（最近更新08/21）3萬字長文詳細整理崩壞三時間線。
暫停更新：因學業繁忙，加之往世樂土劇情零散難以整理，故決定於2021.09.27開始暫停更新，希望各位諒解。目前更新至往世樂土第一部份劇情。恢復更新時間待定。期間可能會非週期性回復評論區疑問。
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歡迎關註我的專欄（可以當作已經停更）。專欄裏有後崩壞書的專題解析（共十篇文章），以及幾個任務的個人傳記，歡迎查閱。
一點建議：
本編年史使用上帝視角敘述劇情， 劇透會影響遊戲體驗 。強烈建議親自體驗劇情和相關漫畫和小說。本年表只按時間順序記錄主要事件，並不能詳實的記錄事件發生的動機以及人物感情，因此 如果沒有看過原作內容可能會難以理解 。
註：
- 本編年史所依據的內容主要為 主線漫畫、番外漫畫、視覺小說、主線劇情（含動畫短片） 以及 一部份編年史劇情 。部份漫畫及設定已經被官方刪除，這裏不予深挖，如果後續官方刪除有關劇情的漫畫，本文也將一並刪除有關片段。 不包含活動劇情。 漫畫及視覺小說連結（視覺小說的遊戲內獎勵必須在遊戲內進入才能領取）。
- 對於部份設定前後沖突，一般以釋出時間靠後的為準（有例外）。對於有歷史原型的部份，以遊戲內為準， 請勿將遊戲與現實混為一談 。不排除部份設定被推翻的可能。 對於微調的設定可能不會隨時修改。
- 由於崩壞3的團隊成員受EVA（即日本動畫系列【新世紀福音戰士】）影響很深，在遊戲劇情中時常可以看到對EVA中某些設定、概念或名場景的借鑒。雖然對EVA每個人都有自己的解讀，但筆者認為崩壞3與EVA的有著相同的內核：想要表達「愛、感情與人性的力量」。因此崩壞3的一些劇情可能不能以普遍理性而論。
- 個人能力有限，如有紕漏還請見諒。歡迎評論並提出改進意見。
更新日誌： 最近更新：07/09：主線第二十五章【點燃明日的火焰】加入。2010年事件略微調整。近期準備對文章內所有的錯字及語病進行修改，並對表述不清或繁復的地方進行重寫，可能會有若幹次小更新，不會計入更新日誌。
07/13：將主線劇情時間再次調整為2016年，保留了視覺小說與主線劇情的沖突。多出細節修改。
08/19：更新了部份往世樂土的劇情。但往世樂土活動中又大量未回收的餅，暫且略過。
08/21：細化了部份往世樂土劇情。
MAY ALL THE BEAUTY BE BLESSED.
零、 前文明紀元（約52000 B.C.）
（前文明紀元的故事沒有明確紀年時間，僅按照時間順序排序）
五萬兩千多年前 上個世代的人類已經發展出高度的文明，擁有共同的文化、文字和技術風格（應該是類似於兩河流域的風格），分布在除了（現在的）美洲大陸之外的其他陸地上。
五萬年前 崩壞誕生，在之後的時光中，崩壞隨著人類文明的發展變得越發強大。整個前文明紀元的歷史可以說就是與崩壞的抗爭史。
前文明紀元對抗崩壞的組織： 逐火之蛾成立 。已知愛莉希雅和梅比烏斯是應該是最先進入逐火之蛾的。
崩壞現象的頂級產物律者開始誕生。大量的崩壞能聚集在某一個特殊人類體內，形成一個律者核心，使人擁有超越物理規律的力量。同時，崩壞能還會侵蝕這個人類的心智，使之成為崩壞對抗人類的最強手段。
第一律者 （理之律者）、 第二律者 （空之律者）誕生。第二律者的屍體曾被梅比烏斯私自解剖。
凱文和梅進入長空市千羽學園，凱文愛上梅。千劫和蘇成為凱文的同學。這時候藝術家伊甸已經開始展露頭角，凱文和蘇還曾經看過伊甸的演出。
第三次崩壞爆發（波及範圍遍及東南亞，至少包含了滄海市、長空市與天穹市），在這次崩壞中，在滄海市上大學的符華被女武神小隊的隊長Himiko所救（更詳細的情況參見主線劇情），加入逐火之蛾。梅比烏斯找到梅進行談話，因為梅願意「為了人類更美好的未來與人類為敵」而引薦其進入逐火之蛾。凱文隨同加入成為士兵。在此期間蘇成為了醫生，但感染了崩壞病，使用治療崩壞病的藥物（實際上是從一千名崩壞病犧牲者的血液中提取的血清，其中包含蘇的前輩前輩法爾主任）撿回了性命，因為對治療崩壞病的強烈信念被司帕希博士（逐火之蛾第五科學部的建立者，元老科學家）吸納進入逐火之蛾。
註意：前文明的各個地點與本世代文明沒有太多關系，可以理解為是一種輪回。同樣的設定也出現在很多人物身上，比如前文明Himiko與本世代姬子（Himiko是「姬子」的日語羅馬音）、前文明櫻與妹妹鈴對應本世代八重櫻與妹妹八重凜、前文明梅（Mei）與本世代雷電芽衣（Mei是「芽衣」的日語羅馬音）。但是符華（Hua）與凱文等人確實作為先行者從前文明一直活到了現代。神之鍵計劃 啟動，該計劃的主旨是利用已被殺死的律者體內的律者核心制作武器，在一定程度上繼承該律者的力量為人類所用。神之鍵的列表寫在前文明史後面。然而這一計劃無法被所有人認可，反對者派遣被人稱為「勿忘我」的殺手（櫻，隸屬於另一個組織「毒蛹」）對梅進行了刺殺，凱文為保護梅負傷，刺殺失敗。在從逐火之蛾得知崩壞會多次發生後，為了保護妹妹鈴，櫻加入了逐火之蛾。
三年後，人類已經擊敗 第三律者 （雷之律者）、 第四律者 （風之律者）、 第五律者 （冰之律者）、 第六律者 （死之律者）。
梅比烏斯私自對蘇進行了融合戰士手術，並以實驗的成功作為籌碼與已經成為逐火之蛾領導者的梅見面，由此梅比烏斯與梅開啟了 融合戰士計劃 。該計劃將適格者與崩壞獸融合創造出超級士兵。凱文（融合了帝王級崩壞獸帕凡提）、櫻、愛莉希雅（融合了末法級崩壞獸大自在天）與梅比烏斯組成了最初的融合戰士部隊。
與崩壞獸融合將會產生諸多負面效應，隨著被融合的崩壞獸的不而有所區別（比如愛莉希雅、梅比烏斯、櫻身體上的變化，以及凱文低到可以在水面行走的體溫）。另外，與崩壞獸融合後，其他人類對他們的排斥與歧視也是重要的負面效應之一。更進一步，過於強大的力量導致逐火之蛾也對他們有所提防。而且，融合戰士計劃有著更深的隱情，只有梅、梅比烏斯以及極少數進行過進一步手術的融合戰士知曉。符華所屬的第五小隊隊長姬子（Himeko）成為 第七律者 （炎之律者）一周內將澳洲化為火海。凱文戰勝第七律者。大火燃起時，著名藝術家伊甸正在澳洲巨蛋內演出，幸存了下來，並進入了逐火之蛾。當發現在災難中自己已經無法在舞台上掃除人們眼中的烏霾後，伊甸決定進行超變手術，成為融合戰士。
第八律者 （意識之律者）誕生。它的能力是一種模因武器，人類只要看到它汙染過的「詞匯」或者「概念」，就會陷入沈睡。很快「逐火之蛾」這個概念被汙染，組織內大部份成員陷入昏睡（融合戰士千劫也在其列）。梅及時研發了「意識枷鎖」，在看到特定關鍵詞時進行過濾，但這種藥物的有效期很短。蘇被改造成精神感知型融合戰士。前文明派遣了若幹名「觀測者」，主動進入夢境並尋找第八律者的蹤跡。最終，蘇定位了第八律者並將其消滅，蘇的導師司帕希博士在背叛中犧牲。此時千劫已經加入逐火之蛾，並被第八律者拉入夢境。
為了讓千劫成為制衡某場賽局的「劫財」，愛莉希雅將受到管制的千劫帶到了「至深之處」，在哪裏與一位精神感知型融合戰士阿波尼亞戰鬥，後者用「戒律」封印了千劫的力量。（阿波尼亞：應該是後來的逐火十三英桀之一，「制約之人」。已經涉過冥河，無法以人衡量的存在，精神感知型融合戰士。曾經在與千劫的戰鬥中負傷。是完成往世樂土不可或缺的人之一（另一個是蘇））。
（漫畫武裝人偶）為了減少人類戰士傷亡，武裝人偶計劃誕生。但因程式設計問題，武裝人偶與人類產生沖突，後來被人類賦予更高權力並放歸其自由。（這一部份是否可以並入主線目前存疑，下一段的武裝人偶部份也是如此）
第九律者 （巖之律者或地之律者）引發的擬似黑洞破壞了大陸結構，吞噬了穆大陸，被凱文使用天火聖裁擊敗。穆大陸的部份碎片進入量子之海，位於穆大陸的空間裝置海淵之眼沈入海底（海淵城）。武裝人偶的國度被海淵之眼卷入量子之海，成為一個單獨的世界泡。（後來薛丁格在量子之海中漂流時曾經來到這裏）
第七律者覺醒半年後。 第十律者 （支配之律者、千人律者）誕生，最終被梅使用無編號神之鍵空白之鍵操控天火聖裁擊敗。該律者與其他律者不同，分為共計一千個能力較弱的律者，深度滲透了逐火之蛾，使後者遭受極大損失。千劫的副官伊默爾（L10-461）成為其中之一，其能力是極端弱化了的死之律者能力，無法輕易被殺死。其中的兩百個個體（包含伊默爾）在P-21海域被凱文殺死。該律者亦產生了一千個律者核心，被制作成了量產型的眾多神之鍵（軒轅劍）。利用這些神之鍵，梅比烏斯開啟了使用 Meta-Morph制劑 （簡稱MM制劑）產生融合戰士的計劃，期望在絕望的逆境中有人能啟用超編基因。
半年後，符華在對戰迦尼薩的戰鬥中啟用超變基因（可以看作融合了崩壞獸貝納勒斯），掌握第十神之鍵之一的太虛之握形態。符華成為融合戰士。這也許是第一個沒有經過痛苦的手術就成為融合戰士的例子。後來符華還透過了緩慢改造身體的 「神音」計劃 。但也因此符華被梅比烏斯盯上，似乎強迫其進行了融合戰士的進一步手術。
為了得到千劫身上神秘力量的謎團，梅比烏斯嘗試使用各種手段企圖讓千劫成為融合戰士。千劫也進行了MM制劑的實驗，但是損毀了兩百把支配之鍵後仍不能超變，被迫暫停。為了讓千劫感受到絕望的逆境，甚至讓其他融合戰士與之對戰，造成了融合戰士的死亡，但仍然以失敗告終。最終梅比烏斯對其進行了特殊的手術（融合了末法級崩壞獸非天），似乎造成了某種特殊的後果。手術後的千劫可以與凱文戰鬥而不落下風（甚至沒使用神之鍵）。
關於千劫，又很多謎團尚未解開。他的力量可能來源於故鄉的異常祭祀。蘇曾經在他的精神世界裏看到過一扇窄門（「窄門」作為宗教符號，一般意味著「僅有一人可以透過的永生之門」）。約四年後， 第十一律者 （約束之律者）誕生。該律者可以產生一塊半徑一百公裏，其中剝奪崩壞能與生物電的結界，逐火之蛾的武器及融合戰士在祂面前無力反擊。梅命令融合戰士作為炮灰進入結界自殺，用自己體內的崩壞能將約束之律者剝奪崩壞能的上限填滿，隨後華使用羽渡塵控制住約束之律者後由凱文使用天火聖裁擊殺。千劫在戰鬥初期被結界影響失去戰鬥力，但蘇進入了他的精神世界解開了戒律讓他恢復了戰鬥力。逐火之蛾損失慘重，從土地上流出的鮮血被凱文凍結成暗紅的海浪，該事件被稱為「 約束的慘劇 」。此次事件結束後人類僅剩最後的的三座城市。
戰鬥結束後融合戰士僅剩余十三人，合稱「 逐火十三英桀 」。凱文來到「至深之處」強行帶阿波尼亞歸隊。由愛莉希雅提議、伊甸出資、梅比烏斯提供技術、阿波尼亞與蘇合力建造了「往世樂土」，將十三英桀的記憶復制保存。
