因為尼爾機械紀元是接的前作尼爾：偽裝者，而尼爾偽裝者又接的龍背上的騎兵1，龍背上的騎兵1又接著前傳性質的龍背上的破鞋3……（真能寫）
所以詳細描述整個世界觀的篇幅較長（約6500字），對鉆研劇情感興趣的朋友可以詳細閱讀。
只想看本作劇情梗概的，後期我會整理簡潔版。
2018.8.5
答主終於回坑了！！！
現已制作為簡潔的專欄文章，並有配圖吐槽，對有錯誤的地方加以改正，還把機械紀元的劇情做了個簡單版的哦，歡迎大家到專欄檢視！
2017.9.18
鴿了4個月，看到塞總來搶生意了，趕緊補完簡介&無背景版
2017.5.2
對多處細節部份進行了修改，並增加了尼爾1和龍背1的結局詳細劇透（就不直接寫尼爾2的，笑）
2017.4.9
補完尼爾2的世界觀介紹，對龍背1、3、尼爾1關於魔素和迴圈說進行補完
2017.4.8
由於目前答主尼爾2劇情還沒全通，尼爾2部份劇情後期更新~
目前大家可以看一下尼爾系列的世界觀
2017.4.6修改
第一次回答忘記了紅眼病這一說，加入了龍背三的部份劇情
尼爾1忘記了介紹人造人波波露和迪波露以及紅眼病
簡單版
背景簡單概述
人類因穿越而來的異界生命體，導致全人類近乎滅亡，一個拯救人類的巨大計劃出現，並由人造人·波波露&迪波露執行，但是兩人因對實驗產生感情導致計劃失敗，人類滅亡。
人類徹底滅亡後的800年，也就是公元5000年，外星人&其制造的機械生命體入侵地球，殘存襲下來的人造人因剛不過正面，被迫撤離月球，期間人造人為奪回地球不斷與機械生命體發生戰鬥
11940年，人造人玩起了新計劃：尤爾哈計劃，利用機械生命體的核心制造新一代人造人，提升戰鬥力和機械生命體剛正面
A2小姐姐就是這次的試驗機型，在執行了實驗計劃後失蹤，被列為通緝犯。
A結局：
以2B小姐姐的視角打各種各樣的生命體，2B&9S發現機械生命體行為很像人，甚至有幾乎和人一樣的亞當和夏娃
最後2B打敗了最終boss亞當和夏娃，機械網絡管理員看似被打敗，因被入侵病毒被2B殺死的9S，借助了機械生命體的殘骸活了下來，看似治愈的結局
B結局：
以9S小弟弟的視角打各種各樣的生命體，2B&9S發現機械生命體行為很像人，甚至有幾乎和人一樣的亞當和夏娃
但9S的黑客技術發現機械生命體不光行為，連思想都像是人一樣，並且發現尤爾哈要守護的人類並不存在
最後2B打敗了最終boss亞當和夏娃，機械網絡管理員看似被打敗，因被入侵病毒被2B殺死的9S，借助了機械生命體的殘骸活了下來，這個遊戲的劇情似乎沒有那麽簡單
C結局：
機械生命體的管理被打了，尤爾哈趁勝追擊降落地球，結果除了2B和9S集體中病毒叛變，2B也因為遠離9S導致再次中毒，被路過的A2殺死了，9S精神崩潰，9S尋仇記
最後，9S在尋找A2復仇的時候了解到了世界的真相：尤爾哈部隊就是人造人為了
詳細版
前方超大量劇透！對於遊戲體驗嚴重破壞！
強烈建議玩過 龍背上的騎兵1&3，尼爾：復制人，尼爾：機械紀元 後再來觀看！
尼爾機械屁股的劇情，要追溯到龍背上的騎兵世界觀與前作：尼爾偽裝者 的劇情了
————————————————前方大量劇透預警————————————————
龍背上的騎兵三
996年，一位對原本無戀的世界產生一點點希望的死刑犯妓女在行刑前，眼中長出了一朵滅世之花，花給予了她不死的力量，但代價是花開放的時候世界會淪陷，而這位女子，就是我們的Zero
Zero不願向自己的命運屈服，嘗試過拔掉花，也嘗試過自殺，但花為了自保分出了5個擁有和zero力量相似的妹妹，就算她死了，妹妹的存在也會使花開放，增加了她想要救世的難度。直到她知道龍可以徹徹底底的殺死她，她便與龍米海爾簽訂契約，追殺她那五個妹妹。
