（多图预警~）
谢 @Damon @唐梦露 邀请~
勉强回答一下：
动画中的传说精灵很多都不止一只，甚至有一群，而且TV动画中联盟许可个人拥有神兽，并且参赛 。大多数传说中的宝可梦，都在动画、剧场版中反复出现，而且明确表示并非唯一，甚至有自己的「族群」，完全不是唯一存在的，也有部分是前后出现的两只明显不是同一个，所以，传说中的宝可梦在动画中一定程度上是比较「泛滥」的。
首先，是主系列TV动画中直接出现的多只神兽，例如无印篇的「洛奇亚母子」 ，在TV动画无印篇后期的城都联盟中，漩涡列岛篇就是围绕洛奇亚的剧情展开的：
在漩涡列岛，是有两只洛奇亚同时出现的，而且属于亲子关系，同时还有育雏行为。至少，在TV动画中，洛奇亚是有「繁衍」行为的，可以推测洛奇亚族群即使再稀有，应该也远不止一只。
同样地，在DP篇（珍珠钻石）中也出现了席多蓝恩，同样也是游戏中定点捕获，只有一只的传说宝可梦，然而并不怎么「稀有」，小智一行人遇到一只遇险的，被巡护员带回到了自然保护区，然而在联盟注册处，又遇到了另一只，显然不是同一只。
这些都是出现在TV动画中的神兽，并没有什么神秘感，也好像不那么稀有。
其次，就是电影世界观中真正「大量出现」的神兽们，比如时拉比和雪米等，主要出现剧场版中，证明游戏中的「幻兽」，在电影中都不是唯一的 。各个电影中都有类似的画面出现：
在【时拉比超越时空的遭遇】中，就在最后出现大量时拉比，连当时还是少年的大木雪成，都在感慨原来时拉比也有这么多伙伴，显然并不是只有一只。
而格拉西玳亚花园中，每年都有大量谢米出现：
这些都是传说中的宝可梦，有些还属于游戏中的「幻兽」，然而动画中，并不那么值钱，整个Pokemon世界中，至少有十几只到几十只的样子。
同理，盖诺赛克特也是一群一群地出现，因为最初他们就是被当做「军团」制造出来的：
还有就是初代剧场版【超梦的逆袭】中的超梦，和同样来自电影世界观后面的超梦，明显也不是同一个人（声音都不同），显然即使是人类创造出来的宝可梦，也显然不只是一只。
最后，就是横跨在TV动画和剧场版之间，多次出现的精灵，虽然是横跨电影、动画两条故事线，但是从种种侧面可以看出明显不是同一只神兽：
基拉祈在电影和TV动画中设定比较统一，每一次苏醒后都要经历千年的沉睡，而小智在法恩斯遇到的那一只，已经进入沉睡状态（时间大致对应TV动画的丰缘地区前期），需要1000年时间再度苏醒，然而在TV动画中，小智在合众又遇到了一只。
这显然并不是同一只，除非小智1010岁（这后来成为观众们口中的一个梗），不然小智是无法见证同一只基拉祈再一次苏醒并出现在世间，可以说这就是完全不同的另一只基拉祈，这样看来，基拉祈也不止一只。
同样在【破坏之茧】中（对应XY篇动画前期），哲尔尼亚斯（X鹿）为了「修复」伊菲尔塔尔（Y鸟）造成的破坏，也一度陷入了「休眠」状态。然而，电影上映后不久（应该是一个月都不到），在XY篇的TV动画中，尤莉嘉就再次「目击」了一只哲尔尼亚斯。
这显然也不是同一只，当然尤莉嘉自己也没啥记忆，但是出现的地点和时间显然暗示这和电影中的哲尔尼亚斯并不是同一只，即使在同一个地区，传说中的宝可梦可能都不止1个。
当然，还有很多情况是TV动画中的传说中宝可梦都不止一种颜色（显然不是同一只）：
TV动画中和剧场版，水君多次出现，小智刚刚来到城都地区，就立即「目击」了一次水君，同时城都地区的米那君也一直追寻水君的踪影，然而无论是小智在城都地区还是神奥地区遇到的「水君」，还是剧场版【时拉比超越时空的遭遇】中的水君，都是普通颜色的。
你即使认为上述三只水君（电影、城都、神奥）都是同一只水君，那么也和【幻影的霸者】中出现的「异色」（俗称闪光）水君不同，绝对是不同的两个个体。同时【幻影的霸者】中，还有「异色」的雷公和炎帝，与TV动画中以及【雷皇传说】、【结晶塔的帝王】中出现的炎帝、雷公，均有明显差别，显然都不止一只。
TV动画世界观中，传说中的宝可梦「泛滥」到不少训练师手中都有，并且拿来参加联盟大赛 。比如神奥地区的达克多，不仅仅有达库莱伊（噩梦神）还有一只拉提欧斯（蓝水督），后者在电影中死亡，而关都地区的道馆检查员乔伊，则有一只拉提亚斯（红水督），显然也不是亲吻小智的那一只。
所以，综上所述，TV动画世界观中（包含之前和TV动画共享世界观的电影），神兽从来都不是唯一存在的，而且似乎一点都不算「稀有」，不仅仅多次出现不同的个体，而且联盟竟然允许训练师个人拥有，肯定绝不是只有一只的。
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