這個其實是個特別復雜的問題，說是世界難題也不為過。我只能簡要回答。
烘焙用酵母可以分解單糖和雙糖，但是分解不了多糖。不管是面粉還是雜糧，裏面都有澱粉。澱粉是一種多糖。所以酵母不能直接分解澱粉。要讓酵母作用於澱粉，就要先讓澱粉水解。澱粉水解可以把多糖傳換成麥芽糖和其他碳水化合物，這樣酵母才能工作。水解澱粉有兩種辦法，一種是酸水解，一種是加澱粉酶。我們做酒釀就是要先用酒曲，酒曲產生澱粉酶分解米粒中的澱粉，然後酵母才能讓澱粉分解出來的糖再分解產生酒精和糖。澱粉酶可以來自很多地方，有的植物自己就帶澱粉酶。
但是澱粉和澱粉是不一樣的，澱粉是大分子，有的分子結構緊密，有的分子結構松散。根據結構不同，其水解的速度也不一樣。而雜糧粉和小麥粉就是因為水解速度不同，所以才導致了你說的發酵效率不同。
雜糧粉並不是完全發不起來，像玉米粉也是能夠發起來的。在加納有種傳統玉米餅叫kenkey，那就是純玉米粉發出來的，但是耗時很長，一般兩天以上。
在烹飪上因為有些雜糧粉發的慢，但是又有發它們的需要，往往就會把它們和好發的粉混合，譬如說小麥粉（這種常用於麪包的制作）。另外一種辦法則是加baking powder這類的化學膨化劑，讓其快速起發，一般是用來做發糕。（eg， cornbread)。
