谢邀。
感觉这个问题的答案可以参考我另一个回答
大脑代偿功能的原理是什么？题主所述的现象有点类似我在该回答中举得「幻肢」的例子。
不过我还是从新写一遍吧。负责机体感觉的脑区是中央后回，而且人体的各个部位在该脑区的对应位置是不一样的，从而在中央后回就有了体感皮质定位图（下图）。当刺激皮肤某一特定区域时，该刺激首先转换为电信号，并通过感觉神经元传入到中央后回中的相应位置，从而人体产生了感觉。所以发生这种情况的原因肯定是传入神经出了问题，A点传入的信号有一部分被错误传到负责B点的大脑区域。
发生这种情况的可能原因就是幼儿时期在 突触生长（Synaptogenesis） 阶段突触连接功能出了问题， 本来应该连在手臂上的部分神经纤维连在了同侧大腿上（
@幻狼的那个例子），这样在挠A的时候就可能出现B点痒痒。如图中，胳膊和大腿在体感皮质定位图的位置是很接近的。
如果只是题主所述的刺痒问题的话，那不用担心，不属于疾病的范畴，只是神经系统发育略微有点异常而已。
PS：由于我自己没出现过类似状况，也没听说过类似状况，上述内容只能说是推论。