逐火十三英桀：第一位·凱文；第二位·愛莉希雅；第四位·伊甸；第六位·千劫；第七位·蘇；第八位·櫻；第十位·梅比烏斯；第十二位·華。阿波尼亞應該也是其中之一，位次不明。在某個軍事基地的三十三層，前文明融合戰士櫻的妹妹鈴作為疑似 第十二律者 （侵蝕之律者）被關押。痛恨律者的士兵未經授權就殺死了鈴，第十二律者覺醒，對軍事基地進行了屠殺。被凱文擊敗後，第十二律者轉變為擁有意識的網路病毒，控制了核彈發射井，摧毀了前文明僅存的三座城市，人類文明幾乎斷絕。櫻無法接受這樣的事實，在與之對抗的過程中重傷犧牲，梅借此將第十二律者封印在黑匣子中。符華使用神之鍵保護了基地內的大多數人。事後梅比烏斯私自開啟了黑匣子並讓其附著在華身上，但目的及後續未知。本次事件造成軍事基地內15626人死亡，被記錄在一塊魂鋼中流傳下來，黑匣子亦流傳於世。凱文向死去的櫻發誓，人類一定會消滅崩壞。伊甸認為人類已無可能戰勝崩壞，將往世樂土（黃金庭院）贈送給梅比烏斯。伊甸進行融合戰士手術。
第十三律者誕生（無任何資訊）。
第十四律者（終焉之律者）誕生，擁有對崩壞能的絕對支配能力。人類最強的八位戰士（包括凱文和符華）在月球與之決戰，梅使用月光王座命中終焉之律者，只使之流失了2%的崩壞能。解除限制之後，以月光王座報廢為代價也只使終焉之律者流失了30%的能量，作戰失敗。但部份溢位的崩壞（神）力量被月球暗面的裝置封印。
梅將自己的研究轉錄進人類的DNA中，大大提高了幸存的前文明人類的抗崩壞能力。梅使用試管嬰兒技術融合自己與凱文的DNA，誕生一名嬰兒。月光王座技術被以較為原始的技術記錄下來。梅犧牲。前文明的先行者（蒼玄、丹朱、華、凱文和他的孩子、蘇）進入休眠，等待引導下個文明對抗崩壞。而伊甸作為則認為自己屬於她的時代，選擇留下。前文明紀元終結。
前文明的人類傳承計劃：
- 方舟計劃：一艘離開太陽系，尋找新家園的太空船，上面載有地球基因庫。
- 火種計劃：由蒼玄、丹朱、符華進行，向本世代文明教授超前知識。
- 恒沙計劃：由蘇進行使用第二神之鍵不斷觀測其他世界線，尋找一種人類戰勝崩壞的結局。
- 聖痕計劃：開始時由蘇進行，但後來凱文要求由自己進行。最後的王牌，以犧牲絕大多數（千不存一）人類為代價，篩選出有崩壞抗性的人類，從而戰勝崩壞。
- 監察者計劃：由蘇負責，為了防止凱文在不必要的情況下開始聖痕計劃，梅安排SU在必要時刻使用第二神之鍵第一額定功率封印凱文。
先行者約定每隔一段時間（十年）就會聚集在一起（英國泰晤士河底907號避難所），交代傳承計劃的相關事宜。（詳情請見本世代的五世紀末）
前文明紀元的遺產：
1. 聖痕：由梅轉錄的DNA形成的聖痕，可以增強抗崩壞能力，並在人的背後凝聚成圖案，但是在無數年後，聖痕基因被不斷打亂，普通人體內的聖痕力量不斷減弱（後來世界蛇組織就試圖喚醒這種力量）。在某些設定中，歷史上著名人物也會用某種方式留下自己的聖痕，這種聖痕的力量很強大。此外，天命還透過活體實驗的方式制造人工聖痕，以犧牲無辜試驗品的生命為代價進行量產，供給女武神部隊使用（本世代第二律者就是其中的一個試驗品）。
2. 聖遺物：第三律者誕生之前用來對抗崩壞的利器，由律者核心的殘片驅動。目前被天命發掘出五把（2nd、3rd、5th、7th、11th）。（此設定已經逐漸被棄用）
3. 神之鍵：前文明第三律者誕生之後用來對抗崩壞的利器，使用律者核心本體驅動。
4. 幽蘭黛爾（聖劍）：在前文明紀元覆滅前的百年之內，一個禁欲系社團制造的機器學習裝置，可能是因為由魂鋼制成的原因可以化身為寶劍。在休眠之後來到了當前文明，曾經成為羅蘭的聖劍，目前為幽蘭黛爾持有。
5. 月光王座：月光王座技術被以較為原始的技術記錄下來，被本世代的古人類轉寫成死海文書。該技術的主要「原理」是將崩壞能轉化為其他形式的能量，從而使律者的能量流失。在設定中，能量不僅會被轉化到這個世界。事實上，其中大部份能量會被轉移到量子之海中，能量之大甚至擁有創世之力，可以在量子之海中形成一個世界泡（後來幽蘭黛爾和莉塔在視覺小說中進入的世界泡）。
6. 魂鋼：記錄著大量前文明紀元資訊，後來被天命壟斷控制。有虛空萬藏且壟斷了魂鋼的天命因此得以對抗崩壞。在設定中，魂鋼是由無數極小的奈米機器人構成的裝置，也正因如此，魂鋼的形態可以進行變化。前文明紀元還在多個位置留下了記錄著前文明科技的魂鋼球形電腦，由先行者蒼玄管理，以便延續前文明科學技術。
7. 月之暗面：月球暗面存有關於封印崩壞能的技術的魂鋼，以及被前文明紀元封印的崩壞（神）的力量。
8. 武裝人偶：設定較為混亂。一說是編入程式的魂鋼核心與武器結合而成的自律戰鬥兵器，後來被人類放權，進入量子之海的世界泡中生活。在另一種說法中，凱文曾經將自己百分之一的力量化為武裝人偶，守護第二神之鍵。
一、 本世代文明前期（約2500 B.C.至A.D. 1952）
先行者蘇醒。凱文自稱卡斯蘭娜。符華、蒼玄和丹朱來到了神州，成為神州的守護者，教授本世代文明超前的知識，並保管量子電腦。約公元前2500年 ，SU開始使用第二神之鍵觀測其他平行世界（雖然沒有明確說明，但是SU的後裔很可能就是阿波卡利斯家族）。
公元前2177年 亞洲南部第一次出現被崩壞感染的動物，被姬麟消滅。
在此期間，姬麟手持軒轅劍與邪獸蚩尤戰鬥，蒼玄和丹朱犧牲自己將蚩尤封印在九幽之地，但姬麟也一同被封印。一年後，姬麟的愛人連山前來立碑紀念。在漫長的歲月中姬麟逐漸黑化。（在遊戲外傳中，休伯利安一行人後來找到了九幽，不小心破壞了封印，擊敗了黑化的姬麟，解脫了她漫長的痛苦，並用休伯利安主炮殺死了蚩尤。）
約五世紀末 英國泰晤士河底907號避難所，人類傳承計劃的執行者聚集在一起。方舟計劃宣告失敗：本應在十五年前發回訊息的方舟至今杳無音訊。符華的火種計劃宣告失敗：向新人類教授超前的知識將會導致崩壞提前到來，催生強大的崩壞獸。SU的恒沙計劃毫無成果：至今沒能找到一個符合條件的世界線。凱文企圖開始聖痕計劃，但是被SU阻止。雖然凱文接連擊破了SU使用的伊甸之星和黑淵白花，但最終被第二神之鍵第一額定功率「視界反演」所封印。凱文的追隨者隨後形成了極端反崩壞組織世界蛇，等待凱文（尊主）回歸。
約七世紀 盛唐時期，蒼玄之書失去能源，赤鳶仙人孤身一人。符華的性格變得逐漸孤僻，火種計劃的失敗使得她對於超前技術極度敏感，在漫長的歲月中不斷討伐「走火入魔」之人（也就是被崩壞侵蝕的人），並且嚴格限制前文明技術的使用。
約十世紀 第十二神之鍵黑匣子以紫色盒子的形式落入天命手中，金色盒子形式的第一神之鍵不知何時以「從亞洲帶回來的舍利子」的名義供奉在阿波卡利斯家族的聖堂中。
約十四世紀 崩壞獸再次出現在歐洲，天命已經初具規模，組建騎士團並研發武器。崩壞轉為黑死病的形式肆虐。
1440年 林朝雨出生。
1446年 九幽遺族企圖復活遠古邪獸蚩尤，被赤鳶真人挫敗圖謀，並帶走了失去父母的林朝雨。
1453年 卡蓮·卡斯蘭娜出生
1455年 蘇湄出生。
約1457年 奧托·阿波卡利斯出生。
1456年 聖火教教主閻世羅在蓮花大會擊敗三派掌門。
1458年 赤鳶仙人開宗立派，收林朝雨（持有軒轅劍輕塵柳，江湖人稱輕塵劍，後成為新太虛劍派掌門）為大弟子，收蘇湄（軒轅劍無雙）為二徒。
1461年 赤鳶仙人討伐閻世羅，收第三徒江婉兮（軒轅劍風清揚）、第四徒江婉如、第五徒淩霜（江湖人稱無上自在）。（根據主線第21章的暗示，淩霜很可能覺醒了聖痕）
1466年 卡蓮的父親在戰鬥中使用天火聖裁而死。奧托第一次接觸第一神之鍵虛空萬藏。
1467年 赤鳶仙人收第七徒秦素衣（軒轅劍墨染香），江湖人稱染香劍。（第六徒馬彥卿入太虛派時間未知（軒轅劍赤絕影，江湖人稱百裏逐駒，後改名馬非馬））
1469年 卡蓮成為女武神部隊隊長
1470年 黑死病肆虐，天命以保護為由介入歐洲各國政界。奧托研制黑死病解藥，解救埃莉諾·沙尼亞特，後者成為女武神。
1472年 八重櫻獻祭妹妹八重凜。
1475年 天命東征神州，在欽察草原展開決戰，不敵大明。遂使用崩壞能武器並派出卡蓮。赤鳶仙人迎戰並擊敗卡蓮。天命損失慘重，發行贖罪券，引發民怨。
1476年 赤鳶仙人被七徒聯手殺死（主謀為二徒蘇湄，原因符華想要殺死被崩壞侵蝕的四徒江婉如），民間認為仙人霞舉飛升，太虛山失火，七徒星散，二徒蘇湄在南疆創辦無雙門。（紫鳶篇）：卡蓮化身怪盜第六夜劫富濟貧，意外發現了維克多府邸的第十二神之鍵紫盒子試驗。在行俠仗義的過程中還救下了煽動革命的莎士比亞。埃莉諾參與紫盒子試驗，卻被侵蝕律者所侵蝕失去理智，卡蓮和奧托聯手將其擊敗。卡蓮封印侵蝕律者。同隨後卡蓮偷走封印侵蝕律者的盒子來到神州，發現太虛山已成廢墟，後來來到極東之地，被八重櫻發現。奧托得到第一神之鍵虛空萬藏。
1477年 （緋櫻篇）：八重櫻被侵蝕律者侵蝕，成為擬似律者。被卡蓮使用空投的第十一神之鍵猶大的誓約擊敗。同年卡蓮抓回天命。古堡議會（與天命爭奪權力的議事機構）大肆宣揚卡蓮的罪行，作為卡斯蘭娜家最後的血脈，古堡議會準備處死卡蓮以摧毀天命的一角。另一方面，阿波卡利斯家族的尼克拉斯主教（奧托父親）為了控制卡斯蘭娜，同時避免天命被削弱力量，準備讓奧托與卡蓮成婚，並讓奧托繼承主教之位。但是卡蓮拒絕成為主教的棋子，一心求死。在執行絞刑的過程中，奧托釋放崩壞獸引起混亂試圖帶走卡蓮，但卡蓮為了保護平民被崩壞獸殺死。（此次事件意義重大，直接導致了奧托以利用死之律者復活卡蓮為第一目標，多次消極作戰）
1478年 林朝雨與馬彥卿成婚。
1479年 赤鳶第七徒秦素衣重返江湖，與「川公子」李紳成婚。
1481年 秦素衣誕下一女李素裳。
1486年 李素裳前往漠北拜赤鳶第五徒淩霜為師，學習太虛劍法。
1490年 金沙幫成立。
1491年 「老鷹」稱為金沙幫幫主，金沙幫稱霸大漠。
1496年 赤鳶仙人蘇醒，精神分裂（腦內出現林朝雨年輕時的幻影），開始尋找二十年前的真相，殺一徒（秦素衣）。林朝雨面見蘇湄，得知師傅未死。蘇湄派馬飛馬告知淩霜。李素裳功成，前往金沙幫試劍，見到了「羅剎人」奧托和疑似裝著卡蓮遺體的棺材（應該是來找赤鳶仙人復活卡蓮的）。李素裳對戰老鷹，在羅剎人的暗中幫助下重傷得勝，被羅剎人用黑淵白花治療。奧托隨李素裳找淩霜復命，半路遇到馬非馬，李素裳被其重傷，奧托與其戰鬥，但掌握虛空萬藏不久的他脫力敗北。馬非馬將兩人送回淩霜處。淩霜僅用一竹竿便大敗馬非馬。
1497年 第一位記錄在案的沙尼亞特家族成員出現。
1887年 符華出現在英國，與柯南道爾醫生拍照合影。
1934年 芙蕾德莉卡·尼古拉·特斯拉出生
1938年 麗瑟爾·艾伯特·愛因史坦出生
1946年 8歲的愛因史坦結識同盟國柏林城防司令部心理咨詢處的卡爾·古斯塔夫，進行心理輔導。認識古斯塔夫的表妹艾瑪·普朗克，並跟隨他去普林斯頓大學學習。
1947年 南茜·湯瑪斯·艾爾瓦·愛迪生以歐洲復興計劃為交換，建立天命北美支部。
二、 第一次崩壞及其余波（1952.01.01至2000.01.31）
1952或1953年1月1日 第一次崩壞（柏林崩壞） ，後來被叫做華瑟的人成為唯一的幸存者。古斯塔夫犧牲。參與作戰的女武神中只有瑪莎·莉莉·雅各布斯幸存。華瑟作為疑似律者被天命帶走進行試驗，編號Ω1。
1955年1月1日 柏林崩壞中幸存的女武神莉莉自殺。
1955年10月2日 華瑟來到帝國研究院第42研究室，見到特斯拉和愛因史坦，被取名為華瑟·喬伊斯。
