这个设定其实在各种AI题材，高科技题材里经常见—— 人类创造机器来解决问题，机器为了解决问题而要解决掉全部人类，人类最后没办法只能靠英雄来解决掉机器~~
这背后体现的人类对科技的反思。如果再要拔高一点，那就是人类对理性和感性的认知。
机器就是工具，工具是人类区别与动物最大的区别，也是人类引以为豪的理性的代表。从文艺复兴以来，人类就认为理性是人类的根本特征，只有理性能够使人类过得更好。
但是理性发展的极致，那就是冷冰冰的规律，在规律面前，人类因为无法摆脱自己的肉身，所以不得不面对这样一个悖论——理性可以俯视全宇宙，而人类本身也被俯视了。
理性是不讲究善恶对错的，理性只有因果，而你要使用理性达成某种结果，就必须忽视解决问题过程中感性的因素，选择最简单快捷有效的方式。
而感性问题是绕不过的。比如说传染病，从纯理性的角度来看，快速杀死带病体，是避免病毒蔓延最有效的方法。但是涉及人类本身，收到伦理、感情，乃至社会心理学等等方面的因素，是不可能这么冷血的。所以最常见的方式是——隔离。 这个办法相对来说要耗费更多的资源，而且风险也更大。但是这是人类能接受的最好的方法。
无他，你摆脱不了肉身，摆脱不了人类思维中感性的部分。所以纯粹理性的人是不存在的，只能作为计算过程中假象的对象而已。
但是机器人是没有这个负担的，他们本身就是理性的产物，不会有任何感性的阻挠，所以他们只能从最简单直接的逻辑出发。不会把人类的感受考虑在内。
而且，这种题材，这种思考，也是人类感性向理性的挑衅，上帝创造了上帝，那能不能创造自己？ 创造了自己的上帝，是不是也是被别人创造的？不能创造自己的上帝，还是全能的上帝吗？
通过这样的逻辑悖论，感性在挑战压制着理性的蔓延。同时也在指出理性的根本矛盾——理性是人类为了自身的利益而开发的工具，但是到最后却发现，理性就是理性，根本不是为了某一个物体的利益而存在的，所谓天地不仁以万物为刍狗，人类在理性面前，也只是刍狗的一部分而已。 对理性无节制的使用，相反有可能对人类的利益造成损害。
所以其实人们通过各种途径，强调感性中强大、正面，以及优秀的方面，比如爱和希望等等，就是为了中和理性的冰冷，来试图达到一种平衡。
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补充一下答案：
为什么红后的程序以保护人类为目标，可是又要杀人类呢？
这个其实是有个很庞大很庞大的背景，是让生化危机系列升华的一个设定。还要牵扯到电影版和游戏版的不同，电影设定的展开，以及最后烂尾等等一大堆的事儿~ 全部说出来太长，而且我也没有完全详尽的了解过（其实这个才是重点），所以只能简短说下：
红后为什么叫红后? 毫无疑问是来自于爱丽丝漫游奇境里面的红皇后。 但是，为什么是红皇后？
因为，在生物学界有一个理论，就叫「红皇后理论」。 这个理论的具体内容大家可以百度，大意就是说，生物在进化中，必须不停的跟身边其他物种相竞争，一旦进化中止，那么这个物种会毫不留情的被淘汰掉。整个进化过程可以用一句中国古话来形容「逆水行舟，不进则退」，外国人是没听过这句话的，但是在爱丽丝漫游奇境的故事里，红皇后对爱丽丝说过这么一句话：「在这个世界里，你必须不停的跑，才能使自己停在原地。」 所以科学家把这个理论命名为红皇后理论。
所以，生化危机里的红后，指的是红皇后理论，而不仅仅是一个童话人物。
根据这个理论，人类其实是要被淘汰掉的，因为人类自从科学发达之后，自身生理上的进化就中止了，成千上万年以来人的肉体都没什么变化。
而生化危机里，红皇后程序显然是以人类利益为最高准则，而爱丽丝的出现，让红皇后发生了变化。
爱丽丝是被注入病毒的研究对象，一般人感染了病毒，会变成僵尸，而爱丽丝却可以免疫，不仅免疫，还变得更高更快更强，拥有了超强的身体能力~ 这就是人类的身体，发生了变化~~
实际上天伞公司，研究的本就不仅仅是病毒抗体，而是更高的「人类进化方向」，他们发现爱丽丝的「进化」以后，甚至还做了另一个对照标本马特，让她俩打，活下来的哪个就是未来的进化方向~ 跟养蛊似的~~
而身为主角，胜出的当然是爱丽丝。从此，爱丽丝就代表着未来，代表着人类的进化，代表着一切伟光正~~
但是，问题出现了~~ 两个：
1、 进化后的爱丽丝，还是人类吗？
2、 那些没进化的普通人类，怎么办？
显然，按照红皇后的逻辑，进化了的爱丽丝，才是人类之光，是代表人类在自然进化中获胜的王者，以爱丽丝为代表的「新人类」才是更适应这个病毒肆虐僵尸遍地的新世界，更加符合进化的「人」。
而那些普通人，则是应该被自然淘汰的过时产品，他们已经不能称之为人类了，应该统统被扫入历史的垃圾堆。
于是后面的剧情就开始了，红皇后开始无差别消除普通人类，然后大规模克隆爱丽丝~ 因为这就是人类赋予红皇后的使命——去为了人类的利益而奋斗~~
