單純從淵源上確實沒有多大聯系 ——動畫的小智和漫畫特別篇的「小智」根本不是同一個人，兩者都是作為遊戲的衍生品而存在，各自之間沒有交集，甚至致敬都很少。只是都是口袋妖怪跨媒體企劃的一環而存在。
從時間先後來說，漫畫【口袋妖怪特別篇】早於TV版口袋妖怪動畫，但是從權威性上講，動畫反而更高一些，【口袋妖怪特別篇】是官方認可的同人。但是，從精彩程度而言，後者可以秒殺前者。
漫畫【口袋妖怪特別篇】完全內容授權，作者可以自己放飛想象，所以才有火箭隊掌握一半城市這種精彩的劇情，但是什麽馬誌士、阿桔、娜姿均為火箭隊幹部，四天王是反派這些設定，幾乎全都是漫畫原創，遊戲原作沒有，不過就是這些沒有的部份才精彩……
【口袋妖怪無印篇】動畫，某種意義上「血緣」反而是更近，官方掌握程度更高，但是動畫本身定位是開拓全年齡向市場和大眾宣傳，所以走的是陽光歡樂路線，反而沒有那種大振幅原創和改編的精彩緊湊劇情，反而官方性越強導致管理得比較「緊」，沒有漫畫的生命力。
最後，還是提一句，就是口袋妖怪所謂的動畫和漫畫其實也都不是一家，動畫上有：
漫畫上沒法一一列舉，上百部漫畫，除了其中人氣較高的【口袋妖怪特別篇】之外，還有無厘頭搞笑的【口袋妖怪歡樂祭】，還有各種改編……
口袋妖怪所有的漫畫、動畫本質上都是衍生品，原作只有一個，就是遊戲，所以彼此之間其實是聯系不大的 。只是現在口袋妖怪IP影響力太大了，衍生領域反客為主也不稀奇。
以上。