1955年10月3日 在圖書館認識古文字專家，丹麥人埃裏阿斯·諾基安維塔寧。收到薛丁格的邀請前往蒙大拿。在紐約轉機時認識天命女武神（持有黑淵白花）蕾安娜·布裏甘媞亞。天命送給丹麥人一份死海文書。
1955年10月5日 到達美國黃石公園野鴨湖的前文明遺跡。結識愛迪生。在遺跡內發現了失蹤的魂鋼以及一條指向倫敦德裏（處女城）的線索。
1955年10月30日 登上倫敦德裏城墻，找到一條指向國家美術館的線索（【簡·格雷小姐的處刑】）。
1955年10月31日 來到國家美術館找到畫作，從畫作表面提取魂鋼。帶回實驗室交給前文明紀元留下的電腦艾妲進行分析。
大約這個時間點附近，丹麥人從死海文書中發現了將可控轉化崩壞能的方法（但被奧托惡意篡改）。
1955年11月1日 在愛迪生大廈地下實驗室，基於死海文書中的內容，月光王座計劃啟動。愛因史坦等人來到濱海紹森德小鎮度假，遇到符華。華瑟第一次接觸奧托，奧托勸說華瑟做自己的接班人被拒絕。
1955年11月23日 魂鋼破譯完成，發現一條指向列克星敦和自由之路的線索。
1955年11月24日1:00 三人來到自由之路，得知了前文明紀元第十二律者屠殺軍事基地的往事。在列克星敦得到了第九神之鍵伊甸之星。與此同時，愛迪生實驗室中，月光王座計劃因為奧托篡改數據而失控，紐約地震。薛丁格被崩壞侵蝕失控，找到華瑟並喚醒了他的律者能力。6:45，三人在前往紐約途中遇到蕾安娜。11:00，三人在紐約海濱遇到奧托，普朗克、度假村老板娘瑪格莉塔·阿耶特和丹麥人的兒子約阿希姆趕到， 感恩節事變 爆發。最終，丹麥人被殺、愛迪生為控制失控的崩壞能量犧牲、薛丁格量子化、蕾安娜被重創，黑淵白花沈入大西洋（不知何時被天命收回）、華瑟為保護平民犧牲，並將律者核心傳給約阿希姆，約阿希姆成為第二代理之律者，自稱華瑟·楊。北美支部因此脫離天命， 逆熵成立 。第一次崩壞事件結束。
但是根據主線劇情第二十二章相關資訊的推斷，逆熵應該成立於1957年而非1955年，主線與視覺小說設定有沖突。1959年10月7日 蘇聯發射的探月衛星月球三號發回月球背面的照片。
1969年10月20日 阿波羅十一號載人登月，一個月後天命飛船登月。
1972年 齊格飛·卡斯蘭娜出生（具體日期不明）。
1972年3月28日 奧托制造A-310復制人德麗莎·阿波卡利斯。
1973年12月24日 德麗莎初次作戰，戰勝帝王級崩壞獸帕凡提。
1977年11月24日 愛迪生的通用公司重組為ME公司，華瑟·楊回到逆熵。
約1978年 齊格飛15歲，離家出走四年。
1991年 19歲的齊格飛遇到了塞西莉亞·沙尼亞特。後者在護送武器前往第二實驗室的過程中被華瑟和愛因史坦襲擊。齊格飛陪伴塞西莉亞並產生感情。塞西莉亞被帶回天命。
1993年 奧托同意讓齊格飛和塞西莉亞再會，並誕生了讓兩人的卡斯蘭娜和沙尼亞特血脈融合的計劃。
1995年10月4日 阿拉哈托（重裝機甲）計劃完成，一共生產了5架。（該計劃為了募集資金，發行了同名動畫並大受好評，齊格飛深受動畫影響）
1996年3月1日 莉塔·洛絲薇瑟出生。同年，雪狼小隊成立。
1997年4月13日 雷電芽衣出生。
1998年 塞西莉亞懷孕，雪狼小隊短暫解散。12月7日，琪亞娜·卡斯蘭娜出生。
1999年 芽衣母親因癌癥去世。
2000年1月1日 比安卡·阿塔吉娜出生，此時的她還沒有得到「幽蘭戴爾」的稱呼。（真正的生日不明，這時資料上的資訊）
三、 第二次崩壞及其余波（2000.02.01至2014.02）
2000年2月1日午夜 第二次崩壞（西伯利亞崩壞） ，西伯利亞的巴比倫實驗室中，一位被用於活體聖痕試驗的女孩西琳成為第二律者（空之律者）。實驗室內322名研究員消失。
2000年1月2日 天命和逆熵雙方得知第二次崩壞爆發。11:52德麗莎抵達巴比倫塔與雪狼小隊成員派屈克·海史密斯（逆熵臥底）回合。深夜12點，兩人進入巴比倫塔內的崩壞能反應爐調查，第二律者出現擊敗派屈克。
2000年2月3日 派屈克逃出巴比倫塔，向逆熵華瑟傳達情報。齊格飛和華瑟到達巴別塔下，雙方結盟。西琳吸收反應爐的能量後傳送到17公裏外，德麗莎使用猶大索敵模式追蹤其下落。在齊格飛華瑟聯手擊敗阿濕波後，一二律者第一次對戰。愛因史坦使用銀色子彈（原子彈），被西琳傳送至地下，華瑟使用伊甸之星產生擬似黑洞試圖吞噬西琳，但奧托出現，偷襲華瑟，放走了第二律者。齊格飛及時趕到，阻止奧托殺死華瑟，兩人回到巴比倫塔療傷。西琳來到月球暗面，找到了前文明紀元封印的崩壞（神）的力量，得到四顆律者寶石，並使用月之暗面的遺跡以隕石的形式攻擊地球上的大城市，威脅華瑟前往月球。
2000年2月9日 華瑟向齊格飛說明自己的計劃。逆熵在隕石內的魂鋼中發現了封印崩壞的技術，華瑟準備自己拖住第二律者，讓齊格飛收集魂鋼。
2000年2月10日 齊格飛遇到了為逆熵工作的雷電龍馬（雷電芽衣的父親）。華瑟告知齊格飛若自己不敵第二律者，要齊格飛放棄自己獨自返回。當日深夜，火箭載著阿拉哈托升空。
2000年2月12日 到達月球，一二律者相遇，齊格飛利用黑洞的相對論效應成功拖延了一個小時後落敗，企圖引爆自己的律者核心未果，第一律者核心被西琳吸收（但華瑟死前將自己的意識混入了西琳的核心）。齊格飛收集魂鋼完成。當日12:05，第二律者回到巴比倫塔，12:20，巴比倫塔淪陷，雪狼小隊莎樂美和派屈克犧牲。巴比倫塔方圓百裏出現大量崩壞獸。
2000年2月14日 9:10，風之旅者在芬蘭奧盧出現、12:10，死之律者在俄羅斯新西伯利亞出現、16:30，炎之律者在哈薩克阿斯塔納出現。摧毀的城市增強了西林的力量。波蘭白俄邊境，雪狼小隊成員程立雪（符華徒弟）解救被圍困的尼克拉斯，所有天命A級以上女武神（包括塞西莉亞）集結。奧托告知德麗莎猶大第零額定功率可以短時間中和崩壞能。
2000年2月15日 奧托戰前動員。齊格飛用卡斯蘭娜血脈解密魂鋼，看到了上文明紀元的終焉之戰。
2000年2月16日 12:00，探查死之律者的女武神琥珀（奧托秘書）落入下風，被奧托用擬態黑淵白花解救。奧托試圖使用擬態羽渡塵和虛空萬藏進入死之律者的意識，卻發現死之律者核心是假的。同時，程立雪使用第十神之鍵之一的若水在欽察草原對戰炎之律者落敗，被符華使用羽渡塵解救，化身熾翎擊敗炎之律者，炎之律者被西琳回收。14:00，雪狼小隊成員時雨綺羅與塞西莉亞設計，用黑淵白花擊敗風之旅者。齊格飛在魂鋼中見到凱文，喚醒了崩壞獸中的帕凡提基因，齊格飛短暫失控。
2000年2月17日 最終決戰開始。天命使用重型武器地毯式打擊西伯利亞，可可利亞被塞西莉亞救出轟炸區。塞西莉亞和齊格飛各自率領小隊搜尋。奧托和程立雪找到第二律者，符華將其擊敗，並使用羽渡塵控制其意識，奧托進入西琳意識尋找復活卡蓮的方法失敗。第二律者失去控制，符華燃燒羽渡塵試圖一舉殺死西琳，卻被崩壞意識阻擋，符華重傷失憶。程立雪拖延西琳犧牲，奧托帶走符華。
第二律者得到了羽渡塵碎片，抓走了塞西莉亞和齊格飛，試圖制造噩夢折磨兩人，卻因為不了解羽渡塵的使用方法創造了美滿的夢境。在夢境中，西琳再次感受到了母愛。與此同時，時雨綺羅和尼克拉斯與貝拉（貝納勒斯）同歸於盡，貝納勒斯擬似律者核心破裂，時雨綺羅進入量子之海。西琳震怒，想要在夢境中殺死塞西莉亞和齊格飛，被華瑟解救。同時，愛因史坦使用阿拉哈托改造的月光王座削弱西琳，兩人趁機逃脫幻境。
阿拉哈托分離了雷之律者和空之律者的核心，大大削弱了西琳的力量。德麗莎塞西莉亞齊格飛匯合，進入第二律者空間。齊格飛被無限回廊困住。德麗莎使用第零額定功率壓制西琳並將其刺殺，但死之律者核心修復了心臟拯救了西琳。凱文出現並指引齊格飛逃出無限回廊，並救出了德麗莎和塞西莉亞。齊格飛的崩壞獸血脈活化，失去理智追殺西琳，取出了西琳的無限回廊盒子，剝離其死之律者核心。
空之律者能力失控，崩壞能擴散（感染了渡鴉和她的哥哥），塞西莉亞釋放沙尼亞特家族聖血解放黑淵白花中和了崩壞能，齊格飛使用天火聖裁劫滅形態擊殺西琳，留下四塊碎片。奧托忌憚齊格飛的力量，發射崩壞分裂彈將西伯利亞夷為平地，殺死了塞西莉亞，齊格飛僥幸逃脫。
後來，奧托宣稱是塞西莉亞讓自己發射分裂彈，掩蓋事實欺騙德麗莎，第二次崩壞結束。空之律者留下的五顆律者核心中中，逆熵取得了其中一顆（雷內容征服寶石），並最終被雷電龍馬安置在雷電芽衣體內。天命取得了剩下的四顆（空之律者核心、死內容靜謐寶石、風內容渴望寶石、炎內容疾疫寶石）。華瑟重傷，開始了數年的恢復，在美國加州理工大學擔任愛因史坦的助教。
2000年 無量塔隆介（姬子的父親）出任聖7308研究所所長，主導第四神之鍵的修復工作。在萬年的時光中，第四神之鍵進行著地球的修復工作，在耗盡能量後漂浮在太空中。這次修復的目的是為了修復被第二次崩壞摧毀的西伯利亞。在任職期間，隆介利用自己的職位從貝加爾湖中打撈出了前文明方舟計劃的圖紙，獲得了先進的宇宙航行技術。隆介的妻子在此期間病重，但隆介卻在工作和陪伴妻子之間選擇了前者。後來，研究所的飛船開發計劃被終止，而隆介的夢想就是尋找其他文明，學習對抗崩壞的線索。在隆介受到雙重打擊時，外星文明「修格斯」的一員「薄荷糖」與他接觸，隆介接觸外星文明，成為適格者。
修格斯：古老的外星種族，現任長老是金平糖。很久以前，為了對抗崩壞，使用全部的科技力量和律者核心建造了「外之鍵」——一座戰爭堡壘。在天上之人入侵後，修格斯舍棄了肉體，將意識保存在外之鍵中，不斷跳躍到其他星球避難。而修格斯本身的力量與外之鍵合在一起，成為了一座空間維度武器。修格斯的兩條戒律是：不讓其他種族發現（保護自身）以及停滯發展（避免崩壞隨文明發展而增長），借此找到了一種微妙的平衡，從而得以生存。天上之人：古老而強大但科技水平粗糙的外星文明。信奉文明擴張與淪陷戰略。對於其他文明，首先使用斥候星收集情報，發現合適的目標後，前線基地會派出大部隊收割被盯上的文明，將其徹底淪陷，並收集文明產生的崩壞能為自己所用。最近的時光中，天上之人的科技水平繼續提升，創造了可以操控生物神經系統的「戀人」，從而轉換了侵略方式，改為使用「戀人」操控其他文明生物，使其成為奴隸。更多關於天上之人與修格斯的故事，將會在2005年的第四神之鍵事件中講述。而天上之人也是更遠的將來【後崩壞書】的大背景之一。
2000年8月19日 布洛尼亞·紮伊切克出生。
2000年10月18日 希兒·芙樂艾出生。
2002年 無量塔姬子報考美國加州理工大學航天動力學院，由此結識作為老師的華瑟。
2004年 芽衣被恐怖集團綁架，因為心理創傷在ME社私立機構靜養三年。次年，芽衣開始顯現聖痕。
2005年 第四神之鍵事件 （漫畫【異鄉】）:為了攔截可能撞擊地球的小行星（代號439），雷電龍馬（逆熵）在新墨西哥州聖塔菲市布置了銀色子彈與阿拉哈托，但最終虛驚一場。逆熵在撤離時暴露了阿拉哈托，外星人愛好者姬子得到訊息以為是外星人現身，準備前去檢視，危機最終被華瑟化解。事實上，這塊隕石是「天上之人」的斥候星，天上之人的偵查機器「戀人」隨之進入地球。
