我觉得。有的应该纳入正史有的不纳入，否则剧情会出现bug。以下是我认为应该算入正史的剧场版。有些剧场版已经在漫画里被提到了，算是确定纳入的。
1.【引爆摩天楼】，这一部讲述了工藤新一过生日，到了17岁的剧情。而工藤新一刚出场时设定为16岁，后来在这部之后变成了17岁，在剧情里工藤新一需要在这部过生日。而且后面m5也提到了这部的凶手森谷帝二。而且这是白鸟第一次登场，第二次在漫画登场表示自己早认识柯南。所以确定纳入。
2.【第十四个目标】，这一部讲述了毛利小五郎和妃英理的分居原因。还讲述了工藤新一是在夏威夷学的开枪。如果不纳入，会影响原作的剧情。我觉得算是纳入了。
3.【世纪末的魔术师】，这一部讲述了怪盗基德变装成白鸟警官，从而得知了柯南的真实身份。如果不纳入，没办法解释原作基德是怎么知道柯南身份的。而且原作已经画了这部剧场版的剧情，被和叶提到基德之前出现在通天阁上。所以官方已经算是确定纳入了。
4.【瞳孔中的暗杀者】，这一部我觉得纳入和纳入都无所谓。没有太大的影响。这一部讲述了毛利小五郎当年是如何表白的妃英理。但未确定纳入。
5.【通往天国的倒计时】这一部我觉得应该纳入。毕竟是和组织有关的。还提到了重要信息：组织在政治界 经济界 科学界都有很深的人脉，柯南是在夏威夷学的开车。而且也提到了m1的森谷帝二。所以确定纳入。
6.【贝克街的亡灵】这一部可以纳入。当然纳入肯定是更好的。因为这一部很精彩。但未确定纳入。
7.【迷宫的十字路口】，这一部是关于平和感情戏的。而且绫小路在这部中初次登场，后来在漫画里柯南已经认识绫小路。所以应该算确定纳入。同时这一部也是柯南第三次变回工藤新一，有和A药有关的重要信息。
8.【银翼的魔术师】，关于怪盗基德的，是怪盗基德第一次公开在小兰面前假扮工藤新一。后面漫画里有说基德多次假扮新一。所以确定纳入。
9.【水平线上的阴谋】，可纳可不纳。未确定纳入。
10.【侦探们的镇魂歌】，这个已经确定不能纳入。因为服部平次在这部已经认识了白马探，后面漫画里白马探登场服部平次却不认识他。会有bug。
11.【绀碧之棺】可纳入。未确定纳入。
12.【战栗的乐谱】可纳入。未确定纳入。
13.【漆黑的追踪者】这部是关于黑衣组织的，而且这部里提到了山村操升为警部，后来漫画也升为了警部。且后来在原作里提到了这次案件，表明m13是柯南世界里确确实实发生的案件。官方已确定纳入正史。如果不纳入，会影响原作剧情。
14.【天空的遇难船】这部是关于怪盗基德的。基德第二次假扮工藤新一。后面漫画里有说基德多次假扮工藤新一。所以确定纳入。
15.【沉默的十五分钟】，我觉得可纳入。未确定纳入。
16.【第十一个前锋】，可纳入。未确定纳入。
17.【绝海的侦探】，应该不纳入。因为这集柯南ooc了，原本柯南的设定是不能哭，这集柯南却流了泪。
18.【异次元的狙击手】，这一部讲述FBI和赤井秀一世良真纯的。提前揭晓了冲矢昴是赤井秀一。可以纳入正史。未确定纳入
19.【业火的向日葵】，这一部基德第三次假扮工藤新一。后面有说基德多次假扮新一。所以确定纳入。
20.【纯黑的噩梦】，关于黑衣组织的，后面被m26提到库拉索，且人脸识别系统识别到了这一部的画面，所以确定纳入。
21.【唐红的恋歌】，关于大冈红叶和平和感情戏的，柯南一行人第一次认识大冈红叶。官方明确纳入正史，是剧情的一部分。大冈红叶和伊织无我已经是主线人物了如今。
22.【零的执行人】，零的日常里回忆了这部的内容。所以算是确定纳入正史。
23.【绀青之拳】，我觉得应该纳入，关于圆真感情戏和怪盗基德的。基德第四次假扮工藤新一，后面漫画有提到基德多次假扮工藤新一。所以确定纳入。
24.【绯色的子弹】，关于赤井一家的，这部玛丽知道了冲矢昴就是赤井秀一。且在M26出现了这部的画面。所以确定纳入正史。
25.【万圣节的新娘】，关于警校五人组的，对警校五人组的故事进行了补充，且m26出现了这部画面。所以确定纳入正史。
26.【黑铁的鱼影】，关于黑衣组织的，且有和乌丸莲耶有关的很重要的信息。且官方明确声称这部确定纳入正史。且这一部提到了之前的爱尔兰和库拉索。出现了m20 m24 m25的画面。所以连带着m13 20 24 25 一起纳入。
所以，柯南剧场版确定纳入正史的有m1 m2 m3 m5 m7 m8 m13 m14 m19 m20 m21 m22 m23 m24 m25 m26。是从m20纯黑的噩梦开始每一部都纳入正史的，和基德有关的除了侦探们的镇魂歌也都纳入了正史。确定不纳入的有m10 m17。剩下的都是可纳可不纳，不确定状态。
总得来说。可以除了m10和17全部可以纳入。也可以除了m21 m3 m7 m13 m1全部不纳入，因为这三部在原作已经提到。
