依次回答题主的两个问题：
1. 有没有危害？
如果烫着直接喝下去， 可能有危害。稍微放凉再喝就可以避免。
因为 65 摄氏度以上的热饮是 WHO 下属国际癌症研究机构（IARC）致癌物评级中的 2A 级致癌物 ，也就是说，65 摄氏度以上的热饮对人体「很可能致癌」。 [1]
为什么呢？其实很好理解，过烫的饮料直接经过食道喝下去，可能造成食道粘膜损伤。如果有喝烫饮料的习惯，长期这么喝，那食道粘膜反复的损伤就可能增加癌变的概率。
当然，想证明这一点需要大量的研究数据。研究者在南美针对马黛茶（Mate）做了一些病例-对照研究，发现那些喜欢喝非常烫（≥65℃）的马黛茶的人，患食道癌的概率显著高于那些喜欢喝温的或者冷的马黛茶的人。此外，有一些研究选用的是其他饮料，也发现喜欢喝非常烫饮料的人，食道癌发病率会上升。还有一些动物实验也表现出了类似的结论。 [2]
但科学家认为，目前现有的数据还不够多，没办法证明两者之间的因果关系。因此 65 摄氏度以上的热饮目前还是处于 2A 级的「可能致癌」状态。
这个级别和丙烯酰胺、亚硝酸盐、油炸食品、红肉处于同一个分级中。我在之前的文章中已经提到过，对于 2A 类致癌物，我们平时要做到「完全避免」不现实也没有必要。但如果能够做到尽量少接触，不要「长期、大量」摄入的话，那还是能降低风险的。
特别是「别喝太烫的饮料」这一条很容易实现，因此它很适合作为一条健康膳食的建议。
回到题主的问题： 如果牛奶烫着直接喝下去，可能会增加患食道癌的概率。而放凉一些再喝就能规避这个风险。
但题主可能更想知道，高温过程会不会产生什么对人体有害的成分。
其实只要时间不要太长（比如一直放好几天之类的），那就不会产生别的有害成分，可以放心食用。
但如果牛奶在高温下放时间太长，那我们就有必要考虑一些明显的化学变化，比如：
只不过学校里的牛奶一般不会放到那么长时间，不用过多考虑这种情况。
2. 破坏了营养吗？
可以肯定的是，只要是经过了热处理步骤，必然会对牛奶中的营养成分有所破坏。 热处理时间越长，温度越高，破坏作用越明显。
正常的牛奶，不管使用巴氏杀菌还是超高温灭菌（UHT），杀菌时间短的只有零点几秒，长的也只有半小时。很多文章说巴氏杀菌奶比常温奶营养价值高，其实高出的这一丁点营养价值很容易通过其他食物补齐，几乎可以忽略不计。
而学校如果长时间把牛奶加热售卖，那时间就要长很多了，营养损失也无法忽略不计了。
营养损失最大的是 蛋白质 和 维生素 。
这里需要澄清一下，很多人认为牛奶加热后，蛋白质会变性，因此营养会损失。实际上蛋白质变性本身不意味着营养损失，因为变性的蛋白质还是同样的氨基酸组成，被消化吸收以后还是一个样。甚至变性后的蛋白质更容易吸收。比如熟鸡蛋就比生鸡蛋更好吸收。
但是，长时间高温可能会引发一些氨基酸的化学反应和分解。比如，赖氨酸就会和牛奶中的乳糖发生美拉德反应变成类黑素，从而损失掉 [3] 。这种损失就是「实实在在」的了。
水溶性维生素会随着加热时水分的蒸发被一起带出。脂溶性维生素虽然不会蒸发，但长时间加热也容易引起这些物质氧化、分解。长时间加热的话，维生素的损失率是相对比较大的。
在加热过程中，矿物质的绝对含量几乎没有损失，但目前也有证据显示，牛奶中的钙质在长时高温加热之后，一部分会转变成不容易被吸收的形式，因此钙的吸收效率会降低。 [4]
总之，如果牛奶长期加热放置，营养成分肯定会破坏一些。加热时间越短，温度越低，营养保留越完全。
参考
- ^ IARC Monographs Volume 116: Evaluation of drinking coffee, maté, and very hot beverages https://www.iarc.fr/featured-news/media-centre-iarc-news-mono116/
- ^ Loomis D , Guyton K Z , Grosse Y , et al. Carcinogenicity of drinking coffee, mate, and very hot beverages[J]. Lancet Oncology, 2016, 17(7):877-878.
- ^ a b Borad S G , Kumar A , Singh A K . Effect of processing on nutritive values of milk protein[J]. Critical reviews in food ence and nutrition, 2016.
- ^ Effect of Heat-Treat Methods on the Soluble Calcium Levels in the Commercial Milk Products https://www.researchgate.net/publication/264150403_Effect_of_Heat-Treat_Methods_on_the_Soluble_Calcium_Levels_in_the_Commercial_Milk_Products
