（多圖預警~）
勉強回答一下：
「海寶可夢」和「淡水寶可夢」在部份版本還是存在有區別的，這是三世代遊戲「世代產物」之一，當時嚴格區別海水和河流（後期遊戲世界觀中淡化這一區別） ，兩種類別寶可夢體現在棲息地的不同，以及部份寶可夢的「偏好」上面，圖鑒中也將他們分別分類為「Sea Pokemon」和「Water's edge Pokemon」，不過他們之間並不存在「生殖隔離」。
在三世代遊戲【精靈寶可夢：火紅/葉綠】版中，圖鑒新增了一個功能，就是寶可夢的「分類」，其中有棲息地一項：
在三世代遊戲【精靈寶可夢：火紅/葉綠】版中，一共有9種不同的棲息地：
1.Grassland Pokemon（草地寶可夢）
2.Forest Pokemon（森林寶可夢）
3.Water's edge Pokemon（水邊寶可夢）
4.Sea Pokemon（海寶可夢）
5.Cave Pokemon（洞穴寶可夢）
6.Mountain Pokemon（山脈寶可夢）
7.Rough-terrain Pokemon（崎嶇地表寶可夢）
8.Urban Pokemon（城市寶可夢）
9.Rare Pokemon（稀有寶可夢）
每一種分類中，對應不同類別的寶可夢，主要是棲息地的不同。 其中比較值得註意的一點，就是水內容寶可夢中不少「分流」進入「海寶可夢」和「水邊寶可夢」兩種不同的分類之中 。除少數寶可夢之外（比如水伊布被分入城市寶可夢分類），其他絕大多數水內容寶可夢都在這兩個分組之內。
Water's edge Pokemon(水邊寶可夢)：大多數都是淡水寶可夢
這類寶可夢大多生活在內陸河流、湖泊之中，典型的有蓮葉童子、瑪麗露等，在各種圖鑒之中也有類似說明，這些寶可夢更偏向於生活在池塘或者河流中。在遊戲的分布中，也可以看出端倪，比如蓮葉童子，在三世代遊戲那種將近50%面積都是海洋的地圖中，僅分布在102號路和114號路的池塘中，典型的「淡水寶可夢」。
Sea Pokemon（海寶可夢）：大多數都是鹹水寶可夢
海寶可夢其中很多都是偏好在鹹水中生活的寶可夢，比如瑪瑙水母，比如點燈怪，這些都是圖鑒中明確表示在淺海或者是深海中生活的寶可夢。這些寶可夢很多都是在海洋中生活，在內陸地區的河流湖泊中較少見到，有棲息地的偏好，是典型的「海寶可夢」。
然而，這裏僅使用「大多數」來說明圖鑒分類，是因為有很多寶可夢，既可以在海洋中生活，也可以在淡水中生活：
這種按照「棲息地」的分類並不算很「嚴格」，比如鯉魚王的在三世代遊戲【精靈寶可夢：火紅/葉綠】版中圖鑒分類為「水邊寶可夢」，然而實際上鯉魚王可以在任何水域中出現，甚至臟水中都能生存，詳情可見如下回答，這裏不再贅述：
應該強調，無論是「海寶可夢」還是「水邊/淡水寶可夢」，他們之間並不存在「生殖隔離」 。在生殖方面，Pokemon設定了所謂「蛋群」，絕大多數水內容寶可夢都在三個分組：「水中1」、「水中2」和「水中3」，分類依據更類似於現實世界中依據進化論進行的分類，分別對應兩棲類、魚類以及無脊椎類，而並非區分「海水」還是「淡水」。
這個「棲息地」設定主要是來自於主系列遊戲世界觀中對於場景「海水」和「池塘/河流」的區分， Pokemon系列遊戲世界觀中，至少在三世代還是嚴格區分「池塘/河流」（淡水）和「海水」的，主要是體現在技能上面 ：
如果使用技能 「自然之力」 ，那麽根據你所在的「水面」的不同，可以有不同特效：
1.在河流/湖泊中，「自然之力」技能會以「泡沫光線」的方式呈現；
2.在海洋中，「自然之力」技能會以「沖浪術」的方式呈現；
3.在深海（水下）中，「自然之力」技能會以「水炮」的方式呈現；
如果使用技能 「秘密之力」 ，那麽根據所在的「水面」的不同，可以有不同特效：
1.在河流/湖泊中，「秘密之力」技能會以「泡沫光線」的方式呈現，附帶一個30%概率降低對方「速度」的附加效果；
2.在海洋中，「秘密之力」技能會以「沖浪術」的方式呈現，附帶一個30%概率降低對方「攻擊」的附加效果；
3.在深海（水下）中，「秘密之力」技能會以「攀瀑術」的方式呈現，附帶一個30%概率降低對方「防禦」的附加效果；
然而，事實上，這個「海水」和「淡水」（河流/池塘）的設定區別，在三世代之後的遊戲中，總體上是略有「淡化」的 ，之後版本的遊戲中，不再區分「河流/池塘」和湖泊：
比如「自然之力」技能在三世代遊戲之後，無論是「河流/湖泊」還是在「海洋」中，甚至在水下，都是以「水炮」技能呈現了；
又如「秘密之力」技能在三世代遊戲之後，無論是「河流/湖泊」還是在「海洋」中，甚至在水下，都是以「水之波動」技能呈現了，「附加效果」也一律統一為30%概率降低「攻擊」；
所以，綜上所述，淡水/海水的區分是一個三世代遊戲中一個「時代產物」 ，後期遊戲世界觀中一直在淡化。然而， 如果非要較真，那麽「淡水」和「海水」寶可夢，還是在三世代一度有過區分的 ，也是Pokemon世界觀中圖鑒分類之一，算是有明確設定的。
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