有關南明永歷帝的遺存最多，也最有看點。
1997年10月的一天，貴州都勻文化館組織民工對傳說中的南明永歷帝朱由榔墓進行發掘，從中出土兩根肘骨，除此以外沒有發現任何陪葬品。透過此次發掘，文物工作者填補了【南明史】和【明季南略】的空白，即永歷帝被吳三桂使用弓弦勒死後，仍有明朝遺民冒死為他收屍，相較於其他多數南明帝王或監國的屍骨無存，永歷帝無疑是幸運的。
1661年1月，緬甸東籲王朝國王莽白將永歷帝全家交給吳三桂，囚禁在昆明篦子坡金蟬寺。當吳三桂前去看望的時候，年僅14歲的永歷帝太子朱慈煊怒斥吳三桂說道: 「逆賊！大明辜負了你什麽？我父子倆有哪點對不起你？讓我們有如此下場？」面對此情此景，吳三桂無言以對。至於永歷帝的發妻王皇後和母親馬太後，為了避免日後受辱，選擇割喉自盡身亡。
諷刺的是，反倒是看守永歷帝的幾位八旗士兵，見永歷帝有帝王之相，決心剪去辮子，試圖營救他脫險，但被吳三桂識破。吳三桂怕夜長夢多，於同年6月下令將永歷帝父子勒死，遺骨焚毀後丟棄至昆明蓮花池。當永歷帝死訊傳到台灣後，鄭成功病情加重，不久也離開人世。最終由鄭經為永歷帝上謚號為大明昭宗匡皇帝，朱慈煊為哀湣太子。
不過在篦子坡焚屍現場，南明文淵閣大學士扶綱偷偷拾檢了部份遺骨，然後連夜送回貴州都勻老家，秘密安葬至高塘山上。直到辛亥革命勝利後，扶家後人才說出真相，1921年由時任縣長張瑞徵題寫墓碑，上書「明永歷皇帝陵」 六個大字，並堆砌封土，供後人瞻仰。
無獨有偶，在貴州施秉古佛山上，也有一座永歷帝墓塔，同樣由明朝遺民將得到的部份骨灰秘密下葬，對外謊稱是高僧墓塔。而在昆明篦子坡永歷帝遇害處，1911年由蔡鍔將軍領銜立碑，上書「明永歷帝殉國處」 的字樣，以示對最後一位南明君主的緬懷。
其實在永歷帝即位之初，形勢一度大好，光復大明是有希望的。那是在1646年11月，23歲的永歷帝在廣東肇慶麗譙樓舉行登基大典，並將麗譙樓改建成行宮，接受百官朝賀，且舉行盛大的閱兵儀式。為了得到西方的支持，永歷帝還讓母親和妻兒皈依了天主教，其中馬太後取聖名為瑪利亞，王皇後取聖名為亞納，太子取聖名為公斯當定，並任命傳教士蔔彌格為南明駐梵蒂岡使節。因此在登基大典上，意大利，西班牙和葡萄牙代表也前來出席，這在中國歷史上為首次。
透過在澳門的葡萄牙人協助，永歷帝得到了300名西方火炮手和數十門紅衣大炮的支援，一時間接連收復不少兩廣失地。另外張獻忠義子孫可望和李定國也歸順了永歷帝，特別是李定國發揮了重大作用。1651年4月，李定國率軍合攻湖南靖州，取得靖州大捷，收復了除嶽陽，懷化和常德外的湖南大部份版圖。第二年李定國又南下廣西，直搗省會桂林，俘虜了清朝廣西巡撫王荃可和布政使張星光，而鎮守桂林的清朝定南王孔有德也自焚而死。等到1652年底，李定國則在湖南衡陽設伏，擊斃努爾哈赤孫子，敬親王尼堪，殲滅八旗主力十萬人。為此順治帝一度設想讓出湖南，廣東，廣西，江西，雲南，貴州和四川七省，來與永歷帝議和。
正當李定國輔佐永歷帝有望實作中興大業的時候，孫可望卻在後方挾持永歷帝撤往貴州安龍，其中在逃亡途中，永歷帝還被迫夜宿肇慶七星巖溶洞，如今七星巖洞中有塊石板號為龍床，就是當年永歷帝睡覺的地方。
在安龍的三年多時間，永歷帝雖然被好吃好喝安置在由府衙改建成的行宮，但實際上處於軟禁狀態，並且他的三個兒子還早夭，草草安葬在安龍城外，是為三王墓。1657年孫可望同李定國火並，但所幸李定國得到多數朝臣擁護，孫可望只得逃出貴州，卻向清朝獻出西南地區地圖。此時的永歷帝一方面將希望寄托在李定國身上，另一方面則早有準備，派蔔彌格出使梵蒂岡，向教皇討救兵。
隨著吳三桂大舉進攻貴州，李定國護衛永歷帝南下雲南。當到達騰沖的時候，永歷帝難忍饑餓，不得不到農家討要食物。此時一戶農家有餌塊儲存，李定國就讓農家炒餌塊給永歷帝吃。而永歷帝吃完後就飽了，連忙稱贊李定國救了朕的大駕，於是炒餌塊得名騰沖大救駕，成為雲南一道名菜。
與此同時歷經三年多漂泊，蔔彌格終於到達威尼斯，見到了教皇亞歷山大七世並遞交永歷帝親筆信。但是教皇也無能為力，只是象征性頒布了【上大明中國睿智大皇帝書】，為永歷帝禱告祈福。又經過三年周折，蔔彌格在抵達雲南邊境時病逝，由隨行的南明官員陳安德將教皇的信轉交給永歷帝復命。
毫無疑問，這時的南明早已山窮水盡，任何人都救不了永歷帝。伴隨著永歷帝結束歷史舞台，世間唯有上述提到的數處歷史遺址和文物，來為十八年轟轟烈烈的南明抗清劃下歷史句號。
本文參考資料:貴州文物誌，廣東文物誌，【南明史】，【明末清初在華傳教士史料組譯】
