我覺得有一個原因可能是來自歷史的習慣。
從我最早接觸電腦（大概1998年左右）就有類似的說法，要分區，C磁碟機不能太大，所有東西不能全裝C磁碟機，尤其到2000年左右這種說法特別流行，基本上覆蓋Windows95-WindowsXP這一系列的Windows版本。反倒是後來（2010年以後）這種說法漸漸少了。
如果回頭去看那個年代的Windows，如果C磁碟機檔太多，或者太大，確實會影響速度。Win95-WinMe主要還是用FAT/FAT32，這個檔案系統有一個問題就是如果檔太多，檢索速度會很慢，因為目錄結構在磁盤上不是按樹來儲存，直接就是列表，需要一項一項的查，很慢。並且早期Windows的磁盤緩存策略（我根據後來的FAT驅動猜的）可能有點傻，一個分區的緩存大小基本固定。如果磁盤大了，緩存不會更大，這種情況下，分區多一點，檔案系統的效能反而好。
我估計是因為這個原因，早年才有了C磁碟機不能太大說法，從這個角度看，確實如此。
甚至我不排除早年的NTFS驅動也有類似的問題（雖然NTFS是B+樹，但緩存大小還是有限制的）。
另外，補充一點評論裏的內容，在Win2000之前，Windows的穩定性是很差的，流氓軟件又太多，動不動可能就要重裝一下系統。那時候，重裝系統的成本太高，所以也就有了把數據放到別的盤上的說法。
現在這些問題已經基本上不存在了，但估計是過去的時候口口相傳才有今天的這種說法。
其實別的方面也有，比如現在還有不少人認為新買的手機、筆記本應該充分充放電幾次才好，其實鋰電池早就不用這樣了。
補充一點，NTFS分區在檔數量特別多的情況下還是會慢一些的，比如一個磁盤上放著上百萬個檔，效能是會有點下降。
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補充，前面的回答大概是一年前寫的，其實對於SSD來說，如果物理磁盤（不一定是C磁碟機，而是SSD上的所有分區）太滿，比如使用率超過90%的話，效能是會下降的。
考慮到「C磁碟機太慢影響速度」的傳言歷史久遠，在沒有SSD的時代就有這樣的說法。所以，跟SSD關系不大。
在SSD普及的時代，這句話其實還多少有一點正確性在裏面。