而可笑的是，她那五個妹妹卻拯救了整個腐敗的世界，成為了五大國救世主一樣的存在——歌姬。
之後的劇情承接A結局，1000年，Zero歷經千辛萬阻殺死了所有的妹妹，但自己的龍也與妹妹One的龍同歸於盡，還好妹妹創造了一個弟弟，弟弟用龍牙劍殺死了Zero
但因為花的分身——One弟弟的存活，世界並未得救
龍背三漫畫：至死之赤紅
1003年，滅世之花裏的魔素爆發的疾病——紅眼病開始蔓延，此病無藥可救，患病者瘋狂的攻擊所有能看到的人類
而活下來的One弟弟，繼承了姐姐one的意誌，為了拯救世界，創立了天使教會
1012年，這個貪玩的神又為了毀掉這個世界創立了一個規則，選定一位女性為封印女神，只要女神不死，世界就不會淪陷。
又過了90年，脫離後的天使教會的One弟弟帶著幼龍夥伴涅格為了救世，屠殺著紅眼病患者，陰差陽錯被龍背1主角——凱姆的國家收留，但沒想到的是，紅眼病的就是救世One弟弟，他畢竟是歌姬的造物，凱姆的雙親被殺國家被毀，還好自己帶著妹妹逃了出去，知道真相的One弟弟無法接受事實，選擇了被他的夥伴涅格殺死。
但紅眼病，卻沒有因為這個病原體的死亡而停止傳播
龍背上的騎兵一
幾年後，到了1099年，落難王子凱姆的妹妹被選為了新一代的封印女神，凱姆憑自己的實力當上了聯合軍隊長。
看著這世界處在和平年代裏幾十年，貪玩的神不樂意了，就選擇了one弟弟的後代，因母親偏愛哥哥而喪失理智的小女孩瑪娜降靈，進而開掛蠱惑帝國軍隊攻打聯合軍
而此時的女神是1代主角凱姆的妹妹芙麗葉 ，凱哥肯定不讓自己妹妹被俘虜啊，就和紅龍簽訂了契約，以說話的能力為代價，獲得了開掛的能力
可惜掛還是不如神開的厲害，女神妹妹還是被俘虜了，最後因承受不住神的嘴炮給予自己的壓力自殺了，世界玩完了，天空從湛藍變成了暗紅色，巨大的嬰兒從天而降，天使軍團開始滅世
接下來就是龍背1的E結局
凱哥和他的紅龍夥伴奮勇殺敵，並且沖向了整個神靈軍團的首腦：像巨型嬰兒一樣的母天使，後來由於來自東方的神秘力量（母天使想把紅眼病帶到過去進行傳播，從而根本上消滅人類，但陰差陽錯傳到了異世界），時空發生了變化，凱姆紅龍還有母天使莫名其妙穿越到了03年的日本新宿上空
最後，凱哥和紅龍最終把母天使打死了，可好景不長，11區自衛隊兩發導彈直接把兩位勝利者炸成了渣，死掉的紅龍還落在了鐵塔上
（是不是覺得很扯淡？？）
尼爾：偽裝者：
尼爾偽裝者的世界就是發生在這凱哥紅龍穿越事件之後
由於紅龍與神的化身白色巨人交戰過，身上自然染上了神的滅世詛咒的病毒，紅龍這一死，直接把病毒擴散了出來，感染了這個病毒的人類均出現了發狂或者全身出現黑色文字最終全身白鹽化的黑文病
而當時的人類政府肯定不會坐以待斃，在治療無效的情況下，先是11區政府建立了高墻阻擋患者湧入外界，但結果卻是出現了變異體：紅眼，他們帶領狂暴的白鹽病患者有組織攻擊，最後高墻轟塌，最後11區和美帝達成共識，投放了顆核彈炸平了新宿，患者是消滅了，但病毒卻隨著核彈的沖擊擴散到了全世界（世界核平，玩脫了這是）
同時科學家們對紅龍的屍體的研究，發現了魔素這一概念
人類成立世界凈化組織，收集異世界帶來的魔素，將他們送回去。也因為這從這個世界送來的魔素，形成了一朵滅世之花，長在了Zero姐的眼睛上
世界凈化組織發現這就是一個迴圈：龍背世界魔素聚集，Zero眼睛長花，Zero死了紅眼癥蔓延，凱哥與龍簽訂契約殺紅眼，凱哥和紅龍穿越被導彈帶走，魔素來到異世界傳播，世界凈化組織成立開始排除魔素，龍背世界魔素聚集
於是他們派出了機器人對異世界進行幹預，因此也出現了龍背3裏神奇的機器人這一幕。但是他們發現這並沒有什麽用，就放棄了幹涉，只進行觀察
經過魔素的研究，人類利用科學發現了魔法，也因此研制出可以緩解黑文病的藥劑更是找到了解決黑文病的有效方法：靈魂化
