阶级固化与城市商业化不沾边啊。
阶级固化是指士农工商等级制度不变，但没说其中某个阶级不能做大做强。
你以为的阶级固化是士＞农＞工＞商
实际上江户时代的阶级固化是士＞农＝工＝商
坐在农工商上面吸血的只有武士阶层。
至于你说到日本农业。
江户时代一直在鼓励开发新田，尤其在元禄年间最为盛行，耕地比织田丰臣时期增加了快两倍。
至于你说到日本商业。
商业的繁荣得益于手工业的发展以及交通的发达。大名们为了支付在城市中日常生活所的花销，就必须把米或者其他手工艺品运送到市场上销售，或者以此为抵押去借钱。元禄年间光是大阪用来交易的货栈就有97处，每年光是各藩运到大阪的交易用大米就400多万袋，其中就诞生了不少半官方性质的商人。批发商更是多，光是正德年间大阪的批发商就五六千人，批发商下属的经纪人都快上万了，形成了一整条产业链，并且出现了早期的股权与垄断，这就是资本主义萌芽。
比如江户的十组问屋以及大阪的二十四组问屋就是早期财团财阀的原型（为了方便运输降低运费，于是几十家小店就联合起来一起运东西，形成利益共同体）
