1982年的一天，江蘇省文物工作者對位於淮安盱眙縣的朱元璋祖墳-明祖陵地宮進行勘測和清理，發現地宮由九個磚石拱券組成，而每個拱券下面分別有兩扇石門。當文物工作者開啟石門以後，發現裏面整齊擺放著六具棺材。出於對文物的保護，文物工作者並沒有開啟棺木，而是將石門關好，結束此次勘探任務。事實上盱眙不僅以小龍蝦而聞名全國，還是朱元璋祖墳所在地，見證了大明王朝先祖的苦難歲月。
明祖陵地宮裏放置的六具棺材，墓主人正是朱元璋高祖父母，曾祖父母和祖父母。從【明太祖禦制朱氏世德碑記】一文可知，朱元璋遠祖朱仲八是江蘇鎮江句容人，靠務農為生，但從朱仲八曾孫朱初一開始，朱家被元朝官府強行指定為淘金戶。最終由於不堪忍受官府的欺壓，這才全家搬到盱眙，靠給地主家種田和放牛勉強維持一家生計。
在盱眙生活期間，朱初一在給地主交完地租後，糧食幾乎是所剩無幾。好在當時村子裏還有一戶姓朱的人家，兩家來往頻繁，無論是種地還是死後準備喪事，雙方都相互照應，讓朱初一一家感受到了世間仍有真情存在。
當1368年朱元璋建立大明王朝以後，第一件事就是追封先祖。其中朱元璋高祖父朱百六被追封為德祖玄皇帝，高祖母胡氏為德祖玄皇後，曾祖父朱四九為懿祖恒皇帝，曾祖母侯氏為懿祖恒皇後，祖父朱初一為熙祖裕皇帝，祖母王氏為熙祖裕皇後。
當冊封工作完成以後，下一步就是營建陵寢，可就在這個時候，朱元璋卻找不到自己高祖父母，曾祖父母和祖父母墓地的具體位置。最後還是祖父朱初一世交後代朱貴站了出來，向官府指明了墓地的方位。為了感謝朱貴，同時也是為了報答朱貴一家當年與祖父的同甘共苦，朱元璋任命朱貴為明祖陵祠祭署奉祀，專職守陵，世襲罔替，享受四品待遇。當朱貴兒子接班後，朱元璋還在南京故宮設宴，款待這位年輕人，並勉勵他不要嫌棄官職太小，都是為國效力。
不過當真正修建陵寢的時候，又一個問題浮出水面，那就是朱元璋先祖當時都是簡單下葬，屍骨沒有保留下來，外加有禮部官員建議，認為挖開祖墳遷進新建的祖陵地宮，會傷及明朝的龍脈。經過慎重考量，朱元璋決定采取太子朱標和誠意伯劉基的主意，即不動原有的祖墳，而是在新建地宮裏象征性放六口棺材，棺材裏則放置帝後衣冠服飾。因此實際上明祖陵為衣冠冢，地宮裏陪葬的物品也只有衣冠服飾和玉璽而已。
那麽明祖陵陵園究竟有多大？按照【帝鄉紀略】的記載，明祖陵由整整三道城墻組成，其中最外面是外羅城，裏面為中專城，最核心部位是王城，占地面積達到了二十萬平米。1989年文物工作者還對明祖陵城墻遺址進行發掘，發現殘存城墻長1348公尺，只不過平時被淮河和洪澤湖淹沒，所以也被稱為水下長城。
然而朱元璋沒想到的是，自己的祖墳從明朝中期開始被水淹沒，直到上世紀六十年代才浮出水面。原來從【泗州誌】可知，當初在選址的時候，明祖陵為低窪地勢，四周都接近淮河和洪澤湖，從而埋下極大的隱患。1578年明祖陵陵園就逐漸進水，等到1680年完全被水淹沒，直接摧毀了神道，享殿和墓冢等地面建築。上世紀六十年代當地一度發生自然災害，氣候幹燥，明祖陵遺址長期處於枯水期，神道石刻得以重見天日，這才讓文物工作者和政府機關發現並開發明祖陵旅遊資源。
值得一提的是，明祖陵神道由21對石像生組成，重23.4噸，而且營建時候明朝建國還沒有多久，因此在文臣武將石像生雕刻方面，服飾為參照的宋朝衣冠。也就是說明祖陵雖然是朱元璋祖墳，但人物石像生的服飾卻為大宋風格，這在明朝帝陵當中是唯一一個案例。
2011年盱眙出現旱災，這讓明祖陵地宮再次露出廬山真面目，特別是拱券上的朱砂顏色能歷經百年而不褪，不少遊人更紛紛開啟電筒照進拱券裏面，甚至還打水紀念，試圖一探地宮裏的秘密。不過為了保護文物，當地政府連夜灌水，讓明祖陵地宮恢復原樣的樣子。
