谢邀
不全来自于漫画，为宝可梦世界观中一些共通的设定
传说中的鸟宝可梦，也就是俗称的三鸟（急冻鸟 火焰鸟 闪电鸟）。他们的领导者是洛奇亚。此设定来自于电影【洛奇亚爆诞】中，小智召唤洛奇亚来平息三鸟的愤怒，而召唤洛奇亚的宝珠由三鸟守护（那如果不是万年亚军傻东西出来召唤洛神的话可能换个人连宝珠都摸不到）。
超梦，由火箭队提取梦幻的睫毛创造出来的人造宝可梦。漫画世界观里由夏伯创造，此外百变怪是梦幻克隆失败品的都市传说也为人所津津乐道（官方未证实）。关于超梦想了解更多的朋友可以看这篇文章的最后一节。
梦幻，有所有宝可梦的基因，是所有宝可梦的祖先。
传说中的三圣兽，俗称三狗（水君 炎帝 雷公），是居住在钟之塔上的三只狗形宝可梦，后来在钟之塔那场三天三夜的大火中被烧死，由凤王复活后成为凤王观察人类的使者。
传说中的大型鸟宝可梦（凤王 洛奇亚），分别是三狗和三鸟的领导者，此外凤王代表大气环流，洛奇亚代表洋流，同时还是海神（海神没水系这是众所周知的事情）。
时拉比，可以穿梭时间的宝可梦（在帝牙卢卡身♂体里穿梭）。
永恒的宝可梦，俗称三圣柱，三马桶（雷吉艾斯 雷吉洛克 雷吉斯奇鲁），是雷吉奇卡斯模仿自己的外表用岩石、冰、熔岩创造出来的宝可梦（你明明没有眼睛怎么模仿），古代丰缘地区的人们害怕他们三个的力量而将其封印（然而这三个在游戏里是所有三神里最弱的）设计原型分别基于冰河 石器 铁器时代。
无限宝可梦（拉帝亚斯 拉帝欧斯），水都的守护神，兄妹。
超古代宝可梦（固拉多 盖欧卡 烈空坐），分别代表陆地、海洋和天空。居住在岩浆里的固拉多和住在深海（的大凤梨里）的盖欧卡势不两立，一见面就打架（明明住的这么远还能老见面真是奇了怪了），每当二人打架时，丰缘地区就会陷入恶劣天气，住在臭氧层的烈空坐就会下凡发动空气锁特性来劝架（打完架之后固拉多还要走回家）。由于抵抗另外二神的属性和反制另外二神的特性以及高了十点的种族值，烈空坐通常被认为是超古代宝可梦的领导者。
基拉祈，七夜的许愿星，一千年里只有七天不在睡觉（还碰到了小智），因此没什么时间和其他宝可梦扯上关系。
代欧奇希斯，外星人宝可梦，随陨石进入地球，在【裂空的访问者】中为了找同伴和烈空坐打了一架，在游戏ORAS的Episode Δ中乘坐的陨石被烈空坐打碎，降落在天柱（后被主角抓了）。
传说的湖之宝可梦，俗称三圣菇（由克希 艾姆利多 亚克诺姆）设定中由阿尔宙斯在创造了神奥三龙后，接着创造以塑造精神世界。原型可能是日本神道教的三圣器，对应关系为掌管知识的由克希为八咫镜（智）、掌管感情的艾姆利多为八尺琼勾玉（仁）和掌管意志的亚克诺姆为天丛云剑（勇）。
席多蓝恩，本来设计出来是作为准神的（所以有性别），不过设计不出合适的退化型所以最后成了定点捕捉的神兽，然而唯一的传说是曾经帕鲁奇亚和帝牙卢卡一次战斗中掉下的碎片变成了席多蓝恩，以至于沦落为了神兽里的孤儿。
神奥三龙（帕鲁奇亚 帝牙卢卡 骑拉帝纳）阿尔宙斯创造了以塑造物质世界的三只宝可梦，分别代表空间、时间和反物质，骑拉帝纳因为性格粗暴（明明在游戏里都是用它挨打的）而被流放到了反转世界（后来还在人气投票中惜败于小磁怪位居第三）。
梦与月的宝可梦（克雷色利亚 达克莱伊）分别代表美梦和噩梦。
雷吉奇卡斯，永恒的宝可梦的领导者（然而是四神柱里最弱的一只），俗称圣柱王。拖动大陆成型和创造三圣柱的宝可梦，设计原型基于板块运动的中生代。
玛纳霏，沧海的王子。拥有引领所有生活在海洋里的宝可梦的能力（包括前面两位海神）。
霏欧纳，沧海的平民，沧海的王子的私生子。由玛纳霏和百变怪生蛋而来，但不能进化成玛纳霏。
谢米，代表感谢的宝可梦（同时也是唯一一只在人气投票中票数超过小磁怪的宝可梦）。
阿尔宙斯，创造了宝可梦世界的神（这么说也就相当于宝可梦世界里的田尻智）。
先写到这里，一会儿继续更～
我回来啦！！！
v仔（比克提尼）自己一只宝可梦在岛上玩，和其他神兽幻兽关系不大。
圣剑士，也叫三（sì）斗神（勾帕路翁 毕利吉翁 代拉基翁和凯路迪欧）其中勾帕路翁是老三斗神中另外两只的领导者（游戏中要先与他邂逅才能遇到另外两只），凯路迪欧则是三斗神青出于蓝的徒弟，也是他们的领导者（四只里唯一一只幻兽，并且会神秘之剑）。在游戏黑白中有npc介绍说三斗神曾在雪花湿地的一场大火中救起并收养了一只蓝色的马型宝可梦，很可能就是指凯路迪欧（同样是大火，这边被救起来的成了老大，隔壁三狗你们学着点）。三位老圣剑士中勾帕路翁的原型是阿多斯，下巴的山羊胡子也对应原型在原作中最为年长的特征。代拉基翁的原型是强壮的波尔托斯（你能想象它是速度最快的）。毕利吉翁的原型是浪漫温柔的阿拉密斯。凯路迪欧的原型是原作小说的主角，后来加入三个火枪手的达达尼昂。