一份天命發來的演算顯示地球周圍出現了一顆新的衛星，並將其標記成第四神之鍵。隨之而來的還有一份加密的視訊。視訊中，無量塔隆介聲稱天命一直隱藏第四神之鍵的訊息並準備用它攻擊逆熵，想要以第四神之鍵的鑰匙作為交換，脫離天命並流亡到逆熵。隆介來到美國後，在學校內見到了自己的女兒和老師華瑟，華瑟從隆介的身上感受到了不輸於審判級崩壞獸的威壓。
愛因史坦和特斯拉使用鑰匙進入了第四神之鍵，然而奧托早已設下陷阱，第四神之鍵被控制後開始制造颶風攻擊休斯頓。雖然特斯拉使用了隆介提供的緊急制軔程式將第四神之鍵關閉了72小時。為了動用銀色子彈將第四神之鍵擊落，隆介與特斯拉前往新墨西哥州的發射基地。在基地內，隆介發現了被「戀人」操控的人。與此同時，愛因史坦也通知華瑟來到基地了解了情況。
華瑟來到姬子家，想從隆介口中了解真相。隆介向華瑟表明了與修格斯有關的身份，並將華瑟帶入了修格斯的世界（與此同時，隆介故意暴露自己的座標，吸引天上之人對自己的女兒姬子出手，目的是借拯救女兒（學生）為由與華瑟在太空獨處）。在那個類似於神之鍵的世界中，華瑟了解了天上之人行為，以及修格斯的過往。雖然沒有完全相信，但華瑟決定與隆介結盟。從修格斯的世界中回來後，華瑟發現姬子在這段時間內被天上之人的偵查機器侵蝕，控制侵蝕行程的正是439號小行星。為了摧毀小行星，兩人前往太空，華瑟使用理之律者的能力摧毀了小行星。
在隆介的心中，人類的腳步過於拘束。他認為留在地球上只能重蹈前文明的覆轍，最終被崩壞淪陷，只有集全人類之力投入到他打撈出的前文明飛船上，從其他文明學習對抗崩壞的辦法才是唯一出路。極端偏執的隆介嘗試說服華瑟，想要讓逆熵全力與自己合作，但華瑟堅持守護人類的當下。失敗的隆介對華瑟出手，接入了修格斯「外之鍵」的隆介得以操控高維空間的力量，一時讓華瑟陷入下風。然而華瑟利用自己的能力解析了高維空間的構成，使用伊甸之星第三額定功率「奇異點重構」將空間回歸至誕生的原點，戰勝了無量塔隆介，並摧毀了「外之鍵」的核心。
第四神之鍵事件結束 ，修格斯離開地球，無量塔隆介死亡，姬子從父親的遺物中找到了天命的標誌並最終加入天命。
約2006年 奧托多年來嘗試融合第二律者和琪亞娜的DNA，在422次失敗後，奧托冒險將空之律者核心移植進第423個實驗體中，K423誕生（此處為推測的時間，具體時間存疑）。
2007年 莉塔在英國曼徹斯特的崩壞事件中被拉格納·羅德布洛克解救，並受到影響從花匠成為女武神。
2009年5月2日 齊格飛叛逃天命，德麗莎為其掩護。琪亞娜被追回，但是K423被帶走。（實際上琪亞娜本體一直被天命控制，遊戲內主人公為K423，但是為了敘事方便以下均稱為琪亞娜）
2009年6月21日 德麗莎請求調離天命總部，在極東支部建立聖芙蕾雅學園。
2009年 琪亞娜和齊格飛住在鄉村。比安卡在法國的孤兒院認識了義務輔導員，格鬥教官，女武神沖鋒隊隊長拉格納。
2010年冬天 琪亞娜體內的空之律者人格第一次覺醒。齊格飛被斬其斷一條手臂。拉格納帶領的女武神沖鋒部隊中，除姬子因缺席幸存外全部被殺。比安卡成為這次崩壞的幸存者。在德莉莎的引薦下姬子進入聖芙蕾雅學園。（漫畫多次暗示這次事件不同尋常，奧托復活卡蓮的神秘計劃也可能是在這次事件中誕生的）
2011年春天 姬子來到比安卡所在的法國孤兒院為聖芙蕾雅招生，比安卡最終進入總部接受訓練。
2011年12月 最終齊格飛接受了琪亞娜的身份，稱K423為琪亞娜·卡斯蘭娜。
2012年1月 布洛尼亞狙擊可可利亞卻被後者抓獲，結識希兒。次年，莉塔受主教委托結識並保護比安卡。
（以下內容為視覺小說【幽蘭黛爾】的相關內容，如果用一句話總結的話就是 「比安卡在量子之海的一個世界泡中得到了一把NB的聖劍‘幽蘭黛爾’（後來大家幹脆用這個名字稱呼比安卡），還把整個世界泡都裝在了自己的身體裏。」。 這部視覺小說內容較為雜亂且與主線關系不大，沒有看過的話可能難以理解以下劇情，建議跳過。另外，在設定中，兩人進入的世界泡時間流速與真實世界不同，所以以下使用相對時間。）2012年2月29日中午11:15-12:15 東北格陵蘭國家公園1054號峽灣， 天命絕密行動lonely panthalassa開始 。莉塔和幽蘭黛爾（比安卡）使用格尼烏斯進入量子之海中的一個混雜的世界泡，開始調查以太錨點。兩人在一個小島上遇到了遇到米格爾·德·賽凡提斯·薩維德拉，一起獵殺深海怪獸利維坦。這時遇到了「兩棲鐵甲艦喀裏多尼亞號」（潛水艇）以及上面的乘員：船長瑪麗安·威廉·莎士比亞、機師詹姆士·「吉米」·瓦特、海員長蕾拉·賽萬達·赫拉（摩洛哥）、還有一位鐵面人大副（其實是薛丁格）。潛水艇來到了直布羅陀，在那裏兩人第一次見到了阿斯加德之壁——一個一開始環繞歐洲大陸，隨著時間的流逝逐漸擴張的崩壞能墻壁，在墻的內部，是崩壞的世界。
莎士比亞將曾經屬於羅蘭的聖劍幽蘭黛爾交給比安卡，從莎士比亞口中得知，莎士比亞企圖用幽蘭黛爾破壞能量壁，但卻導致幽蘭黛爾上鑲嵌的七顆寶石脫落並散落在世界各地。幽蘭黛爾與比安卡產生了共鳴，指引比安卡尋找七顆寶石。一行人還解救了乘坐飛機失事墜海的德意誌國第一戰鬥機聯隊聯隊長，曼弗雷德·艾爾布雷希特·馮·裏希特霍芬。憑借著高速洋流，一行人來到了亞歷山卓——一座處於科技落後年代卻擁有神秘人工智慧的城市。在這裏大家解散，兩人一組自由活動。
吉米和比安卡見到了大圖書館形而上學研究所所長泰勒斯·候·米利都斯，後者自告奮勇做兩人的導遊。在參觀圖書館的過程中，吉米失蹤了。比安卡和泰勒斯向館長卡特琳娜·米開朗基羅·博納羅蒂和偵探讓娜·弗朗瓦索·商博良。憑借商博良的助手涅伊特的靈敏嗅覺，大家找到了吉米。原來，吉米被綁架到了浮士德的秘密研究所，18年前，浮士德因為使用人腦做實驗被放逐，在一座硫磺湖下面建立了自己的秘密基地，在這裏開發出了基於人腦的類似於超級電腦——四號機愛麗絲，只有浮士德自己知道如何維護。浮士德在不久前去世，基地內的人為了搶奪浮士德的成果，在混亂中開始殺戮，並被為了自保的愛麗絲殺死。吉米在這裏見到了愛麗絲，對她深表同情，並教會了愛麗絲自我維護。
但是，浮士德為了報復亞歷山大城，給愛麗絲設定了後台程式，嘗試破解亞歷山大的「網路」。就在這時，破解成功了，亞歷山大城的自動及其陷入了癱瘓。薛丁格揭露了亞歷山大的真相：所謂的人工智慧，依靠的是藍色的理智寶石。在城市管理協會會長雪萊的帶領下，薛丁格使用理智寶石進入了愛麗絲的系統，結束了混亂。愛麗絲被帶回進行審判，法庭對她網開一面，允許吉米和愛麗絲留在亞歷山大，而藍色理智寶石也回歸幽蘭黛爾聖劍。一行人為浮士德舉行葬禮。
兩人進入這個世界的第6天 鐵面人大副揭露了自己的身世就是薛丁格，在量子化墜落的過程中遇到了幽蘭黛爾，並遷躍到這個世界。一行人來到了尤卡坦半島，島上的人將比安卡看做戰神。時值第十二紀元和第十三紀元之交，神使伊柯娜爾在祭祀中自殺，將小島從舊的宗教傳統中解放了出來。一行人又來到了南方的聯盟，見到了大祭司艾斯德爾·查拉圖斯特拉，後者向他們講述了伊朗蛇王佐哈克和杯蛇的故事，並引出了自己的身世：她是山洞中巫女的文明產物創造的複制體，試圖使用格尼烏斯失敗，被困在了這個世界。大祭司忌憚眾人的力量，向他們發動了襲擊，但是被聖劍殺死。在附近的池塘中，隕石後門的池塘裏發現了昂立·加蒂安·貝特朗，背叛了拿破侖的法蘭西共和國東方遠征軍上校。
從貝特朗的口中得知，1820年的新月之夜，一位印度巫師嘗試使用格尼烏斯傳送整塊大陸，還交給了拿破侖崩壞制劑。是拿破侖發現並啟動了阿斯加德之壁，被崩壞侵蝕的拿破侖野心膨脹，想用這種方式，使用崩壞的力量一統世界。而時至今日，唯一還有力量與之對抗的大國，是位於南美的印卡共和國。
一行人穿過加勒比海盆來到了南美大陸，在這裏，見到了印卡共和國第三近衛軍教導團團長羅蘭·印卡，這個世界的羅蘭。羅蘭告訴一行人，在共和國境內的瓦卡隧道，可以直接通向墻的內部。從米開朗基羅的口中，比安卡得知了這個世界的本質：月光王座可以將崩壞能轉化為其他能量，而這種能量不能直接釋放。這個世界，就是前文明紀元的月光王座轉移的崩壞能所形成的世界，而瓦卡隧道就是以太錨點本身。
在共和國首都，一行人見到了國防部長兼要塞司令安娜·察爾斯·達爾文、第一近衛兵團司令伊洛娜·德拉庫列斯特、議長蘇菲婭·亨利·梭羅和超時空偶像時雨綺羅（持有金色自由寶石）。議長向比安卡透露了共和國的計劃，並答應將全部的寶石都交給比安卡。比安卡前往拉帕努伊島回收青色寶石，並解救了被寶石結晶化的真田幸村。回到共和國，聖劍吸收七顆寶石，反擊計劃正式開始。
完全體的幽蘭黛爾聖劍擁有切割空間的能力，比安卡進入瓦卡隧道，使用聖劍將整塊歐洲大陸切除並分離出去，共和國的艦炮齊發將整塊大陸徹底擊碎。商博良揭露自己的身份是虛數極性反轉的拿破侖，是由拿破侖的資訊碎片形成的，與真正的拿破侖同歸於盡。剩余的崩壞獸的意識合而為一，侵蝕了羅蘭，比安卡使用聖劍與之對戰獲勝，幽蘭黛爾聖劍損毀。但是崩壞意識與以太錨點融合，世界開始崩解。薛丁格指導崩解的聖劍對世界進行反演，將整個世界反演到比安卡體內，以延緩世界的崩解。莉塔、比安卡、時雨綺羅、薛丁格啟動格尼烏斯回到現實世界。
七顆寶石與聖劍和比安卡合為一體，比安卡也被稱為幽蘭黛爾，聖劍在被復原之後也樂得比安卡這樣稱呼自己。 天命絕密行動lonely panthalassa結束 。四年後，第二神之鍵被發現，天命試圖將這個世界的反演基線連線到虛空之樹上，以徹底將世界穩定下來。
2012年3月 希兒被綁架，被布洛尼亞解救。希兒裏人格覺醒。
2012年年末左右 齊格飛失蹤。
2013年8月 布洛尼亞被杏瑪爾推下樓梯，希兒裏人格向杏瑪爾報仇。之後不久，在鄂霍茨克海底實驗室，希兒接受X-10試驗，被量子化。布洛尼亞同樣接受試驗，大腦以及雙腿被侵蝕，希兒贈與布洛尼亞重裝小兔19C。布洛尼亞雙腿癱瘓，失去感情能力。
2013年11月16日 可可利亞嫁禍雷電龍馬，雷電龍馬因經濟詐騙被逮捕。昔日因為雷電芽衣大小姐身份而對她阿諛奉承的同學因此事對她惡語相向，芽衣陷入低谷。
四、 第三次崩壞（2014.02至2016.07）
2014年2月 可可利亞在長空市千羽學園策劃了人工崩壞 （第三次崩壞） ，芽衣體內的律者人格覺醒，律者人格初識琪亞娜。在琪亞娜的幫助下，律者人格並沒有被崩壞意誌操控。當律者人格企圖跳樓自盡時，被琪亞娜伸手阻止。為此，律者人格將身體的控制權交還給芽衣。禦三家進入聖芙蕾雅學園，芽衣害怕律者再次失控覺醒，在自己體內安放炸彈。
註：在早期的設定中（逃離長空篇），琪亞娜為保護芽衣而受傷，引發芽衣體內雷之律者覺醒。姬子駕駛戰艦趕到，被芽衣重創。琪亞娜憑借卡斯蘭娜家的力量手撕雷之律者的羽翼，喚醒了芽衣。但是筆者認為此設定與遊戲主線劇情之間有所矛盾，應該是已經被拋棄的設定（雖然該漫畫還放在IP站上）。上面對琪亞娜和芽衣的描述是根據漫畫【逆熵入侵篇】以及主線劇情的相關設定擴寫的，詳情請參看漫畫。2014年4月 長空市出現擬似律者由乃。八重櫻出現在長空市。德麗莎對戰由乃受傷，被八重櫻所救。八重櫻將律者核心交給德麗莎。德麗莎使用櫻花的誓約擊敗由乃。（這一段設定疑似已經被拋棄）
