（最近更新08/21）3万字长文详细整理崩坏三时间线。
暂停更新：因学业繁忙，加之往世乐土剧情零散难以整理，故决定于2021.09.27开始暂停更新，希望各位谅解。目前更新至往世乐土第一部分剧情。恢复更新时间待定。期间可能会不定期回复评论区疑问。
本回答于2021年7月9日16:39因不明原因被站务删除，之前的收藏与赞，包括几百条回复与讨论均被清空。如果再次出现被删除的情况会考虑转其他平台更新。
欢迎关注我的专栏（可以当作已经停更）。专栏里有后崩坏书的专题解析（共十篇文章），以及几个任务的个人传记，欢迎查阅。
一点建议：
本编年史使用上帝视角叙述剧情， 剧透会影响游戏体验 。强烈建议亲自体验剧情和相关漫画和小说。本年表只按时间顺序记录主要事件，并不能详实的记录事件发生的动机以及人物感情，因此 如果没有看过原作内容可能会难以理解 。
注：
- 本编年史所依据的内容主要为 主线漫画、番外漫画、视觉小说、主线剧情（含动画短片） 以及 一部分编年史剧情 。部分漫画及设定已经被官方删除，这里不予深挖，如果后续官方删除有关剧情的漫画，本文也将一并删除有关片段。 不包含活动剧情。 漫画及视觉小说链接（视觉小说的游戏内奖励必须在游戏内进入才能领取）。
- 对于部分设定前后冲突，一般以发布时间靠后的为准（有例外）。对于有历史原型的部分，以游戏内为准， 请勿将游戏与现实混为一谈 。不排除部分设定被推翻的可能。 对于微调的设定可能不会随时修改。
- 由于崩坏3的团队成员受EVA（即日本动画系列【新世纪福音战士】）影响很深，在游戏剧情中时常可以看到对EVA中某些设定、概念或名场景的借鉴。虽然对EVA每个人都有自己的解读，但笔者认为崩坏3与EVA的有着相同的内核：想要表达「爱、感情与人性的力量」。因此崩坏3的一些剧情可能不能以普遍理性而论。
- 个人能力有限，如有纰漏还请见谅。欢迎评论并提出改进意见。
更新日志： 最近更新：07/09：主线第二十五章【点燃明日的火焰】加入。2010年事件略微调整。近期准备对文章内所有的错字及语病进行修改，并对表述不清或繁复的地方进行重写，可能会有若干次小更新，不会计入更新日志。
07/13：将主线剧情时间再次调整为2016年，保留了视觉小说与主线剧情的冲突。多出细节修改。
08/19：更新了部分往世乐土的剧情。但往世乐土活动中又大量未回收的饼，暂且略过。
08/21：细化了部分往世乐土剧情。
MAY ALL THE BEAUTY BE BLESSED.
零、 前文明纪元（约52000 B.C.）
（前文明纪元的故事没有明确纪年时间，仅按照时间顺序排序）
五万两千多年前 上个世代的人类已经发展出高度的文明，拥有共同的文化、文字和技术风格（应该是类似于两河流域的风格），分布在除了（现在的）美洲大陆之外的其他陆地上。
五万年前 崩坏诞生，在之后的时光中，崩坏随着人类文明的发展变得越发强大。整个前文明纪元的历史可以说就是与崩坏的抗争史。
前文明纪元对抗崩坏的组织： 逐火之蛾成立 。已知爱莉希雅和梅比乌斯是应该是最先进入逐火之蛾的。
崩坏现象的顶级产物律者开始诞生。大量的崩坏能聚集在某一个特殊人类体内，形成一个律者核心，使人拥有超越物理规律的力量。同时，崩坏能还会侵蚀这个人类的心智，使之成为崩坏对抗人类的最强手段。
第一律者 （理之律者）、 第二律者 （空之律者）诞生。第二律者的尸体曾被梅比乌斯私自解剖。
凯文和梅进入长空市千羽学园，凯文爱上梅。千劫和苏成为凯文的同学。这时候艺术家伊甸已经开始展露头角，凯文和苏还曾经看过伊甸的演出。
第三次崩坏爆发（波及范围遍及东南亚，至少包含了沧海市、长空市与天穹市），在这次崩坏中，在沧海市上大学的符华被女武神小队的队长Himiko所救（更详细的情况参见主线剧情），加入逐火之蛾。梅比乌斯找到梅进行谈话，因为梅愿意「为了人类更美好的未来与人类为敌」而引荐其进入逐火之蛾。凯文随同加入成为士兵。在此期间苏成为了医生，但感染了崩坏病，使用治疗崩坏病的药物（实际上是从一千名崩坏病牺牲者的血液中提取的血清，其中包含苏的前辈前辈法尔主任）捡回了性命，因为对治疗崩坏病的强烈信念被司帕希博士（逐火之蛾第五科学部的创建者，元老科学家）吸纳进入逐火之蛾。
注意：前文明的各个地点与本世代文明没有太多关系，可以理解为是一种轮回。同样的设定也出现在很多人物身上，比如前文明Himiko与本世代姬子（Himiko是「姬子」的日语罗马音）、前文明樱与妹妹铃对应本世代八重樱与妹妹八重凛、前文明梅（Mei）与本世代雷电芽衣（Mei是「芽衣」的日语罗马音）。但是符华（Hua）与凯文等人确实作为先行者从前文明一直活到了现代。神之键计划 启动，该计划的主旨是利用已被杀死的律者体内的律者核心制作武器，在一定程度上继承该律者的力量为人类所用。神之键的列表写在前文明史后面。然而这一计划无法被所有人认可，反对者派遣被人称为「勿忘我」的杀手（樱，隶属于另一个组织「毒蛹」）对梅进行了刺杀，凯文为保护梅负伤，刺杀失败。在从逐火之蛾得知崩坏会多次发生后，为了保护妹妹铃，樱加入了逐火之蛾。
三年后，人类已经击败 第三律者 （雷之律者）、 第四律者 （风之律者）、 第五律者 （冰之律者）、 第六律者 （死之律者）。
梅比乌斯私自对苏进行了融合战士手术，并以实验的成功作为筹码与已经成为逐火之蛾领导者的梅见面，由此梅比乌斯与梅开启了 融合战士计划 。该计划将适格者与崩坏兽融合创造出超级士兵。凯文（融合了帝王级崩坏兽帕凡提）、樱、爱莉希雅（融合了末法级崩坏兽大自在天）与梅比乌斯组成了最初的融合战士部队。
与崩坏兽融合将会产生诸多负面效应，随着被融合的崩坏兽的不而有所区别（比如爱莉希雅、梅比乌斯、樱身体上的变化，以及凯文低到可以在水面行走的体温）。另外，与崩坏兽融合后，其他人类对他们的排斥与歧视也是重要的负面效应之一。更进一步，过于强大的力量导致逐火之蛾也对他们有所提防。而且，融合战士计划有着更深的隐情，只有梅、梅比乌斯以及极少数进行过进一步手术的融合战士知晓。符华所属的第五小队队长姬子（Himeko）成为 第七律者 （炎之律者）一周内将澳洲化为火海。凯文战胜第七律者。大火燃起时，著名艺术家伊甸正在澳洲巨蛋内演出，幸存了下来，并进入了逐火之蛾。当发现在灾难中自己已经无法在舞台上扫除人们眼中的乌霾后，伊甸决定进行超变手术，成为融合战士。
第八律者 （意识之律者）诞生。它的能力是一种模因武器，人类只要看到它污染过的「词汇」或者「概念」，就会陷入沉睡。很快「逐火之蛾」这个概念被污染，组织内大部分成员陷入昏睡（融合战士千劫也在其列）。梅及时研发了「意识枷锁」，在看到特定关键词时进行过滤，但这种药物的有效期很短。苏被改造成精神感知型融合战士。前文明派遣了若干名「观测者」，主动进入梦境并寻找第八律者的踪迹。最终，苏定位了第八律者并将其消灭，苏的导师司帕希博士在背叛中牺牲。此时千劫已经加入逐火之蛾，并被第八律者拉入梦境。
为了让千劫成为制衡某场博弈的「劫财」，爱莉希雅将受到管制的千劫带到了「至深之处」，在哪里与一位精神感知型融合战士阿波尼亚战斗，后者用「戒律」封印了千劫的力量。（阿波尼亚：应该是后来的逐火十三英桀之一，「制约之人」。已经涉过冥河，无法以人衡量的存在，精神感知型融合战士。曾经在与千劫的战斗中负伤。是完成往世乐土不可或缺的人之一（另一个是苏））。
（漫画武装人偶）为了减少人类战士伤亡，武装人偶计划诞生。但因程序设计问题，武装人偶与人类产生冲突，后来被人类赋予更高权力并放归其自由。（这一部分是否可以并入主线目前存疑，下一段的武装人偶部分也是如此）
第九律者 （岩之律者或地之律者）引发的拟似黑洞破坏了大陆结构，吞噬了穆大陆，被凯文使用天火圣裁击败。穆大陆的部分碎片进入量子之海，位于穆大陆的空间装置海渊之眼沉入海底（海渊城）。武装人偶的国度被海渊之眼卷入量子之海，成为一个单独的世界泡。（后来薛定谔在量子之海中漂流时曾经来到这里）
第七律者觉醒半年后。 第十律者 （支配之律者、千人律者）诞生，最终被梅使用无编号神之键空白之键操控天火圣裁击败。该律者与其他律者不同，分为共计一千个能力较弱的律者，深度渗透了逐火之蛾，使后者遭受极大损失。千劫的副官伊默尔（L10-461）成为其中之一，其能力是极端弱化了的死之律者能力，无法轻易被杀死。其中的两百个个体（包含伊默尔）在P-21海域被凯文杀死。该律者亦产生了一千个律者核心，被制作成了量产型的众多神之键（轩辕剑）。利用这些神之键，梅比乌斯开启了使用 Meta-Morph制剂 （简称MM制剂）产生融合战士的计划，期望在绝望的逆境中有人能激活超编基因。
半年后，符华在对战迦尼萨的战斗中激活超变基因（可以看作融合了崩坏兽贝纳勒斯），掌握第十神之键之一的太虚之握形态。符华成为融合战士。这也许是第一个没有经过痛苦的手术就成为融合战士的例子。后来符华还通过了缓慢改造身体的 「神音」计划 。但也因此符华被梅比乌斯盯上，似乎强迫其进行了融合战士的进一步手术。
为了得到千劫身上神秘力量的谜团，梅比乌斯尝试使用各种手段企图让千劫成为融合战士。千劫也进行了MM制剂的实验，但是损毁了两百把支配之键后仍不能超变，被迫暂停。为了让千劫感受到绝望的逆境，甚至让其他融合战士与之对战，造成了融合战士的死亡，但仍然以失败告终。最终梅比乌斯对其进行了特殊的手术（融合了末法级崩坏兽非天），似乎造成了某种特殊的后果。手术后的千劫可以与凯文战斗而不落下风（甚至没使用神之键）。
关于千劫，又很多谜团尚未解开。他的力量可能来源于故乡的异常祭祀。苏曾经在他的精神世界里看到过一扇窄门（「窄门」作为宗教符号，一般意味着「仅有一人可以通过的永生之门」）。约四年后， 第十一律者 （约束之律者）诞生。该律者可以产生一块半径一百公里，其中剥夺崩坏能与生物电的结界，逐火之蛾的武器及融合战士在祂面前无力反击。梅命令融合战士作为炮灰进入结界自杀，用自己体内的崩坏能将约束之律者剥夺崩坏能的上限填满，随后华使用羽渡尘控制住约束之律者后由凯文使用天火圣裁击杀。千劫在战斗初期被结界影响失去战斗力，但苏进入了他的精神世界解开了戒律让他恢复了战斗力。逐火之蛾损失惨重，从土地上流出的鲜血被凯文冻结成暗红的海浪，该事件被称为「 约束的惨剧 」。此次事件结束后人类仅剩最后的的三座城市。
战斗结束后融合战士仅剩余十三人，合称「 逐火十三英桀 」。凯文来到「至深之处」强行带阿波尼亚归队。由爱莉希雅提议、伊甸出资、梅比乌斯提供技术、阿波尼亚与苏合力建造了「往世乐土」，将十三英桀的记忆复制保存。
