（超多图预警~）
勉强回答一下：
谢 @徐劢 同学邀请~
游戏上最著名的废案首推「金银版废案」 （原名【Pokemon 2】），出现了之后不存在的精灵、场景和交通工具，城市设计和交通元素（滑板等）也有明显改变。 而动画上最大的废案则是爱好者口中津津乐道的「首藤刚志原案」 ，一个充斥着人与精灵关系和存在意义，并且并不阳光的动画剧本。两个废案都是1997年前后提出在随后的2年中正式作废，所以写在一起。而其他各代游戏中，都存在测试版本内容、设定在正式发售后删除的情况，虽然不如金银版废案那么有名。
先说游戏上著名的「金银版废案」：
最早关于这个口袋妖怪的二世代续作， 出现在一本名为【ゲーム批評】（【游戏批评】的杂志上） ，杂志封面包含了「金银版原作」的人物设定和精灵设定，以下是1997年4月，第14期【游戏批评】的封面，是最早的金银废案的设定，注意其中的除了班吉拉的两只精灵：
准确地说，这个时候还没有「金银版」这个概念，那个时候原作的名称为【口袋妖怪2】（【Pokemon2 金/银】），后期才改名为金银。 而杂志封面上的内容已经很「劲爆」，出现了两个到现在都没有出现过的精灵 。
最初的标题如下，来自于当时的任天堂网络宣传：
GBC上面的【Pokemon2 金/银】中，经历了多个版本的改变， 导致最初的大量设定都没有被继承到最终的金银版游戏中 ，比如现在根本不存在的几只精灵：
从【游戏批评】的封面来看，出现很多「诡异」的精灵，比如位于左下角中这一只到现在也不知道是啥的精灵：
这只精灵的设定像是皮皮，而又有其他精灵的影子 ，而到现在，这一只精灵都没有出现过，成为一个著名的废案精灵案例。
而位于杂志封面 右上角的某乌龟型精灵也是另一个精灵废案的案例 ：
这个出现在1997年杂志封面上面的精灵也是一直未能出场的「废案」精灵，直到五世代游戏中，出现了原盖海龟之后，才出现了一只相似的精灵，只是不知道两只精灵之间有没有联系。
不一样的精灵也绝对不只这几只， 最大的精灵废案其实是金银版的「御三家」：
上图中为最开始的金银版「御三家」设定，与后来的菊草叶、火球鼠、小锯鳄的形象设定大相径庭， 只有图中最右侧的绿色精灵和后来的菊草叶形象颇为相近 ，另外两只完全沦为了不折不扣的「废案」。
而除了御三家之外，还有更多的精灵成为「废案」，图中后四只精灵， 第二行最左边的一只应该是麒麟奇的原案，而第二行最右边应该是千针鱼的原案 ，而第二行中间那只虫系精灵，则一直最终没有成为一个正式发布的精灵。
而网络上面流传的其他几个精灵，不知道是否是官方的原案，但是看起来和最终版本的蚊香蝌蚪、圆蝌蚪等精灵相似，但是与正式发布的版本仍然存在的差异。（这几只存疑）
当然，精灵只是一个方面，「金银废案」和正式版发售中区别最大的一个方面则是场景，1997年公布的游戏原案中，特报6部分公布的几个场景，全部没有出现在正作中 ：
这是最初的金银原案中的四个游戏场景，全都不见于正作游戏， 左上角的地方从建筑风格看应该是后来金银版中的圆珠市 （中心城市，玲玲塔所在地，原型为日本京都）， 右上角的场景应该是城都地方的若叶镇 （初始城镇），左下角场景应该为满金市，而右下角闸门看着像45号路。而这些场景都没有在正作游戏中出现。
不过，这些场景确实很多作为了金银版城市设计的雏形初现，很多场景确实没有出现在金银版的正作之中，但是已经和最终发布的版本非常相近，场景元素相仿，只是位置和风格发生了变化。
比如初始城镇若叶镇，原案中蓝色的色调+主角+小银并没有完全继承到游戏中，但是这个场景构图并没有完全废弃，经过α、β两个版本设计的变化，最终变为了金银版绿色调的若叶镇，房屋和水面位置都有了调整，然而镇子的大体面貌还是得到了保留。
又如侩皮镇（城都地方第二道馆虫系道馆所在地），建筑和道路位置发生了不小的改变，但是核心元素，道馆、钢铁先生住处、精灵中心等核心位置已经在β版本中确认：
这种例子数不胜数，网上都有最初的构图和设计原案，大家可以自己去看，虽为废案，但是实际上并没有完全作废。
除了精灵和场景外，还有很多并没有「兑现」的游戏元素，其中一个就是交通方式——滑板，在正作金银中被取消 ：
最初1997年特报中提出要增加交通方式，为训练师提供便利的交通方式，其中兑现了自行车，并且设计并保留了「单车路」这种场景和游戏元素， 但是一度风传的滑板却并未上线。
据说这是一种新型的交通方式，便利性如同自行车，但是并未真正出现在游戏中， 一说是因为教育角度考虑，防止为年轻人倡导较为危险的滑板 。截止到目前，口袋妖怪已经有七代正作，尚未出现滑板这种交通方式，只有轮滑鞋（如六世代XY中，直接使用摇杆就可以进入轮滑鞋模式）。
1997年的废案并不仅仅只有游戏废案，还有最为著名的动画废案——「首藤刚志」原案 。只是相比于游戏废案而言，这个动画废案仍然包含着大量观众和爱好者的猜测，因为其并没有留下太多文字和图片的内容，只有无印篇前期动画中出现不少原案的设定，被人讨论至今。
所谓「首藤刚志原案」就是1997年的时候，首藤刚志为口袋妖怪动画构筑的世界观和故事。最初设定中，口袋妖怪世界和现实世界重合，世代背景则是战后日本，出现了现实世界的国度，比如美国空军退役士兵马志士（枯叶道馆馆主）等内容。 故事则大致讲述了小智夺得冠军后，成为大师，共同处理随后爆发的精灵大起义。以及第三部剧场版【复活的暴龙化石】讲述的人类和精灵共同阻止现实世界动物出现。
关于这个故事的内容和设定，现在只来源于首藤刚志未能完成的小说和两篇网络专栏（其本人在2010年去世，很多原案内容早已不可考）以及无印篇早期遗留下来的大量设定矛盾。以及遗留下来的各种伏笔。（如喵喵学会说话其实为了调停人类和精灵的矛盾）
关于动画原案这部分，我先前已经有过详细的回答，大家可以参见：
疯癫的A兵者：首藤刚志之后，口袋妖怪世界观发生了怎样的改变？
只是因为这部分内容只有遗留下来的蛛丝马迹和观众猜测，具体内容已经很难得到确切求证，各位姑且一看就好。
本学期填坑工程进行中，将不断更新几个专栏中的文章以及之前未来得及回答的邀请，很多问题收到邀请后鸽了很长时间，对于相关的朋友表示歉意，之后会定期填坑~
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