这部电影充斥着太多「莫名其妙」的情节。人物行为无逻辑，人物塑造扁平化，人物关系交代不清，世界观支离破碎。
首先，一部电影要让观众入戏，必须要进行一些必要的前情交代，把信息一步步透露给观众。 影片一开始，马山是谁？马山为什么离开749？为什么讨厌749？749局为什么认定马山一定可以消灭零号生物？这些疑问，不断地在观影过程中冒出来，可影片始终不给一个明确交代，只靠几个闪回画面，叫观众自己去脑补。
可是，观众凭什么要自己脑补？这都是影片应该通过情节建置，人物对话告诉观众的。
其次，马山人物的「莫名其妙」也渐露端倪。
马山逃过了追捕他的第三小队，被夏婳用地铁带回了749局。 这时候，我们陷入一种马山与夏婳人物关系的纠结中，这俩人交情如何？深度如何？ 回应我们的只是两个人的缄默不言。或许，导演认为，观众应该可以通过两人的眼神，把一切都判断到吧。他只给了大家一个闪回。可这样一个闪回，根本就撑不起两人后面的人物关系，尤其是夏婳对马山超乎寻常的关心，马山对夏婳无来由的信任，没有更多前情交代，只会让人觉得「莫名其妙」。
更何况，夏婳是谁？她在749是什么身份？什么地位？毫无交代，莫名其妙。
在接下来的情节中，我越发觉得， 马山这个人物，完全就是一个傀儡，没有头脑，没有语言，面对别人的压迫，只会像「动物」一样反抗。 用头撞破镜子，不断逃跑，马山真的发育完全了吗？他的态度呢？思考呢？想法呢？马山对这些所谓「老同学」什么态度？
不，马山没有态度，他是一个没有主动性的主人公，没有自己的灵魂，而被导演操纵人生。
此外，影片在建置外星人世界观上，也很莫名其妙。
坑底怪物（零号生物）、外星翼人、怪鸟它们三者到底是什么关系？ 坑底怪物和外星翼人是什么关系？为什么坑底怪物的碎片，会组合成外星飞船，而外星翼人最后活了？
第二，马山和坑底怪物什么关系？马山是坑底怪物污染了人类基因后生出来的孩子，可他为什么是翼人？不应该是「大沙虫」吗？如果马山是翼人的后代，坑底怪物为什么会说马山是它的人？
第三，怪鸟从哪里来的？普通鸟类被坑底怪物污染变异了？还本就是另外一种外星生物？影片越看，问题越多，最后都没有答案，怪哉，怪哉！
最后，咱们再说说749局的王牌武器——第三小队吧。
影片虽然没有明示，但第三小队应该是特异功能小队。按理说，这样的小队，每人都是一支军队，是中国「X战警」， 绝对不应该是战场上最后一支上场的，能力越大，责任越重，本来是训练出来杀灭怪物的小队，理应第一个上战场。
结果呢？749局先让一些普通军人「死绝」了，最后才派出这支小队。而这支小队，之前在影片中一直是「装逼」的存在，我们期待能够见到他们的超能力，结果等待我们的， 是他们的冷兵器徒手搏杀。 敢情，他们比一般人，就是跳得高点，体力好点啊，这该死的超能力，一分也见不到。
影片逻辑上，也有一些很可笑的部分。
比如，夏婳开车带马山回749，高速公路断了，夏婳和车掉了下去，马山飞下去把夏婳救了。 请抢答题！这条高速公路有多高？ 夏婳掉下去还有时间在车里动，马山还有时间把她救出来，如果在咱们现实生活中，恐怕，马山还没往下跳，夏婳已经成肉泥了。
第二道抢答题，马山的翅膀是真长出来，还是假的？
影片后半部分， 马山长出来的翅膀在缩回去后，马山衣服上，没有任何冲破布料的痕迹。 那我有理由相信，马山的翅膀是假的，是幻翅。但矛盾又出现了，马山在妈妈肚子里的时候，翅膀都可以通过X光看到了，就证明他的翅膀是真的。有时候是真的，有时候是假的，是我们疯了，还是马山疯了？
人为什么会死？因为人类无知，即便科学家也是如此。
于是，吴晗说着「没有零号生物攻击人类的记录」，毅然决然地走向了死亡，成就了第一个被零号生物杀死的人，以自己的献身精神贡献了科学记录。
死得其所，死得「莫名其妙」。
也这把这句话，送给这部影片。