（逆熵入侵篇）：琪亞娜進入虛擬空間訓練，面對最終的BOSS齊格飛，化解了自己的心結。逆熵使用華瑟復制人瓦一特試圖搶奪芽衣，卻被覺醒的雷之律者擊敗。但不久因為體內炸彈的原因實力大減，琪亞娜及時趕到，芽衣為琪亞娜充能，化為雷電女王的月光。此時真正的華瑟出現，殺死瓦一特。
（恩返篇）：德麗莎被八重櫻聖痕吞噬，芽衣進入聖痕空間解救德麗莎。德麗莎了解了八重櫻的過往。芽衣封印侵蝕律者。
（月影篇）：在這個時間點附近，天命在第三研究所開始了對死之律者核心的活體實驗。瑪基博士的孫女琳在實驗中死亡。瑪基博士叛變，帶著死之律者核心（靜謐寶石）和崩壞能中和劑逃跑，可可利亞派來復制人瓦二特接應。奧托派符華和琪亞娜追查此事，來到新加坡。符華遇到了齊格飛，齊格飛告知符華可可利亞要利用靜謐寶石在新加坡引發和長空市一樣的崩壞。符華擊敗瓦二特，靜謐寶石借琪亞娜覺醒，被符華用影騎士月輪裝甲擊敗。靜謐寶石被天命回收。
2014年7月 遊戲主線開始。
在早期的設定中，漫畫與遊戲內容存在諸多矛盾，其中之一就是遊戲主線的開始時間。雖然在主線第二章的設定中曾經提到過「十四年前的第二次崩壞」（也就是主線故事發生在2014年），但筆者研究後認為這應該是已經被拋棄的早期設定。實際上，只能確定當主線進行至第十章左右的時候時間是2016年之後。前九章的劇情發生在2014年或者2016年都不會產生矛盾。2021/06/26更新：根據主線劇情第二十二章「逆熵第60個成立日」以及「下個月4日是獨立日」判斷，主線第二十二章發生於2017年11月。
以下兩個漫畫故事發生在主線故事開始之後，為了排版規整暫且放在這裏。
（霧都假日）：2015年秋天 幽蘭黛爾陪同莉塔前往英國，奧托偽裝成磷砂小隊的蘇莎娜一起前往。被世界蛇收買的大英博物館館長引導他們到拉格斯頓堡想要一網打盡。奧托與胡狼和渡鴉對峙，但即使渡鴉使用第三神之鍵也未能擊敗奧托。而後天命在泰晤士河上方發現了第二神之鍵，被凱文百分之一的意誌形成的人偶所守護。幽蘭黛爾戰勝凱文人偶，帶回第二神之鍵和人偶。
（傳承）：第二神之鍵被發現後一周，天命開始了對第二神之鍵的試驗。在實驗過程中，幽蘭黛爾被吸入量子之海，見到了負責恒沙計劃的前文明先行者SU。SU企圖利用幽蘭黛爾的力量完成恒沙計劃，但幽蘭黛爾的實力超出了SU的估計，只能將她拖入幻境中進行考驗，試圖用幻境扭轉她的意誌。在經歷了法身、報身、應身三重考驗後（具體內容較為復雜，請閱讀漫畫），幽蘭黛爾了解了前文明以及SU的過去，而SU在幽蘭黛爾與莉塔身上看到了自己和凱文的影子。SU認為這個世代的文明有能力掌握自己的命運，能夠戰勝崩壞，自覺先行者的任務已經完成。SU將第二神之鍵的核心「須彌芥子」借幽蘭黛爾之手轉贈給奧托，自己則沈入了量子之海，進入了世界意誌的領域（大徹大悟）。奧托使用須彌芥子，得以觀測平行世界，繼續尋找戰勝崩壞（復活卡蓮？）的方法。
五、主線劇情（2016.07至？？？）
第一階段（第一至九章）
主線第一章（黃昏少女戰艦） ：不明飛行物（月光王座）出現在滄海市上空，姬子指揮禦三家（琪亞娜、芽衣、布洛尼亞）登上戰艦調查。布洛尼亞在黑入機甲的過程中被溢位的崩壞能感染。布洛尼亞發現戰艦的主控系統沒有密碼，且戰艦風格具有明顯的逆熵特征。在主控系統的一封信件中，說月光王座終於在十四年後交還給琪亞娜，要她尋找四顆寶石。在使用琪亞娜的生日進入航行系統後，戰艦駛向聖芙蕾雅學園。布洛尼亞失控，被琪亞娜芽衣壓制。
四顆寶石分別是：征服的雷電（雷）、渴望的風暴（風）、靜謐的死亡（死）、疾疫的烈焰（炎）。
主線第二章（夢境中的聲音） ：回到學園，布洛尼亞進行全面身體檢查，判定可能是月光王座的引擎對生物芯片產生了影響。女武神考試正火熱準備中，符華為琪亞娜補課（遊戲教學）。琪亞娜在夢中進入空之律者制造的幻境，告訴琪亞娜關於母親塞西莉亞犧牲的故事。莉塔假借觀摩女武神考試，前來觀察琪亞娜。在最終考試中，空之律者暗中操作，模擬出迦尼薩（2012年在印度出現導致3位A級女武神死亡），被琪亞娜擊敗，琪亞娜短暫昏厥。莉塔回天命報告，奧托的計劃進入實施階段。
主線第三章（風色之詩） ：為了尋找四顆寶石，三人來到了紐西蘭的大洋洲支部。一天前， 紐西蘭發生崩壞（第四次崩壞） ，渴望寶石遺失。透過休伯利安的探測系統，三人找到了坐在輪椅上的溫蒂。在三年前的實驗中，不穩定的渴望寶石在植入A級女武神溫蒂的腿部後穩定了下來，但是溫蒂因此雙腿殘疾。此時的溫蒂已經被渴望寶石侵蝕，但布洛尼亞感動了溫蒂，使得溫蒂並沒有殺死三人而是逃走了。姬子將情況報告天命總部，派出了S級女武神幽蘭黛爾，逆熵也同時行動。為了不讓幽蘭黛爾傷害溫蒂，德麗莎廣播了幽蘭黛爾的位置，誘使逆熵其與交手拖延時間。三人最終找到溫蒂，布洛尼亞本想再次感化溫蒂，但是可可利亞突然出現，控制了布洛尼亞攻擊溫蒂。溫蒂被重創，可可利亞又命令布洛尼亞綁架了芽衣。最終溫蒂、芽衣、布洛尼亞全部被逆熵帶走。琪亞娜獨自回到聖芙蕾雅學園。
主線第四章（背叛是銀色的微笑） ：得到情報稱被逆熵抓走的溫蒂、芽衣和布洛尼亞被關押在ME社總部大樓內。ME社本來是雷電芽衣的父親雷電龍馬所控制的公司，但是雷電龍馬後來被可可利亞代表的激進派奪權，陷害雷電龍馬，掌控了ME。ME大樓防守密不透風，但是布洛尼亞接入通訊，為琪亞娜開啟了大門，卻中了可可利亞的圈套。可可利亞命令布洛尼亞襲擊琪亞娜，但布洛尼亞為了擺脫控制燒毀了自己的生物芯片，重傷昏厥，琪亞娜救出了芽衣和布洛尼亞，準備尋找溫蒂。但是可可利亞早已殺死了溫蒂，取出渴望寶石，安裝在巨型機甲MSR-7天父上，卻被琪亞娜等人擊敗，三人趁機逃脫。為了尋找救治布洛尼亞的技術，德麗莎進入了聖芙蕾雅學園的中央教堂，在那裏，存放著天命最高的生物技術。
主線第五章（雪原重逢） ：在中央教堂的資料庫中，大部份關於人體接入生物芯片的記錄都與西琳計劃有關，只有一條除外，而這也是奧托的誘餌。德麗莎進入了該條數據，被琪亞娜發現，也進入了 虛擬空間 。琪亞娜來到了虛擬的2000年2月7日下午三點，第二次崩壞的戰場，見到了十四年前的德麗莎（然後是一段裂開來的穿越劇情），還有當時參與作戰的齊格飛。齊格飛和德麗莎二人分開尋找第二律者，但德麗莎一行中計，遭遇被第二律者控制的天命直升機RPC-6626。將其擊敗後，德麗莎和琪亞娜火速支援齊格飛，但是為時已晚，齊格飛使用天火聖裁準備與第二律者同歸於盡，但第二律者逃到了巴比倫塔內。趕到的塞西莉亞救下了重傷的齊格飛，母子二人在虛擬世界的巴比倫塔前重逢。
主線第六章（巴比倫的囚徒） ：母子二人進入虛擬世界的同時，奧托正在監視著這一切。奧托刻意創造機會，讓琪亞娜體內的空之律者核心引導琪亞娜一步步沈淪。在空之律者核心創造的 幻境 中，琪亞娜看到了西琳被囚禁期間的日記，得知了巴比倫實驗室活體實驗的真相，還得到了那句咒語Ich liehe dich（德語「我愛你」），奧托宣稱如果塞西莉亞不能擊敗第二律者，就會發射崩壞分裂彈。塞西莉亞為了保護琪亞娜，讓她去拉電閘為由引開了琪亞娜並將她保護在安全屋中，制造了母親死亡的幻覺，然後又閃回到母親死亡之前，給琪亞娜機會解救母親，以此反復折磨琪亞娜的精神，使其漸漸沈淪在母親死亡的痛苦中。在幻境中琪亞娜成功解救母親的關鍵時刻，奧托讓符華打破幻境，告訴她一切都是第二律者的詭計。琪亞娜無法接受這樣的事實，空之律者覺醒，被符華擊敗，幽蘭黛爾將其帶回天命總部。與此同時，德麗莎終於發現了奧托的陰謀，指揮赫利俄斯號前往天命總部（休伯利安號正在進行改裝），極東支部和總部的戰爭終於爆發。（需要註意的是，幻境中第二次崩壞的過程也並非現實，具體參見前面的2000年部份）
主線第七章（向天舉起叛逆之劍） ：天命總部，奧托正在繼續他的計劃，奧托為琪亞娜植入了靜謐寶石，並向琪亞娜持續註入崩壞能，促成了空之律者的覺醒。與此同時，西伯利亞的第二次崩壞遺跡中，休眠的貝納勒斯覺醒，前來守護她的女王。赫利俄斯號抵達天命外圍，在天明的防護罩上轟開了一個大洞，進入天命領空，姬子清理甲板上因崩壞能產生的崩壞獸。貝納勒斯趕到，與姬子交戰，後來被符華引開並擊敗。德麗莎聯系逆熵增援，逆熵幾乎傾巢而出，特斯拉和愛因史坦加入戰鬥。此時，大氣中的崩壞能突然向四塊核心聚集，符華準備去銷毀這些核心。
主線第八章（女王降臨） ：德麗莎一行準備占領天命第三空港，休伯利安於此時趕到，特斯拉黑入了資料庫，得知琪亞娜在赫爾海姆實驗室中。為了關閉天命的屏障，姬子和特斯拉前去破壞崩壞能反應爐，但是後來被莉塔和符華擊敗。收到崩壞能影響，休伯利安被崩壞獸襲擊，德麗莎為防萬一，解除了芽衣體內的炸彈。與此同時，奧托的計劃進入下一階段，他放走了空之律者。空之律者傳送了芽衣，芽衣被迫覺醒第三律者人格，卻仍然不敵空之律者。最終，空之律者吸收壓抑體內的征服寶石。 女王降臨 ，大破逆熵。這次事件在之後的劇情中被稱之為 大崩壞 。
主線第九章（通往明日的旅途） ：在天命總部，符華使用羽渡塵治療了被俘的姬子，從莉塔口中，符華得知空之律者已經覺醒，而德麗莎正在與之戰鬥。符華決定去幫助德麗莎拖延空之律者，卻被莉塔攔下，幽蘭黛爾趕到現場放走了符華。另一處戰場，德麗莎和芽衣被崩壞獸所困，布洛尼亞蘇醒，愛因史坦送給她第九神之鍵伊甸之星，前來解圍。空之律者從芽衣體內取出了征服寶石，擊敗了德麗莎。此時符華趕到，卻被空之律者擊敗。此時，奧托突然出現，用虛空萬藏的威力逼走了空之律者，並向符華坦白了自己的計劃：讓空之律者殺死曾經的朋友，感情的力量將會促使琪亞娜的人格覺醒，從而以人類的靈魂控制律者的力量。符華怒斥奧托的虛偽行徑，堅決反對他的計劃，被奧托用擬態天火聖裁殺死。（符華被殺死的一瞬間，發動了羽渡塵的第零額定功率，將自己的意識轉移到了一片羽毛上，進入琪亞娜的身體，幫她封印律者意識）
在赫爾海姆實驗室，姬子從昏睡中醒來，符華用羽渡塵留下的意識浮現在她的腦海。此時的姬子即將走向女武神生涯的終點，女武神的身體改造在大大提高崩壞能抗性的同時也削減了她的生命。之前，符華為她留下了一支HSN-B46血清，這種血清可以中和崩壞能，讓女武神回歸正常人類，救姬子一命。符華指引姬子找到了特斯拉，兩人進入了實驗室的制造工廠。在實驗記錄中，特斯拉了解到，瑪基博士的血清與沙尼亞特聖血混合，可以逆向崩壞過程，甚至可以使得律者失去力量，是為「弒神之槍」，是奧托的底牌。姬子交出了唯一的血清，讓特斯拉仿制。與此同時，姬子根據浮華的指引來到了最底層，找到了前文明紀元的遺產，弒神裝甲：真紅騎士·月蝕（疑似前文明空白之鍵），奧托將疾疫寶石融合進了機甲，使其具有與律者匹敵的能力。在符華的幫助下，姬子戰勝了心魔，穿上了裝甲。
