先说结论，没有。然后容我来掰扯一下所谓「第三结局」的前世今生：
在那个网络不发达，骨灰玩家出的游戏信息和数据整理没那么容易搞到的年代，可以参考的就是游戏手册、官方攻略本、度娘提供或盗版光盘里附带的攻略、口口相传。那个时候连正版游戏在部分玩家心里都算奢侈品，更不要说官方攻略本，当年有多少人愿意去买。实际上可以参考的就是一些存在着一定误差的玩家攻略和口口相传。再加上那个时候因为4399和java等同人游戏的存在，也混淆了一些试听。
所以那个年代的单机游戏，都多多少少存在着部分谣言。比如仙剑98用青龙复活林月如，仙剑2苏媚以人形态活到最后，以及问题中的天之痕第三结局，两个女主都活下来……（与其称之为谣言，我更希望称之为美好的畅想。）
关于天之痕的结局，民间攻略存在着这么几个阶段：
一开始，部分攻略本上说，进入魔王砦的方式是唯一决定结局的因素。毕竟这里是唯一一个玩家可以做出选择的地方，而且和剧情上和女主好高强关联。（选择潜水，玉儿会不高兴，对应小雪结局；选择蹭车，玉儿表示非常高兴，对应玉儿结局。）
再后来，可能是细心的玩家发现了魔王砦的选择并不能决定结局，可能是官方攻略本的出现，可能是强大的修改器可以查看好感值…那个时候「好感系统」被发现，得出结局由好感值决定的结论。这个时候已经无限接近真相了。
再再后来，贴吧上一个帖子「天之痕的第三结局」横空出世，帖子里介绍了打出这个结局的概率是0.37%（具体数值可能有误差，反正是低于1%的一个概率。）第三结局中两个女主都在，阿仇忘记了他的师父。当时包括我在内的部分玩家对这个帖子深信不疑，我们甚至还分析过可能是「两个女主好感谁高就是谁的结局，相等就是第三结局。」而且0.37%这个数字，有可能是根据玩家在游戏18个决定好感的位置不同选择的可能性算出的。
到现在，就是这个「第三结局」的说法被证实为美好的畅想。一个成熟的程序员，是不会写出以下代码的：
if a>b then
end
if a<b then
end
至于为什么会出现「第三结局」的美好畅想？
除了我们年轻时对好感值相等的推测、对女主都存活并陪伴在男主身边的渴望……还有就是前文中提过一下下的同人游戏。
flash游戏【上古神器】中，第二部和第三部存在着多结局的情况。如果搜索的方式是「陈靖仇 小雪」而不是「天之痕」、「上古神器」，可能会存在误导。（上古神器好玩的，快去玩！）
java游戏【天之痕】同人版中，存在第三结局，收集无数个道具即可进入第三结局。剧情比较美好：玉儿复活。师父在决战中苏醒过来，战胜心魔，并代替阿仇成为失却之阵的守护者。小雪化为石头，60年后可恢复人形。（相比原作玉儿结局的600年。）师父遗忘了复国，遗忘了心中那些迂腐的观念，对阿仇说：众生平等，不要因为玉儿是胡人就对她有偏见。以及，60年后要替为师对小雪说声谢谢。