逐火十三英桀：第一位·凯文；第二位·爱莉希雅；第四位·伊甸；第六位·千劫；第七位·苏；第八位·樱；第十位·梅比乌斯；第十二位·华。阿波尼亚应该也是其中之一，位次不明。在某个军事基地的三十三层，前文明融合战士樱的妹妹铃作为疑似 第十二律者 （侵蚀之律者）被关押。痛恨律者的士兵未经许可就杀死了铃，第十二律者觉醒，对军事基地进行了屠杀。被凯文击败后，第十二律者转变为拥有意识的网络病毒，控制了核弹发射井，摧毁了前文明仅存的三座城市，人类文明几乎断绝。樱无法接受这样的事实，在与之对抗的过程中重伤牺牲，梅借此将第十二律者封印在黑匣子中。符华使用神之键保护了基地内的大多数人。事后梅比乌斯私自打开了黑匣子并让其附着在华身上，但目的及后续未知。本次事件造成军事基地内15626人死亡，被记录在一块魂钢中流传下来，黑匣子亦流传于世。凯文向死去的樱发誓，人类一定会消灭崩坏。伊甸认为人类已无可能战胜崩坏，将往世乐土（黄金庭院）赠送给梅比乌斯。伊甸进行融合战士手术。
第十三律者诞生（无任何信息）。
第十四律者（终焉之律者）诞生，拥有对崩坏能的绝对支配能力。人类最强的八位战士（包括凯文和符华）在月球与之决战，梅使用月光王座命中终焉之律者，只使之流失了2%的崩坏能。解除限制之后，以月光王座报废为代价也只使终焉之律者流失了30%的能量，作战失败。但部分溢出的崩坏（神）力量被月球暗面的装置封印。
梅将自己的研究转录进人类的DNA中，大大提高了幸存的前文明人类的抗崩坏能力。梅使用试管婴儿技术融合自己与凯文的DNA，诞生一名婴儿。月光王座技术被以较为原始的技术记录下来。梅牺牲。前文明的先行者（苍玄、丹朱、华、凯文和他的孩子、苏）进入休眠，等待引导下个文明对抗崩坏。而伊甸作为则认为自己属于她的时代，选择留下。前文明纪元终结。
前文明的人类传承计划：
- 方舟计划：一艘离开太阳系，寻找新家园的太空船，上面载有地球基因库。
- 火种计划：由苍玄、丹朱、符华进行，向本世代文明教授超前知识。
- 恒沙计划：由苏进行使用第二神之键不断观测其他世界线，寻找一种人类战胜崩坏的结局。
- 圣痕计划：开始时由苏进行，但后来凯文要求由自己进行。最后的王牌，以牺牲绝大多数（千不存一）人类为代价，筛选出有崩坏抗性的人类，从而战胜崩坏。
- 监察者计划：由苏负责，为了防止凯文在不必要的情况下开始圣痕计划，梅安排SU在必要时刻使用第二神之键第一额定功率封印凯文。
先行者约定每隔一段时间（十年）就会聚集在一起（英国泰晤士河底907号避难所），交代传承计划的相关事宜。（详情请见本世代的五世纪末）
前文明纪元的遗产：
1. 圣痕：由梅转录的DNA形成的圣痕，可以增强抗崩坏能力，并在人的背后凝聚成图案，但是在无数年后，圣痕基因被不断打乱，普通人体内的圣痕力量不断减弱（后来世界蛇组织就试图唤醒这种力量）。在某些设定中，历史上著名人物也会用某种方式留下自己的圣痕，这种圣痕的力量很强大。此外，天命还通过活体实验的方式制造人工圣痕，以牺牲无辜试验品的生命为代价进行量产，供给女武神部队使用（本世代第二律者就是其中的一个试验品）。
2. 圣遗物：第三律者诞生之前用来对抗崩坏的利器，由律者核心的残片驱动。目前被天命发掘出五把（2nd、3rd、5th、7th、11th）。（此设定已经逐渐被弃用）
3. 神之键：前文明第三律者诞生之后用来对抗崩坏的利器，使用律者核心本体驱动。
4. 幽兰黛尔（圣剑）：在前文明纪元覆灭前的百年之内，一个禁欲系社团制造的机器学习装置，可能是因为由魂钢制成的原因可以化身为宝剑。在休眠之后来到了当前文明，曾经成为罗兰的圣剑，目前为幽兰黛尔持有。
5. 月光王座：月光王座技术被以较为原始的技术记录下来，被本世代的古人类转写成死海文书。该技术的主要「原理」是将崩坏能转化为其他形式的能量，从而使律者的能量流失。在设定中，能量不仅会被转化到这个世界。事实上，其中大部分能量会被转移到量子之海中，能量之大甚至拥有创世之力，可以在量子之海中形成一个世界泡（后来幽兰黛尔和丽塔在视觉小说中进入的世界泡）。
6. 魂钢：记录着大量前文明纪元信息，后来被天命垄断控制。有虚空万藏且垄断了魂钢的天命因此得以对抗崩坏。在设定中，魂钢是由无数极小的纳米机器人构成的装置，也正因如此，魂钢的形态可以进行变化。前文明纪元还在多个位置留下了记录着前文明科技的魂钢球形计算机，由先行者苍玄管理，以便延续前文明科学技术。
7. 月之暗面：月球暗面存有关于封印崩坏能的技术的魂钢，以及被前文明纪元封印的崩坏（神）的力量。
8. 武装人偶：设定较为混乱。一说是编入程序的魂钢核心与武器结合而成的自律战斗兵器，后来被人类放权，进入量子之海的世界泡中生活。在另一种说法中，凯文曾经将自己百分之一的力量化为武装人偶，守护第二神之键。
一、 本世代文明前期（约2500 B.C.至A.D. 1952）
先行者苏醒。凯文自称卡斯兰娜。符华、苍玄和丹朱来到了神州，成为神州的守护者，教授本世代文明超前的知识，并保管量子计算机。约公元前2500年 ，SU开始使用第二神之键观测其他平行世界（虽然没有明确说明，但是SU的后裔很可能就是阿波卡利斯家族）。
公元前2177年 亚洲南部第一次出现被崩坏感染的动物，被姬麟消灭。
在此期间，姬麟手持轩辕剑与邪兽蚩尤战斗，苍玄和丹朱牺牲自己将蚩尤封印在九幽之地，但姬麟也一同被封印。一年后，姬麟的爱人连山前来立碑纪念。在漫长的岁月中姬麟逐渐黑化。（在游戏外传中，休伯利安一行人后来找到了九幽，不小心破坏了封印，击败了黑化的姬麟，解脱了她漫长的痛苦，并用休伯利安主炮杀死了蚩尤。）
约五世纪末 英国泰晤士河底907号避难所，人类传承计划的执行者聚集在一起。方舟计划宣告失败：本应在十五年前发回消息的方舟至今杳无音讯。符华的火种计划宣告失败：向新人类教授超前的知识将会导致崩坏提前到来，催生强大的崩坏兽。SU的恒沙计划毫无成果：至今没能找到一个符合条件的世界线。凯文企图开始圣痕计划，但是被SU阻止。虽然凯文接连击破了SU使用的伊甸之星和黑渊白花，但最终被第二神之键第一额定功率「视界反演」所封印。凯文的追随者随后形成了极端反崩坏组织世界蛇，等待凯文（尊主）回归。
约七世纪 盛唐时期，苍玄之书失去能源，赤鸢仙人孤身一人。符华的性格变得逐渐孤僻，火种计划的失败使得她对于超前技术极度敏感，在漫长的岁月中不断讨伐「走火入魔」之人（也就是被崩坏侵蚀的人），并且严格限制前文明技术的使用。
约十世纪 第十二神之键黑匣子以紫色盒子的形式落入天命手中，金色盒子形式的第一神之键不知何时以「从亚洲带回来的舍利子」的名义供奉在阿波卡利斯家族的圣堂中。
约十四世纪 崩坏兽再次出现在欧洲，天命已经初具规模，组建骑士团并研发武器。崩坏转为黑死病的形式肆虐。
1440年 林朝雨出生。
1446年 九幽遗族企图复活远古邪兽蚩尤，被赤鸢真人挫败图谋，并带走了失去父母的林朝雨。
1453年 卡莲·卡斯兰娜出生
1455年 苏湄出生。
约1457年 奥托·阿波卡利斯出生。
1456年 圣火教教主阎世罗在莲花大会击败三派掌门。
1458年 赤鸢仙人开宗立派，收林朝雨（持有轩辕剑轻尘柳，江湖人称轻尘剑，后成为新太虚剑派掌门）为大弟子，收苏湄（轩辕剑无双）为二徒。
1461年 赤鸢仙人讨伐阎世罗，收第三徒江婉兮（轩辕剑风清扬）、第四徒江婉如、第五徒凌霜（江湖人称无上自在）。（根据主线第21章的暗示，凌霜很可能觉醒了圣痕）
1466年 卡莲的父亲在战斗中使用天火圣裁而死。奥托第一次接触第一神之键虚空万藏。
1467年 赤鸢仙人收第七徒秦素衣（轩辕剑墨染香），江湖人称染香剑。（第六徒马彦卿入太虚派时间未知（轩辕剑赤绝影，江湖人称百里逐驹，后改名马非马））
1469年 卡莲成为女武神部队队长
1470年 黑死病肆虐，天命以保护为由介入欧洲各国政界。奥托研制黑死病解药，解救埃莉诺·沙尼亚特，后者成为女武神。
1472年 八重樱献祭妹妹八重凛。
1475年 天命东征神州，在钦察草原展开决战，不敌大明。遂使用崩坏能武器并派出卡莲。赤鸢仙人迎战并击败卡莲。天命损失惨重，发行赎罪券，引发民怨。
1476年 赤鸢仙人被七徒联手杀死（主谋为二徒苏湄，原因符华想要杀死被崩坏侵蚀的四徒江婉如），民间认为仙人霞举飞升，太虚山失火，七徒星散，二徒苏湄在南疆创办无双门。（紫鸢篇）：卡莲化身怪盗第六夜劫富济贫，意外发现了维克多府邸的第十二神之键紫盒子试验。在行侠仗义的过程中还救下了煽动革命的莎士比亚。埃莉诺参与紫盒子试验，却被侵蚀律者所侵蚀失去理智，卡莲和奥托联手将其击败。卡莲封印侵蚀律者。同随后卡莲偷走封印侵蚀律者的盒子来到神州，发现太虚山已成废墟，后来来到极东之地，被八重樱发现。奥托得到第一神之键虚空万藏。
1477年 （绯樱篇）：八重樱被侵蚀律者侵蚀，成为拟似律者。被卡莲使用空投的第十一神之键犹大的誓约击败。同年卡莲抓回天命。古堡议会（与天命争夺权力的议事机构）大肆宣扬卡莲的罪行，作为卡斯兰娜家最后的血脉，古堡议会准备处死卡莲以摧毁天命的一角。另一方面，阿波卡利斯家族的尼克拉斯主教（奥托父亲）为了控制卡斯兰娜，同时避免天命被削弱力量，准备让奥托与卡莲成婚，并让奥托继承主教之位。但是卡莲拒绝成为主教的棋子，一心求死。在执行绞刑的过程中，奥托释放崩坏兽引起混乱试图带走卡莲，但卡莲为了保护平民被崩坏兽杀死。（此次事件意义重大，直接导致了奥托以利用死之律者复活卡莲为第一目标，多次消极作战）
1478年 林朝雨与马彦卿成婚。
1479年 赤鸢第七徒秦素衣重返江湖，与「川公子」李绅成婚。
1481年 秦素衣诞下一女李素裳。
1486年 李素裳前往漠北拜赤鸢第五徒凌霜为师，学习太虚剑法。
1490年 金沙帮成立。
1491年 「老鹰」称为金沙帮帮主，金沙帮称霸大漠。
1496年 赤鸢仙人苏醒，精神分裂（脑内出现林朝雨年轻时的幻影），开始寻找二十年前的真相，杀一徒（秦素衣）。林朝雨面见苏湄，得知师傅未死。苏湄派马飞马告知凌霜。李素裳功成，前往金沙帮试剑，见到了「罗刹人」奥托和疑似装着卡莲遗体的棺材（应该是来找赤鸢仙人复活卡莲的）。李素裳对战老鹰，在罗刹人的暗中帮助下重伤得胜，被罗刹人用黑渊白花治疗。奥托随李素裳找凌霜复命，半路遇到马非马，李素裳被其重伤，奥托与其战斗，但掌握虚空万藏不久的他脱力败北。马非马将两人送回凌霜处。凌霜仅用一竹竿便大败马非马。
1497年 第一位记录在案的沙尼亚特家族成员出现。
1887年 符华出现在英国，与柯南道尔医生拍照合影。
1934年 芙蕾德莉卡·尼古拉·特斯拉出生
1938年 丽瑟尔·阿尔伯特·爱因斯坦出生
1946年 8岁的爱因斯坦结识同盟国柏林城防司令部心理咨询处的卡尔·古斯塔夫，进行心理辅导。认识古斯塔夫的表妹艾玛·普朗克，并跟随他去普林斯顿大学学习。
1947年 南希·托马斯·阿尔瓦·爱迪生以欧洲复兴计划为交换，建立天命北美支部。
二、 第一次崩坏及其余波（1952.01.01至2000.01.31）
1952或1953年1月1日 第一次崩坏（柏林崩坏） ，后来被叫做瓦尔特的人成为唯一的幸存者。古斯塔夫牺牲。参与作战的女武神中只有玛莎·莉莉·雅各布斯幸存。瓦尔特作为疑似律者被天命带走进行试验，编号Ω1。
1955年1月1日 柏林崩坏中幸存的女武神莉莉自杀。
1955年10月2日 瓦尔特来到帝国研究院第42研究室，见到特斯拉和爱因斯坦，被取名为瓦尔特·乔伊斯。