根據特斯拉留下的訊號，休伯利安找到了姬子和特斯拉。空之律者也在此時趕到，姬子與之對決。愛因史坦抓住機會，使用休伯利安的主炮，大型崩壞能轉化裝置「月光王座」一擊命中空之律者，但匆忙發射威力不足，將其擊傷後逃跑。休伯利安返程中，被貝納勒斯襲擊，姬子再次與之對決，進入律者空間與空之律者決一死戰，為琪亞娜上了「最後一課」，要琪亞娜「把這個不完美的世界變成你所期望的樣子」。姬子拼死使用了弒神之槍，壓制了空之律者人格，但自己也力竭沈入虛空之中，生死不明（目前可當做已經犧牲）。琪亞娜漂流到某處海灘上，而奧托的計劃還在繼續。此後的劇情分為兩支，琪亞娜的故事在第十一章間章和第十三、十四章。而同時，其他人追尋琪亞娜的下落。
第二階段（第九章間章至第二十五章）
主線第九章間章1（天穹的追獵者） ：大崩壞四個月後，世界蛇安插在天穹市的暗樁灰蛇上傳了一份情報，在他提供的照片上有第二律者的身影，暗示自己掌握了第二律者的行蹤。天穹市是位於神州的現代都市，在這座城市中，幾乎所有人的身體都進行了改造，安裝義肢，植入檢測崩壞能濃度的儀器。與逆熵結盟的德麗莎一行人以及天命派出的莉塔對情報展開了爭奪。莉塔搶先一步，殺死了拒絕合作的灰蛇，帶走了大部份灰蛇的生物芯片，但留下了一塊芯片作為誘餌。德麗莎一行拿到芯片前往灰蛇據點，布洛尼亞攻進了防火墻，發現了被灰蛇改造大腦的人形機少女（賽博格）。盡管德麗莎識破了莉塔的計策並留下芽衣拖延莉塔，但最終仍然被莉塔追上。讓人形機開口說出情報的鑰匙（灰蛇的義眼）掌握在莉塔手中，莉塔擊敗了德麗莎，上傳了情報，並將人形機格式化，離開了現場。出於原則，她向奧托謊稱自己摧毀了人形機。
主線第九章間章2（蛇從黑暗中行來） ：德麗莎一行帶著人形機回到了休伯利安，愛因史坦對人形機進行了試驗，發現人形機仍有一部份人類大腦，可能記錄著琪亞娜的行蹤。在嘗試破解人形機的途中，可可利亞發來通訊，請求合作。奧托的目的是找到四塊寶石，但是渴望寶石一直掌握在可可利亞手中。可可利亞希望借助德麗莎一行的幫助轉移寶石，破壞奧托的計劃。此時，灰蛇突然接入，「蛇是不屈服死亡的生物」，他這樣說道，並認定德麗莎帶走了人形機，交易已經完成，他要從休伯利安的資料庫中拿走他想要的。逆熵被世界蛇滲透多年，大量逆熵風格機甲進攻休伯利安，布洛尼亞也在數據空間中對抗灰蛇，灰蛇反復制造布洛尼亞痛苦的回憶來折磨她，但符華借羽渡塵出現，擊退了灰蛇。但是灰蛇已經成功拿到了數據（可能是月光王座的資料），幹凈利落的撤離了現場。布洛尼亞在結束數據空間時，看到了愛因史坦的實驗記錄，2000年後，華瑟急於求成開啟了海淵之眼，為了阻止蛇（凱文）從量子之海返回，被迫開啟伊甸之星第零額定功率，與蛇一起被留在了量子之海。德麗莎一行人啟程前往海淵城。
主線第十章（海淵之下） ：海淵城（te moana kino），是前文明被擬似黑洞吞噬後剩余的殘片，其中的海淵之眼，具有在特定時間連通量子之海的能力。而所謂量子之海，時多個平行世界的交匯處，其中艱險異常，一旦進入就很難返回。經過投票表決，大家決定分頭行動，德麗莎、布洛尼亞和愛因史坦乘坐休伯利安前往海淵城轉移渴望寶石，而芽衣和特斯拉則乘坐赫利俄斯運輸艦返回逆熵總部，尋找重新喚醒人形機的方法，從而找到琪亞娜的行蹤。布洛尼亞一行來到了西太平洋馬利安納群島上空，在一座小島上出現了幹擾源。在這座小島上，布洛尼亞見到了兒時在孤兒院的朋友，蘿莎莉婭·阿琳和莉莉婭·阿琳，二人在一次崩壞獸襲擊中被重傷，可可利亞請一位醫生（可能是灰蛇）為他們植入了崩壞獸的身體才得以存活。在二人的帶領下，大家來到了海底6152公尺的海淵城，卻沒想到，可可利亞為了讓一行人保護自己的部隊撤退，將渴望寶石扔進了海淵之眼來拖延時間。布洛尼亞一行只能留在海淵之眼，等待愛因史坦打撈寶石。在定位寶石的過程中，愛因史坦發現可可利亞與灰蛇存在某種交易，但隨即被灰蛇發現秘密暴露，擊暈並帶走了愛因史坦。海淵之眼暴走，崩壞獸瘋狂匯集，德麗莎被迫釋放血騎士月煌的力量，激發自己體內毗濕奴的基因。但此時，來自海淵之眼的巨獸特拉洛克來襲，眾人雖然擊退了它，但海淵之眼也將關閉，沒有愛因史坦，重新開機海淵之眼遙遙無期。布洛尼亞決定獨自進入量子之海，在那裏，希兒和約阿希姆在等著她。
主線第十一章（直到深海的盡頭） ：布洛尼亞進入了阻隔量子之海和現實世界的迷宮，在那裏她見到了約阿希姆（幼年的第二代理之律者）。量子之海中，華瑟·楊在與凱文的對戰中落入下風，為了阻止蛇回到現實，華瑟用盡自己的力量，用理之律者核心建立了一個迷宮，阻隔開了量子之海與現實，並對試圖進入量子之海的人進行考驗。為了進入量子之海的深層尋找渴望寶石，布洛尼亞需要進入三個世界，化解自己和華瑟二世的心結。
在第一個世界中，塞西莉亞沒有在第二次崩壞中犧牲，而是建立了聖芙蕾雅，可可利亞成為了善良的女武神，沒有西伯利亞孤兒院，沒有X10試驗，逆熵也只是一個小小的地下組織。布洛尼亞加入了學園的任務，並見到了一直在量子之海中漂泊希兒，兩人終於重逢。一行人來到逆熵的倉庫，發現了擁有理之律者能力的約阿希姆，約阿希姆在天命受盡折磨，而一行人也本要將他送回天命，被希兒和布洛尼亞阻止。最終，約阿希姆進入了聖芙蕾雅。世界崩解，希兒消失，但是留下了聯系兩人的一本日記。（解開了布洛尼亞希兒參加X10試驗和前理之律者被天命試驗的心結）
在第二個世界中，因為自私害死了聖女的奧托，來到西伯利亞建立了孤兒院，自稱神父，並殺死了約阿希姆的父親：為了復活早逝的約阿希姆的母親，他的父親不惜用孤兒進行人體實驗。約阿希姆因此痛恨奧托。奧托本想讓約阿希姆繼承自己的孤兒院，但巨大的隔閡讓約阿希姆選擇離開。但在一次崩壞獸襲擊中，身負重傷的奧托再一次拯救了約阿希姆。最終，在布洛尼亞的勸說下，約阿希姆終於接下了奧托的重擔。（解開了布洛尼亞對可可利亞的憎恨和約阿希姆的殺父之仇）
在第三個世界中，長大之後的約阿希姆（第二代理之律者）不甘於使用華瑟的名字，天命在1955年殺死了所有逆熵成員。為了報仇，理之律者擊敗了空之律者，吸收了律者核心後淪陷了天命，也一同殺死了希兒。但布洛尼亞沒有被仇恨蒙蔽雙眼，怒斥華瑟後，世界崩解。（解開了布洛尼亞失去希兒和約阿希姆不甘隱姓埋名的心結）
但這時希兒的裏人格覺醒。為了離開量子之海，凱文（蛇）欺騙了希兒，讓她和布洛尼亞一起瓦解了阻隔量子之海和現實世界的迷宮。希兒擊敗了布洛尼亞，但是約阿希姆為布洛尼亞帶來了理之律者核心，正式成為第三代理之律者。布洛尼亞繼續深入，直到深海的盡頭。
主線第十一章間章（虛空之穹，孤獨之月） ：時間回到大崩壞三個月後。在被姬子以生命為代價拯救後，琪亞娜來到了天穹市。崩壞已經波及了這座城市，為了拯救民眾，琪亞娜不顧自己羸弱的身體開始戰鬥，精神上的虛弱給了空之律者控制琪亞娜的機會。符華的羽渡塵幻影初次出現在琪亞娜的腦海，但是琪亞娜因為符華監視自己並且最終將自己交給了天命而痛恨符華。在天穹市，琪亞娜無數次回憶與姬子的日常，姬子的死在琪亞娜的心中留下了不可消磨的裂縫，也給了空之律者再次蘇醒的契機。符華再次出現，在幻覺中，姬子伴著【奇異恩典】的音樂走向琪亞娜，安慰著她。最終，琪亞娜成功壓制了律者人格，以凡人之軀擁有了半律者的力量：天穹遊俠。
主線第十二章（光與影的彼岸） ：數十天前，極東邊境，在滲透過程中被世界蛇半策反的可可利亞與灰蛇達成了交易，開啟海淵之眼並交出渴望寶石，交換希兒。但是可可利亞叛變一事被愛因史坦察覺，灰蛇帶走了愛因史坦。布洛尼亞的生死未蔔使可可利亞震怒，威脅灰蛇，卻被灰蛇重傷，勉強保住一命。灰蛇為自己註入了崩壞能因子化身崩壞獸，險些殺死莉莉婭，被解放的月煌裝甲擊敗。薛丁格借海淵之眼回到現實，解救了愛因史坦，後者開始指揮對抗天命的作戰。量子之海中，被凱文控制的希兒進入了凱文制造的世界泡，親眼目睹了前文明第十二律者淪陷文明的慘劇和櫻的死亡。最終希兒終於見到了凱文，布洛尼亞及時趕到，但不敵已經掌握了渴望寶石的凱文。薛丁格成功定位了兩人，逃出量子之海的過程中，希兒裏人格徹底覺醒（短片希兒）。可可利亞被羈押，孤兒院也準備搬到鹽湖基地，孤兒院的大家終於重聚。但凱文已經來到了現實，不知所蹤。
主線第十三章（長夜暗空） ：隨著灰蛇向凱文獻上劫滅大劍，世界蛇的計劃終於開始。大崩壞四個月後，借著人形機中殘余的資訊，確定了琪亞娜仍然停留在天穹市。莉塔乘坐Eos號借視察合作企業「神城醫藥」的名義來到天穹市追捕琪亞娜。渡鴉偽裝成神城醫藥的負責人，故意透露琪亞娜的行蹤。但莉塔最終找到琪亞娜時，琪亞娜告訴她這座城市中的危險並非因她而起。使用琪亞娜留下的門卡，莉塔進入了神城醫藥工業區，發現神城醫藥一直以來被世界蛇控制，改造天命提供的抗崩壞疫苗，以免費醫療的名義將疫苗註入市民身體中，催化普通人體內出現聖痕，準備使用一場大崩壞殺死天穹市所有不能成功覺醒聖痕的民眾，只留下有能力對抗崩壞的人。這時，莉塔和不滅之刃小隊遭到了圍攻，胡狼使用HSN-B46血清改造出了可以讓女武神體內崩壞能流失的藥劑（低配版弒神之槍），不滅之刃幾乎全滅，莉塔陷入下風。此時，琪亞娜趕到，莉塔讓Eos號撞擊工業區引發混亂，兩人借空間轉移的能力逃走。
主線第十四章（黑暗破曉） ：琪亞娜和莉塔脫離了危險。在莉塔還在假裝昏迷的時候，琪亞娜回到了工業區，跟上了渡鴉的車隊。琪亞娜本以為在開闊地帶逼迫渡鴉使用血清改造劑就能戰勝渡鴉，但是渡鴉給自己註射了解藥，琪亞娜陷入下風。莉塔目擊琪亞娜落敗後被帶回工業區進行實驗，得知了解藥的存在，返回工業區尋找解藥，以外發現墜毀的Eos號不知所蹤。此時，芽衣趕到，從莉塔口中得知琪亞娜的下落。兩人再度重逢。琪亞娜從胡狼口中得知，世界蛇要透過一場大崩壞來啟用聖痕，莉塔推測產生崩壞的裝置正式Eos號上的崩壞能引擎。莉塔拖住了追兵，芽衣和莉塔前去摧毀引擎，卻被渡鴉拖延了時間，試驗即將開始。琪亞娜解放了空之律者的能量，符華被迫用盡最後的力量束縛律者人格。琪亞娜擊潰了由世界蛇控制的機甲防線，來到了反應爐前，帶著姬子最後的期望，將反應爐推離了天穹市引爆（動畫短片【天穹流星】）。星空下，芽衣追逐著墜落的琪亞娜，卻發現琪亞娜已經被趕到的幽蘭黛爾用黑淵白花救起……
主線第十五章（迷途沙塵） ：在天穹市事件前夕，天命位於北非的維穆爾實驗室內正進行著第二神之鍵的實驗。第二神之鍵可以打破空間之間的壁壘，擁有進入其他世界的能力。在無數次的實驗中，奧托想要找到虛數之樹——一切本質與根源的形成之地。在實驗過程中，會有量子之影從開啟的通路中入侵，天命最強女武神幽蘭黛爾在此與其對戰，保證實驗順利進行。實驗進行的並不順利，這時幽蘭黛爾收到了莉塔的求援，前往天穹市回收琪亞娜。失去了律者核心的芽衣只能看著琪亞娜被幽蘭黛爾帶回維穆爾實驗室。奧托使用第二神之鍵對琪亞娜進行測試，但是連幽蘭黛爾都無法觸及的虛空之數的「膜」，被琪亞娜輕易穿透。這時，世界蛇聞風而來，對實驗室展開了襲擊，琪亞娜趁亂逃走，卻撞上了凱文。沈睡的符華終於蘇醒，為琪亞娜抵擋凱文，但實力大減的她不敵凱文，被凱文封印。逃出生天的琪亞娜決定前往夢開始的地方——長空市尋找芽衣。幽蘭黛爾最終找到了凱文，兩人針鋒相對之時，奧托突然出現打斷了二人……