三云神，也叫三基佬（龙卷云 雷电云 土地云）龙卷云和雷电云是带来灾难的宝可梦，而土地云（原型稻荷神）则是保佑土地的丰收之神，在另外两只云神作难时出面阻止（明明对战里是最凶残的），并且种族值更高，被认为是三云神中另外两只的领导者。又因为美洛耶塔能解除海底遗迹的封印并得到让云神转换形态的现形镜，也有人认为美洛耶塔是三云神的领导者。
道之三龙（捷克罗姆 雷希拉姆 丘雷姆）是由创立合众地区的两兄弟和一只神龙衍生出来的宝可梦。因为两兄弟的分歧导致神龙分裂成了象征理想(ideal)的捷克罗姆（原型可能来自阴/雄性，或是电气革命）和象征着真实(truth)的雷希拉姆（原型可能来自阳/雌性，或是蒸汽革命），而丘雷姆（不完整形态，原型可能来自无极，或者是工业革命前的时代）则是神龙分裂后留下的躯壳（双龙市传说）/另一块龙之石从天而降后的化身（笼目镇传说）。由于丘雷姆可以使用基因之楔与黑白龙合体成为种族值更高的黑白丘雷姆（从uu变成ou和ub），因而被认为是道之三龙的领导者。
美洛耶塔，有说法说是三云神的领导者。
盖诺赛克特，被改造的古生代巨大虫类，跟其他神兽仅限于打过架的交情。
传说的气场宝可梦（哲尔尼亚斯 伊裴尔塔尔 基格尔德）中的哲尔尼亚斯拥有给予生命的能力和妖精气场，伊裴尔塔尔则有夺取生命的能力和黑暗气场，基格尔德则在暗处观察两神，在两神起争执时破坏两神的气场，因为类似烈空座的职能和完整形态更高的种族值被认为是传说的气场宝可梦的领导者。
蒂安希，钻石矿国的公主，小碎钻的亲戚，在【特别篇】中救下了路比和拉帝欧斯。
胡帕，在电影【光轮的超魔神】中召唤神兽们来了场神仙打架（某不会飞神兽表示谴责），漫画【特别篇】中跟随米拉特并用自己的圆环帮助路比和千里找回了烈空座，游戏ORAS中用圆环传送了好多神兽到丰缘地区。
波尔凯尼恩，在电影【波尔凯尼恩和机关人偶玛姬雅娜】中在尼贝尔高原和和玛姬雅娜一起生活，后在玛姬雅娜被抢走后救回了玛姬雅娜。
属性：空&银伴战兽，属性空原先是想制造出类似于阿尔宙斯的「属性：满（Type:Full）」后因实验失败而成了属性：空，银伴战兽则是由第一个让他挣破枷锁的训练家（你们的大舅子）命名。
阿罗拉守护神，也叫四岛神（卡噗·鸣鸣 卡噗·蝶蝶 卡噗·哞哞 卡噗·鳍鳍）阿罗拉四个天然岛的守护者，负责诸岛巡礼和岛屿女王/岛屿之王的任命。
究极异兽（虚吾伊德 爆肌蚊 费洛美螂 铁火辉夜 纸御剑 电束木 恶食大王 科斯莫古 科斯莫姆 索尔迦雷欧 露奈雅拉 奈克洛兹玛 毒贝比 四颚针龙 垒磊石 砰头小丑）究极空间里随处可见的宝可梦，在宝可梦世界里有相当大的危险性。除了四颚针龙之外其他有代号的异兽单项种族值都是质数（奈克洛兹玛仅限一般形态）科斯莫古 科斯莫姆 索尔迦雷欧 露奈雅拉和奈克洛兹玛也属于比较特别的异兽，不能带入对战设施，且除了奈克洛兹玛在动画中有代号漆黑之外，另外四只没有代号。因为设定上来自于异空间，所以画风和大多数宝可梦并不相同。（以下图片仅列举上述非特殊异兽）
传说的宇宙宝可梦（科斯莫古 科斯莫姆 索尔迦雷欧 露奈雅拉 奈克洛兹玛）分别被古阿罗拉人称为星之子、星之茧、吞食太阳之兽、邀引月亮之兽和光之掠夺者。奈克洛兹玛则被究极大都会人称为光辉大神，因为可以和日月神合体所以奈克洛兹玛也被认为是宇宙宝可梦的领导者。
玛机雅娜，五百多年前被创造出来的机关人偶宝可梦，在电影中和波尔凯尼恩一起生活。
玛夏多，电影【就决定是你了！】中潜入小智影子中带着小智找到了凤王栖息的（摄影师休息室）天青山。
捷拉奥拉，在tv动画里作为平行世界中帝亚的宝可梦与恶食大王打了好几架并最后盼来了卡噗鸣鸣。在剧场版【我们的故事】中也有一只捷拉奥拉出场，不过那部剧场版我还没有看过...
美录坦&美录梅塔，过去被认为是能产生钢铁的宝可梦，不过目前的故事线里它和其他神兽还不是一个世界观的所以没得什么故事...
2.13更新，应评论区朋友要求现补齐所有神兽证件照（不过清晰度有限QwQ）
以下也是一些我之前关于宝可梦的回答啦～
