谢邀。
被大蛇丸杀光了。
除了广大评论区提供的千手一族入赘或和广大民众通婚以外，我再补充两条。
一个是大蛇丸常年累月的暗杀。
一个是刻意安排的送死任务太多，导致千手一族的大范围死亡。
先说第一个。
大蛇丸暗杀或者说是捕获吧，捕获千手一族作为人体实验来源，这基本上可以说是板上钉钉的事情了。
原因很简单，首先大蛇丸做过千手一族的细胞融合实验，那最有可能与千手柱间细胞融合不排斥的肯定是千手一族的后代，这一点毋庸置疑。
哪怕从实验设计的角度讲，也要试一试千手一族的后代。
所以大蛇丸做实验的那六十个小孩里一定会有千手一族的人。
第二点，也是最重要的，大蛇丸迫不得已需要在木业找忍者进行人体实验，这一点是很蹊跷的。
首先大蛇丸没必要找木业的忍者，当时适逢乱世想做人体实验有的是国外素材，找自己村子的不仅会削减木业战力，而且最重要的是影响太差了，大蛇丸是有心思竞选四代目火影的，在这个敏感时期为什么要做这么愚蠢的事情？要知道哪怕愚蠢如团藏也知道在竞选期间维护自己的形象。
所以大蛇丸搞自己村子的忍者是迫不得已，一方面是后续剧情揭露了这是来自团藏的指令，背后有木业高层的压力，另一方面更深层次的原因是只有木叶的忍者才具备大蛇丸人体实验的血缘条件，那就只能是木叶的千手一族。
因为只有千手一族才能顶着团藏的压力将举报信息传递到暗部，也只有千手一族能让暗部压不下来这事逼的三代火影亲自出马处理这件事。
所以大蛇丸暗杀捕获千手一族的事情是板上钉钉的，至于我为什么说常年累月，是因为这个项目一直都没有停，并不是大蛇丸叛逃了这个项目就终止了。
一直到十六年之后的疾风传的时间线中带土还在说，大蛇丸一直与团藏有接触，并得出了千手柱间细胞能缩短止水别天神的结论，这说明最少直到宇智波灭族，大蛇丸都能算是团藏忠心耿耿的部下，最搞笑的是这个事宇智波鼬竟然知道，也就是说或直接或间接的，宇智波鼬参与过这个事情。
鼬叛乱以后是与木业高层单线联系的，其他人都不知道他的身份，他能知道这个事情只能是木业高层透露给他的，这个高层只能是猿飞日斩或志村团藏两个人二选一，但不管是谁，都说明了绞杀或者利用千手一族肯定是经过木业高层同意授权了的。
这也就是我说的第二点，利用战争手段刻意送死搞死了一大批千手一族的人。
代表人物就是纲手的弟弟绳树。
一个下忍跟着大蛇丸去执行任务被炸死了这本就是个极度魔幻的事情。
下忍怎么可能分配木叶三忍级别的任务。
这就相当于让木叶丸跟着自来也去潜入雨隐村，他不死谁死。
所以综上，如果让我来填我就从这两个方面把千手一族灭族的坑给填了。