靈魂化就是將人類的靈魂從體內抽出變為靈魂體，而靈魂體不會感染黑文病，同時為了將來將靈魂移入體內，也研發了復制人
復制人沒有感情和意識，只是機器一樣的存在，也因此可以當工具來抵抗黑文病，為了保險起見，人類制作了管轄復制人的人造人姐妹：波波露和迪波露。同時為了最後一道保險，制作了強制使靈魂體回到復制人體內的黑之書與白之書，這兩本書是將人類靈魂體灌到類似魔法書的容器裏，當白之書收集到額外的章頁後與黑之書相碰，即可讓所有靈魂體回到肉體中
於是，一場人類歷史上最大的計劃開始了：全民靈魂化，而沒錢靈魂化的人們磕著藥和復制人一起抵抗黑文病，當黑文病沒有了以後，人類再回到復制人體內
但政府沒有想到的是，由於技術不完善，靈魂化後的人類並不穩定，會變為崩壞體，無差別的攻擊他人，徹底喪失自我
而尼爾1代的主角就是個特例，他是唯一一個靈魂化後非常穩定的個體，而他能提供的魔素可以使逐漸崩壞的靈魂體們穩定
這也是悲劇的開始
2053年，尼爾和患有黑文病的妹妹遭到了暴走的靈魂體人類攻擊，出於無奈，兩人都進入了靈魂化，可妹妹人品太差，靈魂化後開始崩壞，最後尼爾和政府達成協定，將妹妹的靈魂體冷凍，等到1000年後黑文病徹底消失，啟動黑白之書計劃讓靈魂體回到肉體中，而尼爾的代價就是提供魔素
可所有人沒想到的是，這些機器一般的復制人逐漸有了感情和意識，因為看到了暴走的靈魂體人類，把他們當成了要占據自己意識的怪物，拒絕靈魂和肉體合一，1000年後也只有人造人管轄區域內的部份靈魂體人類開了後門才得以魂歸肉體
鏡頭切換到2153年，世界在人造人的計劃下回到了中世紀，而真尼爾也就是靈魂體尼爾等不及計劃了，他決定自己啟動計劃，將妹妹從冰凍中解除。
但是靈魂體崩壞的話，它的原肉體會開始黑文病化，所以在波波露和迪波露管轄的村子裏，尼爾復制人的妹妹尤娜復制人黑文病犯了，尼爾在波波露和迪波露在操縱下下得到了失憶的白之書，並在計劃中一步一步渠道額外的章節
最終，復制人尼爾幫助白之書獲得了所有額外章節，當要回去交差時，真尼爾出現了，拐走了復制人尤娜，要讓真尤娜回到肉體中，但意想不到的出現了，白之書因為失憶後與復制人尼爾一行人的交往產生了深深的羈絆，拒絕與黑之書一起啟動計劃，最終真尼爾只能帶著復制人尤娜回魔王城，用自己的方式讓尤娜回到肉體（因為非黑之書白之書計劃實行，所以妹妹5年後才能醒來）
復制人尼爾肯定不開心啊，和白之書出去苦練五年，五年後帶著夥伴們殺進魔王城殺死了真尼爾，哥哥從魔王手裏奪得妹妹，可喜可賀啊
但讓靈魂體穩定的真尼爾死了，靈魂體人類們沒有魔素穩定自己，最終狂暴化被當成怪物；復制人因為技術缺陷沒有生育能力，而維持復制人存在的人造人姐妹也被復制人尼爾殺死了
當代表滅世之神的母天使來到這個世界的時候，人類的滅絕只是時間問題
Ps：看到有人吐槽白鹽病和黑文病，個人認為這兩者是一樣的，因為患者都是早期身體出現黑色文字，發病後要麽發狂要麽全身白鹽化
尼爾：機械紀元
由於前作復制人尼爾殺死了真尼爾，靈魂體的真人類失去了魔素供給，逐漸崩壞，人類所制作的守護自己的人造人在3400年嘗試多種方法，仍然無效，最終4196年人類滅絕
而人造人制造出來的目的就是為了「守護人類」，那人類已經滅絕了，人造人們失去了活下去的意義，士氣大跌，為了防止這種情況繼續延續下去，「尤爾哈」計劃便出現了（尤爾哈計劃：在月球偽造一個人類伺服器，假裝人類仍然活著，假裝大家都在守護人類，當下一代人造人獲得了足夠的數據後，便開啟尤爾哈月球軌域基地的後門，讓機械生命體摧毀基地，從而掩蓋整個計劃）
而同時，5012年外星人入侵地球，派出機械生命體入侵地球
