Boss战方面 @真把你打了 说得对，纯色背景是因为boss本身的图形也是用背景层实现的，一方面防止动起来露馅，一方面也是为了 节省Pattern Table容量 ，而后者也适用于boss战以外的各种画面。或者说，不是你省不省的问题，而是只有这么多东西可用。
FC的显存分配中，背景层Pattern Table只有128*128（2bit色），而整个屏幕输出分辨率是256*240。也就是说， 最多只能有大约1/4的背景面积由完全不重复的图形构成 。所以重复元素是必需的，你画成石头也好、树林也好、云彩也好，总之屏幕上一大半面积的图像都需要使用重复元素构成。
而最简单的重复，莫过于纯色显示了。只要在256个8*8的Pattern块当中留出1个纯色块，就可以复制平铺出大面积的画面。至于这个块的颜色到底是黑色还是什么其它颜色，只是色盘编号问题，运行起来性能是一样的，无所谓——马里奥的地上关背景就是蓝色。只是黑色更适用于大部分气氛比较成人的游戏。
甚至你这个块的图案内容也可以是任意8*8的4色图形，运行起来性能也是一样的。当然论美工效果还是纯色比较好看。例如我强行修改显存内容，用$1E的pattern替换$00之后，原本看上去很自然的夜空就变成了下图这种鬼畜的样子。
所以很多游戏选择纯黑背景的理由说来很简单，只是 在机能限制下追求尽可能美观的画面 。
顺便说一下，如果你想知道屏幕上哪些东西是背景、哪些是活动块，没必要跳起来一帧一帧截图做实验。FCEUX这样的模拟器debug功能很强大，背景层和活动块层可以分别选择显示或屏蔽，而且你可以实时查看显存内容。如图：魂斗罗1当中的炮台就是不折不扣的背景。
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关于FC画面渲染机理，请阅读PPU rendering - Nesdev wiki或者我之前的一篇答案。
关于水平切割优化等「伪多卷轴」效果的实现，请阅读FC游戏的伪多卷轴。
