一切）
巨沼怪：六角龙鱼+跳跳鱼
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钻石世代御三家
小火猴： 金丝猴
猛火猴： 金丝猴+孙悟空（外形已经开始出现脸谱）
烈焰猴： 金丝猴+孙悟空（不用解释了吧，我猴哥）
波加曼： 蓝企鹅（这个也基本没有争议）
波皇子：马可罗尼企鹅（一毛一样）
帝王拿波：帝企鹅+拿破仑。感谢评论区指正
草苗龟：鳄龟+树苗（尖嘴是鳄龟的标志）
树林龟：鳄龟+甲龙+植物（这个形态非常趋近甲龙）
土台龟：鳄龟+甲龙+树木
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黑白世代御三家
暖暖猪：猪（这个没啥说的，就是猪）
炒炒猪：猪
炎武王：猪+猪八戒（据说作者承认灵感来自中国，中国的猪，也就二师兄了）
水水獭：海獭（海獭可以使用工具砸开贝壳食用，这也和水水獭使用贝壳作为武器的设定相似，而水獭并不会使用工具，因此原型应为海獭）
双刃丸：海獭
大剑鬼：海獭（这里有没有海狮海豹啥的我就不知道了）
藤藤蛇：蔓藤、帝王蛇蜥
青藤蛇：蔓藤、帝王蛇蜥
君主蛇：蔓藤、帝王蛇蜥（真的有蛇蜥这种动物，我就不放图了，有点难看）
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XY世代御三家
哈力栗：板栗+刺猬+老鼠（针状植物，名称又带栗，原型明显是未加工的板栗，而且哈力栗的绝招是导弹针）
栗盔鼠：板栗+刺猬+老鼠（虽然名字叫鼠，但是明显更具刺猬的特点）
布里卡隆：刺猬+犰狳（可以说已经完全成为了犰狳的模样了）
火狐狸：耳廓狐（这货才是最可爱啊）
长尾火狐：耳廓狐
妖火红狐：耳廓狐+法师
呱呱泡蛙：蛙（看体态应该是树蛙，呱呱泡蛙制造的泡沫就是现实中蛙类的泡巢）
头领蛙：蛙
忍者蛙：蛙+忍者（红色的围巾是忍者蛙长长的舌头，哈哈莫名恶心）
羁绊忍者蛙：蛙+小智（和小智羁绊进化的忍者蛙，外形变成小智的模样，与其同步共享肢体动作和感官等）
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日月世代御三家
火斑喵：猫
炎热喵：猫
炽焰咆哮虎：猫+虎（兄贵虎参上）
木木枭：枭（也就是猫头鹰）
投羽枭：枭
狙射树枭：枭
球球海狮：海狮
花漾海狮：海狮+花样游泳运动员
西狮海壬：海狮（别问我，我也不知道西狮海壬这鬼名字是啥意思，日月御三家也没啥好说的东西，后期精灵的创作水平我是没眼看，仅代表个人观点）
全家福如下：