1955年10月3日 在图书馆认识古文字专家，丹麦人埃里阿斯·诺基安维塔宁。收到薛定谔的邀请前往蒙大拿。在纽约转机时认识天命女武神（持有黑渊白花）蕾安娜·布里甘缇亚。天命送给丹麦人一份死海文书。
1955年10月5日 到达美国黄石公园野鸭湖的前文明遗迹。结识爱迪生。在遗迹内发现了失踪的魂钢以及一条指向伦敦德里（处女城）的线索。
1955年10月30日 登上伦敦德里城墙，找到一条指向国家美术馆的线索（【简·格雷小姐的处刑】）。
1955年10月31日 来到国家美术馆找到画作，从画作表面提取魂钢。带回实验室交给前文明纪元留下的计算机艾妲进行分析。
大约这个时间点附近，丹麦人从死海文书中发现了将可控转化崩坏能的方法（但被奥托恶意篡改）。
1955年11月1日 在爱迪生大厦地下实验室，基于死海文书中的内容，月光王座计划启动。爱因斯坦等人来到滨海绍森德小镇度假，遇到符华。瓦尔特第一次接触奥托，奥托劝说瓦尔特做自己的接班人被拒绝。
1955年11月23日 魂钢破译完成，发现一条指向列克星敦和自由之路的线索。
1955年11月24日1:00 三人来到自由之路，得知了前文明纪元第十二律者屠杀军事基地的往事。在列克星敦得到了第九神之键伊甸之星。与此同时，爱迪生实验室中，月光王座计划因为奥托篡改数据而失控，纽约地震。薛定谔被崩坏侵蚀失控，找到瓦尔特并唤醒了他的律者能力。6:45，三人在前往纽约途中遇到蕾安娜。11:00，三人在纽约海滨遇到奥托，普朗克、度假村老板娘玛格丽塔·阿耶特和丹麦人的儿子约阿希姆赶到， 感恩节事变 爆发。最终，丹麦人被杀、爱迪生为控制失控的崩坏能量牺牲、薛定谔量子化、蕾安娜被重创，黑渊白花沉入大西洋（不知何时被天命收回）、瓦尔特为保护平民牺牲，并将律者核心传给约阿希姆，约阿希姆成为第二代理之律者，自称瓦尔特·杨。北美支部因此脱离天命， 逆熵成立 。第一次崩坏事件结束。
但是根据主线剧情第二十二章相关信息的推断，逆熵应该成立于1957年而非1955年，主线与视觉小说设定有冲突。1959年10月7日 苏联发射的探月卫星月球三号发回月球背面的照片。
1969年10月20日 阿波罗十一号载人登月，一个月后天命飞船登月。
1972年 齐格飞·卡斯兰娜出生（具体日期不明）。
1972年3月28日 奥托制造A-310复制人德丽莎·阿波卡利斯。
1973年12月24日 德丽莎初次作战，战胜帝王级崩坏兽帕凡提。
1977年11月24日 爱迪生的通用公司重组为ME公司，瓦尔特·杨回到逆熵。
约1978年 齐格飞15岁，离家出走四年。
1991年 19岁的齐格飞遇到了塞西莉亚·沙尼亚特。后者在护送武器前往第二实验室的过程中被瓦尔特和爱因斯坦袭击。齐格飞陪伴塞西莉亚并产生感情。塞西莉亚被带回天命。
1993年 奥托同意让齐格飞和塞西莉亚再会，并诞生了让两人的卡斯兰娜和沙尼亚特血脉融合的计划。
1995年10月4日 阿拉哈托（重装机甲）计划完成，一共生产了5架。（该计划为了募集资金，发行了同名动画并大受好评，齐格飞深受动画影响）
1996年3月1日 丽塔·洛丝薇瑟出生。同年，雪狼小队成立。
1997年4月13日 雷电芽衣出生。
1998年 塞西莉亚怀孕，雪狼小队短暂解散。12月7日，琪亚娜·卡斯兰娜出生。
1999年 芽衣母亲因癌症去世。
2000年1月1日 比安卡·阿塔吉娜出生，此时的她还没有得到「幽兰戴尔」的称呼。（真正的生日不明，这时资料上的信息）
三、 第二次崩坏及其余波（2000.02.01至2014.02）
2000年2月1日午夜 第二次崩坏（西伯利亚崩坏） ，西伯利亚的巴比伦实验室中，一位被用于活体圣痕试验的女孩西琳成为第二律者（空之律者）。实验室内322名研究员消失。
2000年1月2日 天命和逆熵双方得知第二次崩坏爆发。11:52德丽莎抵达巴比伦塔与雪狼小队成员帕特里克·海史密斯（逆熵卧底）回合。深夜12点，两人进入巴比伦塔内的崩坏能反应堆调查，第二律者出现击败帕特里克。
2000年2月3日 帕特里克逃出巴比伦塔，向逆熵瓦尔特传达情报。齐格飞和瓦尔特到达巴别塔下，双方结盟。西琳吸收反应堆的能量后传送到17公里外，德丽莎使用犹大索敌模式追踪其下落。在齐格飞瓦尔特联手击败阿湿波后，一二律者第一次对战。爱因斯坦使用银色子弹（原子弹），被西琳传送至地下，瓦尔特使用伊甸之星产生拟似黑洞试图吞噬西琳，但奥托出现，偷袭瓦尔特，放走了第二律者。齐格飞及时赶到，阻止奥托杀死瓦尔特，两人回到巴比伦塔疗伤。西琳来到月球暗面，找到了前文明纪元封印的崩坏（神）的力量，得到四颗律者宝石，并使用月之暗面的遗迹以陨石的形式攻击地球上的大城市，威胁瓦尔特前往月球。
2000年2月9日 瓦尔特向齐格飞说明自己的计划。逆熵在陨石内的魂钢中发现了封印崩坏的技术，瓦尔特准备自己拖住第二律者，让齐格飞收集魂钢。
2000年2月10日 齐格飞遇到了为逆熵工作的雷电龙马（雷电芽衣的父亲）。瓦尔特告知齐格飞若自己不敌第二律者，要齐格飞放弃自己独自返回。当日深夜，火箭载着阿拉哈托升空。
2000年2月12日 到达月球，一二律者相遇，齐格飞利用黑洞的相对论效应成功拖延了一个小时后落败，企图引爆自己的律者核心未果，第一律者核心被西琳吸收（但瓦尔特死前将自己的意识混入了西琳的核心）。齐格飞收集魂钢完成。当日12:05，第二律者回到巴比伦塔，12:20，巴比伦塔沦陷，雪狼小队莎乐美和帕特里克牺牲。巴比伦塔方圆百里出现大量崩坏兽。
2000年2月14日 9:10，风之旅者在芬兰奥卢出现、12:10，死之律者在俄罗斯新西伯利亚出现、16:30，炎之律者在哈萨克斯坦阿斯塔纳出现。摧毁的城市增强了西林的力量。波兰白俄边境，雪狼小队成员程立雪（符华徒弟）解救被围困的尼古拉斯，所有天命A级以上女武神（包括塞西莉亚）集结。奥托告知德丽莎犹大第零额定功率可以短时间中和崩坏能。
2000年2月15日 奥托战前动员。齐格飞用卡斯兰娜血脉解密魂钢，看到了上文明纪元的终焉之战。
2000年2月16日 12:00，探查死之律者的女武神琥珀（奥托秘书）落入下风，被奥托用拟态黑渊白花解救。奥托试图使用拟态羽渡尘和虚空万藏进入死之律者的意识，却发现死之律者核心是假的。同时，程立雪使用第十神之键之一的若水在钦察草原对战炎之律者落败，被符华使用羽渡尘解救，化身炽翎击败炎之律者，炎之律者被西琳回收。14:00，雪狼小队成员时雨绮罗与塞西莉亚设计，用黑渊白花击败风之旅者。齐格飞在魂钢中见到凯文，唤醒了崩坏兽中的帕凡提基因，齐格飞短暂失控。
2000年2月17日 最终决战开始。天命使用重型武器地毯式打击西伯利亚，可可利亚被塞西莉亚救出轰炸区。塞西莉亚和齐格飞各自率领小队搜寻。奥托和程立雪找到第二律者，符华将其击败，并使用羽渡尘控制其意识，奥托进入西琳意识寻找复活卡莲的方法失败。第二律者失去控制，符华燃烧羽渡尘试图一举杀死西琳，却被崩坏意识阻挡，符华重伤失忆。程立雪拖延西琳牺牲，奥托带走符华。
第二律者得到了羽渡尘碎片，抓走了塞西莉亚和齐格飞，试图制造噩梦折磨两人，却因为不了解羽渡尘的使用方法创造了美满的梦境。在梦境中，西琳再次感受到了母爱。与此同时，时雨绮罗和尼古拉斯与贝拉（贝纳勒斯）同归于尽，贝纳勒斯拟似律者核心破裂，时雨绮罗进入量子之海。西琳震怒，想要在梦境中杀死塞西莉亚和齐格飞，被瓦尔特解救。同时，爱因斯坦使用阿拉哈托改造的月光王座削弱西琳，两人趁机逃脱幻境。
阿拉哈托分离了雷之律者和空之律者的核心，大大削弱了西琳的力量。德丽莎塞西莉亚齐格飞汇合，进入第二律者空间。齐格飞被无限回廊困住。德丽莎使用第零额定功率压制西琳并将其刺杀，但死之律者核心修复了心脏拯救了西琳。凯文出现并指引齐格飞逃出无限回廊，并救出了德丽莎和塞西莉亚。齐格飞的崩坏兽血脉活化，失去理智追杀西琳，取出了西琳的无限回廊盒子，剥离其死之律者核心。
空之律者能力失控，崩坏能扩散（感染了渡鸦和她的哥哥），塞西莉亚释放沙尼亚特家族圣血解放黑渊白花中和了崩坏能，齐格飞使用天火圣裁劫灭形态击杀西琳，留下四块碎片。奥托忌惮齐格飞的力量，发射崩坏裂变弹将西伯利亚夷为平地，杀死了塞西莉亚，齐格飞侥幸逃脱。
后来，奥托宣称是塞西莉亚让自己发射裂变弹，掩盖事实欺骗德丽莎，第二次崩坏结束。空之律者留下的五颗律者核心中中，逆熵取得了其中一颗（雷属性征服宝石），并最终被雷电龙马安置在雷电芽衣体内。天命取得了剩下的四颗（空之律者核心、死属性静谧宝石、风属性渴望宝石、炎属性疾疫宝石）。瓦尔特重伤，开始了数年的恢复，在美国加州理工大学担任爱因斯坦的助教。
2000年 无量塔隆介（姬子的父亲）出任圣7308研究所所长，主导第四神之键的修复工作。在万年的时光中，第四神之键进行着地球的修复工作，在耗尽能量后漂浮在太空中。这次修复的目的是为了修复被第二次崩坏摧毁的西伯利亚。在任职期间，隆介利用自己的职位从贝加尔湖中打捞出了前文明方舟计划的图纸，获得了先进的宇宙航行技术。隆介的妻子在此期间病重，但隆介却在工作和陪伴妻子之间选择了前者。后来，研究所的飞船开发计划被终止，而隆介的梦想就是寻找其他文明，学习对抗崩坏的线索。在隆介受到双重打击时，外星文明「修格斯」的一员「薄荷糖」与他接触，隆介接触外星文明，成为适格者。
修格斯：古老的外星种族，现任长老是金平糖。很久以前，为了对抗崩坏，使用全部的科技力量和律者核心建造了「外之键」——一座战争堡垒。在天上之人入侵后，修格斯舍弃了肉体，将意识保存在外之键中，不断跳跃到其他星球避难。而修格斯本身的力量与外之键合在一起，成为了一座空间维度武器。修格斯的两条戒律是：不让其他种族发现（保护自身）以及停滞发展（避免崩坏随文明发展而增长），借此找到了一种微妙的平衡，从而得以生存。天上之人：古老而强大但科技水平粗糙的外星文明。信奉文明扩张与毁灭战略。对于其他文明，首先使用斥候星收集情报，发现合适的目标后，前线基地会派出大部队收割被盯上的文明，将其彻底毁灭，并收集文明产生的崩坏能为自己所用。最近的时光中，天上之人的科技水平继续提升，创造了可以操控生物神经系统的「恋人」，从而转换了侵略方式，改为使用「恋人」操控其他文明生物，使其成为奴隶。更多关于天上之人与修格斯的故事，将会在2005年的第四神之键事件中讲述。而天上之人也是更远的将来【后崩坏书】的大背景之一。
2000年8月19日 布洛尼亚·扎伊切克出生。
2000年10月18日 希儿·芙乐艾出生。
2002年 无量塔姬子报考美国加州理工大学航天动力学院，由此结识作为老师的瓦尔特。
2004年 芽衣被恐怖集团绑架，因为心理创伤在ME社私立机构静养三年。次年，芽衣开始显现圣痕。
2005年 第四神之键事件 （漫画【异乡】）:为了拦截可能撞击地球的小行星（代号439），雷电龙马（逆熵）在新墨西哥州圣菲市布置了银色子弹与阿拉哈托，但最终虚惊一场。逆熵在撤离时暴露了阿拉哈托，外星人爱好者姬子得到消息以为是外星人现身，准备前去查看，危机最终被瓦尔特化解。事实上，这块陨石是「天上之人」的斥候星，天上之人的侦查机器「恋人」随之进入地球。
