以日本战国中后期为皮，讲了一个日系大菠萝的故事。当然，因为有威廉这个东瀛杰落命的机械降神般的存在，最后故事并没有暗黑破坏神那么黑暗，阿秀差一步变成黑暗流浪者也是被威廉给拉回来了。
【以下内容全部为剧透】
很久很久以前，日本近江地区金崎一带有一个叫做楚叶矢的小村子，村子以锻造技术和开采名为「灵石」的奇异石头而闻名近江。
有一天，村子里来了一个头上长角的人，选择在此定居。人们对他感到稀奇，因此称他为稀人。稀人的真名叫大岳丸，他身材高大，力大无穷，而其真身，正是日本传说中的大妖怪。
当时的古日本，妖怪横行。村民们对大岳丸越来越害怕，而人们的恐惧最终也刺激了大岳丸，并最终让他爆发出了强大的妖力，杀死了许多无辜之人，一时天地变色，没有人敢于接近这头大妖，眼看楚叶矢就要在他手中灭亡。
村中的一位年轻人用最纯粹的灵石打造了一把七支刀，是为楚叶矢丸，这把刀威力无穷。年轻人手持楚叶矢丸斩杀了无人能战胜的大岳丸，还村庄以安宁。
在这之后，楚叶矢在这位年轻人的带领下建立了讨鬼队，楚叶矢也自此变成了讨鬼之乡。年轻人自称无明，而这也成为了楚叶矢历代首领的名字。
时间来到仁王2的故事开始前，时代已经来到了战国时代中期，上一代无明，也就是主角阿秀的父亲，秀龙，在不断讨鬼的生涯中陷入了迷茫。正在此时，他遇到了一个心地善良的女妖怪，深芳野。深芳野的出现让秀龙相信妖怪并非都是十恶不赦的，人类和妖怪理应可以共存。深芳野也如此相信着。两人十分投机，并很快坠入爱河，秀龙为了实现自己的理想，放弃了楚叶矢首领之位，并击碎了楚叶矢丸，楚叶矢讨鬼众自此开始衰落。
秀龙和深芳野结婚后，很快深芳野为秀龙生下了一对双胞胎，秀龙用自己的名字分别为他们起名为：义秀（即本作主角）、义龙。
然而深芳野认为，双胞胎是不祥之兆，她决意要将两个孩子分开。于是她带着年幼的秀离开了秀龙，母子两人隐居了起来。
秀龙遍寻深芳野不着，事已至此，他只能按自己的方法来完成两人的理想。他改名为斋藤道三，一边抚养义龙，一边以一介卖油人的身份，最终拿下了美浓国，成为了一方大名。成为大名后，道三明面上参与战国时代的群雄逐鹿，暗地里则为了防止拥有强大力量的灵石被滥用不断的收集，并将灵石储藏在稻叶山内一处地洞，此处即为蝮蛇神域。
无论是道三还是深芳野都没有注意到，一个真正的威胁已经苏醒。被初代无明斩杀的大妖怪——大岳丸，其实并没有真正死去，在初代无明死去数百年后的现在，他的意识再度复活归来了，并化身为一个叫果心居士的人类，四处利用人类的邪恶之心作恶，以图让世间充满荒魂，让自己可以真正复活归来。
果心居士很快注意到了深芳野这个与众不同的妖怪，发现她的目的和理念后，果心居士震怒不已，因为深芳野和斋藤道三的目的如果达成，妖怪和人类和平相处的世界到来，他的本体大岳丸复活就成了泡影。他来到深芳野隐居的村子，杀死了深芳野和她的孩子义秀。深芳野弥留之际，借助楚叶矢之刃的碎片的力量和自己的妖力救活了义秀后，最终香消玉殒。
复活的义秀失去了语言能力和名字，当别人问名字叫什么时，也只能展示母亲给自己留下的小刀上的「秀」字来回答。
