【第四十五期】AI+药物研发领域一周资讯

前言

AIDD Pro 根据国内外各大网站以及人工智能药物设计主流新闻网站及公众号，从 AIDD会议、AIDD招聘，重大科研进展、行业动态、最新报告发布等角度，分析挖掘了每周人工智能辅助药物设计领域所发生的、对领域技术发展产生重大推动作用的事件，旨在帮助 AIDD领域研究人员和业内人士及时追踪最新科研动态、洞察前沿热点。如果您觉得符合以上要求的内容我们有遗漏或者更好建议，欢迎后台留言。

科研进展

1. 2022年9月2日【 蛋白质-配体 】J. Chem. Inf. Model. | PLA-MoRe：通过综合分子表示的蛋白质-配体结合亲和力预测模型
2. 2022年9月2日【 分子动力学模拟 】J. Chem. Inf. Model. | 通过分子动力学模拟和生物测定探索ACE2与Delta和Omicron Spike蛋白三聚体的结合亲和力和机制
3. 2022年9月2日【 机器学习 】J. Phys. Chem. B | 广泛酶促反应的综合机器学习预测
4. 2022年9月1日【 SARS-CoV-2 】ACS Biomater. Sci. Eng. | 基于氧化锌纳米棒的电化学免疫传感器用于检测恢复期和接种疫苗个体中抗 SARS-CoV-2 刺突蛋白的抗体
5. 2022年9月1日【 酶抑制剂 】ACS Med. Chem. Lett. | 高效和口服大环肽作为 HIV-1 蛋白酶抑制剂：mRNA 显示衍生的点击到前导优化
6. 2022年9月1日【 纳米药物 】ACS Nano | 用于癌症治疗的刺激响应前药纳米系统的新兴策略
7. 2022年8月31日【 分子对接 】ACS Omega | 分子对接、分子动力学模拟和自由能计算深入了解 VS-4718 和粘着斑激酶之间的结合机制

具体信息：

1.【 蛋白质-配体 】

准确预测蛋白质-配体对的结合亲和力是药物发现的重要组成部分。由于确定结合亲和力的湿实验室实验既昂贵又耗时，因此已经提出了几种用于结合亲和力预测的计算方法。在化合物的表示上，大多数方法只关注 SMILES 等结构特性，而忽略了生物活性特性。在这项研究中，我们提出了一种名为 PLA-MoRe 的新模型来预测蛋白质-配体结合亲和力，该模型代表基于结构和生物活性特性的化合物，主要包含三个特征提取器。首先，构建了一个基于图同构网络的结构特征提取器来学习分子图的表示。其次，我们设计了一个基于自动编码器的生物活性特征提取器来整合多源生物活性信息，包括化学、目标、网络、细胞和临床。上述两部分旨在分别学习化合物在结构和生物活性方面的表示。然后，我们构建了一个序列特征提取器来学习蛋白质序列的嵌入。三个提取器的输出被连接起来并馈送到一个完全连接的网络中进行亲和力预测。我们将 PLA-MoRe 与三种最先进的方法进行了比较，并进行了消融研究以测试模型每个部分的作用。进一步的注意力可视化表明，我们的模型具有定位结合位点的潜力，这可能有助于解释相互作用的机制。这些结果证明PLA-MoRe具有竞争力和可靠性。资源代码可在 GitHub 存储库 https:// github.com/QingyuLiaib/ PLA-MoRe 中免费获得。

链接网址：https:// pubs.acs.org/doi/10.102 1/acs.jcim.2c00960

DOI：https:// doi.org/10.1021/acs.jci m.2c00960

2.【 分子动力学模拟 】严重急性呼吸系统综合症冠状病毒 2 (SARS-CoV-2) 的五种主要变体已经出现，并在控制大流行方面提出了挑战。其中，目前占主导地位的变种，即Omicron，已经引起了对其传染性和抗体中和的严重关注。然而，很少有研究关注突变对 Omicron S 蛋白三聚体与宿主血管紧张素转换酶 2 (ACE2) 结合的动态相互作用网络的影响。在这项研究中，我们进行了分子动力学 (MD) 模拟和酶联免疫吸附试验 (ELISA)，以探索野生型 (WT)、Delta 和 Omicron S 蛋白三聚体与 ACE2 的结合强度和机制。结果表明，两种变体的S蛋白三聚体对ACE2的结合能力均有不同程度的增强，表明可能具有更高的细胞传染性。能量分解和蛋白质-蛋白质相互作用网络分析表明，突变位点和保守位点都通过各种相互作用对整体亲和力的增加产生影响。通过生物层干涉法 (BLI) 实验确定的 KD 值和预测的 Delta 和 Omicron 的 RBD 与 mAb HLX70 的结合自由能表明，这两种变体可能具有逃避 mAb 的高风险。这些结果不仅有助于理解S蛋白三聚体-ACE2的结合强度和机制，而且对药物，特别是抗体的开发也有帮助。