人造人利用機械生命體的核心制造出「黑盒」，進而建立了「尤爾哈」部隊，為了了早已不存在的人類，進行無休止的「地球奪回作戰」
那句」人類，永垂不朽「是不是相當諷刺呢？
但人造人的目的並不是這麽簡單，當他們為下一代人造人收集足夠的數據後，將會開啟太空堡壘（月球軌域基地），引領機械生命體徹底消滅掉所有尤爾哈部隊
尤爾哈部隊，就是人造人手裏的一枚棋子罷了
切到黑盒身上
人造人覺得尤爾哈部隊和自己用著同樣的AI，最後殺死他們很沒人道化，便使用了機械生命體的核心。既然是敵人的核心，那麽就存在使尤爾哈部隊本身叛變的可能（所以在劇情裏，輕易地染上了機械生命體的病毒），為此尤爾哈部隊建了一支純粹清除叛徒的小組，代號為E（execute處刑）
而我們的2B小姐姐，其實真正的名字是2E，2B只是執行任務的一個代號；所以2B小姐姐再背叛者支線裏，能輕松的清除掉8B，22B，64B，在9S對這個任務懷疑的時候，自己冷靜的說出：走吧，9S，我們只需要戰鬥就行了
那麽2B小姐姐的真正目標是誰呢？
沒錯，是9S。9S是最新一代的S型機體，綜合能力很強，尤其是黑客能力，既然如此，那麽9S黑進自家伺服器檢視世界的真相也只是個時間問題，9S是整個尤爾哈最大的風險
當然，因為尤爾哈部隊存在義體，所以我們操縱的9S已經是不知道第幾個9S了，每次9S知道秘密後會被2B小姐姐清除掉，抹掉記憶，再一次作為部隊的棋子進行戰鬥
所以序章9S和2B小姐姐並不是他們第一次相遇了，從2B小姐姐讓9S不要叫敬語（但不要求通訊員去掉桑），A結局和B結局2B抱著9S會說「每次都是這樣「，已經證實了
但玩家操縱的這支2B呢？顯然不會再重蹈覆轍了，在一次次與9S的相處中，2B對9S已經產生了感情
再切到我們的敵人身上——機械生命體
機械生命體和人造人一樣，都有一個賦予的使命，他們的使命是「打敗敵人「
但和尼爾1裏的復制人一樣，原本沒有情感的機械生命體逐漸有了自己的意識，而他們的造物主外星人對此有所幹預，不願自己的工具產生情感，於是機械生命體將外星人定位了「敵人」，殺死了自己的主人
殺了外星人，機械生命體的「敵人「只剩下人造人了，但為了不讓這個使命消失，他們決定只是」打敗」而不是消滅，這決定很矛盾
為了解決這一矛盾，機械生命體又開始了前進演化，並黑進了所謂的人類月球伺服器，得到了人類的資料，並以此前進演化出了紅衣蘿莉（因為有了人類的資料，所以可以前進演化出類似亞當夏娃這樣的仿人類機械生命體，機械生命體的舉止也與人類相似）
同時，機械生命體也建立了四根塔：中樞、精神、靈魂、肉體，每個塔也有了自己的人格。四塔本身的目的是射爆太空堡壘，但因為人格的存在，他們對摧毀還是保留產生了爭論。最終在C結局，A2破壞了中樞塔終止了計劃，而D結局，發射了承載尤爾哈和機械生命體的火種的方舟，向宇宙前行
所以我們操縱的所有主角只不過是棋子中的棋子，在一個毫無意義的計劃中進行著毫無意義的作戰與殺戮。2B與9S的相遇，9S無數次的死亡與清除記憶，這一切的一切都是計劃之中
但這一切發生的都是計劃好的麽？
不是！
2B對9S的感情，21O對家人的渴望，6O對美好環境和女孩子生活的向往，8B、22B、64B的反叛也證明著自己也是切切實實的「人」，不是棋子，更不是玩偶，最後才有了E結局：也產生了情感的pod射擊制作者名單，覆寫劇情……
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以下為個人感想：
劇情相比尼爾1的催淚致郁向，這一作有更多的社會方向的內涵思考。
還有幾個支線任務：為了自己堅持的武士道不惜生命的機械生命體師父；因為自己的弟弟打碎東西而離家出走的機械生命體哥哥；為了讓喜歡的人愛上自己而走向歧途的機械生命體歌姬boss；成立了王國並且讓死去的國王以小寶寶形式長大的森之國；愛好動物的獵人機械生命體；還有教會幼兒機器人感情的帕斯卡村長……
