結論：
直接看是哪只 （漫畫）
事先整備好放置順序 （動畫）
使用「選單」 （遊戲）
使用圖鑒 （共通）
大部份人因為持有的神奇寶貝數量太少而沒有此需求
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警告：討論部份歪樓嚴重
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首先分遊戲，動畫，漫畫（單指【神奇寶貝特別篇】）。
這件事情得先從神奇寶貝球說起。
正統的神奇寶貝（遊戲，動畫加黑設定）設定中神奇寶貝球內部據說裝潢不錯，更有
華麗球這種來自資本主義的銀彈。 但是很明顯，神奇寶貝球是不透明的。
這點成為了漫畫與其他兩者的區別。漫畫中神奇寶貝球一半透明，而且神奇寶貝們可以在球中對話，賣萌，蓄力招數甚至破壞神奇寶貝球…… 因此漫畫中只需看一眼就可以分清楚是哪只。
PS： 不過既然如此，反正放不出來還會造成對戰困難（VS阪木）。那麽為什麽不直接全放出來圍觀呢？就算遵循戰鬥規則也沒必要啊……
而神奇寶貝球的定義在不同世代都有變化，在動畫中經常有神奇寶貝在受傷/氣絕/中毒……進不了寶貝球而造成危機的情況，可見神奇寶貝球有一定的 冷藏櫃 的作用。
然後共通點是， 神奇寶貝球有膠囊設計 ，所以雖然在動畫中沒怎麽看出來大部份人是從哪裏摸出一個球變大砸出去的，但至少 小智是像西部牛仔一樣用了某種裝置別在褲腰帶上的。
那麽這時就很簡單了，首先把神奇寶貝全放出來，再一個一個收回來就行了。
這還是建立在全部的球長得一樣的情況下，事實上我們可以 使用不同的神奇寶貝球 ，或者從珍珠鉆石起引進的
貼紙等。詳細方法參見各類卡牌類桌遊。
接下來，先討論一個很討厭的問題——關於神奇寶貝的時間發展問題。
特別篇中，時間是有大致規劃的。跨越不算太大。 科技發展程度就邏輯上來說也差不多 。（都很黑科技）
遊戲中從gen1（紅綠）到gen6（XY）的各代正統作品中，時間順序為：
紅綠黃，火紅綠葉】一段時間後】金銀水晶，心金魂銀】？？】紅藍綠寶石】？？】珍珠鉆石白金】？？】黑白1】一年】黑白2】？？】XY
可見，除了gen1與gen2與gen5兩代之間有比較明確的繼承關系之外，就只剩一些小細節提示時間順序了。比如
嘉德麗雅和一群沒事就度假的冠軍館主與沒事就拋下道館打錦標賽的冠軍館主等。但是 時間順序是明確的，科技跨越也不小 。
最後是動畫了。雖然智爺號稱永久的十歲，但是各個世代之間無疑是有時間差的（廢話）。最明顯的就是小瑤在珍珠鉆石篇再露臉時贏得了方元的舞姬的稱號：在寶石篇結束前小瑤還是一個類似於選秀新星的程度，但是再出場時已經是小明星的等級了——所以時間跨度還是存在的。
那麽問題在於，在小智旅行期間，「神奇寶貝——人類」文明的科技進步了多少呢？
神奇寶貝圖鑒
（圖片來自神奇寶貝百科）
不上太多的圖，但是可以很明顯的看出， 圖鑒的發展為：GB，GBC，GBA，NDS，智慧型手機，平板電腦。
越來越高科技了，大木你就是渣啊！
比起其他東西，圖鑒能更直觀的反應出時代的進步。
我提出個大膽的假設： 神奇寶貝圖鑒具有「神奇寶貝管理系統」！
就像XY那樣，沒有3ds的ds們可以想象成嗶嗶小子3000那樣方便的黑科技。
在遊戲中，不用多說，我們都是用選單來管理神奇寶貝的，但是無論是手機，手表還是什麽其他的神奇東西，解釋成神奇寶貝圖鑒都不過分。
在漫畫中，圖鑒可以直接看血條和等級（……），那麽真是想怎麽管理就怎麽管理了。
事實上，由於圖鑒在解釋中有「按B鍵可以取消前進演化的功能」（動畫遊戲漫畫通用設定，因為圖鑒實質上是掌機的化身）。那麽你說你沒有這種功能我反而不太相信了……
但在動畫中就比較尷尬了，最近圖鑒的存在感只剩下念念神奇寶貝圖鑒了，專業性還不如AB站內建的字幕君。
所以，關於圖鑒的問題最大的破綻在於：神奇寶貝——人類文明發展程度如何？
根據設定，我們知道神奇寶貝球剛剛發展了數年，而神奇寶貝圖鑒這是在這之後出現的。並且是個博士好像都會做。
在漫畫中，圖鑒的作用十分之炫酷，是區別路人和主角的重要途徑——「圖鑒持有者」。
在動畫中，雖然看起來博士亂發圖鑒，但是考慮到不到一年（笑）的時間估計整個世界都沒發很多。
在遊戲中……所以這是要鬧哪樣啊！
總之，從gen1到gen6之間科技的跨度一方面很大（遊戲，漫畫），一方面很小（遊戲，動畫）。 從GB到未來的半透明界面平板電腦只要1年不到，就算有什麽奇怪的套用或者科技發展也不會有問題吧。
另一個不容忽視的細節在於， 很多人沒有很多的神奇寶貝，除了專業的神奇寶貝訓練師，大部份人是養不了6只戴在身上的。 （養過貓狗的都知道，一只就能折騰死你了）所以他們就算沒有圖鑒也沒有關系呢！
另一方面，前面提過由於神奇寶貝球沒有出現幾年（動畫邏輯），神奇寶貝聯盟根本也沒出現幾年。再聯系智爺的對戰遭遇與感情遭遇，很可能「10歲就可踏上旅程」這一點根本就是政府的陰謀外加少子化的對策罷了……
事情就是這樣啦~動畫你繼續編吧！
