（超多圖預警~這次側重1990~1996年遊戲原案黑歷史）
勉強回答一下：
Pokemon最初靈感源於田尻智對於童年「收集昆蟲」的經歷，遊戲策劃原案叫做【膠囊怪獸】，側重怪獸交換和戰鬥，但是養成元素弱，而買賣元素重，世界觀也相對黑暗 。後來經過團隊修改，增加了更多設定，逐步完善之後，成為現在的Pokemon系列。
最初策劃案在1990年由Game Freak的負責人之一——田尻智提出，名字叫做【Capsule Monster】:
Capsule Monster，就是本義——膠囊怪獸，是對於「捕蟲遊戲」的一種萌化和電子化，將昆蟲收集推廣為各種架空世界觀中怪獸的收集，保存在可以任意伸縮大小的膠囊（後來演化為精靈球），相互攜帶、交換和對戰。
不過Capsule Monster（膠囊怪獸），原先的簡稱capmon，和著名遊戲廠商CAPCOM太過相近，所以為了避免相關問題，改成了現在的Pokemon。
盡管名稱上改變很多，初代的【膠囊怪獸】原案的核心思想和很多設定還是沿用到了現在的Pokemon系列之中：
膠囊怪獸，顧名思義， 就是以膠囊型的壓縮形態儲存各種的「小怪獸」，之後這些「小怪獸」進行交換和對戰 。
最初在設計稿中，這些小怪獸甚至連前進演化都不多，而且形象上也與現在大相徑庭，並不算很萌，而且養成要素很弱：
原案中雖然養成要素弱，但是 交換性極強 。因為本身來源鄉下的捕蟲和交換活動的電子化，遊戲本身非常強調交換性。遊戲過程中，不僅僅與NPC，而且支持和好友之間的不斷交換。 正是因為這個要素，所以之後歷代Pokemon都以雙版本發售，並有版本限定精靈 ，鼓勵並強調交換，而強化遊戲社交性。
但是，早期的交換中，設定是比較黑暗的 ，從原案的設計圖中，我們可以看到人類和精靈之間的光系並不和諧，關在籠子裏，放在瓶子裏， 甚至支持精靈買賣和現金交易 ，透過直接購買的方式，從商店購買精靈。
然而，確實和初代受眾（小學生為主）的定位略有不足，所以強化了養成，淡化了交易，現在只有在賭場等少量場合可能透過非正常捕捉方式換到精靈。關於「怪獸」本身的設定，基本都是這麽來的，再說地圖和世界觀。
而關於Pokemon的世界觀設定，則基本參照了日本關東地方的地圖 ，比如真新鎮的位置對應就是策劃人田尻智的故鄉——下田市（確實算是鄉下）：
整個初代地圖相比於最初1990年原案而言變化不大 ，除了紫苑鎮（鬼塔和各種都市傳說集中的城市）之外，地圖上所有城市都對應日本關東地區的城市。（換言之，紫苑鎮是唯一名副其實的鬼城，地圖完全架空，在現實世界沒有對應地點）
雖然，城市方位和初代地圖基本完全一致，不過似乎場景設計上，也並不完全一樣。下圖是城市場景設計圖：
仔細回想下關都地區，有水域的城市並不多，只有華藍市、淺紅市等少數幾個，都沒有噴泉、水池。
下圖則是「旅館」的原案 ，不過這個場景之後並沒有出現在遊戲、動畫之中，不過之後應該變成了「精靈中心」：
最初遊戲設計稿中，這是每一個城市中訓練師休息的地方，訓練師在此等級、入住、休息，應該是最初對於精靈中心的構想原型。
不過原案中還是大量內容，透過修改的方式繼承到了遊戲中，比如圖中紅色部份應該就是紫苑鎮的精靈塔了：
繼承到了遊戲之中，還有就是藍色部份標註的「拉普拉斯」（乘龍）原案，已經是描述沖浪術的部份，除了形象上的最佳化之外，也帶到了遊戲中。
現在，有了捕蟲為原型的遊戲和交換機制，設計出了以日本關東地區為原型的地圖，下面就是精靈的圖鑒部份和戰鬥系統了：
這一部份顯然是比較費時費勁的， 初代的數值系統比較特殊，相對而言算是比較「簡陋」的 ，當時只設計了「五維」數值，用「特殊」（決定特殊攻擊威力），特攻特防不分家，所以一世代種族值相對特殊。
戰鬥系統則基本是最接近最終發售版本的系統，大致和同時結合了「捕獲」和「戰鬥」兩種情況，捕獲和戰鬥不能都會導致戰鬥界面結束。
