分子生物学会不会破坏民族认同？答案是：会！但问题不在于分子生物学本身，而在于我们的错误认知。
例如前些时候，分子生物学爱好者一直宣扬华夏汉人是O2（旧称O3）、壮傣苗瑶百越及东南亚土著是O1（旧称O1、O2）、鲜卑满蒙是C北、匈奴是QR、契丹辽朝是N等等观点。但实际上，在5000-3000年前（即黄帝至周朝初期），中原华夏核心文化区已经出土的 Y-DNA 就有 N、O1、O2、Q、C，所以N、O1、O2、Q、C本来就是华夏土著，是汉族的本源成份。虽然现代汉族是以O2为主体（约占55%），但O1(O1a+O1b)也约占汉族30% ，说O1是壮傣苗瑶百越汉化而来是不准确、也不负责任的，因为O1早在5000-3000年前就是中原土著。再例如汉末曹操家族已经确定就是O1b，难道说曹操不是汉人？再例如现在越南泰国占绝对多数的O1b-M95，早在2800年前的西周时期，山西绛县已经出土多例古DNA样本。可见，汉族中的O1不是壮泰苗瑶百越汉化而来，而是汉族的本源成份。
因为O1在长江以南高频，在东南亚各国占绝对多数，所以分子生物学爱好者认为百越就是O1。但实际上，8900年前的贵州独山人（邻近广西边境）却是O2，这是现今发现最早的南方土著，还有尼泊尔也发现了5500年前的O2，越南也发现了3800年前的O2。所以，百越土著并非都是O1，O2也是百越土著之一。越南和平文化时期的古DNA样本证实，6000-8000年前的东南亚土著是C、D，而O1、O2则是后期才从中国南下，进入东南亚各国的。
同样道理，在4000-6000年前，从河北蔚县（河北省张家口市一带）至内蒙夏家店、辽宁朝阳一带，已经大量发现O2古DNA样本。而战国时期，这片广大地区正是东胡人的居地。战国晚期，燕国大将秦开大破东胡、辟地千里（东胡人被驱逐到内蒙、东北），于是从河北张家口至辽宁辽阳一带新建立五个郡（史称辽东五郡），并在燕国北境修筑长城、防范东胡人南下。所以，O2也必然是东胡人的本源成份，而东胡正是鲜卑、乌桓的祖先。到了东晋「五胡乱华」时期，尽管胡人大举南下，但遗传基因上并不能改变北汉的主要成份——O2。至于鲜卑人中的C北，只是东胡人迁居大兴安岭过程中融入的北亚土著而已，C北并不是鲜卑人的本源成份。所以，说鲜卑人是C北也是不准确的。而契丹辽朝、女真金朝都是在东胡旧地上发展起来的国家，国民中也必然存在大量的O2及少量的N，所以契丹人、女真人融入汉族，只会增加北汉O2的含量，不会有太大改变。
而匈奴人的主体、发源地，其实是内蒙河套地区、阴山山脉以南一带（史称「南匈奴」），这里南下不远就是夏朝的西邑（许多学者研究认为，西邑就是夏朝所在）。所以西汉司马迁认为，商灭夏，夏朝太子北逃，成为匈奴人的祖先。而漠北匈奴王庭（史称「北匈奴」）测出的QR，其实与南匈奴人是大相径庭的。
从下图可知，中国南汉、北汉的单倍群构成其实差异不大，只有微小差别，其中O系(O*+O1+O2)约占80% 。相比较其它国家及民族，汉人血脉相对更纯。而除了汉族主体O2，其它的 N、O1、Q、C也是汉族的本源构成。实际上，所谓「壮泰苗瑶」等等少数民族，只是建国后的民族划分，其实民国、清朝以前，他们都属于汉人。例如清朝，全国只划分五大族群——满、汉、蒙、回、藏。所以孙中山建立民国时，倡议的就是「五族共和」。
而从全国统治来说，划分民族成份是逆历史潮流的，是历代政策的倒退。我国历朝历代，国策一直都在消弥民族、地域差别，提倡「书同文、车同轨、统一度量衡」，所以战国七雄才融合成一个大秦、大汉，所以匈奴、鲜卑、突厥、契丹、女真都融入了汉族。没有其它民族认同，全体合成一个「中华民族」，国家才不易分裂，国家才会兴盛强大。
