我覺得。有的應該納入正史有的不納入，否則劇情會出現bug。以下是我認為應該算入正史的劇場版。有些劇場版已經在漫畫裏被提到了，算是確定納入的。
1.【引爆摩天樓】，這一部講述了工藤新一過生日，到了17歲的劇情。而工藤新一剛出場時設定為16歲，後來在這部之後變成了17歲，在劇情裏工藤新一需要在這部過生日。而且後面m5也提到了這部的兇手森谷帝二。而且這是白鳥第一次登場，第二次在漫畫登場表示自己早認識柯南。所以確定納入。
2.【第十四個目標】，這一部講述了毛利小五郎和妃英理的分居原因。還講述了工藤新一是在夏威夷學的開槍。如果不納入，會影響原作的劇情。我覺得算是納入了。
3.【世紀末的魔術師】，這一部講述了怪盜紀德變裝成白鳥警官，從而得知了柯南的真實身份。如果不納入，沒辦法解釋原作紀德是怎麽知道柯南身份的。而且原作已經畫了這部劇場版的劇情，被和葉提到紀德之前出現在通天閣上。所以官方已經算是確定納入了。
4.【瞳孔中的暗殺者】，這一部我覺得納入和納入都無所謂。沒有太大的影響。這一部講述了毛利小五郎當年是如何表白的妃英理。但未確定納入。
5.【通往天國的倒計時】這一部我覺得應該納入。畢竟是和組織有關的。還提到了重要資訊：組織在政治界 經濟界 科學界都有很深的人脈，柯南是在夏威夷學的開車。而且也提到了m1的森谷帝二。所以確定納入。
6.【貝克街的亡靈】這一部可以納入。當然納入肯定是更好的。因為這一部很精彩。但未確定納入。
7.【迷宮的十字路口】，這一部是關於平糊感情戲的。而且綾小路在這部中初次登場，後來在漫畫裏柯南已經認識綾小路。所以應該算確定納入。同時這一部也是柯南第三次變回工藤新一，有和A藥有關的重要資訊。
8.【銀翼的魔術師】，關於怪盜紀德的，是怪盜紀德第一次公開在小蘭面前假扮工藤新一。後面漫畫裏有說紀德多次假扮新一。所以確定納入。
9.【水平線上的陰謀】，可納可不納。未確定納入。
10.【偵探們的鎮魂歌】，這個已經確定不能納入。因為服部平次在這部已經認識了白馬探，後面漫畫裏白馬探登場服部平次卻不認識他。會有bug。
11.【紺碧之棺】可納入。未確定納入。
12.【戰栗的樂譜】可納入。未確定納入。
13.【漆黑的追蹤者】這部是關於黑衣組織的，而且這部裏提到了山村操升為警部，後來漫畫也升為了警部。且後來在原作裏提到了這次案件，表明m13是柯南世界裏確確實實發生的案件。官方已確定納入正史。如果不納入，會影響原作劇情。
14.【天空的遇難船】這部是關於怪盜紀德的。紀德第二次假扮工藤新一。後面漫畫裏有說紀德多次假扮工藤新一。所以確定納入。
15.【沈默的十五分鐘】，我覺得可納入。未確定納入。
16.【第十一個前鋒】，可納入。未確定納入。
17.【絕海的偵探】，應該不納入。因為這集柯南ooc了，原本柯南的設定是不能哭，這集柯南卻流了淚。
18.【異次元的狙擊手】，這一部講述FBI和赤井秀一世良真純的。提前揭曉了沖矢昴是赤井秀一。可以納入正史。未確定納入
19.【業火的向日葵】，這一部紀德第三次假扮工藤新一。後面有說紀德多次假扮新一。所以確定納入。
20.【純黑的噩夢】，關於黑衣組織的，後面被m26提到庫拉索，且人臉辨識系統辨識到了這一部的畫面，所以確定納入。
21.【唐紅的戀歌】，關於大岡紅葉和平糊感情戲的，柯南一行人第一次認識大岡紅葉。官方明確納入正史，是劇情的一部份。大岡紅葉和伊織無我已經是主線人物了如今。
22.【零的執行人】，零的日常裏回憶了這部的內容。所以算是確定納入正史。
23.【紺青之拳】，我覺得應該納入，關於圓真感情戲和怪盜紀德的。紀德第四次假扮工藤新一，後面漫畫有提到紀德多次假扮工藤新一。所以確定納入。
24.【緋色的子彈】，關於赤井一家的，這部瑪麗知道了沖矢昴就是赤井秀一。且在M26出現了這部的畫面。所以確定納入正史。
25.【萬聖節的新娘】，關於警校五人組的，對警校五人組的故事進行了補充，且m26出現了這部畫面。所以確定納入正史。
26.【黑鐵的魚影】，關於黑衣組織的，且有和烏丸蓮耶有關的很重要的資訊。且官方明確聲稱這部確定納入正史。且這一部提到了之前的愛爾蘭和庫拉索。出現了m20 m24 m25的畫面。所以連帶著m13 20 24 25 一起納入。
所以，柯南劇場版確定納入正史的有m1 m2 m3 m5 m7 m8 m13 m14 m19 m20 m21 m22 m23 m24 m25 m26。是從m20純黑的噩夢開始每一部都納入正史的，和紀德有關的除了偵探們的鎮魂歌也都納入了正史。確定不納入的有m10 m17。剩下的都是可納可不納，不確定狀態。
總得來說。可以除了m10和17全部可以納入。也可以除了m21 m3 m7 m13 m1全部不納入，因為這三部在原作已經提到。