一份天命发来的演算显示地球周围出现了一颗新的卫星，并将其标记成第四神之键。随之而来的还有一份加密的视频。视频中，无量塔隆介声称天命一直隐藏第四神之键的消息并准备用它攻击逆熵，想要以第四神之键的钥匙作为交换，脱离天命并流亡到逆熵。隆介来到美国后，在学校内见到了自己的女儿和老师瓦尔特，瓦尔特从隆介的身上感受到了不输于审判级崩坏兽的威压。
爱因斯坦和特斯拉使用钥匙进入了第四神之键，然而奥托早已设下陷阱，第四神之键被控制后开始制造飓风攻击休斯顿。虽然特斯拉使用了隆介提供的紧急制动程序将第四神之键关闭了72小时。为了动用银色子弹将第四神之键击落，隆介与特斯拉前往新墨西哥州的发射基地。在基地内，隆介发现了被「恋人」操控的人。与此同时，爱因斯坦也通知瓦尔特来到基地了解了情况。
瓦尔特来到姬子家，想从隆介口中了解真相。隆介向瓦尔特表明了与修格斯有关的身份，并将瓦尔特带入了修格斯的世界（与此同时，隆介故意暴露自己的坐标，吸引天上之人对自己的女儿姬子出手，目的是借拯救女儿（学生）为由与瓦尔特在太空独处）。在那个类似于神之键的世界中，瓦尔特了解了天上之人行为，以及修格斯的过往。虽然没有完全相信，但瓦尔特决定与隆介结盟。从修格斯的世界中回来后，瓦尔特发现姬子在这段时间内被天上之人的侦查机器侵蚀，控制侵蚀进程的正是439号小行星。为了摧毁小行星，两人前往太空，瓦尔特使用理之律者的能力摧毁了小行星。
在隆介的心中，人类的脚步过于拘束。他认为留在地球上只能重蹈前文明的覆辙，最终被崩坏毁灭，只有集全人类之力投入到他打捞出的前文明飞船上，从其他文明学习对抗崩坏的办法才是唯一出路。极端偏执的隆介尝试说服瓦尔特，想要让逆熵全力与自己合作，但瓦尔特坚持守护人类的当下。失败的隆介对瓦尔特出手，接入了修格斯「外之键」的隆介得以操控高维空间的力量，一时让瓦尔特陷入下风。然而瓦尔特利用自己的能力解析了高维空间的构成，使用伊甸之星第三额定功率「奇点重构」将空间回归至诞生的原点，战胜了无量塔隆介，并摧毁了「外之键」的核心。
第四神之键事件结束 ，修格斯离开地球，无量塔隆介死亡，姬子从父亲的遗物中找到了天命的标志并最终加入天命。
约2006年 奥托多年来尝试融合第二律者和琪亚娜的DNA，在422次失败后，奥托冒险将空之律者核心移植进第423个实验体中，K423诞生（此处为推测的时间，具体时间存疑）。
2007年 丽塔在英国曼彻斯特的崩坏事件中被拉格纳·罗德布洛克解救，并受到影响从花匠成为女武神。
2009年5月2日 齐格飞叛逃天命，德丽莎为其掩护。琪亚娜被追回，但是K423被带走。（实际上琪亚娜本体一直被天命控制，游戏内主人公为K423，但是为了叙事方便以下均称为琪亚娜）
2009年6月21日 德丽莎请求调离天命总部，在极东支部建立圣芙蕾雅学园。
2009年 琪亚娜和齐格飞住在乡村。比安卡在法国的孤儿院认识了义务辅导员，格斗教官，女武神冲锋队队长拉格纳。
2010年冬天 琪亚娜体内的空之律者人格第一次觉醒。齐格飞被斩其断一条手臂。拉格纳带领的女武神冲锋部队中，除姬子因缺席幸存外全部被杀。比安卡成为这次崩坏的幸存者。在德莉莎的引荐下姬子进入圣芙蕾雅学园。（漫画多次暗示这次事件不同寻常，奥托复活卡莲的神秘计划也可能是在这次事件中诞生的）
2011年春天 姬子来到比安卡所在的法国孤儿院为圣芙蕾雅招生，比安卡最终进入总部接受训练。
2011年12月 最终齐格飞接受了琪亚娜的身份，称K423为琪亚娜·卡斯兰娜。
2012年1月 布洛尼亚狙击可可利亚却被后者抓获，结识希儿。次年，丽塔受主教委托结识并保护比安卡。
（以下内容为视觉小说【幽兰黛尔】的相关内容，如果用一句话总结的话就是 「比安卡在量子之海的一个世界泡中得到了一把NB的圣剑‘幽兰黛尔’（后来大家干脆用这个名字称呼比安卡），还把整个世界泡都装在了自己的身体里。」。 这部视觉小说内容较为杂乱且与主线关系不大，没有看过的话可能难以理解以下剧情，建议跳过。另外，在设定中，两人进入的世界泡时间流速与真实世界不同，所以以下使用相对时间。）2012年2月29日中午11:15-12:15 东北格陵兰国家公园1054号峡湾， 天命绝密行动lonely panthalassa开始 。丽塔和幽兰黛尔（比安卡）使用格尼乌斯进入量子之海中的一个混杂的世界泡，开始调查以太锚点。两人在一个小岛上遇到了遇到米格尔·德·塞万提斯·萨维德拉，一起猎杀深海怪兽利维坦。这时遇到了「两栖铁甲舰喀里多尼亚号」（潜水艇）以及上面的乘员：船长玛丽安·威廉·莎士比亚、机师詹姆斯·「吉米」·瓦特、水手长蕾拉·赛万达·赫拉（摩洛哥）、还有一位铁面人大副（其实是薛定谔）。潜水艇来到了直布罗陀，在那里两人第一次见到了阿斯加德之壁——一个一开始环绕欧洲大陆，随着时间的流逝逐渐扩张的崩坏能墙壁，在墙的内部，是崩坏的世界。
莎士比亚将曾经属于罗兰的圣剑幽兰黛尔交给比安卡，从莎士比亚口中得知，莎士比亚企图用幽兰黛尔破坏能量壁，但却导致幽兰黛尔上镶嵌的七颗宝石脱落并散落在世界各地。幽兰黛尔与比安卡产生了共鸣，指引比安卡寻找七颗宝石。一行人还解救了乘坐飞机失事坠海的德意志国第一战斗机联队联队长，曼弗雷德·阿尔布雷希特·冯·里希特霍芬。凭借着高速洋流，一行人来到了亚历山大港——一座处于科技落后年代却拥有神秘人工智能的城市。在这里大家解散，两人一组自由活动。
吉米和比安卡见到了大图书馆形而上学研究所所长泰勒斯·候·米利都斯，后者自告奋勇做两人的导游。在参观图书馆的过程中，吉米失踪了。比安卡和泰勒斯向馆长卡特琳娜·米开朗基罗·博纳罗蒂和侦探让娜·弗朗瓦索·商博良。凭借商博良的助手涅伊特的灵敏嗅觉，大家找到了吉米。原来，吉米被绑架到了浮士德的秘密研究所，18年前，浮士德因为使用人脑做实验被放逐，在一座硫磺湖下面建立了自己的秘密基地，在这里开发出了基于人脑的类似于超级计算机——四号机爱丽丝，只有浮士德自己知道如何维护。浮士德在不久前去世，基地内的人为了抢夺浮士德的成果，在混乱中开始杀戮，并被为了自保的爱丽丝杀死。吉米在这里见到了爱丽丝，对她深表同情，并教会了爱丽丝自我维护。
但是，浮士德为了报复亚历山大城，给爱丽丝设置了后台程序，尝试破解亚历山大的「网络」。就在这时，破解成功了，亚历山大城的自动及其陷入了瘫痪。薛定谔揭露了亚历山大的真相：所谓的人工智能，依靠的是蓝色的理智宝石。在城市管理协会会长雪莱的带领下，薛定谔使用理智宝石进入了爱丽丝的系统，结束了混乱。爱丽丝被带回进行审判，法庭对她网开一面，允许吉米和爱丽丝留在亚历山大，而蓝色理智宝石也回归幽兰黛尔圣剑。一行人为浮士德举行葬礼。
两人进入这个世界的第6天 铁面人大副揭露了自己的身世就是薛定谔，在量子化坠落的过程中遇到了幽兰黛尔，并迁跃到这个世界。一行人来到了尤卡坦半岛，岛上的人将比安卡看做战神。时值第十二纪元和第十三纪元之交，神使伊柯娜尔在祭祀中自杀，将小岛从旧的宗教传统中解放了出来。一行人又来到了南方的联盟，见到了大祭司艾斯德尔·查拉图斯特拉，后者向他们讲述了伊朗蛇王佐哈克和杯蛇的故事，并引出了自己的身世：她是山洞中巫女的文明产物创造的克隆体，试图使用格尼乌斯失败，被困在了这个世界。大祭司忌惮众人的力量，向他们发动了袭击，但是被圣剑杀死。在附近的池塘中，陨石后门的池塘里发现了昂立·加蒂安·贝特朗，背叛了拿破仑的法兰西共和国东方远征军上校。
从贝特朗的口中得知，1820年的新月之夜，一位印度巫师尝试使用格尼乌斯传送整块大陆，还交给了拿破仑崩坏制剂。是拿破仑发现并启动了阿斯加德之壁，被崩坏侵蚀的拿破仑野心膨胀，想用这种方式，使用崩坏的力量一统世界。而时至今日，唯一还有力量与之对抗的大国，是位于南美的印卡共和国。
一行人穿过加勒比海盆来到了南美大陆，在这里，见到了印卡共和国第三近卫军教导团团长罗兰·印卡，这个世界的罗兰。罗兰告诉一行人，在共和国境内的瓦卡隧道，可以直接通向墙的内部。从米开朗基罗的口中，比安卡得知了这个世界的本质：月光王座可以将崩坏能转化为其他能量，而这种能量不能直接释放。这个世界，就是前文明纪元的月光王座转移的崩坏能所形成的世界，而瓦卡隧道就是以太锚点本身。
在共和国首都，一行人见到了国防部长兼要塞司令安娜·查尔斯·达尔文、第一近卫兵团司令伊洛娜·德拉库列斯特、议长索菲娅·亨利·梭罗和超时空偶像时雨绮罗（持有金色自由宝石）。议长向比安卡透露了共和国的计划，并答应将全部的宝石都交给比安卡。比安卡前往拉帕努伊岛回收青色宝石，并解救了被宝石结晶化的真田幸村。回到共和国，圣剑吸收七颗宝石，反击计划正式开始。
完全体的幽兰黛尔圣剑拥有切割空间的能力，比安卡进入瓦卡隧道，使用圣剑将整块欧洲大陆切除并分离出去，共和国的舰炮齐发将整块大陆彻底击碎。商博良揭露自己的身份是虚数极性反转的拿破仑，是由拿破仑的信息碎片形成的，与真正的拿破仑同归于尽。剩余的崩坏兽的意识合而为一，侵蚀了罗兰，比安卡使用圣剑与之对战获胜，幽兰黛尔圣剑损毁。但是崩坏意识与以太锚点融合，世界开始崩解。薛定谔指导崩解的圣剑对世界进行反演，将整个世界反演到比安卡体内，以延缓世界的崩解。丽塔、比安卡、时雨绮罗、薛定谔启动格尼乌斯回到现实世界。
七颗宝石与圣剑和比安卡合为一体，比安卡也被称为幽兰黛尔，圣剑在被复原之后也乐得比安卡这样称呼自己。 天命绝密行动lonely panthalassa结束 。四年后，第二神之键被发现，天命试图将这个世界的反演基线连接到虚空之树上，以彻底将世界稳定下来。
2012年3月 希儿被绑架，被布洛尼亚解救。希儿里人格觉醒。
2012年年末左右 齐格飞失踪。
2013年8月 布洛尼亚被杏玛尔推下楼梯，希儿里人格向杏玛尔报仇。之后不久，在鄂霍茨克海底实验室，希儿接受X-10试验，被量子化。布洛尼亚同样接受试验，大脑以及双腿被侵蚀，希儿赠与布洛尼亚重装小兔19C。布洛尼亚双腿瘫痪，失去感情能力。
2013年11月16日 可可利亚嫁祸雷电龙马，雷电龙马因经济诈骗被逮捕。昔日因为雷电芽衣大小姐身份而对她阿谀奉承的同学因此事对她恶语相向，芽衣陷入低谷。
四、 第三次崩坏（2014.02至2016.07）
2014年2月 可可利亚在长空市千羽学园策划了人工崩坏 （第三次崩坏） ，芽衣体内的律者人格觉醒，律者人格初识琪亚娜。在琪亚娜的帮助下，律者人格并没有被崩坏意志操控。当律者人格企图跳楼自尽时，被琪亚娜伸手阻止。为此，律者人格将身体的控制权交还给芽衣。御三家进入圣芙蕾雅学园，芽衣害怕律者再次失控觉醒，在自己体内安放炸弹。
注：在早期的设定中（逃离长空篇），琪亚娜为保护芽衣而受伤，引发芽衣体内雷之律者觉醒。姬子驾驶战舰赶到，被芽衣重创。琪亚娜凭借卡斯兰娜家的力量手撕雷之律者的羽翼，唤醒了芽衣。但是笔者认为此设定与游戏主线剧情之间有所矛盾，应该是已经被抛弃的设定（虽然该漫画还放在IP站上）。上面对琪亚娜和芽衣的描述是根据漫画【逆熵入侵篇】以及主线剧情的相关设定扩写的，详情请参看漫画。2014年4月 长空市出现拟似律者由乃。八重樱出现在长空市。德丽莎对战由乃受伤，被八重樱所救。八重樱将律者核心交给德丽莎。德丽莎使用樱花的誓约击败由乃。（这一段设定疑似已经被抛弃）
