1959年11月，開國大將王樹聲調任軍事科學院第二副院長，協助院長葉劍英、第一副院長粟裕工作。1967年，由於葉劍英和粟裕都受到了沖擊，王樹聲開始承擔起實際主持軍事科學院工作的重任。在此後的幾年裏，王樹聲頂住巨大的壓力，為國防和軍隊做了大量的工作。
葉劍英剛受到沖擊時，軍事科學院內的一個紅衛兵組織找到王樹聲，要他出具介紹信，以軍事科學院的名義外出調查葉劍英的「問題」。王樹聲聽後大怒：「你們外出調查我王樹聲，我馬上讓機關給你們寫介紹信。你們外出調查葉劍英，就是打死我，我也不會批準！」
對方見王樹聲正氣凜然，連忙灰溜溜地走了。
1969年11月，全軍進行整編，當時的總參謀長黃永勝聲稱軍事科學院攤子太大，人員太多，要「大砍一刀」，盡管王樹聲據理力爭，但仍有不少幹部的編制被砍掉了。
為了解決好編余幹部的安置問題，王樹聲決定向各個大軍區推薦幹部，他還親自來到了武漢軍區去做工作。由於王樹聲在軍隊裏的威望很高，再加上軍事科學院幹部的政治素質和業務素質都比較好，各大軍區都接收了不少軍事科學院的幹部，並給他們進行了妥善的安置。
70年代初，中央軍委決定由軍事科學院組織全軍修改我軍第一代戰鬥條令。王樹聲接到任務後，親內建領調查小組赴濟南軍區、南京軍區和福州軍區等所屬部隊進行了20多天的調研。當時正值酷暑，氣溫達到了38度，王樹聲的身體並不好，有人勸他去廬山休息，因為廬山涼快，王樹聲聽後大怒：「我這次來就是了解基層的真實情況的，去廬山怎麽調研？」
在王樹聲的組織領導下，軍事科學院與全軍各單位共同努力，對我軍第一代戰鬥條令和共同條令分批完成修改，並經中央軍委批準，陸續頒發全軍。
由於王樹聲領導有方，到1970年底，軍事科學院的工作基本上走向了正軌。1971年，葉劍英主持中央軍委工作，不再兼任軍事科學院院長，他考慮到粟裕和王樹聲年齡大了，身體也不好，便建議由宋時輪擔任院長。王樹聲對此十分支持，1972年10月22日，中央軍委任命宋時輪任軍事科學院院長，王樹聲任學院第二政委。
此時林彪雖然已經身亡，但以江青為首的「四人幫」野心卻日益膨脹。有一天，王樹聲來到京西賓館觀看京劇【龍江頌】，演出結束後，朱德、江青等人上台接見演員，江青竟居中上台，朱德只好側行，此時演員們高呼：「向江青同誌學習！向江青同誌致敬！」
王樹聲對此十分憤怒，他在回家途中大罵：「這個家夥，敢欺負朱老總，向她學個屁！」
還有一次，王樹聲到北京飯店7樓出席阿爾巴尼亞大使館舉行的國慶招待會，招待會結束後，他和李先念、姚文元等人一同坐電梯下樓。姚文元出電梯口時，為了討好王樹聲，主動伸出手來要和他握手，王樹聲卻不理睬，然後轉過臉去，只與李先念等人握手，弄得姚文元十分尷尬。
在回去的路上，警衛員提醒王樹聲說：「姚文元會恨您的。」
王樹聲卻說：「管他呢，王八蛋！」
1972年12月26日清晨，王樹聲的長子王魯光在前往工廠上班時遭遇車禍，不幸高位截癱。這對王樹聲的打擊非常大，因為王魯光的出生，實在是太不容易了。
王樹聲的妻子楊炬在懷王魯光的時候，正值中原突圍前夕，盡管王樹聲已經四十出頭，很想當爸爸，但他考慮到戰事緊急，還是對楊炬說：「戰事在眼前，我不能關照你，是場惡仗，我們還是放棄這個孩子，等條件好了多生幾個吧！」
楊炬同意了丈夫的請求，她買來打胎藥，每天吃好幾副，但肚子一直不見動靜。後來楊炬才知道，是警衛員看王樹聲好不容易有了孩子，不忍心扼殺這個小生命，就在煎藥時把最主要的兩味藥拿掉了。
楊炬的肚子一天天變大，部隊卻即將突圍，為了使部隊輕裝上陣，王樹聲決定把妻子先送到山東解放區去，楊炬為了不拖累部隊，只好告別丈夫，她在兩位同誌的護送下，歷盡千辛萬苦，於1946年9月抵達山東臨沂，兩個月後，她生下了王魯光。
王魯光從小到大一直很爭氣，品學兼優，是全家的驕傲。但誰能想到，就在王魯光剛剛大學畢業走向工作、並即將完婚成家時，竟會遭此厄運！
盡管王樹聲十分難過，但他還是說：「閉上眼睛，想想我們鬧革命以來，犧牲了多少同誌，我就想開了。放心吧，我頂得住！」當他聽說肇事司機是剛從部隊復員的戰士、缺少駕駛經驗時，便沒有追究對方的責任。
此後王樹聲依然照常上班，他也會在百忙之余到醫院探望臥床的兒子，鼓勵兒子不要灰心喪氣，要勇敢地與殘疾作鬥爭。有一次，鄧小平的兒子鄧樸方坐著輪椅來看王魯光，王樹聲鼓勵他們兩人說：「你們還年輕，黨和國家培養了你們，你們應該為黨和民族做一點事情。」
後來王魯光和鄧樸方一起，為中國殘疾人事業的發展作出了重要的貢獻。
正所謂禍不單行，1973年春天，由於長期超負荷工作，王樹聲病倒了，不得不住院治療，後確診為食道癌。楊炬得知以後，不禁大哭，王樹聲卻說：「癌癥有什麽可怕的，大不了去見馬克思嘛。有那麽多戰友去見了，也該輪到我了！」
到1973年年底時，王樹聲的病情越來越嚴重，醫生決定為他大量輸血，許多老下屬也都爭著要給他獻血，但王樹聲執意不肯，他說：「謝謝同誌們的好意。我反正就是這樣了，再也不能浪費眾多人的寶貴鮮血了！讓大家留著健康的身體，好好保衛國家，為黨、為人民工作吧！」
1974年元旦剛過，王樹聲已進入彌留之際，周恩來親自來到醫院探望，他緊緊地握住王樹聲的手說：「黨中央、毛主席了解你，你為中國革命作出了重大貢獻！」王樹聲聽了以後，淚流滿面，泣不成聲。
1974年1月7日9時57分，王樹聲不幸病逝，享年69歲。
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