01 南京市博物馆
南京市博物馆为南京市博物总馆分支机构，是一座综合性历史艺术类博物馆，是江苏省、南京市爱国主义教育基地。馆址朝天宫，为国家AAAA级景区，位于南京水西门内运渎之北，背山面水，气势雄伟，为江南地区现存规模最大、保存最为完整的明清官式古建筑群落，素有「金陵第一胜迹」之美誉，也是全国重点文物保护单位之一。
南京市博物馆馆藏文物十万余件，上溯远古，下迄民国，藏品内涵丰富，具有很高的历史、艺术和科学价值。其中尤以南京人头骨化石、青瓷釉下彩神鸟瑞兽盘口壶、王谢家族墓志、青花萧何月下追韩信图梅瓶、镶金托云龙纹玉带、渔翁戏荷琥珀杯、七宝鎏金阿育王塔等一批文物蜚声中外，是各个历史时期的文物精粹的典型代表。
常设展览包括【龙蟠虎踞-南京城市史】、【玉堂佳器-馆藏精品展】、【云裳簪影-宋明服饰展】、【圣塔佛光-阿育王塔特别展】等。
02 太平天国历史博物馆
太平天国历史博物馆为南京市博物总馆分支机构，是国家设立的唯一太平天国史专题博物馆。是中国收藏太平天国文物最多、史料最丰富的专业研究机构。
馆址瞻园，是南京现存历史最久的一座园林，是江南四大名园之一，素有「金陵第一园」的美誉，全国重点文物保护单位。全园面积24500平米，其中建筑面积9600平米，园林绿化面积15500平米。
它初为明中山王徐达府邸之「西圃」，入清改作江宁布政使衙署。乾隆二次南巡时曾驻跸斯园，并御题「瞻园」匾额。太平天国时期是东王府和幼西王府。民国时期为江苏省省长公署、国民政府内政部等机构所在地。
太平天国历史博物馆常设【太平天国历史陈列】、【明中山王徐达文物史料展】及【清江宁布政使衙署文物史料展】，馆藏太平天国文物2800余件；各类文物及遗址、遗迹照片10000余张；清方原始档案、函札资料2000余卷宗。
其中包括团龙马褂、太平天国印制的【钦定士阶条例】、【钦定军次实录】、【钦定英杰归真】原刻本等一批稀世珍品，真切、详尽而全面地反映了这场轰轰烈烈的农民运动的始末。
03 梅园新村纪念馆
中共代表团梅园新村纪念馆为南京市博物总馆分支机构，位于南京市玄武区梅园新村历史文化街区汉府街18号-1，是纪念以周恩来为首的中共代表团，于1946年5月—1947年3月在南京与国民党政府进行国共和平谈判的革命历史性纪念馆。
中共代表团梅园新村纪念馆是全国爱国主义教育示范基地、全国红色旅游经典景区、国家AAAA级旅游景区。
中共代表团梅园新村纪念馆由中共代表团办事处旧址、国共南京谈判史料陈列馆、周恩来铜像、周恩来图书馆、八路军驻京办事处等组成。中共代表团办事处旧址，是全国重点文物保护单位，包括梅园新村17号、30号、35号。
梅园新村30号是周恩来、邓颖超办公和居住的地方。梅园新村35号是董必武、李维汉、廖承志、钱瑛等办公和居住的地方。梅园新村17号是中共代表团办事机构所在地。
常设展览为【梅园风范—国共南京谈判史料陈列】基本陈列，馆藏文物、藏品及珍贵历史资料近万件，真实反映了中共代表团艰苦的谈判历程。
04 南京市民俗博物馆
南京市民俗博物馆（南京市非物质文化遗产馆）为南京市博物馆总馆分支机构，是研究、展示、保护南京民俗文化以及南京非物质文化遗产的专业性博物馆。
同时为了全方位地展示南京的非物质文化遗产，保护和传承南京的非物质文化资源，在南京市民俗博物馆的基础之上又成立了南京市非物质文化遗产馆，使南京市非物质文化遗产馆成为全国首家民俗、非遗「双博馆」。
馆址为全国重点文物保护单位——甘熙宅第。甘熙宅第又名「甘熙故居」，民间俗称「九十九间半」、「甘家大院」，地处南京市白下区南捕厅15、17、19号和大板巷42、46号。
甘熙宅第为多进穿堂式古民居，是清代著名文人、方志学家甘熙的故居，始建于清嘉庆年间，距今已有约二百年历史，占地面积近万平米，是我国大中城市中规模较大、保存较完整的清代民居建筑群。
南京市民俗博物馆的常设展览包括【金陵甘氏家族历史陈列】、【南京育儿、婚嫁习俗陈列】、【南京非物质文化遗产代表性传承人展演】、【南京非物质文化遗产】展览等。
05 渡江胜利纪念馆
渡江胜利纪念馆为南京市博物总馆分支机构，位于南京市鼓楼区渡江路1号，由主馆区、渡江胜利广场、渡江胜利纪念碑等部分组成。总占地面积20000平方米，建筑面积约9000平方米，展厅面积4000余平方米。1987年邓小平为馆题写馆名。
主馆区使用仿木结构的外立面，并做成「木船」形状，寓意「驶向胜利之船」。渡江胜利广场上矗立着大型「千帆竞渡」群雕。群雕共分为六组，呈红色直线柱体形式，截面为红色五角星。其中最高的一根红色立柱长49.423米，象征着1949年4月23日南京解放。
渡江胜利纪念碑为省级文物保护单位, 双帆船形,碑座为紫绛色船体,碑身为白色双帆。纪念馆的常设展览为【天翻地覆慨而慷—渡江战役胜利纪念展】基本陈列。
06 江宁织造博物馆
江宁织造博物馆为南京市博物总馆分支机构，位于大行宫地区，是在清朝江宁织造遗址上建造的一座现代博物馆，由著名建筑学家、两院院士吴良镛先生担纲设计。
江宁织造博物馆建筑整体风格取中国山水画中深远、高远、平远之意境，将北高南低的建筑群尽可能用园林手法加以覆盖。
建筑内复建了织造署中原有的西池、楝亭、萱瑞堂、西堂等建筑，从南望北叠叠高起，如同一幅江南山水画，是现代建筑的语言和传统园林建筑结合的经典之作。
江宁织造博物馆常设展览包括【江宁织造】、【云锦天衣】、【红楼梦曲】、【中国旗袍】、【云锦精品】等，此外还设有【红楼影院】、【时尚发布中心】、【织署戏台】、【红楼书场】、【红楼梦图书馆】等展演和服务设施，是展示江宁织造、南京云锦及红楼梦历史和文化的新型博物馆。
07 六朝博物馆
六朝博物馆是南京最大的专题展示六朝文物、展示六朝历史文化的专题断代史博物馆。六朝博物馆为南京市博物总馆分支机构，位于南京市玄武区长江路302号，馆址系原六朝建康城遗址的一部分。建筑面积为2.3万多平方米，由美国贝氏建筑事务所设计，体系化地将贝氏建筑模数、贝式建筑几何、贝氏建筑光影运用于此。
六朝博物馆展陈的核心主题是展示「东方大都会」的风采，常设【六朝帝都】、【回望六朝】、【六朝风采】和【六朝人杰】四个展览，2015年被评为第十二届「全国十大陈列精品」。