（逆熵入侵篇）：琪亚娜进入虚拟空间训练，面对最终的BOSS齐格飞，化解了自己的心结。逆熵使用瓦尔特复制人瓦一特试图抢夺芽衣，却被觉醒的雷之律者击败。但不久因为体内炸弹的原因实力大减，琪亚娜及时赶到，芽衣为琪亚娜充能，化为雷电女王的月光。此时真正的瓦尔特出现，杀死瓦一特。
（恩返篇）：德丽莎被八重樱圣痕吞噬，芽衣进入圣痕空间解救德丽莎。德丽莎了解了八重樱的过往。芽衣封印侵蚀律者。
（月影篇）：在这个时间点附近，天命在第三研究所开始了对死之律者核心的活体实验。玛基博士的孙女琳在实验中死亡。玛基博士叛变，带着死之律者核心（静谧宝石）和崩坏能中和剂逃跑，可可利亚派来复制人瓦二特接应。奥托派符华和琪亚娜追查此事，来到新加坡。符华遇到了齐格飞，齐格飞告知符华可可利亚要利用静谧宝石在新加坡引发和长空市一样的崩坏。符华击败瓦二特，静谧宝石借琪亚娜觉醒，被符华用影骑士月轮装甲击败。静谧宝石被天命回收。
2014年7月 游戏主线开始。
在早期的设定中，漫画与游戏内容存在诸多矛盾，其中之一就是游戏主线的开始时间。虽然在主线第二章的设定中曾经提到过「十四年前的第二次崩坏」（也就是主线故事发生在2014年），但笔者研究后认为这应该是已经被抛弃的早期设定。实际上，只能确定当主线进行至第十章左右的时候时间是2016年之后。前九章的剧情发生在2014年或者2016年都不会产生矛盾。2021/06/26更新：根据主线剧情第二十二章「逆熵第60个成立日」以及「下个月4日是独立日」判断，主线第二十二章发生于2017年11月。
以下两个漫画故事发生在主线故事开始之后，为了排版规整暂且放在这里。
（雾都假日）：2015年秋天 幽兰黛尔陪同丽塔前往英国，奥托伪装成磷砂小队的苏莎娜一起前往。被世界蛇收买的大英博物馆馆长引导他们到拉格斯顿堡想要一网打尽。奥托与胡狼和渡鸦对峙，但即使渡鸦使用第三神之键也未能击败奥托。而后天命在泰晤士河上方发现了第二神之键，被凯文百分之一的意志形成的人偶所守护。幽兰黛尔战胜凯文人偶，带回第二神之键和人偶。
（传承）：第二神之键被发现后一周，天命开始了对第二神之键的试验。在实验过程中，幽兰黛尔被吸入量子之海，见到了负责恒沙计划的前文明先行者SU。SU企图利用幽兰黛尔的力量完成恒沙计划，但幽兰黛尔的实力超出了SU的估计，只能将她拖入幻境中进行考验，试图用幻境扭转她的意志。在经历了法身、报身、应身三重考验后（具体内容较为复杂，请阅读漫画），幽兰黛尔了解了前文明以及SU的过去，而SU在幽兰黛尔与丽塔身上看到了自己和凯文的影子。SU认为这个世代的文明有能力掌握自己的命运，能够战胜崩坏，自觉先行者的任务已经完成。SU将第二神之键的核心「须弥芥子」借幽兰黛尔之手转赠给奥托，自己则沉入了量子之海，进入了世界意志的领域（大彻大悟）。奥托使用须弥芥子，得以观测平行世界，继续寻找战胜崩坏（复活卡莲？）的方法。
五、主线剧情（2016.07至？？？）
第一阶段（第一至九章）
主线第一章（黄昏少女战舰） ：不明飞行物（月光王座）出现在沧海市上空，姬子指挥御三家（琪亚娜、芽衣、布洛尼亚）登上战舰调查。布洛尼亚在黑入机甲的过程中被溢出的崩坏能感染。布洛尼亚发现战舰的主控系统没有密码，且战舰风格具有明显的逆熵特征。在主控系统的一封邮件中，说月光王座终于在十四年后交还给琪亚娜，要她寻找四颗宝石。在使用琪亚娜的生日进入航行系统后，战舰驶向圣芙蕾雅学园。布洛尼亚失控，被琪亚娜芽衣压制。
四颗宝石分别是：征服的雷电（雷）、渴望的风暴（风）、静谧的死亡（死）、疾疫的烈焰（炎）。
主线第二章（梦境中的声音） ：回到学园，布洛尼亚进行全面身体检查，判定可能是月光王座的引擎对生物芯片产生了影响。女武神考试正火热准备中，符华为琪亚娜补课（游戏教学）。琪亚娜在梦中进入空之律者制造的幻境，告诉琪亚娜关于母亲塞西莉亚牺牲的故事。丽塔假借观摩女武神考试，前来观察琪亚娜。在最终考试中，空之律者暗中操作，模拟出迦尼萨（2012年在印度出现导致3位A级女武神死亡），被琪亚娜击败，琪亚娜短暂昏厥。丽塔回天命报告，奥托的计划进入实施阶段。
主线第三章（风色之诗） ：为了寻找四颗宝石，三人来到了新西兰的大洋洲支部。一天前， 新西兰发生崩坏（第四次崩坏） ，渴望宝石丢失。通过休伯利安的探测系统，三人找到了坐在轮椅上的温蒂。在三年前的实验中，不稳定的渴望宝石在植入A级女武神温蒂的腿部后稳定了下来，但是温蒂因此双腿残疾。此时的温蒂已经被渴望宝石侵蚀，但布洛尼亚感动了温蒂，使得温蒂并没有杀死三人而是逃走了。姬子将情况报告天命总部，派出了S级女武神幽兰黛尔，逆熵也同时行动。为了不让幽兰黛尔伤害温蒂，德丽莎广播了幽兰黛尔的位置，诱使逆熵其与交手拖延时间。三人最终找到温蒂，布洛尼亚本想再次感化温蒂，但是可可利亚突然出现，控制了布洛尼亚攻击温蒂。温蒂被重创，可可利亚又命令布洛尼亚绑架了芽衣。最终温蒂、芽衣、布洛尼亚全部被逆熵带走。琪亚娜独自回到圣芙蕾雅学园。
主线第四章（背叛是银色的微笑） ：得到情报称被逆熵抓走的温蒂、芽衣和布洛尼亚被关押在ME社总部大楼内。ME社本来是雷电芽衣的父亲雷电龙马所控制的公司，但是雷电龙马后来被可可利亚代表的激进派夺权，陷害雷电龙马，掌控了ME。ME大楼防守密不透风，但是布洛尼亚接入通讯，为琪亚娜打开了大门，却中了可可利亚的圈套。可可利亚命令布洛尼亚袭击琪亚娜，但布洛尼亚为了摆脱控制烧毁了自己的生物芯片，重伤昏厥，琪亚娜救出了芽衣和布洛尼亚，准备寻找温蒂。但是可可利亚早已杀死了温蒂，取出渴望宝石，安装在巨型机甲MSR-7天父上，却被琪亚娜等人击败，三人趁机逃脱。为了寻找救治布洛尼亚的技术，德丽莎进入了圣芙蕾雅学园的中央教堂，在那里，存放着天命最高的生物技术。
主线第五章（雪原重逢） ：在中央教堂的数据库中，大部分关于人体接入生物芯片的记录都与西琳计划有关，只有一条除外，而这也是奥托的诱饵。德丽莎进入了该条数据，被琪亚娜发现，也进入了 虚拟空间 。琪亚娜来到了虚拟的2000年2月7日下午三点，第二次崩坏的战场，见到了十四年前的德丽莎（然后是一段裂开来的穿越剧情），还有当时参与作战的齐格飞。齐格飞和德丽莎二人分开寻找第二律者，但德丽莎一行中计，遭遇被第二律者控制的天命直升机RPC-6626。将其击败后，德丽莎和琪亚娜火速支援齐格飞，但是为时已晚，齐格飞使用天火圣裁准备与第二律者同归于尽，但第二律者逃到了巴比伦塔内。赶到的塞西莉亚救下了重伤的齐格飞，母子二人在虚拟世界的巴比伦塔前重逢。
主线第六章（巴比伦的囚徒） ：母子二人进入虚拟世界的同时，奥托正在监视着这一切。奥托刻意创造机会，让琪亚娜体内的空之律者核心引导琪亚娜一步步沉沦。在空之律者核心创造的 幻境 中，琪亚娜看到了西琳被囚禁期间的日记，得知了巴比伦实验室活体实验的真相，还得到了那句咒语Ich liehe dich（德语「我爱你」），奥托宣称如果塞西莉亚不能击败第二律者，就会发射崩坏裂变弹。塞西莉亚为了保护琪亚娜，让她去拉电闸为由引开了琪亚娜并将她保护在安全屋中，制造了母亲死亡的幻觉，然后又闪回到母亲死亡之前，给琪亚娜机会解救母亲，以此反复折磨琪亚娜的精神，使其渐渐沉沦在母亲死亡的痛苦中。在幻境中琪亚娜成功解救母亲的关键时刻，奥托让符华打破幻境，告诉她一切都是第二律者的诡计。琪亚娜无法接受这样的事实，空之律者觉醒，被符华击败，幽兰黛尔将其带回天命总部。与此同时，德丽莎终于发现了奥托的阴谋，指挥赫利俄斯号前往天命总部（休伯利安号正在进行改装），极东支部和总部的战争终于爆发。（需要注意的是，幻境中第二次崩坏的过程也并非现实，具体参见前面的2000年部分）
主线第七章（向天举起叛逆之剑） ：天命总部，奥托正在继续他的计划，奥托为琪亚娜植入了静谧宝石，并向琪亚娜持续注入崩坏能，促成了空之律者的觉醒。与此同时，西伯利亚的第二次崩坏遗迹中，休眠的贝纳勒斯觉醒，前来守护她的女王。赫利俄斯号抵达天命外围，在天明的防护罩上轰开了一个大洞，进入天命领空，姬子清理甲板上因崩坏能产生的崩坏兽。贝纳勒斯赶到，与姬子交战，后来被符华引开并击败。德丽莎联系逆熵增援，逆熵几乎倾巢而出，特斯拉和爱因斯坦加入战斗。此时，大气中的崩坏能突然向四块核心聚集，符华准备去销毁这些核心。
主线第八章（女王降临） ：德丽莎一行准备占领天命第三空港，休伯利安于此时赶到，特斯拉黑入了数据库，得知琪亚娜在赫尔海姆实验室中。为了关闭天命的屏障，姬子和特斯拉前去破坏崩坏能反应炉，但是后来被丽塔和符华击败。收到崩坏能影响，休伯利安被崩坏兽袭击，德丽莎为防万一，解除了芽衣体内的炸弹。与此同时，奥托的计划进入下一阶段，他放走了空之律者。空之律者传送了芽衣，芽衣被迫觉醒第三律者人格，却仍然不敌空之律者。最终，空之律者吸收压抑体内的征服宝石。 女王降临 ，大破逆熵。这次事件在之后的剧情中被称之为 大崩坏 。
主线第九章（通往明日的旅途） ：在天命总部，符华使用羽渡尘治疗了被俘的姬子，从丽塔口中，符华得知空之律者已经觉醒，而德丽莎正在与之战斗。符华决定去帮助德丽莎拖延空之律者，却被丽塔拦下，幽兰黛尔赶到现场放走了符华。另一处战场，德丽莎和芽衣被崩坏兽所困，布洛尼亚苏醒，爱因斯坦送给她第九神之键伊甸之星，前来解围。空之律者从芽衣体内取出了征服宝石，击败了德丽莎。此时符华赶到，却被空之律者击败。此时，奥托突然出现，用虚空万藏的威力逼走了空之律者，并向符华坦白了自己的计划：让空之律者杀死曾经的朋友，感情的力量将会促使琪亚娜的人格觉醒，从而以人类的灵魂控制律者的力量。符华怒斥奥托的虚伪行径，坚决反对他的计划，被奥托用拟态天火圣裁杀死。（符华被杀死的一瞬间，发动了羽渡尘的第零额定功率，将自己的意识转移到了一片羽毛上，进入琪亚娜的身体，帮她封印律者意识）
在赫尔海姆实验室，姬子从昏睡中醒来，符华用羽渡尘留下的意识浮现在她的脑海。此时的姬子即将走向女武神生涯的终点，女武神的身体改造在大大提高崩坏能抗性的同时也削减了她的生命。之前，符华为她留下了一支HSN-B46血清，这种血清可以中和崩坏能，让女武神回归正常人类，救姬子一命。符华指引姬子找到了特斯拉，两人进入了实验室的制造工厂。在实验记录中，特斯拉了解到，玛基博士的血清与沙尼亚特圣血混合，可以逆向崩坏过程，甚至可以使得律者失去力量，是为「弑神之枪」，是奥托的底牌。姬子交出了唯一的血清，让特斯拉仿制。与此同时，姬子根据浮华的指引来到了最底层，找到了前文明纪元的遗产，弑神装甲：真红骑士·月蚀（疑似前文明空白之键），奥托将疾疫宝石融合进了机甲，使其具有与律者匹敌的能力。在符华的帮助下，姬子战胜了心魔，穿上了装甲。
