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1979年，大陸允許「自費留學」後，他以「公派自費」名義留學日本 。在東京 ，周令飛與同學、台灣人 張純華戀愛。
1982年9月18日，周令飛與張純華從日本飛抵達台灣，預備結婚。引起兩岸輿論關註。在日本機場時，周令飛向媒體聲明：此舉純是為了愛情，沒任何其他企圖，此事與我父母無關， 並退D 。9月24日上午，「在上百名的記者和為數更多的圍觀者註目之下」，周令飛和張純華在台北地方法院 公證處舉行婚禮。下午在台北國賓飯店 國際廳舉行結婚茶會，出席的張家親友和新聞界人士有一千多人。 中國大陸災胞救濟總會 理事長谷正綱 做為貴賓出席、並祝福周令飛、張純華二人。
之後，周留在台灣
周令飛事件隨後升級為政治事件，周海嬰受到了極大的壓力。他宣布與周令飛斷絕父子關系，後來，他全國人大主席團成員的資格也被取消，他夫人的工作也被停職，直到1986年恢復
