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题主的问题非常好，这是问题涉及到目前需要研究解决的科学问题，并且具有一定的应用价值。下面我尽量用比较容易理解的方式来回答该问题。
一般来说河口地区分为三个部分：海洋（Ocean或Sea），河口湾（河口,Estuary），河流(River)。其中如果以盐度(Salinity)来区分是：海水(Salt)，冲淡水（咸水，盐水，Brackish），淡水(Fresh)。
河口湾盐度混合状态分为三种：a）高度分层型，b)部分混合类型，c）充分混合型，分别对应下图a) b) c)。这三种类型主要是由于山潮比（即径流/潮汐的比值）不同导致的，当径流相对于潮汐比较强，河口地区表现的特征是高度分层的，即a）；当径流相对于潮汐比较弱，河口地区表现的特征是充分混合的，即c）。
在枯季，如降雨较少、蒸发较大的时节，上游来水量较少，往往就会发生咸潮上溯（盐水入侵），影响居民的生活用水、工业用水等。根据【生活饮用水源水质标准】（CJ3020-93）,氯化物含量应小于250mg/L，如果超过这个值就不能满足供水的水质标准。也就是说，题主提问的情况是有发生的，在我国以珠江口，长江口地区比较典型。而这个现象的原因是否是题主提问的「渗透」呢？我们再来进一步分析一下。
首先考证一下什么叫做渗透，渗透一般是化学术语，是水分子经半透膜扩散的现象，它由高水分子区域（即低浓度溶液）渗入低水分子区域（即高浓度溶液），直到半透膜两边水分子达到动态平衡。半透膜如植物细胞的原生质膜、液泡膜等。显然，在河口湾地区海水和淡水之间其实是不存在这个化学意义上的半透膜的，也不能称之为渗透。那是什么原因导致了咸潮上溯（盐水入侵）呢？
从能量角度看，在河口湾地区最重要的两个影响盐度混合过程的能量来源分别是：1由于海水和淡水密度（盐度）差异引起的势能差；2海洋潮汐的动能和势能。这两种能量导致混合的机制也有多种。因为世界上的河口形态各不相同，同一河口不同季节流量的变化，潮汐的周期性变化，气象等要素以及人类活动的影响等等，导致了各个河口湾地区盐度的混合和分层特性也不一样，影响盐度混合作用机理也不尽相同。如何减少咸潮上溯（盐水入侵）引发的灾害也是一个值得持续研究的问题。
关于海洋潮汐的相关内容可以看我的另一个回答，这里就不详细介绍了。