半妖·秀靠着自己长大成人，拥有一半妖怪血统的的秀在习武一道颇有天赋，以接受各个村子消灭妖怪的委托为生。某一天，秀收到了一封信，邀请自己前往一座名为十三樱村的小村落，在最大的樱花树下一聚，写信的人名为木下藤吉郎，即为日后的平民太阁，丰臣秀吉。
仁王2的故事由此开始。
秀在十三樱村消灭了为祸此处马头鬼后，妖力险些失控，此时藤吉郎登场并以灵石的力量拯救了秀，藤吉郎是一个贩卖灵石的商人，这种起源于楚叶矢的黄色石头如今已经遍布日本，其中蕴含着极其强大的力量，甚至可以改变战争的走向。但是开采灵石是十分危险的活，需要和妖怪、强盗等战斗，藤吉郎需要一个武艺高强的同伴，他在各个村子行走时听说了有一个四处接受委托消灭妖怪的半妖，这个半妖正是秀。藤吉郎因此通过百般手段将信交给了秀，这才有了十三樱村的这场邂逅。
秀感念于藤吉郎的救命之恩，以及被他想要打造人类和妖怪共存的社会并登上天下的顶点的理想触动，同意成为藤吉郎的同伴，因此他从藤吉郎那里得到了自己的新名字——秀千代（藤吉郎则直接叫「阿秀」）
藤吉郎和阿秀一起一边四处完成委托，收集灵石，一边前往最近的美浓，见到了藤吉郎最大的主顾——斋藤道三。然而此时，道三和阿秀都没有意识到对方就是自己的至亲。
于是藤吉郎和阿秀开始完成道三的委托，并在这过程中救下了美浓踏备山中千子家的铁匠千子丰，并结识了楚叶矢众这一代的首领——无明。
某一日，道三的亲子，现任美浓斋藤家当主斋藤义龙忽然掀起了对道三的反叛，攻入了道三居住的「蝮蛇神域」，意在掠夺此处的大量灵石。藤吉郎和阿秀一起前往营救，然而最终还是晚了一步，阿秀赶到时道三已经身负重伤，道三在临死前终于认出，阿秀也是自己的亲子，道三得知了阿秀还活着十分欣慰，但是义龙的追兵已至，道三明白，以阿秀现在的武艺是不可能带着重伤的自己全身而退的，因此他选择牺牲了自己，将阿秀推进了密道，嘱咐阿秀逃离美浓。阿秀不得不眼睁睁看着好不容易重逢的亲生父亲死在自己面前。
历经千辛万苦后，阿秀、藤吉郎、无明三人逃到了尾张，加入了织田信长的麾下。之后就如同历史上一般，阿秀和藤吉郎一起经历了桶狭间之战（阿秀斩杀了今川义元）、墨吴一夜城（一夜城是藤吉郎拜托妖怪们造好的，蜂须贺小六和阿秀一样是半妖）
并最终攻上稻叶山城，在那里，阿秀直面了自己的孪生兄弟/姐妹——斋藤义龙，义龙有着和阿秀完全一样的面容，为了给道三报仇，阿秀和义龙展开了激战，最终阿秀获胜，而落败的义龙极其痛苦的死去了。原来他是被果心居士附体了，杀死斋藤道三也是果心居士的主意。这是幼年之后，阿秀再一次直面果心居士。
阿秀和藤吉郎立下了赫赫功勋，藤吉郎因此想要请织田信长为自己改名，取藤吉郎的「吉」和秀千代的「秀」，更名为「吉秀」，信长同意了他的请求，但是将两个字倒了过来，赐予藤吉郎和阿秀两人「秀吉」之名。
藤吉郎和阿秀在织田家十分活跃，历经了金琦大撤退（阿秀在这里见到了已经废弃的楚叶矢村，并解开了无明的心结，同时发现了无明的项链正是楚叶矢丸的刀颚），姊川合战，小谷城之战。信长赏赐给了藤吉郎和阿秀一座城，即为长滨城。但是藤吉郎并不开心，因为长期接触灵石的副作用，藤吉郎失去了生育能力，然而他的好友无论阿秀还是小六都是半妖，并不能理解他的痛苦，这让他的内心与阿秀产生了间隙。
