题主，那是因为我们被那帮无良的陈年老谣给忽悠了。
事实是：艾萨克·牛顿，终其一生，自始至终，都是一个虔诚而坚定的基督教徒。 宗教信仰主导着牛顿的大部分工作和生活。宗教始终是牛顿的主要学习和研究事务，只是「偶尔」被数学、自然哲学和炼金术打断。
在牛顿的约1000万字的手稿中，约有一半是关于宗教的（经文分析、批判和圣经密码），约300万字是自然哲学（包括物理学和数学），约100万字是神秘学（主要是炼金术），约100万字是造币厂的工作。https://www. newtonproject.ox.ac.uk/牛顿同学在「进一步思考」之前之后，都是遵循神学的，信仰无比坚定，自识非常崇高，接近历任先知那种。 只是他不认同三位一体和偶像崇拜，在当时的基督教看来会是个「异端」「敌基督」罢了。
牛顿认为整个基督教庭，从4世纪开始就充满了对真正教义的背叛和堕落。他投入超大量的时间，分析早期基督教著作和以妥拉/旧约为主的早期经文，想要重现真实的基督教福音。
他的这些观点，在当时是会被教廷敌视的，轻者生活工作不保，重者丢命。但他很聪明，一生都小心意意隐藏自己，相关的手稿也不公开，圣公会的仪式也去设法避免。（牛顿的绝大多数手稿，被他外甥女的女儿带到了朴茨茅斯伯爵家族。朴茨茅斯伯爵家族于1936年，开始陆续将手稿分批交由伦敦苏富比进行拍卖。从此，牛顿手稿逐渐分散到世界各地，并大量披露于世。）
The worship which is due to this God we are to give to no other nor to ascribe anything absurd or contradictious to his nature or actions‚ lest we be found to blaspheme him or to deny him or to make a step towards atheism or irreligion. 我们绝不会把对上帝的崇拜给予其他事物，也不会接受与他的本性或行为不符合的教义，以免亵渎、否认上帝，或走向无神论或非宗教。-- 节选自Isaac Newton, Irenicum 艾萨克·牛顿 ，伊拉斯谟，未发表之手稿
牛顿不是晚年开始研究神学，他是一生都在研究神学。 经文分析批判等这些神学研究，才是牛顿的主要事务，隔三岔五的会抽空搞一搞自然哲学、炼金术、造币之类。
而且他在物理学和数学等自然哲学上的研究成果，并没有导致他对自己的宗教信仰产生任何质疑。 相反的，他出版自己的科学论著的目的之一，就是希望引导和促使大众思考和相信上帝。
This most beautiful system of the sun, planets, and comets, could only proceed from the counsel and dominion of an intelligent and powerful Being …This Being governs all things, not as the soul of the world, but as Lord over all. . . . The Supreme God is a Being eternal, infinite, absolutely perfect.这个由太阳、行星和彗星组成的最美丽的系统，只能由一个智慧而强大的存在所指引和支配......这个存在统治着万物，不是作为世界的灵魂，而是作为一切的主。上帝是永恒的、无限的、绝对完美的存在。
-- 节选自Isaac Newton, Philosophiae Naturails Principia Mathematica 艾萨克·牛顿 ，自然哲学的数学原理，1687年出版
但是，牛顿的信仰的真实情况，并不影响他在科学史上的伟大贡献和科学革命中巅峰一哥的位置。
牛顿所处的17世纪，仍然是宗教气息浓厚的时代。牛顿作为虔诚的基督教信仰者，致力于宗教理论的研究，并且投身于自然哲学意图寻求上帝创造的规则，感受上帝的伟能。
然而其在自然哲学上的研究工作，反而促进了科学的成长，并使得宗教在之后的200余年里从社会和知识两个领域大幅度退出。历史在这里，仿佛是划了个大大的曲线。
牛顿的两大著作【 Principia 】和【 Opticks】， 奠定了经典力学的基础并推动了光学发展，其「观察现象和进行实验，逻辑归纳得出自然规律，并大量应用数学工具来系统整理理论」的理念，使得从1543年哥白尼开启的科学革命，达到顶峰。
在此之后，科学方法迅速扩散推广，科学知识内容急速膨胀。直到1859年达尔文发表【物种起源】，现代科学最终确立了它在人类知识体系中的核心地位，宗教学和神学研究成了边缘。
而牛顿同样投入不少精力的「圣经密码」研究（2060年预言）和炼金术（金属转变，哲人石，长生药），被后世应用计算机对大文本著作的跳字读码分析和现代化学及粒子物理，所否定和推翻。