链接网址：https:// pubs.acs.org/doi/10.102 1/acs.jcim.2c00881

DOI：https:// doi.org/10.1021/acs.jci m.2c00881

3.【 机器学习 】新的酶功能存在于越来越多的未注释蛋白质序列中。新酶的发现对于扩展代谢工程可用于生物合成功能化合物的途径是必要的。因此，已经开发了各种机器学习模型来预测酶促反应。然而，预测未包含在训练数据中的未知反应的能力尚未得到澄清。为了涵盖不确定和未知的反应，模型必须证明更广泛的反应类型。在这里，我们建立了 16 个使用各种机器学习算法（包括深度神经网络）开发的扩展酶反应预测模型。与我们之前的研究相比，预测性能的改进表明更新的方法对于预测酶反应更有效。总体而言，使用组合底物-酶-产物信息训练的深度神经网络模型表现出最高的预测精度，Macro F1 分数高达 0.966，并且对训练数据中未包含的未知酶反应具有稳健的预测。与先前报道的模型相比，该模型可以预测更广泛的酶促反应。这项研究将有助于发现用于生产有用物质的新酶。

链接网址：https:// pubs.acs.org/doi/10.102 1/acs.jpcb.2c03287

DOI：https:// doi.org/10.1021/acs.jpc b.2c03287

4.【 SARS-CoV-2 】

即使在 COVID-19 大流行 2 年多之后，在未来的全球浪潮或区域爆发中可能再次出现期间，对快速、廉价和准确的测试的研究对于控制和避免 SARS-CoV-2 在全球范围内的传播仍然至关重要.评估 COVID-19 的血清学反应可能有利于人群水平的监测，支持新型疫苗的开发和评估不同免疫计划的有效性。这可能与广泛使用的灭活全病毒疫苗特别相关，例如 CoronaVac，它产生较低滴度的中和抗体。并且对老年人和免疫功能低下的特定人群显示出较低的疗效。我们开发了一种阻抗式生物传感器，该传感器基于将 SARS-CoV-2 重组三聚体刺突蛋白（S 蛋白）固定在氧化锌纳米棒 (ZnONR) 修饰的氟掺杂氧化锡基底上，用于 COVID-19 血清学检测。由于静电相互作用，带负电荷的 S 蛋白通过物理吸附被固定。在每个修饰步骤测量免疫传感器的电化学响应，并通过扫描电子显微镜和电化学技术进行表征。我们使用来自 COVID-19 恢复期个体的血清样本、接种 CoronaVac 疫苗的 SARS-CoV-2 感染阳性或无阳性结果以及来自健康志愿者的大流行前样本作为对照，成功地评估了改性 ZnONR 电极的适用性。进行 IgG 抗 SARS-CoV-2 刺突蛋白的 ELISA 进行比较，并使用 ELISA 检测季节性冠状病毒（HCoVs）的 IgG 抗 RBDs 来测试免疫传感器检测的特异性。使用 ZnONR 免疫传感器未检测到与 HCoV 的交叉反应，更有趣的是，与阴性 ELISA 结果相比，该传感器具有更高的灵敏度。结果表明，ZnONRs/spike-modified 电极对恢复期和接种疫苗的样本显示出敏感的结果，并显示出作为人群评估和监测血清转化和血清阳性率的工具的极好潜力。