根据特斯拉留下的信号，休伯利安找到了姬子和特斯拉。空之律者也在此时赶到，姬子与之对决。爱因斯坦抓住机会，使用休伯利安的主炮，大型崩坏能转化装置「月光王座」一击命中空之律者，但匆忙发射威力不足，将其击伤后逃跑。休伯利安返程中，被贝纳勒斯袭击，姬子再次与之对决，进入律者空间与空之律者决一死战，为琪亚娜上了「最后一课」，要琪亚娜「把这个不完美的世界变成你所期望的样子」。姬子拼死使用了弑神之枪，压制了空之律者人格，但自己也力竭沉入虚空之中，生死不明（目前可当做已经牺牲）。琪亚娜漂流到某处海滩上，而奥托的计划还在继续。此后的剧情分为两支，琪亚娜的故事在第十一章间章和第十三、十四章。而同时，其他人追寻琪亚娜的下落。
第二阶段（第九章间章至第二十五章）
主线第九章间章1（天穹的追猎者） ：大崩坏四个月后，世界蛇安插在天穹市的暗桩灰蛇上传了一份情报，在他提供的照片上有第二律者的身影，暗示自己掌握了第二律者的行踪。天穹市是位于神州的现代都市，在这座城市中，几乎所有人的身体都进行了改造，安装义肢，植入检测崩坏能浓度的仪器。与逆熵结盟的德丽莎一行人以及天命派出的丽塔对情报展开了争夺。丽塔抢先一步，杀死了拒绝合作的灰蛇，带走了大部分灰蛇的生物芯片，但留下了一块芯片作为诱饵。德丽莎一行拿到芯片前往灰蛇据点，布洛尼亚攻进了防火墙，发现了被灰蛇改造大脑的人形机少女（赛博格）。尽管德丽莎识破了丽塔的计策并留下芽衣拖延丽塔，但最终仍然被丽塔追上。让人形机开口说出情报的钥匙（灰蛇的义眼）掌握在丽塔手中，丽塔击败了德丽莎，上传了情报，并将人形机格式化，离开了现场。出于原则，她向奥托谎称自己摧毁了人形机。
主线第九章间章2（蛇从黑暗中行来） ：德丽莎一行带着人形机回到了休伯利安，爱因斯坦对人形机进行了试验，发现人形机仍有一部分人类大脑，可能记录着琪亚娜的行踪。在尝试破解人形机的途中，可可利亚发来通讯，请求合作。奥托的目的是找到四块宝石，但是渴望宝石一直掌握在可可利亚手中。可可利亚希望借助德丽莎一行的帮助转移宝石，破坏奥托的计划。此时，灰蛇突然接入，「蛇是不屈服死亡的生物」，他这样说道，并认定德丽莎带走了人形机，交易已经完成，他要从休伯利安的数据库中拿走他想要的。逆熵被世界蛇渗透多年，大量逆熵风格机甲进攻休伯利安，布洛尼亚也在数据空间中对抗灰蛇，灰蛇反复制造布洛尼亚痛苦的回忆来折磨她，但符华借羽渡尘出现，击退了灰蛇。但是灰蛇已经成功拿到了数据（可能是月光王座的资料），干净利落的撤离了现场。布洛尼亚在退出数据空间时，看到了爱因斯坦的实验记录，2000年后，瓦尔特急于求成开启了海渊之眼，为了阻止蛇（凯文）从量子之海返回，被迫开启伊甸之星第零额定功率，与蛇一起被留在了量子之海。德丽莎一行人启程前往海渊城。
主线第十章（海渊之下） ：海渊城（te moana kino），是前文明被拟似黑洞吞噬后剩余的残片，其中的海渊之眼，具有在特定时间连通量子之海的能力。而所谓量子之海，时多个平行世界的交汇处，其中艰险异常，一旦进入就很难返回。经过投票表决，大家决定分头行动，德丽莎、布洛尼亚和爱因斯坦乘坐休伯利安前往海渊城转移渴望宝石，而芽衣和特斯拉则乘坐赫利俄斯运输舰返回逆熵总部，寻找重新唤醒人形机的方法，从而找到琪亚娜的行踪。布洛尼亚一行来到了西太平洋马里亚纳群岛上空，在一座小岛上出现了干扰源。在这座小岛上，布洛尼亚见到了儿时在孤儿院的朋友，萝莎莉娅·阿琳和莉莉娅·阿琳，二人在一次崩坏兽袭击中被重伤，可可利亚请一位医生（可能是灰蛇）为他们植入了崩坏兽的身体才得以存活。在二人的带领下，大家来到了海底6152米的海渊城，却没想到，可可利亚为了让一行人保护自己的部队撤退，将渴望宝石扔进了海渊之眼来拖延时间。布洛尼亚一行只能留在海渊之眼，等待爱因斯坦打捞宝石。在定位宝石的过程中，爱因斯坦发现可可利亚与灰蛇存在某种交易，但随即被灰蛇发现秘密暴露，击晕并带走了爱因斯坦。海渊之眼暴走，崩坏兽疯狂汇集，德丽莎被迫释放血骑士月煌的力量，激发自己体内毗湿奴的基因。但此时，来自海渊之眼的巨兽特拉洛克来袭，众人虽然击退了它，但海渊之眼也将关闭，没有爱因斯坦，重启海渊之眼遥遥无期。布洛尼亚决定独自进入量子之海，在那里，希儿和约阿希姆在等着她。
主线第十一章（直到深海的尽头） ：布洛尼亚进入了阻隔量子之海和现实世界的迷宫，在那里她见到了约阿希姆（幼年的第二代理之律者）。量子之海中，瓦尔特·杨在与凯文的对战中落入下风，为了阻止蛇回到现实，瓦尔特用尽自己的力量，用理之律者核心建立了一个迷宫，阻隔开了量子之海与现实，并对试图进入量子之海的人进行考验。为了进入量子之海的深层寻找渴望宝石，布洛尼亚需要进入三个世界，化解自己和瓦尔特二世的心结。
在第一个世界中，塞西莉亚没有在第二次崩坏中牺牲，而是建立了圣芙蕾雅，可可利亚成为了善良的女武神，没有西伯利亚孤儿院，没有X10试验，逆熵也只是一个小小的地下组织。布洛尼亚加入了学园的任务，并见到了一直在量子之海中漂泊希儿，两人终于重逢。一行人来到逆熵的仓库，发现了拥有理之律者能力的约阿希姆，约阿希姆在天命受尽折磨，而一行人也本要将他送回天命，被希儿和布洛尼亚阻止。最终，约阿希姆进入了圣芙蕾雅。世界崩解，希儿消失，但是留下了联系两人的一本日记。（解开了布洛尼亚希儿参加X10试验和前理之律者被天命试验的心结）
在第二个世界中，因为自私害死了圣女的奥托，来到西伯利亚建立了孤儿院，自称神父，并杀死了约阿希姆的父亲：为了复活早逝的约阿希姆的母亲，他的父亲不惜用孤儿进行人体实验。约阿希姆因此痛恨奥托。奥托本想让约阿希姆继承自己的孤儿院，但巨大的隔阂让约阿希姆选择离开。但在一次崩坏兽袭击中，身负重伤的奥托再一次拯救了约阿希姆。最终，在布洛尼亚的劝说下，约阿希姆终于接下了奥托的重担。（解开了布洛尼亚对可可利亚的憎恨和约阿希姆的杀父之仇）
在第三个世界中，长大之后的约阿希姆（第二代理之律者）不甘于使用瓦尔特的名字，天命在1955年杀死了所有逆熵成员。为了报仇，理之律者击败了空之律者，吸收了律者核心后毁灭了天命，也一同杀死了希儿。但布洛尼亚没有被仇恨蒙蔽双眼，怒斥瓦尔特后，世界崩解。（解开了布洛尼亚失去希儿和约阿希姆不甘隐姓埋名的心结）
但这时希儿的里人格觉醒。为了离开量子之海，凯文（蛇）欺骗了希儿，让她和布洛尼亚一起瓦解了阻隔量子之海和现实世界的迷宫。希儿击败了布洛尼亚，但是约阿希姆为布洛尼亚带来了理之律者核心，正式成为第三代理之律者。布洛尼亚继续深入，直到深海的尽头。
主线第十一章间章（虚空之穹，孤独之月） ：时间回到大崩坏三个月后。在被姬子以生命为代价拯救后，琪亚娜来到了天穹市。崩坏已经波及了这座城市，为了拯救民众，琪亚娜不顾自己羸弱的身体开始战斗，精神上的虚弱给了空之律者控制琪亚娜的机会。符华的羽渡尘幻影初次出现在琪亚娜的脑海，但是琪亚娜因为符华监视自己并且最终将自己交给了天命而痛恨符华。在天穹市，琪亚娜无数次回忆与姬子的日常，姬子的死在琪亚娜的心中留下了不可消磨的裂缝，也给了空之律者再次苏醒的契机。符华再次出现，在幻觉中，姬子伴着【奇异恩典】的音乐走向琪亚娜，安慰着她。最终，琪亚娜成功压制了律者人格，以凡人之躯拥有了半律者的力量：天穹游侠。
主线第十二章（光与影的彼岸） ：数十天前，极东边境，在渗透过程中被世界蛇半策反的可可利亚与灰蛇达成了交易，打开海渊之眼并交出渴望宝石，交换希儿。但是可可利亚叛变一事被爱因斯坦察觉，灰蛇带走了爱因斯坦。布洛尼亚的生死未卜使可可利亚震怒，威胁灰蛇，却被灰蛇重伤，勉强保住一命。灰蛇为自己注入了崩坏能因子化身崩坏兽，险些杀死莉莉娅，被解放的月煌装甲击败。薛定谔借海渊之眼回到现实，解救了爱因斯坦，后者开始指挥对抗天命的作战。量子之海中，被凯文控制的希儿进入了凯文制造的世界泡，亲眼目睹了前文明第十二律者毁灭文明的惨剧和樱的死亡。最终希儿终于见到了凯文，布洛尼亚及时赶到，但不敌已经掌握了渴望宝石的凯文。薛定谔成功定位了两人，逃出量子之海的过程中，希儿里人格彻底觉醒（短片希儿）。可可利亚被羁押，孤儿院也准备搬到盐湖基地，孤儿院的大家终于重聚。但凯文已经来到了现实，不知所踪。
主线第十三章（长夜暗空） ：随着灰蛇向凯文献上劫灭大剑，世界蛇的计划终于开始。大崩坏四个月后，借着人形机中残余的信息，确定了琪亚娜仍然停留在天穹市。丽塔乘坐Eos号借视察合作企业「神城医药」的名义来到天穹市追捕琪亚娜。渡鸦伪装成神城医药的负责人，故意透露琪亚娜的行踪。但丽塔最终找到琪亚娜时，琪亚娜告诉她这座城市中的危险并非因她而起。使用琪亚娜留下的门卡，丽塔进入了神城医药工业区，发现神城医药一直以来被世界蛇控制，改造天命提供的抗崩坏疫苗，以免费医疗的名义将疫苗注入市民身体中，催化普通人体内出现圣痕，准备使用一场大崩坏杀死天穹市所有不能成功觉醒圣痕的民众，只留下有能力对抗崩坏的人。这时，丽塔和不灭之刃小队遭到了围攻，胡狼使用HSN-B46血清改造出了可以让女武神体内崩坏能流失的药剂（低配版弑神之枪），不灭之刃几乎全灭，丽塔陷入下风。此时，琪亚娜赶到，丽塔让Eos号撞击工业区引发混乱，两人借空间转移的能力逃走。
主线第十四章（黑暗破晓） ：琪亚娜和丽塔脱离了危险。在丽塔还在假装昏迷的时候，琪亚娜回到了工业区，跟上了渡鸦的车队。琪亚娜本以为在开阔地带逼迫渡鸦使用血清改造剂就能战胜渡鸦，但是渡鸦给自己注射了解药，琪亚娜陷入下风。丽塔目击琪亚娜落败后被带回工业区进行实验，得知了解药的存在，返回工业区寻找解药，以外发现坠毁的Eos号不知所踪。此时，芽衣赶到，从丽塔口中得知琪亚娜的下落。两人再度重逢。琪亚娜从胡狼口中得知，世界蛇要通过一场大崩坏来激活圣痕，丽塔推测产生崩坏的装置正式Eos号上的崩坏能引擎。丽塔拖住了追兵，芽衣和丽塔前去摧毁引擎，却被渡鸦拖延了时间，试验即将开始。琪亚娜解放了空之律者的能量，符华被迫用尽最后的力量束缚律者人格。琪亚娜击溃了由世界蛇控制的机甲防线，来到了反应炉前，带着姬子最后的期望，将反应炉推离了天穹市引爆（动画短片【天穹流星】）。星空下，芽衣追逐着坠落的琪亚娜，却发现琪亚娜已经被赶到的幽兰黛尔用黑渊白花救起……
主线第十五章（迷途沙尘） ：在天穹市事件前夕，天命位于北非的维穆尔实验室内正进行着第二神之键的实验。第二神之键可以打破空间之间的壁垒，拥有进入其他世界的能力。在无数次的实验中，奥托想要找到虚数之树——一切本质与根源的形成之地。在实验过程中，会有量子之影从打开的通路中入侵，天命最强女武神幽兰黛尔在此与其对战，保证实验顺利进行。实验进行的并不顺利，这时幽兰黛尔收到了丽塔的求援，前往天穹市回收琪亚娜。失去了律者核心的芽衣只能看着琪亚娜被幽兰黛尔带回维穆尔实验室。奥托使用第二神之键对琪亚娜进行测试，但是连幽兰黛尔都无法触及的虚空之数的「膜」，被琪亚娜轻易穿透。这时，世界蛇闻风而来，对实验室展开了袭击，琪亚娜趁乱逃走，却撞上了凯文。沉睡的符华终于苏醒，为琪亚娜抵挡凯文，但实力大减的她不敌凯文，被凯文封印。逃出生天的琪亚娜决定前往梦开始的地方——长空市寻找芽衣。幽兰黛尔最终找到了凯文，两人针锋相对之时，奥托突然出现打断了二人……
