（多圖預警～）
勉強回答一下：
寶可夢肯定是有糞便的，這一點多次在Pokemon主系列遊戲中的圖鑒資訊中出現，不只是一種寶可夢，而且目前在Pokemon世界中也有「糞便化石」出土，意味著「排泄行為」是寶可夢很早之前便演化出來的 ，我們有理由推測，糞便應該是Pokemon世界中普遍存在的。
先說遊戲，再說動畫和漫畫中的內容：
圖鑒中提及的「糞便」相關資訊：五世代-火紅不倒翁
Pokemon主系列遊戲中，至少在五世代（正作【黑/白】）之後的圖鑒「火紅不倒翁」的條目中，記載了關於它的「糞便」相關內容，如上圖和下圖所示，由於五世代沒有官方中文，基本都是日文和英文記載，轉譯一下：
可以看出， 至少火紅不倒翁的「糞便」一直存在，而且是過去的人「取暖工具」 （然而把這些玩意兒放在懷裏取暖，我還是覺得有點……）無論用途和方式如何，糞便確實是客觀存在的，而且溫度很高（似乎比熱也不低就是了）……
圖鑒中提及的「糞便」相關資訊：七世代-爆焰龜獸
同理，七世代遊戲之後，爆焰龜獸的圖鑒條目中，一直也都有關於「糞便」相關的描述，這個時候已經有官方中文了，大致描述如下：
兩者描述上差別不大，核心都是說爆焰龜獸的糞便很「危險」，是爆炸物 ，說明糞便本身是客觀存在的 ，就是糞便的利弊上還有討論的空間……
圖鑒中提及的「糞便」相關資訊：七世代-地鼠
七世代增加許多生態上的描述，除了爆焰龜獸之外，還有地鼠，圖鑒描述中也有關於「糞便」相關內容：
地鼠的「下半身」一直都是一個「謎」，但是「糞便」應該是比較常見的 ，而且可以用作肥料，簡直是松土和施肥一條龍服務……
Pokemon世界的「寶可夢糞便化石」
寶可夢的「排泄行為」可以用「自古以來」這個詞來形容，至少很早的時候，寶可夢應該已經「演化」出排泄這個功能了， 而且糞便的形狀，我們可以透過出土的化石中看到 ，其實形狀上與一般的動物糞便也沒有太大差異……
在「大峽谷」中，小茂曾經挖出過一個化石， 經過專家鑒定，這就是寶可夢的糞便化石 ，至少很早之前，寶可夢的糞便就一直存在了……
寶可夢漫畫中的「糞便」：【特別篇】&【皮皮傳】
雖然，Pokemon漫畫屬於「內容授權」形式，而且因為創作自由度高，所以不太適合用於世界觀設定。然而，實際上，在「寶可夢有無糞便」情況中，兩個最「長壽」的漫畫均采取了與官方遊戲、官方動畫設定一致的情況：
【特別篇】中，莎菲雅就會透過寶可夢的「排泄物」的味道，判斷寶可夢是否生病，以及身體情況如何，漫畫中有充分的表現……
而【皮皮傳】（一譯為【寶可夢：歡樂祭】），以「屎尿屁」梗和無厘頭搞笑充斥全篇，主角皮卡丘和皮皮「活寶二人組」，一直都是「排泄王」，可以參見以下回答：
所以，綜上所述，可以看出寶可夢的糞便一直存在 。而且不同媒體產品都「認可」（至少不排斥）這個設定，十分可貴， 基本可以定論，寶可夢的排泄行為，一直都有，只是很多時候，不「正面描寫」這些內容罷了。
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