有关南明永历帝的遗存最多，也最有看点。
1997年10月的一天，贵州都匀文化馆组织民工对传说中的南明永历帝朱由榔墓进行发掘，从中出土两根肘骨，除此以外没有发现任何陪葬品。通过此次发掘，文物工作者填补了【南明史】和【明季南略】的空白，即永历帝被吴三桂使用弓弦勒死后，仍有明朝遗民冒死为他收尸，相较于其他多数南明帝王或监国的尸骨无存，永历帝无疑是幸运的。
1661年1月，缅甸东吁王朝国王莽白将永历帝全家交给吴三桂，囚禁在昆明篦子坡金蝉寺。当吴三桂前去看望的时候，年仅14岁的永历帝太子朱慈煊怒斥吴三桂说道: 「逆贼！大明辜负了你什么？我父子俩有哪点对不起你？让我们有如此下场？」面对此情此景，吴三桂无言以对。至于永历帝的发妻王皇后和母亲马太后，为了避免日后受辱，选择割喉自尽身亡。
讽刺的是，反倒是看守永历帝的几位八旗士兵，见永历帝有帝王之相，决心剪去辫子，试图营救他脱险，但被吴三桂识破。吴三桂怕夜长梦多，于同年6月下令将永历帝父子勒死，遗骨焚毁后丢弃至昆明莲花池。当永历帝死讯传到台湾后，郑成功病情加重，不久也离开人世。最终由郑经为永历帝上谥号为大明昭宗匡皇帝，朱慈煊为哀愍太子。
不过在篦子坡焚尸现场，南明文渊阁大学士扶纲偷偷拾检了部分遗骨，然后连夜送回贵州都匀老家，秘密安葬至高塘山上。直到辛亥革命胜利后，扶家后人才说出真相，1921年由时任县长张瑞徵题写墓碑，上书「明永历皇帝陵」 六个大字，并堆砌封土，供后人瞻仰。
无独有偶，在贵州施秉古佛山上，也有一座永历帝墓塔，同样由明朝遗民将得到的部分骨灰秘密下葬，对外谎称是高僧墓塔。而在昆明篦子坡永历帝遇害处，1911年由蔡锷将军领衔立碑，上书「明永历帝殉国处」 的字样，以示对最后一位南明君主的缅怀。
其实在永历帝即位之初，形势一度大好，光复大明是有希望的。那是在1646年11月，23岁的永历帝在广东肇庆丽谯楼举行登基大典，并将丽谯楼改建成行宫，接受百官朝贺，且举行盛大的阅兵仪式。为了得到西方的支持，永历帝还让母亲和妻儿皈依了天主教，其中马太后取圣名为玛利亚，王皇后取圣名为亚纳，太子取圣名为公斯当定，并任命传教士卜弥格为南明驻梵蒂冈使节。因此在登基大典上，意大利，西班牙和葡萄牙代表也前来出席，这在中国历史上为首次。
通过在澳门的葡萄牙人协助，永历帝得到了300名西方火炮手和数十门红衣大炮的支援，一时间接连收复不少两广失地。另外张献忠义子孙可望和李定国也归顺了永历帝，特别是李定国发挥了重大作用。1651年4月，李定国率军合攻湖南靖州，取得靖州大捷，收复了除岳阳，怀化和常德外的湖南大部分版图。第二年李定国又南下广西，直捣省会桂林，俘虏了清朝广西巡抚王荃可和布政使张星光，而镇守桂林的清朝定南王孔有德也自焚而死。等到1652年底，李定国则在湖南衡阳设伏，击毙努尔哈赤孙子，敬亲王尼堪，歼灭八旗主力十万人。为此顺治帝一度设想让出湖南，广东，广西，江西，云南，贵州和四川七省，来与永历帝议和。
正当李定国辅佐永历帝有望实现中兴大业的时候，孙可望却在后方挟持永历帝撤往贵州安龙，其中在逃亡途中，永历帝还被迫夜宿肇庆七星岩溶洞，如今七星岩洞中有块石板号为龙床，就是当年永历帝睡觉的地方。
在安龙的三年多时间，永历帝虽然被好吃好喝安置在由府衙改建成的行宫，但实际上处于软禁状态，并且他的三个儿子还早夭，草草安葬在安龙城外，是为三王墓。1657年孙可望同李定国火并，但所幸李定国得到多数朝臣拥护，孙可望只得逃出贵州，却向清朝献出西南地区地图。此时的永历帝一方面将希望寄托在李定国身上，另一方面则早有准备，派卜弥格出使梵蒂冈，向教皇讨救兵。
随着吴三桂大举进攻贵州，李定国护卫永历帝南下云南。当到达腾冲的时候，永历帝难忍饥饿，不得不到农家讨要食物。此时一户农家有饵块储存，李定国就让农家炒饵块给永历帝吃。而永历帝吃完后就饱了，连忙称赞李定国救了朕的大驾，于是炒饵块得名腾冲大救驾，成为云南一道名菜。
与此同时历经三年多漂泊，卜弥格终于到达威尼斯，见到了教皇亚历山大七世并递交永历帝亲笔信。但是教皇也无能为力，只是象征性颁布了【上大明中国睿智大皇帝书】，为永历帝祷告祈福。又经过三年周折，卜弥格在抵达云南边境时病逝，由随行的南明官员陈安德将教皇的信转交给永历帝复命。
毫无疑问，这时的南明早已山穷水尽，任何人都救不了永历帝。伴随着永历帝退出历史舞台，世间唯有上述提到的数处历史遗址和文物，来为十八年轰轰烈烈的南明抗清划下历史句号。
本文参考资料:贵州文物志，广东文物志，【南明史】，【明末清初在华传教士史料汇编】
