感觉题主过于强调合理性了，有点带入自己的观感了，很多答主也是一样。
日漫的第一受众一定是日本本土的年轻人。人家能在高中做的事情只是咱们的学生做不了，只是咱们在大学才能做罢了，回答什么人际关系利益来往的其实个人感觉没说到点儿上。
我来说说为什么发生在大学不合理。
1.作为应试教育出来的中国学生，义务教育期间和高中期间几乎没有像日本/外国高中那样丰富多彩的课余活动，因而不能理解为什么「高中生能xxxx」。
2. 在日本上高中不是非得上大学的。 日本并没有如中国一样如此之高的升学压力。也就是说，在日本，不是非得上大学以后才有出路，相反，高中毕业就业和面试通过率都极其之高，而且日本的大学相当烧钱。
给各位看两个数据。
第一个是21年日本文部科学省针对520所私立大学调查的「初年度缴纳金额」， 平均每人约 131 万日元，约合人民币 7.2 万元。按照国内热门的理工科，要150万日元，学医更是要498万日元。这是初年度，常规学科4年，学医6年，30万纯学费一般人真的学不起。 受高等教育的人员比例我找不到，但是肯定依旧是高中生活给人带来的共感更多，毕竟人家中考都考，高考可不一定。
第二个就是高中就职和面试的数值。太近的数据我找不到，但是 至少14年的高中毕业就职率达到96.6%，而面试录取率达到98%，这是国内很多大学都不敢保证的数值。
所以在一个论资排辈的工作规则下，提早工作虽然缺失了一些更高层级的技术手段，但是因为大学全日制耽误的时间，高中毕业生在工作，而且根据统计到退休，大学毕业生到最后并没有比高中毕业生多很多。而且高中毕业生并不是不能继续读大学，完全可以等就业之后赚钱再去进修，出来之后就可以是大学生待遇。相对于什么高中学历受歧视，到手的钱更踏实。
综上所述，日本学生接触的高级教育和我们并不相同，我们是学12年之后进入半开放环境，实际上他们9年上完只要考上高中就已经能够体验我们在大学体验的多彩生活了，而且人际相处更加单纯。大学对他们来说并不必须，而且大学在日本似乎学术气息更为强烈。（毕竟花钱花那么多，一年7万，我毕了业都花不了这么多）
为了迎合更多受众，也为了让角色能开展的活动更加多样，高中校园无疑是更好的选择。
