（多图预警~）
勉强回答一下：
「海宝可梦」和「淡水宝可梦」在部分版本还是存在有区别的，这是三世代游戏「世代产物」之一，当时严格区别海水和河流（后期游戏世界观中淡化这一区别） ，两种类别宝可梦体现在栖息地的不同，以及部分宝可梦的「偏好」上面，图鉴中也将他们分别分类为「Sea Pokemon」和「Water's edge Pokemon」，不过他们之间并不存在「生殖隔离」。
在三世代游戏【精灵宝可梦：火红/叶绿】版中，图鉴新增了一个功能，就是宝可梦的「分类」，其中有栖息地一项：
在三世代游戏【精灵宝可梦：火红/叶绿】版中，一共有9种不同的栖息地：
1.Grassland Pokemon（草地宝可梦）
2.Forest Pokemon（森林宝可梦）
3.Water's edge Pokemon（水边宝可梦）
4.Sea Pokemon（海宝可梦）
5.Cave Pokemon（洞穴宝可梦）
6.Mountain Pokemon（山脉宝可梦）
7.Rough-terrain Pokemon（崎岖地表宝可梦）
8.Urban Pokemon（城市宝可梦）
9.Rare Pokemon（稀有宝可梦）
每一种分类中，对应不同类型的宝可梦，主要是栖息地的不同。 其中比较值得注意的一点，就是水属性宝可梦中不少「分流」进入「海宝可梦」和「水边宝可梦」两种不同的分类之中 。除少数宝可梦之外（比如水伊布被分入城市宝可梦分类），其他绝大多数水属性宝可梦都在这两个分组之内。
Water's edge Pokemon(水边宝可梦)：大多数都是淡水宝可梦
这类宝可梦大多生活在内陆河流、湖泊之中，典型的有莲叶童子、玛丽露等，在各种图鉴之中也有类似说明，这些宝可梦更偏向于生活在池塘或者河流中。在游戏的分布中，也可以看出端倪，比如莲叶童子，在三世代游戏那种将近50%面积都是海洋的地图中，仅分布在102号路和114号路的池塘中，典型的「淡水宝可梦」。
Sea Pokemon（海宝可梦）：大多数都是咸水宝可梦
海宝可梦其中很多都是偏好在咸水中生活的宝可梦，比如玛瑙水母，比如点灯怪，这些都是图鉴中明确表示在浅海或者是深海中生活的宝可梦。这些宝可梦很多都是在海洋中生活，在内陆地区的河流湖泊中较少见到，有栖息地的偏好，是典型的「海宝可梦」。
然而，这里仅使用「大多数」来说明图鉴分类，是因为有很多宝可梦，既可以在海洋中生活，也可以在淡水中生活：
这种按照「栖息地」的分类并不算很「严格」，比如鲤鱼王的在三世代游戏【精灵宝可梦：火红/叶绿】版中图鉴分类为「水边宝可梦」，然而实际上鲤鱼王可以在任何水域中出现，甚至脏水中都能生存，详情可见如下回答，这里不再赘述：
应该强调，无论是「海宝可梦」还是「水边/淡水宝可梦」，他们之间并不存在「生殖隔离」 。在生殖方面，Pokemon设置了所谓「蛋群」，绝大多数水属性宝可梦都在三个分组：「水中1」、「水中2」和「水中3」，分类依据更类似于现实世界中依据进化论进行的分类，分别对应两栖类、鱼类以及无脊椎类，而并非区分「海水」还是「淡水」。
这个「栖息地」设定主要是来自于主系列游戏世界观中对于场景「海水」和「池塘/河流」的区分， Pokemon系列游戏世界观中，至少在三世代还是严格区分「池塘/河流」（淡水）和「海水」的，主要是体现在技能上面 ：
如果使用技能 「自然之力」 ，那么根据你所在的「水面」的不同，可以有不同特效：
1.在河流/湖泊中，「自然之力」技能会以「泡沫光线」的方式呈现；
2.在海洋中，「自然之力」技能会以「冲浪术」的方式呈现；
3.在深海（水下）中，「自然之力」技能会以「水炮」的方式呈现；
如果使用技能 「秘密之力」 ，那么根据所在的「水面」的不同，可以有不同特效：
1.在河流/湖泊中，「秘密之力」技能会以「泡沫光线」的方式呈现，附带一个30%概率降低对方「速度」的附加效果；
2.在海洋中，「秘密之力」技能会以「冲浪术」的方式呈现，附带一个30%概率降低对方「攻击」的附加效果；
3.在深海（水下）中，「秘密之力」技能会以「攀瀑术」的方式呈现，附带一个30%概率降低对方「防御」的附加效果；
然而，事实上，这个「海水」和「淡水」（河流/池塘）的设定区别，在三世代之后的游戏中，总体上是略有「淡化」的 ，之后版本的游戏中，不再区分「河流/池塘」和湖泊：
比如「自然之力」技能在三世代游戏之后，无论是「河流/湖泊」还是在「海洋」中，甚至在水下，都是以「水炮」技能呈现了；
又如「秘密之力」技能在三世代游戏之后，无论是「河流/湖泊」还是在「海洋」中，甚至在水下，都是以「水之波动」技能呈现了，「附加效果」也一律统一为30%概率降低「攻击」；
所以，综上所述，淡水/海水的区分是一个三世代游戏中一个「时代产物」 ，后期游戏世界观中一直在淡化。然而， 如果非要较真，那么「淡水」和「海水」宝可梦，还是在三世代一度有过区分的 ，也是Pokemon世界观中图鉴分类之一，算是有明确设定的。
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