主线第十六章（暴雨将至） ：奥托与凯文进行了谈判，达成了暂时的合作，倾巢而出的世界蛇就此退兵，而谈判双方却各怀鬼胎。芽衣与特斯拉检测到琪亚娜的踪迹，乘坐赫利俄斯号前往长空市。昔日繁盛的长空市早已衰败，一道长空壁将城市一分为二，以阻止崩坏的蔓延。在寻找琪亚娜的过程中，顺便解救了城市的拾荒者，小女孩空，并跟随她来到了长空市遗民的聚居地——巢。小女孩空说，有一位老师带领大家建立了「巢」，并教会了大家如何生存。长空市的水位突然上涨，芽衣与空前往长空壁调查，遭遇了贝纳勒斯，被「老师」渡鸦所救。渡鸦告诉芽衣，这些孩子拥有不完整的圣痕，只能依靠胡狼的药物存活。渡鸦用自己的能力接管了一只崩坏兽的感官，找到了琪亚娜的所在地，并再次与贝纳勒斯击败。在未能保护主人的悲伤、痛苦与自责中，贝纳勒斯被击败了。渡鸦不相信芽衣能够拯救琪亚娜，想要一劳永逸的杀死空之律者，二人因为理念冲突随后展开战斗。在战斗中，芽衣突然爆发了某种力量，让渡鸦放过了她。随后，芽衣找到了已经失去意识，身上布满崩坏纹路的琪亚娜。
主线第十七章（当雷鸣划破长空） ：时间回到奥托与凯文的谈判。凯文威胁奥托协助自己完成圣痕计划，但奥托以天命的拼死抵抗威胁凯文与自己达成交易：凯文交给奥托第二神之键的信标，让奥托启动第零额定功率，抵达虚数之树（万物法则的根源），而相对的，奥托则将会消失在虚数之树中，并将虚空万藏交给凯文，作为自己的傀儡让凯文实行圣痕计划。奥托认为已经认识到了崩坏的真面目：由于虚数之树与量子之海二元对立所产生的必然后果，他相信它所追寻的答案就在虚数之树中。凯文同意了这笔交易，答应三天后在长空市交货：长空市即将再次爆发崩坏，借助这股能量，奥托将会直接开始试验。
另一边的长空市，芽衣和琪亚娜回忆着三年前的过往行走在长空市的街道上，他们本想去看看千羽学园，但却被洪水挡住了去路。在返回的途中，二人遇到了重伤的贝纳勒斯，并将没有敌意的贝贝龙带回了赫利俄斯。爱因斯坦向芽衣交代了诊断结果：已经没有办法拯救琪亚娜，只能将其保护起来，防止她再次觉醒。这时，空来到了赫利俄斯，送给芽衣一个晴天娃娃，原来渡鸦已经准备让孩子们搬出长空市。芽衣为了送空回去，在巢遇见了渡鸦。渡鸦提出世界蛇想要与芽衣做一场交易，拯救琪亚娜。芽衣为琪亚娜最后做了一次咖喱饭，但琪亚娜已经失去了自己的味觉，却还瞒着芽衣不想让她担心。约定的时间，芽衣在巢见到了世界蛇的领袖凯文，凯文指出，如果芽衣重新觉醒，则琪亚娜体内的征服宝石则会瓦解，这是缓解琪亚娜症状的唯一方法。而为了让琪亚娜彻底断绝与崩坏的关系，芽衣将会为世界蛇而战，消灭崩坏、杀死律者，让琪亚娜没有觉醒的机会。
长空市的崩坏开始了。琪亚娜逃出了赫利俄斯，拖着已经油灯枯竭的身体，骑上了贝纳勒斯试图阻止崩坏。芽衣痛苦的追上琪亚娜，却只看到了被从天空击落的贝纳勒斯，和杀死了贝纳勒斯的怪物虚数神骸（应该是从虚数之树中出现的，和之前奥托的计划有关）。芽衣拼死将其击败，但时间突然逆流，虚数神骸重新站了起来，将巨剑挥向了芽衣。贝纳勒斯为芽衣挡下了这一剑，然而芽衣已经黔驴技穷，堕入了黑暗。在黑暗中，芽衣接受了雷之律者的意志，与过去的自己告别， 雷之律者就此觉醒 ，消灭了从虚数之树而来的怪物，接管了贝纳勒斯的肉体，将其变为听命于自己的野兽，清除了长空市的崩坏兽。最终，她在千羽学园见到了被凯文救下的琪亚娜。为了阻止芽衣加入世界蛇，两人进行了激烈的战斗，但失去了律者能量的琪亚娜终究不敌刚刚觉醒的雷之律者，被芽衣击败，两人就此分道扬镳。
主线第十八章（凝自冰霜） ： 第五次崩坏 在珊瑚岛爆发，驻守此地的雪莲小队失去联络， 冰之律者诞生 。根据胡狼所说，圣痕计划的重要一环是获得所有的律者，并使用「黄泉之杖」将他们「停滞」。为此，雷之律者与渡鸦前往珊瑚岛与另一位世界蛇干部夜枭汇合。夜枭与渡鸦在一次任务中相识：渡鸦曾去剿灭一个叫做「千拳会」的组织，而夜枭正是这个组织雇佣的保镖，渡鸦放了他一条生路并将它推荐给了组织，在两年前的一场崩坏中，夜枭受了重伤，不得不将大部分身体替换成机械。与此同时，幽兰黛尔和丽塔带领不灭之刃小队也赶到了珊瑚岛，准备救援雪莲小队。世界蛇一行发现了意识模糊的冰之律者，但未能成功捕获，当芽衣准备追击时，被夜枭以准备不足为由阻止。而在另一边，幽兰黛尔发现了雪狼小队残留的录音，发现成为律者的人正是雪莲小队的队长安娜·沙尼亚特。得到情报的世界蛇这时已经重新定位了律者，然而，夜枭使用本应禁锢冰之律者的「黄泉之杖」禁锢了芽衣。根据天命的记录，在两年前的崩坏中救下夜枭（陈天武）的人正是变为冰之律者的安娜·沙尼亚特，夜枭正是为此背叛了世界蛇。发现事情不对的幽兰黛尔前去支援芽衣。挣脱束缚的芽衣与幽兰黛尔找到了冰之律者和夜枭，一阵激战过后，冰之律者突然爆发出惊人的力量，与夜枭趁机逃脱。
主线第十九章（融于岩隙） ：逃脱的冰之律者与夜枭遭遇了固守防线的女武神，不灭之刃又双叒叕被全灭，丽塔在与冰之律者的对峙中落败。而另一边，雷律芽衣与幽兰黛尔重整态势，为了不让休伯利安与琪亚娜卷入战斗，芽衣拒绝撤退，要求渡鸦找回黄泉之杖的残骸，而她则与幽兰黛尔拖延律者的行动。幽兰黛尔找到了重伤的丽塔，停下脚步治疗自己的副官，而芽衣则独自追击冰之律者。
在路途中，通过沿途的冰雕，芽衣逐渐了解了冰之律者——安娜·沙尼亚特的过去。虽然她为自己女武神的身份而骄傲，但她一直是个懦弱的女孩子。在马尼拉崩坏的废墟中，她所在的小队遭到了袭击，为了与其他女武神汇合求援，她背弃了自己的职责，对废墟中挣扎的平民视而不见（而其中就包括陈天武的妹妹陈天文，当然，当时的安娜并不知道哪是谁）。而当她最终下定决心，返回废墟营救平民时，安娜遇到了陈天武。两人分别之时，陈天武拿出陈天文的照片恳求安娜帮自己寻找妹妹时，她认出了照片中的小女孩正是因为自己的懦弱而死的平民之一，羞愧的安娜并没有告诉陈天武真相，而是仓皇逃脱，两人之间纠结的误解从此开始。此后，唯一幸存的女武神安娜成为了雪莲小队队长，而陈天武则加入了世界蛇，一直寻找接近安娜的方法。最终，二人以夜枭与冰之律者的身份在珊瑚岛相遇了。
回到现在。安娜用最后的理智冻结了夜枭，准备让芽衣结束自己的生命。然而夜枭毁坏自己的身体脱离了束缚，挡在安娜面前。失去理智的冰之律者杀死了夜枭，恍惚间，夜枭看到了自己的妹妹，以及见死不救的安娜。崩坏的侵蚀让这段真相放大成了憎恶，夜枭成为了本世代的 第六律者星之律者 （对应前文明第九律者岩之律者）。岩之律者与冰之律者的力量合而为一（ 陨冰之律者 ）。渡鸦找到了黄泉之杖的残骸，借助它的力量，雷之律者与幽兰黛尔一起将陨冰之律者湮灭。风暴散去。芽衣向凯文报告战况时，通讯突然中断，世界蛇总部遭到袭击。
主线第二十章（千年之羽） ：天命第三空港。符华(?)从治疗仓中醒来，身体状态回到了全盛时期——甚至连五百年前七徒的那一剑所留下的伤也恢复了。打碎治疗仓，华(?)见到了「老朋友」奥托。分裂成自我本我与超我的意识指引着符华的身体，将奥托掐死，第三空港被重创。（同时，世界蛇也被袭击，但具体细节不明）。与此同时，琪亚娜与布洛尼亚正在前往太虚山，寻找符华留下的迷藏——能够让他们控制律者能量的【太虚剑气】。在太虚山，她们找到了被符华封印的「羽」，以及自称林朝雨（赤鸢首徒）的女子，林朝雨虽然学过琪亚娜需要的太虚剑气之「剑心」，但她曾发誓不将其传给后人。在林朝雨的帮助下，羽毛的封印被剑心破除，琪亚娜与布洛尼亚进入了「羽」。从「羽」和林朝雨口中，她们了解到了符华的过往：
时间回到五万年前，前文明纪元，崩坏显现前夕。符华出生在天穹市下城区（城乡结合部）的一个武术家庭。在高科技时代，符华的父亲格格不入的经营着一家武馆。符华考上了大学，告别刚刚被死士袭击的父亲，独自前往沧海市。内向的性格，有些古怪的家庭背景，加上从未离开家乡的自卑——符华在大学里也是一个人，迷茫且恐惧。
一次放学后，符华救下了一个被死士攻击的女孩，就这样交到了朋友，度过了人生中最快乐的半年。然而好景不长，一学期结束，符华在机场等待航班返回家乡天穹市时，第三次崩坏降临了。符华作为仅存的几个幸存者被女武神小队的队长（前文明的姬子himiko）所救。从队长的口中她得知自己的家乡天穹市也被毁灭。符华选择了解真相，跟随队长加入了女武神小队。几年过去，队长成为第七律者，梅命令女武神部队前往讨伐（队长死前甚至还留有自己的意识）。此时的符华还不能理解梅与凯文对消灭崩坏的执念。但在对第十二律者的作战中，符华即使使用了羽渡尘保护了基地内的人，却没能阻止律者使用核弹毁灭了最后的三座城市。前文明付出了巨大的代价仍然被崩坏毁灭，符华进入休眠仓，最后的时光里，她发现崩坏带走了自己身边的所有人——父亲、朋友、队长，以及自己要守护的所有人。此刻，她终于有点明白了梅与凯文面对崩坏的执念。
本世代，符华、苍玄与丹朱苏醒后。千年守望的记忆填满了符华的大脑，但符华却不想使用羽渡尘剥离自己的回忆——因为她害怕，如果自己的记忆中只有少年时那个迷茫的自己，会忘记自己为什么一直坚守到现在。为了让符华能够拥有自己的生活，而不是成为梅的棋子，苍玄制造了人偶苍玄之书陪伴符华，希望她能够多少放下消灭崩坏的使命。但是符华仍然一步步走向梅与凯文当年的道路，为了消灭崩坏而封印了自己的人性。苍玄和丹朱为了封印蚩尤而死，符华收下七徒教授武功，帮助自己降妖（死士）。然而第四徒江婉如被崩坏沾染，符华决意杀死四徒，最终被七徒联手杀害。
回忆进行到这里，琪亚娜和布洛尼亚发现赤鸢首徒林朝雨不应该出现在现代的太虚山。进入林朝雨留下的最后一片羽毛，华(?)在拂云观中等待着二人……
主线第二十一章（新生之翼） ：时间回到上一章的开头，华(?)苏醒之后。毁灭了半个天命空港后，用存放在其他地方的备用身体复活的奥托出现在华(?)面前。刚刚苏醒的华(?)似乎换了一个人，也不愿意回顾自己的记忆，轻而易举的就被奥托引导，前往世界蛇回收「之前交给凯文的羽渡尘」（实际上那片羽渡尘是第九章符华被奥托杀死时符华留给琪亚娜的，里面承载了符华的真正意识，后来符华为了保护琪亚娜，最终被凯文封印）。华(?)与搭载了符华意识的羽毛一起回到了太虚山。
此时，琪亚娜和布洛尼亚还没有来到这里，华(?)在这里向羽毛表达了对自己过去所作所为的懊悔：对五万年前听从梅博士的指示杀死留有意识的姬子队长的懊悔，对四千年前自己为了保护其他人没有援助苍玄与丹朱，导致两位友人为封印蚩尤而死的懊悔，以及对五百年前钦察草原一战没有杀死卡莲，导致奥托变成人渣独裁天命的懊悔。基于此，华(?)决定不受任何人控制。
羽毛（符华的真正意识）确认了华(?)的异常。华(?)的目的虽然是消灭崩坏，但行为却在为崩坏服务：想要毁灭天命，大闹世界蛇，并且不相信逆熵（因为逆熵「网罗」了三名律者）。被奥托枪杀失去意识的身体不可能随意苏醒，事实是，在符华的身体内诞生了 第八律者（识之律者） 。失去了肉体只剩意识的符华与拒绝相信自己是律者的华(?)无法互相说服，这时书接上回，琪亚娜和布洛尼亚赶到，两位符华决定让她们判断谁才是真正的符华。