感情是最為重要的。
如果沒有感情，沒有自我，那就像被我們殺死的那些機械生命體一樣，純粹是一個工具。
細節不像尼爾1那麽感人，但是依舊並非單純的人造人戰勝機械生命體獲得勝利；配上白金做的動作系統，以及SE最拿手的音樂，雖然算不上3A，但這遊戲算是個相當不錯的佳作了（當然199漲到412，Fuck SE！）
比起前作傳統日式主劇情向，附帶一點動作和彈幕要素的RPG，這一作把動作系統強化以及增加了類似雷電、小蜜蜂還有黑客小飛機等多種戰鬥模式，遊戲性相當不錯，個人感覺不佳的就是畫面了（原本我想吐槽UI不好看，但實際玩了以後，UI其實是模擬操作的主角的作業系統）
其實，這並不重要，重要的還是2b小姐姐的美尻（逃）~~~
番外篇：
再談談尼爾與龍背系列的監督橫尾先生
（下方大量結局劇透）
這位大師的作品一向是悲劇，永遠是只只知道世界的表象的人覺得世界是十分美好的：
龍背1
A結局：與主角凱姆簽訂契約的紅龍因為愛上了凱姆，決定成為新一任女神，世界得到拯救，完結撒花~~
B結局：原本應該被復活成嬰兒的妹妹，卻復活成了惡魔，妹控主角凱姆忍著對妹妹的愛殺死了她，紅龍成了女神，世界得到了拯救……這世界好歹是得救了，但妹妹的黑化卻是陰影
C結局：神又打了張套路牌，被神束縛的龍族被解放了，愛著凱姆的紅龍因為同族的壓迫與凱姆為敵，為了能殺死自己，解開了與心愛之人的契約。但這一次，世界沒有被拯救，凱姆要與無窮無盡的龍族惡鬥。慘
D結局：全滅，凱姆的夥伴覺得世界被毀幹脆不如重建，發動了大法術讓世界重生，主角與紅龍死在了天使手下，這不是向Eva致敬……人類補完計劃
E結局：先不提凱姆的世界有沒有被拯救，自己都穿越了，而且還被異世界的小兵給打死了…
唉……一結局多團圓，二結局好歹世界得救，三結局主角自己都生死未蔔了，四結局全滅，五結局幹脆來個坑人的穿越……
到了尼爾1，幹脆來個所有遊戲制作人都不敢輕易玩的刪檔！而且也是結局一個比一個虐
A結局：復制人尼爾一路披荊斬棘為了救妹妹殺死各種魔物，最後殺死了妄想把妹妹讓魔物附身的大魔王，救出了妹妹，妹控的勝利
B結局：以能聽的懂原來之前啥的敵人全都是人類，一開始殺的是崩壞體還好，成年復制人尼爾殺的很多都是不想戰鬥的原人類和動物：堅信人類裏有善良的靈魂狼王、純粹為了自衛的小靈魂體和機器人、已經和靈魂體和平相處的崖之村村民、與同伴有極深羈絆的守衛……甚至連孩子、母親都殺了……最終還是和A結局一樣，救出了妹妹
C結局：與B類似，但一路的小夥伴凱妮身體裏的魔物發狂了，尼爾不得已殺死了小夥伴……
D結局：與C類似，但尼爾選擇讓世界遺忘了自己，讓玩家刪除所有存檔，讓凱妮得以拯救
B結局給我的感觸太深了，就好比你平時吃的雞、魚如果他們其實是活生生的人類，要我去玩遊戲根本下不去手……
尼爾機械紀元的詳細結局我就劇透啦，大家還是去玩一玩遊戲親自體驗一下吧，整體感覺還是一周目像是勇者鬥惡龍，冒險家打敗魔物救出公主一樣，但從各個細節裏發現這個世界的真相是，我相信大家都會感嘆：窩巢，這世界怎麽這麽黑暗
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本文內部份細節參考百度龍背上的騎兵吧吧友 @伯勞荊棘 尼爾機械紀元吧友 @Shadow_淩夜 劇情概括文與B站up主：空耳YAYA影片
由於龍背1和尼爾1知名度不高，可尋找資料不足，有所遺漏及錯誤歡迎各位指正
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