（多图预警~）
勉强回答一下：
宝可梦「自古以来」就是攻击人类，且一度被认为时「危险可怕」的生物，这在游戏正作【宝可梦传说：阿尔宙斯】中就有明确刻画，而且在后续衍生作品（包括但不限于动画、电影等）也不断得到呼应和佐证，前后是统一的。
宝可梦自古以来就是「可怕的生物」：从洗翠地区开始
先不考证人类起源时期的情况，就人类文明发展到一定程度之后， 宝可梦这个名词出现后相当长的一段时间之中，依然被视为「可怕」的生物 。
这不仅仅是玩家/观众（包括我自己在内）的感觉，也是当世之人的「共识」， 无论是队长马加木还是拉苯博士，对于宝可梦很「可怕」这一点都深信不疑，调查组的人员无论新老，也认为宝可梦甚至是「野外」都很危险…… 洗翠地区人们的遭遇为我们提供了绝佳的人类宝可梦关系素材。
（顺便问句这作时间线官方设定的是在多少年之前啊，就顾着玩了，没太留意这些，请大神们不吝赐教）
野外的宝可梦会主动袭击人类 （虽然也有温驯的个体和亲近人类的宝可梦）， 但是野外人类遭到攻击时自古以来的常态 。尽管严格意义上，绝大多数宝可梦和人类似乎并不是「捕食/被捕食」的关系，但是被袭击应该是司空见惯的事情。
神奥地区的祝庆市——前身是洗翠地区的祝庆村——就是人类「抱团取暖」的产物 。祝庆村建立之初，很大程度上就是人类建立的「根据地」，设有各类宝可梦调查组和门卫，用以研究宝可梦，尽量减低潜在的风险。
Pokemon世界中的古人们大多都有在野外被野生宝可梦所袭击的经历 。比如小照曾经被电击击中失去知觉，人类很多时候都是要用血肉之躯去「扛」各类宝可梦技能的，古代的世界自然是比较危险的，所以出门要多加注意。
事实上，如果你「穿越」到古代，那么体验也大致如此，没有多少夸张成分 。尽管你可能并没有表现出多大恶意，甚至没有做出什么想要战斗或者收服的举动，只是想在旁边采摘一下树果、收集一下矿石或者看看风景，都会莫名其妙地被各种招式往脸上招呼……
可能是感受到了自身的领地遭到了侵犯，或者觉得自身的幼崽受到了威胁，或者感受到什么敌意， 或者说单纯就看你不顺眼，宝可梦就会直接攻击人类……
大家要明白，洗翠地区至少还有精灵球，虽然简陋，虽然不成熟，但是起码还能用，在精灵球发明之前，人类是直接将宝可梦称为「魔兽」的 。那个时候不仅仅人类日子不好过，而且相互之间关系紧张，宝可梦一旦被人类收服（无论什么方式），日子也会很惨。
野生宝可梦会连人类和其宝可梦一同攻击
野生宝可梦并不会区分「训练师」和「其他人类」，会「一视同仁」，直接加以攻击 。即使你觉得你自己很懂「宝可梦」，也曾与宝可梦朝夕相处甚至有自己的搭档，但是在宝可梦眼中并没有什么区别，都是人类，都有「袭击」的可能性，并不会有什么「区别对待」，该遭到攻击还是会遭到攻击，躲也躲不过……
即使你有搭档宝可梦，也会连同你的宝可梦一起攻击，而且是字面意义上的「围殴」，没有日后现代宝可梦对战中的各类规定保护 （比如不能下太重的手，不可勉强宝可梦上场等），而且野生宝可梦可是个个「不讲武德」，经常「以多打少」，而且丝毫不懂得「点到为止」，一旦人类（无论是否是训练师）也在野外遭遇宝可梦「群殴」，轻则伤筋动骨，重则……
有些事情到今天也是一样的，比如野生宝可梦对人类搭档宝可梦并无丝毫怜悯之意，会优先攻击 。直到现在精灵图鉴中，都保留了这样的描述。
以至于小智踏上旅途的时候，最初都是被烈雀们「围殴」（因为扔石头），同时也「连累」了皮卡丘 （当然后来因祸得福两人接下身后友谊），很多宝可梦（虽然不是全部）对人类自然谈不上有多少好感， 攻击人类更是常态，至今依然如此 。
所以，如果你生活在古代，正确的做法是出门尽量和门卫打招呼，一旦一去不归，也有人赶紧反映问题，派人增援 。即使在现代，也有很多人表示人类其实并不真正理解宝可梦的喜怒哀乐。而当代训练师中也有很高比例被自己饲养的宝可梦（不是野生）攻击的记录，人类被宝可梦攻击并不是什么「新闻」 。
即使当代Pokemon世界中，也不乏直接攻击训练师的案例
现代的精灵联盟，更侧重于在不伤害宝可梦和训练师的情况下进行「公平竞技」。 所以，实际上在道馆战、联盟大赛赛场上根本没有那种真正「战斗」，才会产生宝可梦不能攻击人类的错觉 。
这就是典型的和平年代的想法，真正战斗的时候，核心战术之一都是直接「控制」对方训练师，直接瘫痪对手有生力量 （精灵球中的宝可梦），而真的像道馆战、联盟大赛那种「公平竞技」的情况很难在实战中发挥出来：
即使是在当代，人类饲养的宝可梦，真正用来实战的时候，都不会忌讳对面是人类 ，这还是人类能够控制的情况下。就不要说野生宝可梦，根本没有什么竞技的观念，就是纯粹的动物行为驱使下，对人类能够保持多少理智。
所以，综上所述 ，宝可梦完全可以攻击人类，而且从古至今，从野生宝可梦到人类饲养的宝可梦，都存在攻击人类的行为 ，只不过道馆战和联盟大赛，一半出于培养训练师的教育目的，一半出于宝可梦对战的竞技目的，不允许这种行为发生罢了，真正宝可梦用于实战的时候，人类可能往往被宝可梦更先遭殃……
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