链接网址：https:// pubs.acs.org/doi/10.102 1/acsbiomaterials.2c00509

DOI：https:// doi.org/10.1021/acsbiom aterials.2c00509

5.【 酶抑制剂 】

人类免疫缺陷病毒 1 型 (HIV-1) 蛋白酶对于病毒传播至关重要，其抑制剂是关键的抗 HIV-1 候选药物。在这项研究中，我们使用基于结构的药物设计方法，通过 X 射线晶体结构分析和改进的代谢稳定性，从确定的命中大环肽开始，发现了一种新型 HIV-1 蛋白酶抑制剂（化合物 16），具有强大的抗病毒活性和口服生物利用度 通过针对 HIV-1 蛋白酶的 mRNA 展示。我们发现通过在氨基酸的 α 位引入甲基来提高大环肽的蛋白水解稳定性对于表现出强大的抗病毒活性至关重要。此外，在含有牛磺胆酸的溶液中具有中等代谢稳定性和溶解度的大环肽表现出理想的血浆总清除率和口服生物利用度。这些方法可能有助于成功发现和开发口服生物可利用的肽药物。

链接网址：https:// pubs.acs.org/doi/10.102 1/acsmedchemlett.2c00310

DOI：https:// doi.org/10.1021/acsmedc hemlett.2c00310

6.【 纳米药物 】前药是化学修饰的药物分子，在给药前是无活性的。给药后，它们原位转化为母体药物并诱导作用机制。前药的开发在生物利用度、靶向性和减少副作用方面升级了传统药物治疗。尤其是在癌症治疗中，前药的应用取得了显着的治疗效果。从早期的偶然发现到如今针对性的功能设计，前药在药物设计中的重要性不言而喻。目前，研究刺激响应激活机制、调节体内刺激强度、设计纳米级前药制剂是促进前药开发的主要策略。在这篇综述中，我们从这三个方面对刺激响应性前药纳米系统的最新前沿研究进行了展望。我们还讨论了此类前药未来发展的前景和挑战。

链接网址：https:// pubs.acs.org/doi/10.102 1/acsnano.2c05379

DOI：https:// doi.org/10.1021/acsnano .2c05379

7.【 分子对接 】

粘着斑激酶 (FAK) 是一种 125 kDa 的非受体酪氨酸激酶，在许多癌症中起重要作用。因此，小分子靶向FAK被认为是有希望用于癌症治疗的。一些FAK抑制剂已被报道为潜在的抗癌药物，并已进入临床开发阶段；例如，VS-4718目前正在进行临床试验。然而，缺乏 VS-4718 与 FAK 结合的晶体结构数据阻碍了这种抗癌剂的优化。在这项工作中，通过分子对接和分子动力学模拟获得了 VS-4718/FAK 相互作用模型。VS-4718/FAK 的结合自由能也使用分子力学广义波恩表面积法计算。发现氨基嘧啶基团与铰链环的C502残基形成氢键，而T环的D564残基与酰胺基团相互作用。此外，I428、A452、V484、M499、G505 和 L553 残基与 VS-4718 形成疏水相互作用。因此，获得的结果提供了对人类 FAK 和 VS-4718 之间相互作用的更好理解。基于获得的结合机制，设计了 47 种新化合物以靶向人 FAK 的腺苷 5'-三磷酸结合口袋，并进行整体对接以评估这些修饰对抑制剂结合亲和力的影响。这项工作还有望为基于 VS-4718 的潜在未来目标设计策略提供更多见解。

链接网址：https:// pubs.acs.org/doi/10.102 1/acsomega.2c03951

DOI：https:// doi.org/10.1021/acsomeg a.2c03951

药企动态

1. 2022年9月10日【 阿斯利康 】阿斯利康「达格列净片」新适应症申报上市
2. 2022年9月8日【 博安生物 】博安生物首个创新药CD25单抗获批临床
3. 2022年9月7日【 望石智慧 】望石论文：JCIM | AI+静电式互补函数助力药物分子活性优化
4. 2022年9月7日【 礼来 】降糖重磅炸弹：礼来GIP/GLP-1双激动剂tirzepatide在国内申报上市
5. 2022年9月7日【 Zealand Pharma 】诺和诺德与Zealand签订first-in- class低血糖新药商业化合作
6. 2022年9月7日【 罗氏 】罗氏2.5亿美元引进PD-1调节IL-2疗法
7. 2022年9月6日【 罗氏 】主攻「不可成药」靶点！罗氏达成合作
8. 2022年9月5日【 礼新医药 】礼新医药LM-101在华申报临床

