原因有三
1.国教的教义主旨客观上基本正确，比帝国真理更接近宇宙的真相，帝皇是神，忠于帝皇的人死后确实会回归金色太阳，对帝皇的虔诚确实会引发基于亚空间效应的神迹。
这世界上万事万物都敌不过实事求是四个字，国教比帝国真理更接近真相，更实事求是，帝国真理自然干不过国教。
你不能说因为帝国真理是帝皇本人提倡的就一定正确，帝皇自打脸的事情也不是一次两次了，比如尼凯亚会议里的一刀切就是一次明确的严重政策失误。
2.国教确实有用，我们刻版印象中腐朽无能，吮吸民脂民膏的教会形象实际上是受到中国唯物主义教育和日式西幻的影响，实际上战锤中的教会总体而言一直是正面形象。
不是说战锤里的教会就没有腐朽和贪污现象，但这种现象主要集中在救世帝皇圣殿派主导的鲜血王朝，在范迪尔的统治被终结后，活圣人塞巴斯蒂安索尔主导下，教会由光明派进行改组后成为了一个相当精干高效的机构，宗教信仰成了很多遥远星球忠于帝国的主要纽带。
国教同样组织军队开疆拓土，攻打异形和混沌，用信仰保护人类灵魂不受威胁，对帝皇的信仰对于抑制混沌的腐蚀，保护灵魂的成效是明显的，甚至有人类平民被混沌奴役后依旧偷偷祈祷行天鹰礼的情况，战斗修女迄今为止只有一例 主动投敌 的例子即为明证，就忠诚度而言，她们比星际战士还要可靠。
当受祝的爆弹确实能击破巫师的护盾，被赐福的圣水确实能愈合伤口并消炎，修女们缝制的战旗确实能驱魔辟邪，上至原体下至大头在忠诚的情况下战死后确实能面圣，活圣人仅仅凭着一个铁质的天鹰徽就能驱逐恶魔时，有什么理由不接受国教呢？
更不要提无数圣职人员仅仅凭借一本圣言录和满腔热忱就去群星间布道，无数世界在他们的鼓动下不费一枪一弹便皈依帝国，在很多叛变的世界，战斗到最后的不是教会就是法务部，虔诚的信徒可以在不做防护的情况下就踏足于被混沌腐化的地方，神职人员和战斗修女在各条战线上冲杀陷阵，国教已经事实上成了帝国不可或缺的支柱，这一支柱作用就连摄政王也不能不认可。
另外，由于国教万年以来的供奉和信仰，摄政王感觉帝皇其实比以前还要强大了……
3.帝皇本人默许了，叛教时代末尾，帝皇召见了初代战斗修女的领袖们，由禁军直接传令，面圣后的战斗修女们出来后第一件事就是砍了范迪尔，然后打开城门迎接塞巴斯蒂安索尔带领的起义军队进入皇宫，叛教时代终结。
另外摧毁了范迪尔镇压起义军的舰队的亚空间风暴被普遍认为是帝皇引发的，那场风暴直接就叫帝皇之怒。
此事标志着帝皇正式认可了国教，此后活圣人现象的大量出现更证明了这一点，因为活圣人就是帝皇一部分意志的直接承载者。
大裂隙之后帝皇频繁发力，显圣，协助帝国诸军抵抗汹涌魔潮，导致帝国内部的国教信仰进一步被强化，可以说此时的帝皇已经放下了最后的矜持，亲自下场了。
由于以上三点，大部分星际战士不会反对国教，事实上国教甚至在部分星际战士中开始传播，至于禁军，他们从一开始就知道帝国真理是谎言，帝皇又默许了，他们干嘛要反对？