主线第二十二章（与我一人） ：在大崩坏中，符华被奥托使用天火圣裁枪杀。在死亡的前一刻，符华使用了羽渡尘的能力将自己的意识保存在一片羽毛中，而自己的身体成为了一句空有回忆而没有意识的躯壳。识之律者的意识就在这具身体内诞生，然而五万年来一直对抗崩坏的回忆淹没了律者的意识，误以为自己是与崩坏为敌符华。崩坏意志化身潜意识，试图引导新生的律者想起自己是谁，却失败了。此即识之律者（也就是前两章中的华(?)）的诞生。
书接上文。华(?)向琪亚娜与布洛尼亚坦白，先前出现的林朝雨与羽毛都是自己安排的幻象。两人不相信眼前的华(?)，并发起攻击。布洛尼亚为了转移华(?)的注意力，单独与其作战。趁这个机会，承载着符华意识的羽毛告诉琪亚娜与布洛尼亚自己的身体已经被律者人格占据，并告诉琪亚娜想要战胜华(?)，只有让她对自己产生疑问，明白自己是律者，从而让她慌乱并漏出破绽。
琪亚娜要求更多的了解华(?)，这样才能在两人之间做出选择，随后华(?)将她带入了幻境。她说自己绝不会对奥托唯命是从，也不会像当初的符华一样先吧琪亚娜交给奥托，后来又想挽救她。当琪亚娜问到她在大崩坏时会怎样做时，华(?)一边宣告自己会打败空之律者（反对奥托「用爱战胜律者」的方针），一边却要面对奥托的方阵确实成功了的事实（也许还有一丝对前文明符华的队长Himiko的怀念）。这样的反差成功动摇了华(?)的意志。
随后，琪亚娜宣称华(?)不是一个能体会弱者的强者，选择了原来的符华。华(?)在震怒中将濒死的废话意识交还给琪亚娜并发起猛攻，琪亚娜在符华的帮助下再次使用崩坏的力量。战斗的最后，符华以死的觉悟准备将识之律者封印。琪亚娜无法接受这样的事实，使用空之律者的能力打破了封印救出了符华。而识之律者在高强度战斗中终于意识到自己的力量来源于崩坏，在拒绝了符华共用身体的请求后，识之律者的意识独自离开，将身体交还给符华。随后符华与琪亚娜与布洛尼亚重聚。
主线第二十三章（一人的剧场） ：（此时的时间为2017年11月左右）为了筹备逆熵成立60周年派对，琪亚娜与希儿离开盐湖基地外出采购。采购途中，用来负责烟花表演的机器人突然暴走。两人解决骚乱后，在一件发传单的员工穿着的玩偶服中找到了一把钥匙以及门牌，而玩偶服中的人却失踪了。根据这些线索，两人了解到失踪者名叫约翰·多伊，并找到了他的学校。从同学口中得知，此人已经一个多月没来过学校了。二人随后找到了约翰·多伊的公寓，并在公寓门口进入了某种空间，与提线傀儡发生了战斗。房东告诉他们约翰·多伊已经在一个月前死了（但希儿刚刚还见过他）。在约翰·多伊的公寓中发现了一具坏掉的提线木偶，手中握着「支配剧场」的剧院门票。
另一边，瓦尔特对布洛尼亚的训练结束后，发现了附近有崩坏兽雕塑的展览。察觉异样的两人正准备叫停展览，崩坏兽的雕塑突然开始袭击人类。通过对剧院门票上土壤样本残留的分析，以及崩坏兽雕塑的供货渠道，爱因斯坦定位了名为米拉·里默的雕塑家的工坊。打开房门的瞬间希儿进入了名为「支配剧场」的另一个空间。在剧场的中心，希儿找到了变为人偶的米拉·里默。它切断了希儿两个人格之间额关系，并试图利剑二人让希儿的里人格加入人偶的行列，但最终里人格将希儿拉出了支配剧场。在工坊内，两人发现了坏掉的里拉·里默的人偶，手中握着另一张剧院门票「老鼠与老鹰」。
此后又接连发生了几起这样的事件。通过比对，逆熵确认人偶内的核心来自第十律者「支配之律者」，也就是「千人律者」。有证据表明天命与世界蛇也发现了类似的事件。而根据剧院门票的土壤样本分析，下一个地点就是盐湖基地。布洛尼亚与希儿在作战时发现了空间裂缝，被分别引入了支配剧场。在布洛尼亚使用了理之律者的权能后，支配之律者切断了布洛尼亚与律者核心的联系，接管了理之律者核心。最终，希儿将身体控制权完全交给里人格，带着失去全能的布洛尼亚全力逃出了支配剧场。
主线第二十四章（千人的舞台） ：世界蛇方面，芽衣与渡鸦一同调查几间被人偶侵犯的仓库。从仓库主人的口中得知，人偶有其他人类协助。渡鸦动用自己的人脉确认了人偶可能出现的位置，随后两人也被分开引入了支配剧场。芽衣发觉人偶在引诱自己使用律者权能，从而提高了警惕。人偶向芽衣展示了自己的理之律者能力，并声称自己如果获得雷之律者的权能，就可以挑战琪亚娜并切断律者核心的联系，让琪亚娜变为常人，但被芽衣拒绝。最终渡鸦赶到摧毁了人偶，两人脱离支配剧场。
逆熵。爱因斯坦追踪到第一位支配律者是新泽西州大学的一名医学教授。在调查的过程中，符华与德莉莎见到了他的人偶，并回收了其核心。通过解析这颗核心，逆熵掌握了千人律者网络的构造。但是，自从千人律者被消灭了一半（即500个）后，便突然停止了活动。为此，逆熵决定以琪亚娜为诱饵，将其用休伯利安号送往北极的收容设施，以此引诱千人律者夺取空之律者的权能。如计划一样，运送途中，人偶入侵了休伯利安的发电系统，解除了琪亚娜周围的屏障，将其拉入了支配剧场。随后，琪亚娜按照计划，在远离人后后使用空之律者的力量将整个休伯利安转移进了支配剧场，将剩余的500个人偶一网打尽。随后大家召开了庆功宴暨逆熵60周年纪念晚会。然而，似乎有一个人偶活了下来。
虽然逆熵认为支配之律者已经被消灭，但是布洛尼亚仍然无法使用理之律者的能力，琪亚娜也发觉在上次进入支配剧场后人偶并没有全力抢夺自己的律者权能。而这天晚上琪亚娜在梦境中以西琳的视角重温了空之律者的一生。某日晚上，琪亚娜再次被独自拉入支配剧场，原来支配之律者的目的是唤醒西琳并与之同盟。为了摧毁琪亚娜的意志，支配之律者拿出了本属于姬子的疾疫宝石……
主线第二十五章【点燃明日的火焰】 ：盐湖基地。在研究千人律者核心的过程中，核心突然开始瓦解并消失。盐湖基地的机甲随后失控，混乱平息后逆熵才发现琪亚娜已经失踪，并在琪亚娜的房间发现了一个人偶。借助希儿多次进入支配剧场的经验，特斯拉和爱因斯坦反向打开了支配剧场的大门，但布洛尼亚与符华进入后大门突然被关闭。与此同时，芽衣以三颗特殊的千人律者核心为条件与胡狼交换情报，并要求胡狼使用这些核心反向连接并打开支配剧场的大门，但此时核心突然开始瓦解，情急之下芽衣直接加快进程进入了支配剧场。
……十年前，奥托将空之律者核心植入K423的身体。核心内残存的意识在这具身体中转化为表里两个人格——相信微光的表人格（琪亚娜）和相信黑暗的里人格（空之律者）。支配剧场内，见到疾疫宝石的琪亚娜内心轻微的动摇给了空之律者可乘之机，突破了琪亚娜的压制。但此时的琪亚娜已经明白了自己与空之律者实际上是西琳意识的一体两面，不论面对自己的诞生、六年前自己的失控、还是姬子的牺牲都坚持为美好而战。最终，对善的信念胜过了恶的存在，疾疫宝石的力量流向了琪亚娜，空之律者的落败消散。
在疾疫宝石创造的幻境中，琪亚娜见到了姬子老师最后的意识残影。两人一起漫步在圣芙蕾雅学园的幻影中，回忆着往日的时光，听取了姬子对大家最后的话。从姬子的口中，琪亚娜得知了姬子的老师拉格纳的遗言：「即使徒劳，也要为美好而战，即使牺牲，也不过是化作希望之花的养料」。人类的薪火在此刻传承到了琪亚娜手中。
同时，布洛尼亚与符华终于逃脱了人偶创造的无尽回廊，符华连哄带骗得到了识之律者的权能，并切断了人偶与支配律者本体的联系，但识之律者的能力也被支配之律者所掌握。另一边，支配之律者无法夺取完全体的雷之律者权能，「征服的雷电」击败了人偶，进一步削弱了支配律者的力量，律者核心的权能逐渐流回它们的主人。幻境中的琪亚娜感受到了伙伴的支援，与姬子做了最后的道别，回到了现实，展开了与支配之律者的最终决战。决战的过程中，布洛尼亚与符华被支配之律者掳走，二人的律者权能被托付给了琪亚娜。掌握了空之律者核心与疾疫宝石权能的琪亚娜在伙伴的支援下击败了支配之律者，千人律者事件结束。随后圣芙蕾雅众人为无量塔姬子举行了葬礼。
世界蛇。在之前的战斗中，芽衣似乎进入了崩坏的根源之地，崩坏的神祗似乎想要将某种信息灌入芽衣的脑海，但被芽衣拒绝了。此时的芽衣质问凯文崩坏的真相。凯文为芽衣开启了一条通往世界根源的甬道，在哪里一位神秘的女子等待着她……
之后的剧情会在游戏更新后尽早加入。
六、 后崩坏书及后日谈（？？？至？？？）
时间不明 一场大崩坏事件将崩坏封印在了月球暗面（很有可能就是主线剧情的终局之战），地球上的崩坏能降低到了前所未有的水平。奥托在事件中死亡，德丽莎成为天命主教，逆熵和天命也合二为一，爱因斯坦和特斯拉成为德莉莎的左膀右臂，芽衣成为了天命特殊部队第三小队队长（第一二四小队队长疑似为幽兰戴尔、丽塔和布洛尼亚，阿琳姐妹成为第四小队队员），琪亚娜失踪。
瓦尔特离开组织，进入ET Studio开发ACG产品（就是那个20世纪下半叶为了给阿拉哈托筹钱成立的动漫公司）。崩坏消失八年后，瓦尔特突然收到圣方丹政府的邀请，和他的养子（第一代理之律者的复制人）前往圣方丹，但是在下了火车之后失踪。芽衣带领小队成员卡萝尔和后崩坏书男主来到圣方丹进行调查。
来到圣方丹的众人发现了这里的惊人秘密：圣方丹被一层环绕城市的屏蔽场包围，只能进入而不能离开，屏蔽场内部的景象与天命卫星拍摄的完全不同，这里到处布满了崩坏能聚集而成的红色结晶，还有不同于天命和逆熵技术的怪异生物，类似于生物和机甲结合的产物。而在圣方丹西侧的大海上空，一座赤红色的岛屿悬浮于海面之上，上面还有一座类似教堂的建筑。城市内空无一人，但天命的卫星却没有察觉到任何异常。
在调查过程中，一行人发现了更惊人的事实：他们的崩坏能通讯器居然捕捉到了已死的奥托的声音，而奥托正在与被成为「天上之人」「卢凯尼」的神秘生物对话，似乎要配合这神秘生物取代人类，而这座城市则将会成为祭品。
一行人从东向西进行调查，在途中找到了瓦尔特的养子乔弗利·乔伊斯·杨。在西侧的跨海大桥上，一行人被敌人围攻，此时瓦尔特突然出现救下了三人。芽衣推测，既然瓦尔特乘坐的列车是圣方丹与外界交流的唯一通道，那么屏蔽场应该在列车轨道处有一个缺口。芽衣安排瓦尔特和乔弗利乘坐列车离开圣方丹，而小队继续调查这座城市的秘密。
然而，就在瓦尔特和儿子坐上了开动的列车准备离开之时，奥托突然出现在列车上，带走了了两人。瓦尔特苏醒后，奥托自曝身份——虚空万藏，要挟瓦尔特拟态伊甸之星，与其谈判未果，被迫释放乔伊斯并讲述自己的计划。
芽衣认为圣方丹的阴谋不知何时将要付诸实施，因此来不及等待天命的支援部队到达就先行展开调查。与此同时，城内出现了三处异常的能量波动，卡萝尔和男主在调查时发现异常点附近有异常消失的金色碎屑。最后，三人来到亚天魔城浮空岛，见到了等候多时的虚空万藏。芽衣被重创，主角被迫释放自己装备的大剑神火试炼，以自己被崩坏侵蚀为代价解救芽衣，但是虚空万藏的计划也正式开始……
2029年 （漫画【异乡】）虚空万藏与瓦尔特来到了星门的另一边。两人佯装成天上之人，进入了他们的前线基地。虚空万藏黑入天上之人的系统摧毁了前线基地。在前线基地的资料中，瓦尔特发现了平行世界中的姬子的资料。为了解救被天上之人盯上的姬子，瓦尔特与虚空万藏进入平行世界却被困无法返回。这时时雨绮罗与化身人类（雪狼小队的尼古拉斯）的修格斯出现，将两人带回地球。
