（超多圖預警~）
勉強回答一下：
謝 @徐勱 同學邀請~
遊戲上最著名的廢案首推「金銀版廢案」 （原名【Pokemon 2】），出現了之後不存在的精靈、場景和交通工具，城市設計和交通元素（滑板等）也有明顯改變。 而動畫上最大的廢案則是愛好者口中津津樂道的「首藤剛誌原案」 ，一個充斥著人與精靈關系和存在意義，並且並不陽光的動畫劇本。兩個廢案都是1997年前後提出在隨後的2年中正式作廢，所以寫在一起。而其他各代遊戲中，都存在測試版本內容、設定在正式發售後刪除的情況，雖然不如金銀版廢案那麽有名。
先說遊戲上著名的「金銀版廢案」：
最早關於這個口袋妖怪的二世代續作， 出現在一本名為【ゲーム批評】（【遊戲批評】的雜誌上） ，雜誌封麵包含了「金銀版原作」的人物設定和精靈設定，以下是1997年4月，第14期【遊戲批評】的封面，是最早的金銀廢案的設定，註意其中的除了班基拉的兩只精靈：
準確地說，這個時候還沒有「金銀版」這個概念，那個時候原作的名稱為【口袋妖怪2】（【Pokemon2 金/銀】），後期才改名為金銀。 而雜誌封面上的內容已經很「勁爆」，出現了兩個到現在都沒有出現過的精靈 。
最初的標題如下，來自於當時的任天堂網路宣傳：
GBC上面的【Pokemon2 金/銀】中，經歷了多個版本的改變， 導致最初的大量設定都沒有被繼承到最終的金銀版遊戲中 ，比如現在根本不存在的幾只精靈：
從【遊戲批評】的封面來看，出現很多「詭異」的精靈，比如位於左下角中這一只到現在也不知道是啥的精靈：
這只精靈的設定像是皮皮，而又有其他精靈的影子 ，而到現在，這一只精靈都沒有出現過，成為一個著名的廢案精靈案例。
而位於雜誌封面 右上角的某烏龜型精靈也是另一個精靈廢案的案例 ：
這個出現在1997年雜誌封面上面的精靈也是一直未能出場的「廢案」精靈，直到五世代遊戲中，出現了原蓋海龜之後，才出現了一只相似的精靈，只是不知道兩只精靈之間有沒有聯系。
不一樣的精靈也絕對不只這幾只， 最大的精靈廢案其實是金銀版的「禦三家」：
上圖中為最開始的金銀版「禦三家」設定，與後來的菊草葉、火球鼠、小鋸鱷的形象設定大相徑庭， 只有圖中最右側的綠色精靈和後來的菊草葉形象頗為相近 ，另外兩只完全淪為了不折不扣的「廢案」。
而除了禦三家之外，還有更多的精靈成為「廢案」，圖中後四只精靈， 第二行最左邊的一只應該是麒麟奇的原案，而第二行最右邊應該是千針魚的原案 ，而第二行中間那只蟲系精靈，則一直最終沒有成為一個正式釋出的精靈。
而網路上面流傳的其他幾個精靈，不知道是否是官方的原案，但是看起來和最終版本的蚊香蝌蚪、圓蝌蚪等精靈相似，但是與正式釋出的版本仍然存在的差異。（這幾只存疑）
當然，精靈只是一個方面，「金銀廢案」和正式版發售中區別最大的一個方面則是場景，1997年公布的遊戲原案中，特報6部份公布的幾個場景，全部沒有出現在正作中 ：
這是最初的金銀原案中的四個遊戲場景，全都不見於正作遊戲， 左上角的地方從建築風格看應該是後來金銀版中的圓珠市 （中心城市，玲玲塔所在地，原型為日本京都）， 右上角的場景應該是城都地方的若葉鎮 （初始城鎮），左下角場景應該為滿金市，而右下角閘門看著像45號路。而這些場景都沒有在正作遊戲中出現。
不過，這些場景確實很多作為了金銀版城市設計的雛形初現，很多場景確實沒有出現在金銀版的正作之中，但是已經和最終釋出的版本非常相近，場景元素相仿，只是位置和風格發生了變化。
比如初始城鎮若葉鎮，原案中藍色的色調+主角+小銀並沒有完全繼承到遊戲中，但是這個場景構圖並沒有完全廢棄，經過α、β兩個版本設計的變化，最終變為了金銀版綠色調的若葉鎮，房屋和水面位置都有了調整，然而鎮子的大體面貌還是得到了保留。
又如儈皮鎮（城都地方第二道館蟲系道館所在地），建築和道路位置發生了不小的改變，但是核心元素，道館、鋼鐵先生住處、精靈中心等核心位置已經在β版本中確認：
這種例子數不勝數，網上都有最初的構圖和設計原案，大家可以自己去看，雖為廢案，但是實際上並沒有完全作廢。
除了精靈和場景外，還有很多並沒有「兌現」的遊戲元素，其中一個就是交通方式——滑板，在正作金銀中被取消 ：
最初1997年特報中提出要增加交通方式，為訓練師提供便利的交通方式，其中兌現了自由車，並且設計並保留了「單車路」這種場景和遊戲元素， 但是一度風傳的滑板卻並未上線。
據說這是一種新型的交通方式，便利性如同自由車，但是並未真正出現在遊戲中， 一說是因為教育角度考慮，防止為年輕人倡導較為危險的滑板 。截止到目前，口袋妖怪已經有七代正作，尚未出現滑板這種交通方式，只有滑輪溜冰鞋（如六世代XY中，直接使用搖桿就可以進入滑輪溜冰鞋模式）。
1997年的廢案並不僅僅只有遊戲廢案，還有最為著名的動畫廢案——「首藤剛誌」原案 。只是相比於遊戲廢案而言，這個動畫廢案仍然包含著大量觀眾和愛好者的猜測，因為其並沒有留下太多文字和圖片的內容，只有無印篇前期動畫中出現不少原案的設定，被人討論至今。
所謂「首藤剛誌原案」就是1997年的時候，首藤剛誌為口袋妖怪動畫構築的世界觀和故事。最初設定中，口袋妖怪世界和現實世界重合，世代背景則是戰後日本，出現了現實世界的國度，比如美國空軍退休士兵馬誌士（枯葉道館館主）等內容。 故事則大致講述了小智奪得冠軍後，成為大師，共同處理隨後爆發的精靈大起義。以及第三部劇場版【復活的暴龍化石】講述的人類和精靈共同阻止現實世界動物出現。
關於這個故事的內容和設定，現在只來源於首藤剛誌未能完成的小說和兩篇網路專欄（其本人在2010年去世，很多原案內容早已不可考）以及無印篇早期遺留下來的大量設定矛盾。以及遺留下來的各種伏筆。（如喵喵學會說話其實為了調停人類和精靈的矛盾）
關於動畫原案這部份，我先前已經有過詳細的回答，大家可以參見：
瘋癲的A兵者：首藤剛誌之後，口袋妖怪世界觀發生了怎樣的改變？
只是因為這部份內容只有遺留下來的蛛絲馬跡和觀眾猜測，具體內容已經很難得到確切求證，各位姑且一看就好。
本學期填坑工程進行中，將不斷更新幾個專欄中的文章以及之前未來得及回答的邀請，很多問題收到邀請後鴿了很長時間，對於相關的朋友表示歉意，之後會定期填坑~
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