主線第十六章（暴雨將至） ：奧托與凱文進行了談判，達成了暫時的合作，傾巢而出的世界蛇就此退兵，而談判雙方卻各懷鬼胎。芽衣與特斯拉檢測到琪亞娜的蹤跡，乘坐赫利俄斯號前往長空市。昔日繁盛的長空市早已衰敗，一道長空壁將城市一分為二，以阻止崩壞的蔓延。在尋找琪亞娜的過程中，順便解救了城市的拾荒者，小女孩空，並跟隨她來到了長空市遺民的聚居地——巢。小女孩空說，有一位老師帶領大家建立了「巢」，並教會了大家如何生存。長空市的水位突然上漲，芽衣與空前往長空壁調查，遭遇了貝納勒斯，被「老師」渡鴉所救。渡鴉告訴芽衣，這些孩子擁有不完整的聖痕，只能依靠胡狼的藥物存活。渡鴉用自己的能力接管了一只崩壞獸的感官，找到了琪亞娜的所在地，並再次與貝納勒斯擊敗。在未能保護主人的悲傷、痛苦與自責中，貝納勒斯被擊敗了。渡鴉不相信芽衣能夠拯救琪亞娜，想要一勞永逸的殺死空之律者，二人因為理念沖突隨後展開戰鬥。在戰鬥中，芽衣突然爆發了某種力量，讓渡鴉放過了她。隨後，芽衣找到了已經失去意識，身上布滿崩壞紋路的琪亞娜。
主線第十七章（當雷鳴劃破長空） ：時間回到奧托與凱文的談判。凱文威脅奧托協助自己完成聖痕計劃，但奧托以天命的拼死抵抗威脅凱文與自己達成交易：凱文交給奧托第二神之鍵的信標，讓奧托啟動第零額定功率，抵達虛數之樹（萬物法則的根源），而相對的，奧托則將會消失在虛數之樹中，並將虛空萬藏交給凱文，作為自己的傀儡讓凱文實行聖痕計劃。奧托認為已經認識到了崩壞的真面目：由於虛數之樹與量子之海二元對立所產生的必然後果，他相信它所追尋的答案就在虛數之樹中。凱文同意了這筆交易，答應三天後在長空市交貨：長空市即將再次爆發崩壞，借助這股能量，奧托將會直接開始試驗。
另一邊的長空市，芽衣和琪亞娜回憶著三年前的過往行走在長空市的街道上，他們本想去看看千羽學園，但卻被洪水擋住了去路。在返回的途中，二人遇到了重傷的貝納勒斯，並將沒有敵意的貝貝龍帶回了赫利俄斯。愛因史坦向芽衣交代了診斷結果：已經沒有辦法拯救琪亞娜，只能將其保護起來，防止她再次覺醒。這時，空來到了赫利俄斯，送給芽衣一個晴天娃娃，原來渡鴉已經準備讓孩子們搬出長空市。芽衣為了送空回去，在巢遇見了渡鴉。渡鴉提出世界蛇想要與芽衣做一場交易，拯救琪亞娜。芽衣為琪亞娜最後做了一次咖哩飯，但琪亞娜已經失去了自己的味覺，卻還瞞著芽衣不想讓她擔心。約定的時間，芽衣在巢見到了世界蛇的領袖凱文，凱文指出，如果芽衣重新覺醒，則琪亞娜體內的征服寶石則會瓦解，這是緩解琪亞娜癥狀的唯一方法。而為了讓琪亞娜徹底斷絕與崩壞的關系，芽衣將會為世界蛇而戰，消滅崩壞、殺死律者，讓琪亞娜沒有覺醒的機會。
長空市的崩壞開始了。琪亞娜逃出了赫利俄斯，拖著已經油燈枯竭的身體，騎上了貝納勒斯試圖阻止崩壞。芽衣痛苦的追上琪亞娜，卻只看到了被從天空擊落的貝納勒斯，和殺死了貝納勒斯的怪物虛數神骸（應該是從虛數之樹中出現的，和之前奧托的計劃有關）。芽衣拼死將其擊敗，但時間突然逆流，虛數神骸重新站了起來，將巨劍揮向了芽衣。貝納勒斯為芽衣擋下了這一劍，然而芽衣已經黔驢技窮，墮入了黑暗。在黑暗中，芽衣接受了雷之律者的意誌，與過去的自己告別， 雷之律者就此覺醒 ，消滅了從虛數之樹而來的怪物，接管了貝納勒斯的肉體，將其變為聽命於自己的野獸，清除了長空市的崩壞獸。最終，她在千羽學園見到了被凱文救下的琪亞娜。為了阻止芽衣加入世界蛇，兩人進行了激烈的戰鬥，但失去了律者能量的琪亞娜終究不敵剛剛覺醒的雷之律者，被芽衣擊敗，兩人就此分道揚鑣。
主線第十八章（凝自冰霜） ： 第五次崩壞 在珊瑚島爆發，駐守此地的雪蓮小隊失去聯絡， 冰之律者誕生 。根據胡狼所說，聖痕計劃的重要一環是獲得所有的律者，並使用「黃泉之杖」將他們「停滯」。為此，雷之律者與渡鴉前往珊瑚島與另一位世界蛇幹部夜梟匯合。夜梟與渡鴉在一次任務中相識：渡鴉曾去剿滅一個叫做「千拳會」的組織，而夜梟正是這個組織僱用的保鏢，渡鴉放了他一條生路並將它推薦給了組織，在兩年前的一場崩壞中，夜梟受了重傷，不得不將大部份身體替換成機械。與此同時，幽蘭黛爾和莉塔帶領不滅之刃小隊也趕到了珊瑚島，準備救援雪蓮小隊。世界蛇一行發現了意識模糊的冰之律者，但未能成功捕獲，當芽衣準備追擊時，被夜梟以準備不足為由阻止。而在另一邊，幽蘭黛爾發現了雪狼小隊殘留的錄音，發現成為律者的人正是雪蓮小隊的隊長安娜·沙尼亞特。得到情報的世界蛇這時已經重新定位了律者，然而，夜梟使用本應禁錮冰之律者的「黃泉之杖」禁錮了芽衣。根據天命的記錄，在兩年前的崩壞中救下夜梟（陳天武）的人正是變為冰之律者的安娜·沙尼亞特，夜梟正是為此背叛了世界蛇。發現事情不對的幽蘭黛爾前去支援芽衣。掙脫束縛的芽衣與幽蘭黛爾找到了冰之律者和夜梟，一陣激戰過後，冰之律者突然爆發出驚人的力量，與夜梟趁機逃脫。
主線第十九章（融於巖隙） ：逃脫的冰之律者與夜梟遭遇了固守防線的女武神，不滅之刃又雙叒叕被全滅，莉塔在與冰之律者的對峙中落敗。而另一邊，雷律芽衣與幽蘭黛爾重整態勢，為了不讓休伯利安與琪亞娜卷入戰鬥，芽衣拒絕撤退，要求渡鴉找回黃泉之杖的殘骸，而她則與幽蘭黛爾拖延律者的行動。幽蘭黛爾找到了重傷的莉塔，停下腳步治療自己的副官，而芽衣則獨自追擊冰之律者。
在路途中，透過沿途的冰雕，芽衣逐漸了解了冰之律者——安娜·沙尼亞特的過去。雖然她為自己女武神的身份而驕傲，但她一直是個懦弱的女孩子。在馬尼拉崩壞的廢墟中，她所在的小隊遭到了襲擊，為了與其他女武神匯合求援，她背棄了自己的職責，對廢墟中掙紮的平民視而不見（而其中就包括陳天武的妹妹陳天文，當然，當時的安娜並不知道哪是誰）。而當她最終下定決心，返回廢墟營救平民時，安娜遇到了陳天武。兩人分別之時，陳天武拿出陳天文的照片懇求安娜幫自己尋找妹妹時，她認出了照片中的小女孩正是因為自己的懦弱而死的平民之一，羞愧的安娜並沒有告訴陳天武真相，而是倉皇逃脫，兩人之間糾結的誤解從此開始。此後，唯一幸存的女武神安娜成為了雪蓮小隊隊長，而陳天武則加入了世界蛇，一直尋找接近安娜的方法。最終，二人以夜梟與冰之律者的身份在珊瑚島相遇了。
回到現在。安娜用最後的理智凍結了夜梟，準備讓芽衣結束自己的生命。然而夜梟毀壞自己的身體脫離了束縛，擋在安娜面前。失去理智的冰之律者殺死了夜梟，恍惚間，夜梟看到了自己的妹妹，以及見死不救的安娜。崩壞的侵蝕讓這段真相放大成了憎惡，夜梟成為了本世代的 第六律者星之律者 （對應前文明第九律者巖之律者）。巖之律者與冰之律者的力量合而為一（ 隕冰之律者 ）。渡鴉找到了黃泉之杖的殘骸，借助它的力量，雷之律者與幽蘭黛爾一起將隕冰之律者湮滅。風暴散去。芽衣向凱文報告戰況時，通訊突然中斷，世界蛇總部遭到襲擊。
主線第二十章（千年之羽） ：天命第三空港。符華(?)從治療倉中醒來，身體狀態回到了全盛時期——甚至連五百年前七徒的那一劍所留下的傷也恢復了。打碎治療倉，華(?)見到了「老朋友」奧托。分裂成自我本我與超我的意識指引著符華的身體，將奧托掐死，第三空港被重創。（同時，世界蛇也被襲擊，但具體細節不明）。與此同時，琪亞娜與布洛尼亞正在前往太虛山，尋找符華留下的迷藏——能夠讓他們控制律者能量的【太虛劍氣】。在太虛山，她們找到了被符華封印的「羽」，以及自稱林朝雨（赤鳶首徒）的女子，林朝雨雖然學過琪亞娜需要的太虛劍氣之「劍心」，但她曾發誓不將其傳給後人。在林朝雨的幫助下，羽毛的封印被劍心破除，琪亞娜與布洛尼亞進入了「羽」。從「羽」和林朝雨口中，她們了解到了符華的過往：
時間回到五萬年前，前文明紀元，崩壞顯現前夕。符華出生在天穹市下城區（城鄉結合部）的一個武術家庭。在高科技時代，符華的父親格格不入的經營著一家武館。符華考上了大學，告別剛剛被死士襲擊的父親，獨自前往滄海市。內向的性格，有些古怪的家庭背景，加上從未離開家鄉的自卑——符華在大學裏也是一個人，迷茫且恐懼。
一次放學後，符華救下了一個被死士攻擊的女孩，就這樣交到了朋友，度過了人生中最快樂的半年。然而好景不長，一學期結束，符華在機場等待航班返回家鄉天穹市時，第三次崩壞降臨了。符華作為僅存的幾個幸存者被女武神小隊的隊長（前文明的姬子himiko）所救。從隊長的口中她得知自己的家鄉天穹市也被淪陷。符華選擇了解真相，跟隨隊長加入了女武神小隊。幾年過去，隊長成為第七律者，梅命令女武神部隊前往討伐（隊長死前甚至還留有自己的意識）。此時的符華還不能理解梅與凱文對消滅崩壞的執念。但在對第十二律者的作戰中，符華即使使用了羽渡塵保護了基地內的人，卻沒能阻止律者使用核彈淪陷了最後的三座城市。前文明付出了巨大的代價仍然被崩壞淪陷，符華進入休眠倉，最後的時光裏，她發現崩壞帶走了自己身邊的所有人——父親、朋友、隊長，以及自己要守護的所有人。此刻，她終於有點明白了梅與凱文面對崩壞的執念。
本世代，符華、蒼玄與丹朱蘇醒後。千年守望的記憶填滿了符華的大腦，但符華卻不想使用羽渡塵剝離自己的回憶——因為她害怕，如果自己的記憶中只有少年時那個迷茫的自己，會忘記自己為什麽一直堅守到現在。為了讓符華能夠擁有自己的生活，而不是成為梅的棋子，蒼玄制造了人偶蒼玄之書陪伴符華，希望她能夠多少放下消滅崩壞的使命。但是符華仍然一步步走向梅與凱文當年的道路，為了消滅崩壞而封印了自己的人性。蒼玄和丹朱為了封印蚩尤而死，符華收下七徒教授武功，幫助自己降妖（死士）。然而第四徒江婉如被崩壞沾染，符華決意殺死四徒，最終被七徒聯手殺害。
回憶進行到這裏，琪亞娜和布洛尼亞發現赤鳶首徒林朝雨不應該出現在現代的太虛山。進入林朝雨留下的最後一片羽毛，華(?)在拂雲觀中等待著二人……
主線第二十一章（新生之翼） ：時間回到上一章的開頭，華(?)蘇醒之後。淪陷了半個天命空港後，用存放在其他地方的備用身體復活的奧托出現在華(?)面前。剛剛蘇醒的華(?)似乎換了一個人，也不願意回顧自己的記憶，輕而易舉的就被奧托引導，前往世界蛇回收「之前交給凱文的羽渡塵」（實際上那片羽渡塵是第九章符華被奧托殺死時符華留給琪亞娜的，裏面承載了符華的真正意識，後來符華為了保護琪亞娜，最終被凱文封印）。華(?)與搭載了符華意識的羽毛一起回到了太虛山。
此時，琪亞娜和布洛尼亞還沒有來到這裏，華(?)在這裏向羽毛表達了對自己過去所作所為的懊悔：對五萬年前聽從梅博士的指示殺死留有意識的姬子隊長的懊悔，對四千年前自己為了保護其他人沒有援助蒼玄與丹朱，導致兩位友人為封印蚩尤而死的懊悔，以及對五百年前欽察草原一戰沒有殺死卡蓮，導致奧托變成人渣獨裁天命的懊悔。基於此，華(?)決定不受任何人控制。
羽毛（符華的真正意識）確認了華(?)的異常。華(?)的目的雖然是消滅崩壞，但行為卻在為崩壞服務：想要淪陷天命，大鬧世界蛇，並且不相信逆熵（因為逆熵「網羅」了三名律者）。被奧托槍殺失去意識的身體不可能隨意蘇醒，事實是，在符華的身體內誕生了 第八律者（識之律者） 。失去了肉體只剩意識的符華與拒絕相信自己是律者的華(?)無法互相說服，這時書接上回，琪亞娜和布洛尼亞趕到，兩位符華決定讓她們判斷誰才是真正的符華。
