在【沙丘】六部曲最终章【圣殿：沙丘】的结尾，贝尼·杰瑟里特艰难战胜从「大离散」中归来的尊母，被欧德雷翟训练成贝尼·杰瑟里特的尊母默贝拉成为大圣母。能够指挥沙虫的什阿娜对两边的融合表示担忧，于是带着沙虫登上了无舰，跟邓肯·艾达荷、迈尔斯·特格、特莱拉尊主斯凯特尔以及拉比和他的族人们一起离开圣殿星。
他们给无舰起名「伊萨卡号」。邓肯预感到有两个神秘人丹尼尔和马蒂一直在追踪并试图捕获伊萨卡号，所以冒险在没有导航的前提下进入折叠空间，又在「时间神谕」(Oracle of Time，由女科学家诺玛·森瓦进化而成的超级形态)的帮助下安全回到正常宇宙。
特莱拉变脸者逐个杀死各个星球上包括特莱拉长老在内的活人，然后变成他们的样子。变脸者可汗（Khrone，正常译作克罗恩，但是我就喜欢称这个人为可汗，任性。）强迫仅存的特莱拉长老乌斯塔尔去特莱拉星侍奉叛军首领尊母赫利卡，并让他用死灵技术制造了残暴的哈克南男爵的死灵，接着又造出来一个邪恶保罗。这一切都是在神秘人的指挥下进行的，后来神秘人又命令可汗放弃死灵男爵和邪恶保罗，因为伊萨卡号已经一步步落入了他设计好的陷阱。
留在圣殿星上的默贝拉一边收拾烂摊子，一边竭力平衡各方势力。宇航公会请求默贝拉供应香料，遭到拒绝后被迫前往伊克斯寻求帮助。此时的伊克斯已经被特莱拉变脸者控制，他们答应向宇航公会提供导航技术支持。宇航公会的埃德里克担心新的导航技术会淘汰掉领航员，就去特莱拉星寻求乌斯塔尔的帮助，希望得到人工合成香料的技术，以打破姐妹会对香料的垄断。
在「伊萨卡号」上有许多秘密舱室被发现，里面有贝尼·杰瑟里特的干尸，还住着一群混合人。特莱拉尊主斯凯特尔用一个装着历史上所有传奇人物遗传物质的「无熵胶囊」交换了一副让自己重获新生的身体。在什阿娜的坚持下，保罗、契尼、杰西卡、杜菲·哈瓦特、威灵顿·岳以及雷托二世都被「秽土转生」了，只不过他们刚被制造出来，还处于幼儿阶段。有贝尼·杰瑟里特害怕雷托二世长大后会成为新的雷托神帝，准备杀死这个婴儿，却被一只迅捷的触手击伤。无舰上的保罗偷食香料获得了预知能力，看到自己将会死在「另一个自己」刀下。什阿娜意识到了死灵技术的危险，决定暂时停止制造更多死灵。
与默贝拉合作的李芝家族遭到叛军袭击，默贝拉率领姐妹会的特种部队「女武神」（Valkyries），成功地袭击了特莱拉星上的叛军据点，发现包括赫利卡在内，许多尊母是变脸者伪装的。特莱拉长老乌斯塔尔死于混战，他制造的死灵瓦夫找到领航员埃德里克，把特莱拉的秘密技术交给宇航公会，帮助他们培育出沙虫。
伊萨卡号偶然来到混合人的家园，船上的一些乘客打算留在这儿，于是由什阿娜带着特格、杜菲和老拉比登陆这颗星球进行考察。特格警觉的发现这里的统治者实际上是特莱拉变脸者，和什阿娜两个人惊险逃回船上，最后一刻杜菲和拉比终于赶到，一起逃离混合人的家园。
默贝拉在记忆之海中苦苦追寻，终于获得时间神谕的提示，得知神秘人就是在芭特勒圣战中未被摧毁的思考机器奥姆纽斯和伊拉斯谟，它们的机器部队正在重新集结，新版的永恒之心即将重返旧帝国毁灭全人类。尊母其实是由特莱拉女性演化而来，她们在大离散中逐渐摆脱了被改造成死灵培养皿的悲惨命运，又和曾经的鱼言士以及一些贝尼·杰瑟里特融合成为尊母，为了躲避思考机器制造的瘟疫而被迫杀回旧帝国。
默贝拉试图团结所有人类，一起抵抗奥姆纽斯的入侵。可是特莱拉变脸者神出鬼没，防不胜防，已经渗透到旧帝国各个角落。宇航公会也未能幸免，随着领航员被新型导航仪取代，他们的香料供应也被切断。死灵瓦夫通过基因改造使沙虫获得水生能力，并把它们放进了布泽尔的海洋里。「海虫」迅速适应了新环境，产出了品质极高的「超级香料」。获得救命稻草的埃德里克在途中遭到了可汗的劫杀，超级香料也落入奥姆纽斯之手。
