（多图预警～）
勉强回答一下：
宝可梦肯定是有粪便的，这一点多次在Pokemon主系列游戏中的图鉴信息中出现，不只是一种宝可梦，而且目前在Pokemon世界中也有「粪便化石」出土，意味着「排泄行为」是宝可梦很早之前便演化出来的 ，我们有理由推测，粪便应该是Pokemon世界中普遍存在的。
先说游戏，再说动画和漫画中的内容：
图鉴中提及的「粪便」相关信息：五世代-火红不倒翁
Pokemon主系列游戏中，至少在五世代（正作【黑/白】）之后的图鉴「火红不倒翁」的条目中，记载了关于它的「粪便」相关内容，如上图和下图所示，由于五世代没有官方中文，基本都是日文和英文记载，翻译一下：
可以看出， 至少火红不倒翁的「粪便」一直存在，而且是过去的人「取暖工具」 （然而把这些玩意儿放在怀里取暖，我还是觉得有点……）无论用途和方式如何，粪便确实是客观存在的，而且温度很高（似乎比热也不低就是了）……
图鉴中提及的「粪便」相关信息：七世代-爆焰龟兽
同理，七世代游戏之后，爆焰龟兽的图鉴条目中，一直也都有关于「粪便」相关的描述，这个时候已经有官方中文了，大致描述如下：
两者描述上差别不大，核心都是说爆焰龟兽的粪便很「危险」，是爆炸物 ，说明粪便本身是客观存在的 ，就是粪便的利弊上还有讨论的空间……
图鉴中提及的「粪便」相关信息：七世代-地鼠
七世代增加许多生态上的描述，除了爆焰龟兽之外，还有地鼠，图鉴描述中也有关于「粪便」相关内容：
地鼠的「下半身」一直都是一个「谜」，但是「粪便」应该是比较常见的 ，而且可以用作肥料，简直是松土和施肥一条龙服务……
Pokemon世界的「宝可梦粪便化石」
宝可梦的「排泄行为」可以用「自古以来」这个词来形容，至少很早的时候，宝可梦应该已经「演化」出排泄这个功能了， 而且粪便的形状，我们可以通过出土的化石中看到 ，其实形状上与一般的动物粪便也没有太大差异……
在「大峡谷」中，小茂曾经挖出过一个化石， 经过专家鉴定，这就是宝可梦的粪便化石 ，至少很早之前，宝可梦的粪便就一直存在了……
宝可梦漫画中的「粪便」：【特别篇】&【皮皮传】
虽然，Pokemon漫画属于「内容授权」形式，而且因为创作自由度高，所以不太适合用于世界观设定。然而，实际上，在「宝可梦有无粪便」情况中，两个最「长寿」的漫画均采取了与官方游戏、官方动画设定一致的情况：
【特别篇】中，莎菲雅就会通过宝可梦的「排泄物」的味道，判断宝可梦是否生病，以及身体情况如何，漫画中有充分的表现……
而【皮皮传】（一译为【宝可梦：欢乐祭】），以「屎尿屁」梗和无厘头搞笑充斥全篇，主角皮卡丘和皮皮「活宝二人组」，一直都是「排泄王」，可以参见以下回答：
所以，综上所述，可以看出宝可梦的粪便一直存在 。而且不同媒体产品都「认可」（至少不排斥）这个设定，十分可贵， 基本可以定论，宝可梦的排泄行为，一直都有，只是很多时候，不「正面描写」这些内容罢了。
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