主線第二十二章（與我一人） ：在大崩壞中，符華被奧托使用天火聖裁槍殺。在死亡的前一刻，符華使用了羽渡塵的能力將自己的意識保存在一片羽毛中，而自己的身體成為了一句空有回憶而沒有意識的軀殼。識之律者的意識就在這具身體內誕生，然而五萬年來一直對抗崩壞的回憶淹沒了律者的意識，誤以為自己是與崩壞為敵符華。崩壞意誌化身潛意識，試圖引導新生的律者想起自己是誰，卻失敗了。此即識之律者（也就是前兩章中的華(?)）的誕生。
書接上文。華(?)向琪亞娜與布洛尼亞坦白，先前出現的林朝雨與羽毛都是自己安排的幻象。兩人不相信眼前的華(?)，並行起攻擊。布洛尼亞為了轉移華(?)的註意力，單獨與其作戰。趁這個機會，承載著符華意識的羽毛告訴琪亞娜與布洛尼亞自己的身體已經被律者人格占據，並告訴琪亞娜想要戰勝華(?)，只有讓她對自己產生疑問，明白自己是律者，從而讓她慌亂並漏出破綻。
琪亞娜要求更多的了解華(?)，這樣才能在兩人之間做出選擇，隨後華(?)將她帶入了幻境。她說自己絕不會對奧托唯命是從，也不會像當初的符華一樣先吧琪亞娜交給奧托，後來又想挽救她。當琪亞娜問到她在大崩壞時會怎樣做時，華(?)一邊宣告自己會打敗空之律者（反對奧托「用愛戰勝律者」的方針），一邊卻要面對奧托的方陣確實成功了的事實（也許還有一絲對前文明符華的隊長Himiko的懷念）。這樣的反差成功動搖了華(?)的意誌。
隨後，琪亞娜宣稱華(?)不是一個能體會弱者的強者，選擇了原來的符華。華(?)在震怒中將瀕死的廢話意識交還給琪亞娜並行起猛攻，琪亞娜在符華的幫助下再次使用崩壞的力量。戰鬥的最後，符華以死的覺悟準備將識之律者封印。琪亞娜無法接受這樣的事實，使用空之律者的能力打破了封印救出了符華。而識之律者在高強度戰鬥中終於意識到自己的力量來源於崩壞，在拒絕了符華共用身體的請求後，識之律者的意識獨自離開，將身體交還給符華。隨後符華與琪亞娜與布洛尼亞重聚。
主線第二十三章（一人的劇場） ：（此時的時間為2017年11月左右）為了籌備逆熵成立60周年派對，琪亞娜與希兒離開鹽湖基地外出采購。采購途中，用來負責煙花表演的機器人突然暴走。兩人解決騷亂後，在一件發傳單的員工穿著的玩偶服中找到了一把鑰匙以及門牌，而玩偶服中的人卻失蹤了。根據這些線索，兩人了解到失蹤者名叫約翰·多伊，並找到了他的學校。從同學口中得知，此人已經一個多月沒來過學校了。二人隨後找到了約翰·多伊的公寓，並在公寓門口進入了某種空間，與提線傀儡發生了戰鬥。房東告訴他們約翰·多伊已經在一個月前死了（但希兒剛剛還見過他）。在約翰·多伊的公寓中發現了一具壞掉的提線木偶，手中握著「支配劇場」的劇院門票。
另一邊，華瑟對布洛尼亞的訓練結束後，發現了附近有崩壞獸雕塑的展覽。察覺異樣的兩人正準備叫停展覽，崩壞獸的雕塑突然開始襲擊人類。透過對劇院門票上土壤樣本殘留的分析，以及崩壞獸雕塑的供貨渠道，愛因史坦定位了名為米拉·裏默的雕塑家的工坊。開啟房門的瞬間希兒進入了名為「支配劇場」的另一個空間。在劇場的中心，希兒找到了變為人偶的米拉·裏默。它切斷了希兒兩個人格之間額關系，並試圖利劍二人讓希兒的裏人格加入人偶的行列，但最終裏人格將希兒拉出了支配劇場。在工坊內，兩人發現了壞掉的裏拉·裏默的人偶，手中握著另一張劇院門票「老鼠與老鷹」。
此後又接連發生了幾起這樣的事件。透過比對，逆熵確認人偶內的核心來自第十律者「支配之律者」，也就是「千人律者」。有證據表明天命與世界蛇也發現了類似的事件。而根據劇院門票的土壤樣本分析，下一個地點就是鹽湖基地。布洛尼亞與希兒在作戰時發現了空間裂縫，被分別引入了支配劇場。在布洛尼亞使用了理之律者的權能後，支配之律者切斷了布洛尼亞與律者核心的聯系，接管了理之律者核心。最終，希兒將身體控制權完全交給裏人格，帶著失去全能的布洛尼亞全力逃出了支配劇場。
主線第二十四章（千人的舞台） ：世界蛇方面，芽衣與渡鴉一同調查幾間被人偶侵犯的倉庫。從倉庫主人的口中得知，人偶有其他人類協助。渡鴉動用自己的人脈確認了人偶可能出現的位置，隨後兩人也被分開引入了支配劇場。芽衣發覺人偶在引誘自己使用律者權能，從而提高了警惕。人偶向芽衣展示了自己的理之律者能力，並聲稱自己如果獲得雷之律者的權能，就可以挑戰琪亞娜並切斷律者核心的聯系，讓琪亞娜變為常人，但被芽衣拒絕。最終渡鴉趕到摧毀了人偶，兩人脫離支配劇場。
逆熵。愛因史坦追蹤到第一位支配律者是紐澤西州大學的一名醫學教授。在調查的過程中，符華與德莉莎見到了他的人偶，並回收了其核心。透過解析這顆核心，逆熵掌握了千人律者網路的構造。但是，自從千人律者被消滅了一半（即500個）後，便突然停止了活動。為此，逆熵決定以琪亞娜為誘餌，將其用休伯利安號送往北極的收容設施，以此引誘千人律者奪取空之律者的權能。如計劃一樣，運送途中，人偶入侵了休伯利安的發電系統，解除了琪亞娜周圍的屏障，將其拉入了支配劇場。隨後，琪亞娜按照計劃，在遠離人後後使用空之律者的力量將整個休伯利安轉移進了支配劇場，將剩余的500個人偶一網打盡。隨後大家召開了慶功宴暨逆熵60周年紀念晚會。然而，似乎有一個人偶活了下來。
雖然逆熵認為支配之律者已經被消滅，但是布洛尼亞仍然無法使用理之律者的能力，琪亞娜也發覺在上次進入支配劇場後人偶並沒有全力搶奪自己的律者權能。而這天晚上琪亞娜在夢境中以西琳的視角重溫了空之律者的一生。某日晚上，琪亞娜再次被獨自拉入支配劇場，原來支配之律者的目的是喚醒西琳並與之同盟。為了摧毀琪亞娜的意誌，支配之律者拿出了本屬於姬子的疾疫寶石……
主線第二十五章【點燃明日的火焰】 ：鹽湖基地。在研究千人律者核心的過程中，核心突然開始瓦解並消失。鹽湖基地的機甲隨後失控，混亂平息後逆熵才發現琪亞娜已經失蹤，並在琪亞娜的房間發現了一個人偶。借助希兒多次進入支配劇場的經驗，特斯拉和愛因史坦反向開啟了支配劇場的大門，但布洛尼亞與符華進入後大門突然被關閉。與此同時，芽衣以三顆特殊的千人律者核心為條件與胡狼交換情報，並要求胡狼使用這些核心反向連線並開啟支配劇場的大門，但此時核心突然開始瓦解，情急之下芽衣直接加快行程進入了支配劇場。
……十年前，奧托將空之律者核心植入K423的身體。核心內殘存的意識在這具身體中轉化為表裏兩個人格——相信微光的表人格（琪亞娜）和相信黑暗的裏人格（空之律者）。支配劇場內，見到疾疫寶石的琪亞娜內心輕微的動搖給了空之律者可乘之機，突破了琪亞娜的壓制。但此時的琪亞娜已經明白了自己與空之律者實際上是西琳意識的一體兩面，不論面對自己的誕生、六年前自己的失控、還是姬子的犧牲都堅持為美好而戰。最終，對善的信念勝過了惡的存在，疾疫寶石的力量流向了琪亞娜，空之律者的落敗消散。
在疾疫寶石創造的幻境中，琪亞娜見到了姬子老師最後的意識殘影。兩人一起漫步在聖芙蕾雅學園的幻影中，回憶著往日的時光，聽取了姬子對大家最後的話。從姬子的口中，琪亞娜得知了姬子的老師拉格納的遺言：「即使徒勞，也要為美好而戰，即使犧牲，也不過是化作希望之花的養料」。人類的薪火在此刻傳承到了琪亞娜手中。
同時，布洛尼亞與符華終於逃脫了人偶創造的無盡回廊，符華連哄帶騙得到了識之律者的權能，並切斷了人偶與支配律者本體的聯系，但識之律者的能力也被支配之律者所掌握。另一邊，支配之律者無法奪取完全體的雷之律者權能，「征服的雷電」擊敗了人偶，進一步削弱了支配律者的力量，律者核心的權能逐漸流回它們的主人。幻境中的琪亞娜感受到了夥伴的支援，與姬子做了最後的道別，回到了現實，展開了與支配之律者的最終決戰。決戰的過程中，布洛尼亞與符華被支配之律者擄走，二人的律者權能被托付給了琪亞娜。掌握了空之律者核心與疾疫寶石權能的琪亞娜在夥伴的支援下擊敗了支配之律者，千人律者事件結束。隨後聖芙蕾雅眾人為無量塔姬子舉行了葬禮。
世界蛇。在之前的戰鬥中，芽衣似乎進入了崩壞的根源之地，崩壞的神祗似乎想要將某種資訊灌入芽衣的腦海，但被芽衣拒絕了。此時的芽衣質問凱文崩壞的真相。凱文為芽衣開啟了一條通往世界根源的甬道，在哪裏一位神秘的女子等待著她……
之後的劇情會在遊戲更新後盡早加入。
六、 後崩壞書及後日談（？？？至？？？）
時間不明 一場大崩壞事件將崩壞封印在了月球暗面（很有可能就是主線劇情的終局之戰），地球上的崩壞能降低到了前所未有的水平。奧托在事件中死亡，德麗莎成為天命主教，逆熵和天命也合二為一，愛因史坦和特斯拉成為德莉莎的左膀右臂，芽衣成為了天命特殊部隊第三小隊隊長（第一二四小隊隊長疑似為幽蘭戴爾、莉塔和布洛尼亞，阿琳姐妹成為第四小隊隊員），琪亞娜失蹤。
華瑟離開組織，進入ET Studio開發ACG產品（就是那個20世紀下半葉為了給阿拉哈托籌錢成立的動漫公司）。崩壞消失八年後，華瑟突然收到聖方丹政府的邀請，和他的養子（第一代理之律者的復制人）前往聖方丹，但是在下了火車之後失蹤。芽衣帶領小隊成員卡蘿爾和後崩壞書男主來到聖方丹進行調查。
來到聖方丹的眾人發現了這裏的驚人秘密：聖方丹被一層環繞城市的遮蔽場包圍，只能進入而不能離開，遮蔽場內部的景象與天命衛星拍攝的完全不同，這裏到處布滿了崩壞能聚集而成的紅色結晶，還有不同於天命和逆熵技術的怪異生物，類似於生物和機甲結合的產物。而在聖方丹西側的大海上空，一座赤紅色的島嶼懸浮於海面之上，上面還有一座類似教堂的建築。城市內空無一人，但天命的衛星卻沒有察覺到任何異常。
在調查過程中，一行人發現了更驚人的事實：他們的崩壞能通訊器居然捕捉到了已死的奧托的聲音，而奧托正在與被成為「天上之人」「盧凱尼」的神秘生物對話，似乎要配合這神秘生物取代人類，而這座城市則將會成為祭品。
一行人從東向西進行調查，在途中找到了華瑟的養子喬弗利·喬伊斯·楊。在西側的跨海大橋上，一行人被敵人圍攻，此時華瑟突然出現救下了三人。芽衣推測，既然華瑟乘坐的列車是聖方丹與外界交流的唯一通道，那麽遮蔽場應該在列車軌域處有一個缺口。芽衣安排華瑟和喬弗利乘坐列車離開聖方丹，而小隊繼續調查這座城市的秘密。
然而，就在華瑟和兒子坐上了開動的列車準備離開之時，奧托突然出現在列車上，帶走了了兩人。華瑟蘇醒後，奧托自曝身份——虛空萬藏，要挾華瑟擬態伊甸之星，與其談判未果，被迫釋放喬伊斯並講述自己的計劃。
芽衣認為聖方丹的陰謀不知何時將要付諸實施，因此來不及等待天命的支援部隊到達就先行展開調查。與此同時，城內出現了三處異常的能量波動，卡蘿爾和男主在調查時發現異常點附近有異常消失的金色碎屑。最後，三人來到亞天魔城浮空島，見到了等候多時的虛空萬藏。芽衣被重創，主角被迫釋放自己裝備的大劍神火試煉，以自己被崩壞侵蝕為代價解救芽衣，但是虛空萬藏的計劃也正式開始……
2029年 （漫畫【異鄉】）虛空萬藏與華瑟來到了星門的另一邊。兩人佯裝成天上之人，進入了他們的前線基地。虛空萬藏黑入天上之人的系統摧毀了前線基地。在前線基地的資料中，華瑟發現了平行世界中的姬子的資料。為了解救被天上之人盯上的姬子，華瑟與虛空萬藏進入平行世界卻被困無法返回。這時時雨綺羅與化身人類（雪狼小隊的尼克拉斯）的修格斯出現，將兩人帶回地球。