各动态具体信息：

1.【 阿斯利康 】

9月10日，CDE网站显示，阿斯利康SGLT2抑制剂达格列净片新适应症上市申请获受理，推测为：用于射血分数保留的心衰（HFpEF）。

达格列净是一款钠-葡萄糖协同转运蛋白2（SGLT2）抑制剂，最初由百时美施贵宝（BMS）开发。目前，达格列净已在全球获批4项适应症，包括2型糖尿病、1型糖尿病（欧盟和日本，但欧盟已撤回）、射血分数降低的心衰（HFrEF）和慢性肾病。2017年3月，该产品在中国上市，用于治疗2型糖尿病成人患者；2021年2月扩展新适应症，用于治疗HFrEF成人患者；2022年9月2日，又获批了慢性肾病适应症。

链接网址请戳我

2.【 博安生物 】近日，绿叶制药集团旗下子公司博安生物自主开发的CD25全人单克隆创新抗体BA1106已获得国家药品监督管理局药品审评中心批准开展临床试验，成为国内首个进入临床阶段，用于治疗实体瘤。

链接网址请戳我

3.【 望石智慧 】2022年9月7日，望石团队在JCIM上发表了「Modified Electrostatic Complementary Score Function and Its Application Boundary Exploration in Drug Design」 相关成果。该成果利用深度学习介入，提出新的静电势互补函数计算，并引入了两种新的参数约束条件，在控制计算成本前提下，得到了计算精度接近量化计算的快速高精准模型。该模型中函数的预测精度远超行业内常用函数，且可直接应用于分子活性相关的药物研发场景中。

链接网址请戳我

4.【 礼来 】9月7日，CDE官网显示，礼来的葡萄糖依赖性促胰岛素多肽(GIP)和胰高血糖素样肽-1(GLP-1)受体双重激动剂Mounjaro(tirzepatide)上市申请获受理，用以改善成人2型糖尿病患者的血糖控制。Mounjaro是近10年来，首个新糖尿病药物类型。

链接网址请戳我

5.【 Zealand Pharma 】9月7日，Zealand Pharma宣布，已与诺和诺德签订了一项全球许可和开发协议，共同推进Zegalogue注射液（dasiglucagon）的商业化。

链接网址请戳我

6.【 罗氏 】9月7日，Good Therapeutics宣布已与罗氏签订合并协议。通过此次收购，罗氏将拥有该公司管线中创新、条件性激活、受PD-1调节的IL-2疗法，以及开发PD-1调节的IL-2受体激动剂疗法的技术平台专有权。

链接网址请戳我

7.【 罗氏 】

9月6日，PhoreMost 宣布已与罗氏达成了多项关于靶点发现的相关合作。根据协议，PhoreMost将获得预付款，并有资格获得基于临床前成功的里程碑付款。2020年，PhoreMost与勃林格殷格翰也达成了多项合作。

链接网址请戳我

8.【 礼新医药 】

9月5日，据CDE公示，礼新医药递交LM-101注射液临床试验申请获承办。LM-101单抗由礼新医药自主研发，主要用于治疗实体瘤和血液瘤患者，靶点尚未披露。

9月2日，礼新医药LM-305的临床试验申请获CDE承办，此前已在美国获批临床，是全球首个进入临床开发阶段的靶向GPRC5D的ADC。

链接网址请戳我

会议信息

1. 2022年9月14-16日 BFC Group举办 第8届BFC-国金证券医药健康产业商务发展与投资合作交流会
2. 2022年9月16日 上海杉互健康科技有限公司举办 第5届中国IRT论坛暨新药数智化论坛
3. 2022年9月22-23日 智药邦举办中国AI药物研发大会
4. 2022年10月13-14日万怡医学举办 第五届小分子创新药开发与合作大会
5. 2022年12月1-3日 中国生物发酵产业协会举办 2022第十届上海国际生物发酵产品与技术装备展览会