最终，在帮助信长征服了石山本愿寺后，藤吉郎的负面情绪彻底爆发了，附体在明智家臣斋藤利三身上的果心居士看准了这个机会乘虚而入，诱惑了藤吉郎，鬼迷心窍之下，藤吉郎默许了明智光秀对织田信长的反叛。信长命令藤吉郎和阿秀的秀吉军攻打毛利家，藤吉郎先行一步，并命令阿秀率军随后跟上。
本能寺之变爆发，阿秀和无明前往本能寺想救出信长夫妇，但是未能成功。随后就是如同剧本般上演的中国大回返，秀吉以不可思议的速度和毛利谈和并率军反攻明智军，天王山之战爆发，斋藤利三终于露出了果心居士的真面目，想要杀死光秀，却被及时赶到的阿秀阻止。阿秀将果心居士从利三身上驱离后，利三终于恢复了人性，清醒后的他立刻意识到自己犯下了弥天大罪，并请求阿秀去救光秀。但利三本人却被随后赶到的藤吉郎刺死。看到这一幕的阿秀终于明白自本能寺开始的所有阴谋藤吉郎全部参与其中的事实。
出于对藤吉郎欺骗自己的愤怒以及对被利用的光秀的同情，阿秀离开了藤吉郎前去搜寻光秀。藤吉郎看着阿秀的背影怅然若失，「秀吉」之名从此开始决裂了。
阿秀救下了光秀后，光秀决心弥补自己的过错，他出家为僧，法号天海，并与阿秀一同前往三河投靠了德川家。
阿秀决定要阻止藤吉郎进一步作出无可挽回的错事，然而在北之庄城，阿秀没能救下柴田胜家和阿市夫妇，从那一刻起阿秀终于明白，自己这位老友已经无法回头了。
德川对丰臣的小牧长久手之战爆发，阿秀终于有机会正面面对藤吉郎，名为「秀吉」的两人此刻却不得不以生死相搏。阿秀最终杀死了执迷不悟的藤吉郎，或许阿秀认为，这是帮老友从那场迷梦中清醒过来的唯一方法了。
但是在阿秀离开后，藤吉郎的尸体被果心居士以妖力复活为妖怪并附身，并引发了逢魔时刻，使得包括小六在内的大量妖怪暴走。阿秀和无明一路阻止妖怪们，一路接近逢魔时刻的中心，在那里阿秀解决了引发逢魔时刻的灵石妖怪大太法师，解除了逢魔时刻。
阿秀随后被妖怪化的藤吉郎偷袭，藤吉郎使用阿秀自己的小刀刺杀了阿秀。
阿秀死去后来到了名为中阴之间的人世和地狱的中间地带，并在这里见到了早已病死的半兵卫，以及自己的母亲——深芳野。
深芳野向阿秀揭示了附身在藤吉郎身上的果心居士就是传说中的大妖大岳丸的事实，阿秀体内同时流着楚叶矢和妖怪的血，必须手持楚叶矢丸将大岳丸封印在历代无明们封印大妖怪的「平等院」内。
阿秀再度复活回到了人间，来到平等院，无明在这里等着自己，从无明口中得知，藤吉郎的丰臣家已经统一了日本，结束了战国乱世。阿秀和无明在平等院最深处见到了三个台座，其中两个台座上分别有两位武士以自己的身躯封印镇住了其中的大妖。然而藤吉郎也在此处。他解放了那两个台座中封印的大妖怪——即为和大岳丸并称为三大妖怪的酒吞童子和玉藻前。
酒吞童子留下和阿秀一战并落败，玉藻前则逃离了平等之间（在仁王1 DLC中被威廉斩杀）