默贝拉委托伊克斯生产曾经被尊母用来摧毁沙丘星的湮灭武器，借以武装姐妹会的新型战舰。然而，伊克斯已经处在了变脸者可汗的控制之下。可汗也在尝试摆脱奥姆纽斯的操纵，并且计划打造一个由变脸者统治的宇宙。与此同时，奥姆纽斯对旧帝国展开全面进攻，向一个又一个世界释放致命的病毒，瘟疫蔓延到整个宇宙。
在伊萨卡号上，什阿娜重启了死灵项目，塞雷娜·芭特勒、泽维尔·哈克南、雷托公爵、格尼·哈莱克和尖刀圣厄莉娅纷纷重生。期间，培养皿却屡遭破坏，飞船系统也出现了故障。伊萨卡号被迫降落在凯尔索星球上，这个世界在多年前曾被姐妹会当做培养沙虫的实验场，如今已经沙漠化。重生的斯蒂尔格和列特-凯恩斯决定留下来，帮助当地人适应沙漠生活，让他们为不可避免的未来做好准备。
伊萨卡号上的内鬼终于被揭穿，原来在混合人的家园考察时，杜菲和拉比遇害并被变脸者调包。变脸者随时可以变成任何人的模样，伊萨卡号上人人自危。在逐一排查的过程中，变脸者潜入驾驶舱，被躲在那里的厄莉娅杀死。混乱中伊萨卡号驶进了奥姆纽斯的超速子网陷阱。死灵特格超负荷使用「神速力」也未能把飞船开出包围圈，力竭而亡。
伊萨卡号被俘，连同船员一起被带到同步世界。先前特莱拉人制造的死灵男爵和邪恶保罗早已在这里等候多时，刚一见面死灵男爵就杀掉了厄莉娅，报了几千年之前的仇。奥姆纽斯安排两个保罗进行决斗，以便选出那个将要成为魁萨茨·哈德拉克的人。邪恶保罗获胜，获得食用超级香料的资格，却在完全体先见之明的冲击下陷入无尽的昏迷。岳医生假装救治邪恶保罗，趁机偷袭并杀死了死灵男爵。决斗中落败的那个保罗则慢慢恢复了过去的记忆，并利用贝尼·杰瑟里特的技能修复了身体的损伤。
默贝拉集结姐妹会最后的力量对奥姆纽斯发起决战，但是她的新型战舰和湮灭武器突然全部失效。千钧一发之际，时间神谕和宇航公会的援军同时出现，挫败了奥姆纽斯一举消灭姐妹会的计划。
留在伊萨卡号上的雷托二世和沙虫融为一体，驮着什阿娜和邓肯从伊萨卡号的货舱中杀出，在同步世界横冲直撞，捣毁挡路的所有思考机器。战斗结束后，雷托二世告诉什阿娜，他现在必须回到梦境中，随后钻入地下消失不见。
邓肯来到正在康复的保罗面前，保罗对他说，你才是最后的奎萨茨·哈德拉克。因为邓肯通过数千次的重生已臻完美，是名副其实的邓肯·一千条命。
变脸者可汗突然宣称宇宙现在属于变脸者，因为人类和思考机器都遭受了重创，而无处不在的变脸者胜券在握。伊拉斯谟对可汗的挑衅无动于衷，因为他事先在变脸者的体内装入了自毁程序。随着伊拉斯谟的指令发出，可汗和他的变脸者一个个痛苦倒下。
伊拉斯谟要求邓肯在人类和思考机器两边做出选择，邓肯做出了融合的决定。伊拉斯谟向邓肯传授了运行同步世界所需的所有代码，使邓肯成为融合了人类与思考机器的赛博体。伊拉斯谟请求邓肯帮助他体验一下死亡是什么，当伊拉斯谟被关闭时，它终于体验到了邓肯的众多死亡之一。
默贝拉的舰队正准备乘胜追击，思考机器突然全部停止运转。她还没搞清楚状况就被时间神谕带到了同步世界和邓肯重逢。邓肯将 同步世界的控制权交给了什阿娜，然后和默贝拉返回旧帝国，一起领导人类开始和思考机器融合的全新生存方式。
死灵瓦夫辗转来到被摧毁的沙丘星，他看着自己带来的最后一个沙虫幼体在这里枯萎死去，彷徨无措。突然，巨大的沙虫从玻璃化的地表喷涌而出。原来，雷托二世早早预见到了尊母对沙丘的攻击，所以保有雷托神帝记忆的沙虫一直蛰伏在地下最深处，等待沙丘的自我修复。死灵瓦夫被一条沙虫吞噬，终于和他的造物主融为一体。保罗和契尼回到了沙丘，慢慢看着这个世界重新焕发生机。
这就是【沙丘】系列小说最后的大结局。全部故事都包含在Brian Herbert和Kevin J. Anderson根据Frank Herbert生前的笔记和大纲续写而成的【Hunters of Dune】和【Sandworms of Dune】这两本书里。