各会议具体详情和参会方式：

第8届BFC-国金证券医药健康产业商务发展与投资合作交流会

主办方 ：BFC Group

会议时间 ：2022年9月14-16日

会议地点 ：上海

会议主旨： 会议旨在于医疗健康产业领域搭建为企业间寻找商务发展合作，为投资机构寻找投资机会的平台。

链接网址请戳我

第5届中国IRT论坛暨新药数智化论坛

主办方 ：上海杉互健康科技有限公司

会议时间 ：2022年9月16日

会议地点 ：南京

链接网址请戳我

中国AI药物研发大会

主办方 ：智药邦

会议时间 ：2022年9月22-23日

会议地点 ：上海

会议主旨： 大会将介绍AI药物研发领域的最新进展与前沿实践，讨论AI和机器学习方法在药物研发中使用的关键机会和最新突破，分享AI初创公司、制药公司、高校和科研院所、AI公司、监管机构等多方的重要经验和观点，促进AI药物研发领域的交流与合作，共同推动制药技术和产业的发展。

会议入场券： 1880元/位

链接网址请戳我

第五届小分子创新药开发与合作大会

主办方 ：万怡医学

会议时间 ：2022年10月13-14日

会议地点 ：上海扬子江丽笙精选酒店

会议主旨 ：大会以「技术革新引领小分子药物新浪潮」为主题，特邀60+领袖讲者，800+行业专家聚焦最前沿的技术和行业资讯，以主旨报告、圆桌讨论、VIP欢迎晚宴、一对一商务对接等多种形式，打造全方位产学研资讯交流合作平台。

会议入场券： 588元/人

链接网址请戳我

2022第十届上海国际生物发酵产品与技术装备展览会

主办方 ：中国生物发酵产业协会

会议时间 ：2022年12月1-3日

会议地点 ：上海新国际博览中心

会议主旨 ：为了更好地迎合行业发展，助力生物发酵相关企业把握市场机遇与挑战，将为生物发酵全产业链提供线上线下国际性贸易洽谈空间，为生物技术产业创新发展助力，迎接生物产业新蓝海。

链接网址请戳我

招聘信息

1. 英飞智药 招聘 药物化学研究员，AI药物设计算法研究员 。工作地点：苏州； AI药物设计算法研究员 。工作地点：北京。
   
2. 剂泰医药 招聘 分析科学家 (MJ000010)，制剂科学家-脂质/纳米粒 (MJ000057)，制剂研究员 (MJ000063)，制剂研究员 (MJ000062) 。工作地点：杭州。
   
3. 望石智慧 招聘 计算化学研究员，CADD研究员，资深药学产品经理 。工作地点：北京； 药化总监，生物信息研究员 。工作地点：上海。

各公司介绍，投递方式：

英飞智药

北京英飞智药科技有限公司，是一家以创新药物为目标，以人工智能为驱动的初创公司。英飞智药打造自主知识产权的AI+新药研发平台——智药大脑TM，智药大脑V1.0拥有业界领先的候选药开发成功率，将创新候选药的开发周期从3-6年缩短到6个月至2年。智药大脑TM致力于高效批量开发自主创新药物品种，也为医药企业提供先进的技术服务和知识产权解决方案。

简历投递：登录BOSS直聘搜英飞智药进行投递

剂泰医药

剂泰医药（METiS）是以人工智能驱动药物递送以及制剂开发的新创公司，由美国工程院院士和多位MIT科学家领衔，获峰瑞、红杉、源码、光速、五源等资本支持。METiS致力于成为新药递送的设计师——集合高通量试验平台、人工智能计算、新形态核酸药物递送等技术，通过提高药物生物可利用度、稳定性以及开发新剂型、新载体系统等方式，达到更好的药效效果，设计具有临床差异性的制剂新药。同时，聚焦于KCE/NCE、核酸药、505b2研发，以满足临床需求。

简历投递：登录BOSS直聘搜剂泰医药进行投递

北京望石智慧科技有限公司

望石智慧（StoneWise），成立于2018年，是一家致力于用人工智能驱动新药研发的科技公司。结合人工智能、计算化学、计算生物学、量子化学和药物化学等多学科，打造世界领先的新型药物研发平台，提升新药研发中的效率和成功率。

具体信息及简历投递请戳我

版权信息

本文内容均由小编收集于公开的各个网络平台，发布的目的仅为了方便大家一站式了解AIDD行业信息，并未对发布源头进行真实性验证。如您发现相关信息有任何版权侵扰或者信息错误，请及时联系AIDD Pro（请添加微信号sixiali_fox59）进行删改处理。

原创内容未经授权，禁止转载至其他平台。有问题可发邮件至[email protected]