阿秀和无明在平等院最深处看到了初代无明使用楚叶矢丸斩杀大岳丸的壁画，而根据深芳野的说法，要斩杀大岳丸必须要楚叶矢丸。无明将自己身上的楚叶矢丸的刀颚交给了阿秀，但是要重铸楚叶矢丸，还需要大量的灵石，在这个时代，只有一个地方有如此大量的灵石——藤吉郎的居所，京都聚乐第。
阿秀和无明成功潜入了聚乐第，这座藤吉郎打造的黄金之都。在无明的掩护下，阿秀过关斩将，并最终击败了藤吉郎放出的大妖长壁姬，获得了此处的大量灵石，楚叶矢丸得以重铸。
事情只剩下了一件，那就是手持楚叶矢丸，击败藤吉郎，然后封印大岳丸。在出云阿国的帮助下，两人潜入了藤吉郎的居所，最终，阿秀和藤吉郎在一棵樱花树下重逢了，一如两人初次见面的十三樱村的那棵。然而此时的两人已经是不死不休的关系。
两人再度展开了搏杀，妖化后的藤吉郎力量今非昔比，阿秀一度陷入了苦战，但是最终还是战胜了自己这位旧友。藤吉郎受到阿秀的致命一击后，体内的妖力被清除，此时藤吉郎终于清醒了过来，对阿秀阻止自己表示感谢后，心满意足的与世长辞了。
阿秀还来不及悲伤，果心居士就从藤吉郎的尸身内再度出现，这一次，果心居士不打算再放过这个楚叶矢的传人了。一番力战后，阿秀用复原后的楚叶矢丸成功击败了果心居士，并得到了封存大岳丸妖力的角。
此时阿秀已经明白，要封印大岳丸，必须要和自己的前辈们一样，以身体为牢笼，封住大岳丸的妖力。在无明的见证下，阿秀击碎了大岳丸的角，将大岳丸的灵魂和妖力封存在自己体内，并陷入了长达十多年的沉睡。
……
【在阿秀沉睡期间，发生了仁王1的全部故事】
……
威廉在无明的委托下来到平等院，揭开了阿秀的封印，然而因为沉睡时间过长，加上大岳丸的妖力影响，阿秀的脑子并不清醒，于是1代和2代的主角在平等之间展开了一场大战。阿秀最终在威廉的帮助下清醒了过来，此时无明赶到，两人一起向阿秀告知了事情的原委。原来一个叫玛利亚的西班牙海盗（详情见仁王1DLC）盗取了藤吉郎的尸体和大量灵石，想要达成自己的目的，而随着阿秀的清醒，大岳丸的意识化身果心居士居然也再度出现了，但是这也是个好机会，可以将大岳丸一劳永逸的永远杀死的机会，楚叶矢的终极使命又一次落在了阿秀的肩上。
阿秀没有犹豫，立刻和威廉与无明一起出发。最终在平等院最深处，在果心居士想要再度附体藤吉郎的瞬间，阿秀挺身而出，让果心居士进入了自己的体内。
随后，在阿秀的识海之中，阿秀终于可以直面一切悲剧的始作俑者——大岳丸。大岳丸一度压制了阿秀，然而此时一个意想不到的助力进入了阿秀的识海——藤吉郎，藤吉郎拥有将荒魂转化为和魂的能力，在藤吉郎的帮助下，阿秀成功击杀了大岳丸，彻底终结了这个大妖。
回到现世的阿秀，见到了恢复正常的藤吉郎。正如两人初次见面一样，藤吉郎用灵石的力量稳定了阿秀的和魂。阿秀、藤吉郎、无明三人就好像三个多年未见的老友一般互相打趣了起来。
玛利亚的算盘落空了，她被威廉抓住遣返回国。藤吉郎再也没有遗憾，心满意足地念着自己的辞世诗，渡过了三途川往生了。威廉回到了自己家中，在那里，半藏正在教导威廉和阿胜的孩子——乔瑟夫。
而阿秀，和无明一起回到了故事开始的地方——十三樱村，在那棵樱花树下，无明和当初的藤吉郎一样向阿秀发出了邀请——「反正你也没处可去，跟我来吧」
【仁王2 完】