所以， 初代的設計，大致是從捕蟲的靈感，結合養成和交換的機制，來源於戰後日本的社會和關東地區的地圖，以及基本的五維數值和戰鬥系統逐漸構成一個遊戲系列的 。
遊戲的模式上，基本借用了傳統JPRG的「踩地雷」機制遇敵，回合制戰鬥為核心的機制，這一部份原創性不強，基本是日式角色扮演類的底子：
遊戲上算是一種比較另類的「開放世界」，以道館和秘傳技卡進度，加上一些解謎類小遊戲推進主線（類似推石頭、冰天地等等），劇情元素大為淡化，側重交換、收集、捕獲和養成。
有趣的是遊戲原案中這一段遊戲開場動畫，一直延續到今天，成為一段經典的遊戲過場。
另外，題主問到「最早設計出來的精靈是哪一只」， 現在公認最早被設計出來的精靈是——鉆角犀獸 （民間俗稱的鐵甲暴龍）：
這個是比較公認說法，得到多方面線索的佐證， 一方面，鉆角犀牛（鐵甲暴龍）在遊戲內的程式碼編號是「001」（註意是遊戲程式碼而不是圖鑒編號） ，這是第一個被編程編入遊戲內的精靈。
另一方面，也出現了最初主角出門的原案中，但是顯然這一點後來被修改，禦三家中沒有鉆角犀牛（鐵甲暴龍）。
這一說法同時得到了Pokemon系列早期設計團隊的核心成員——杉森建的確認，采訪中他承認鉆角犀牛（俗稱鐵甲暴龍）是最早設計出來的精靈：
杉森建是田尻智好友，也是Pokemon系列角色設計的負責人，在四世代之前，負責了絕大多數設計和插畫工作。 根據他在采訪中的說法，最早設計出來的三只精靈為鉆角犀獸（鐵甲暴龍）、皮皮和拉普拉斯（乘龍） 。其中，當時準備讓皮皮擔任系列主角的吉祥物（而非現在的皮卡丘）。
以上是遊戲原案相關的內容，從一個「捕蟲民間遊戲」的靈感，變成了一個完整的電子遊戲，最佳化形象之後變成現在的Pokemon。 而更多設定上的「坑」，是由日本編劇首藤剛誌完成，是TV版的系列構成 ，構築了一個相對完整的世界觀設定：
他的最初設想除了網路專欄之外，還寫有小說【Pokemon: the Animation】。可惜的是，這部小說一共只有兩卷（【啟程】與【夥伴】），甚至在第二卷最後還有第三卷展望，但是就這樣沒了。劇情只寫到了枯葉道館戰結束的石英聯盟前期劇情。
不過，小說的設定是很完整的 ，裏面每一章附錄後面都有詳細的世界觀補足，比如：
1.「七日創世傳說」（Pokemon是唯一一個可能不受人類節制而創造出來的產物）
2.「攜帶獸學（Pokemon學）發展歷程」（從塔基林伯爵到大木博士）
3.「曾根崎正輝在Pokemon學術大會期間接到的危險警告信件」（警告Pokemon泛濫會造成精靈起義的後果）
4.「孟德爾教授反對精靈前進演化學說的演講」（認為精靈只有「變態」沒有「前進演化」）
5.「道館館主公務員化決議的白皮書」（國家為了培養具有戰略意義的訓練師，給予小城市道館館主一定補助）
6.「政府維穩而取消Pokemon全球傳輸網路價格上調」（全球網路的發現和後期價格上升）
等等等諸多設定。 （限於篇幅這裏就不展開小說最初這個黑歷史了）
但是，這個世界觀原案並沒有完全繼承到動畫中。 這個世界觀完備的原案原型來自於戰後日本，所以有種骨感的現實，某種意義上被迫走上小智，為了維系道館存續小剛的媽媽連續嫁給9個男人，須發皆白卻一無所成最終沒能透過體檢流落街頭的老年訓練師 ，這些都被動畫刻意忽略掉了，還有那個留下多處伏筆而沒有兌現的精靈造反的結局。
後世代的遊戲基本繼承初代的這些思路，但是不斷完善機制、拓展圖鑒 ，如二世代特攻、特防分離，如三世代的華麗大賽和秘密基地，如四世代的技能特殊/物理不再由內容決定，如五世代中的隱藏特性、六世代的MEGA前進演化、七世代的Z招式與地區亞種等等。
後世代的動畫則基本脫離原設定 ，重新構築世界觀，原創Pokemon世界文字等，逐漸脫離現實世界，塑造一個美好的烏托邦世界，很少涉及精靈主體意識和人類沖突等主題。
歡迎關註我的專欄們：
如有不妥之處，求輕噴，歡迎愛好者們一同討論~
