謝邀
不全來自於漫畫，為寶可夢世界觀中一些共通的設定
傳說中的鳥寶可夢，也就是俗稱的三鳥（急凍鳥 火焰鳥 閃電鳥）。他們的領導者是洛奇亞。此設定來自於電影【洛奇亞爆誕】中，小智召喚洛奇亞來平息三鳥的憤怒，而召喚洛奇亞的寶珠由三鳥守護（那如果不是萬年亞軍傻東西出來召喚洛神的話可能換個人連寶珠都摸不到）。
超夢，由火箭隊提取夢幻的睫毛創造出來的人造寶可夢。漫畫世界觀裏由夏伯創造，此外百變怪是夢幻複制失敗品的都市傳說也為人所津津樂道（官方未證實）。關於超夢想了解更多的朋友可以看這篇文章的最後一節。
夢幻，有所有寶可夢的基因，是所有寶可夢的祖先。
傳說中的三聖獸，俗稱三狗（水君 炎帝 雷公），是居住在鐘之塔上的三只狗形寶可夢，後來在鐘之塔那場三天三夜的大火中被燒死，由鳳王復活後成為鳳王觀察人類的使者。
傳說中的大型鳥寶可夢（鳳王 洛奇亞），分別是三狗和三鳥的領導者，此外鳳王代表大氣環流，洛奇亞代表洋流，同時還是海神（海神沒水系這是眾所周知的事情）。
時拉比，可以穿梭時間的寶可夢（在帝牙盧卡身♂體裏穿梭）。
永恒的寶可夢，俗稱三聖柱，三馬桶（瑞吉艾斯 瑞吉洛克 瑞吉斯奇魯），是瑞吉奇卡斯模仿自己的外表用巖石、冰、熔巖創造出來的寶可夢（你明明沒有眼睛怎麽模仿），古代豐緣地區的人們害怕他們三個的力量而將其封印（然而這三個在遊戲裏是所有三神裏最弱的）設計原型分別基於冰河 石器 鐵器時代。
無限寶可夢（拉帝亞斯 拉帝歐斯），水都的守護神，兄妹。
超古代寶可夢（固拉多 蓋歐卡 烈空坐），分別代表陸地、海洋和天空。居住在巖漿裏的固拉多和住在深海（的大鳳梨裏）的蓋歐卡勢不兩立，一見面就打架（明明住的這麽遠還能老見面真是奇了怪了），每當二人打架時，豐緣地區就會陷入惡劣天氣，住在臭氧層的烈空坐就會下凡發動空氣鎖特性來勸架（打完架之後固拉多還要走回家）。由於抵抗另外二神的內容和反制另外二神的特性以及高了十點的種族值，烈空坐通常被認為是超古代寶可夢的領導者。
基拉祈，七夜的許願星，一千年裏只有七天不在睡覺（還碰到了小智），因此沒什麽時間和其他寶可夢扯上關系。
代歐奇希斯，外星人寶可夢，隨隕石進入地球，在【裂空的存取者】中為了找同伴和烈空坐打了一架，在遊戲ORAS的Episode Δ中乘坐的隕石被烈空坐打碎，降落在天柱（後被主角抓了）。
傳說的湖之寶可夢，俗稱三聖菇（由克希 艾姆利多 亞克諾姆）設定中由艾爾宙斯在創造了神奧三龍後，接著創造以塑造精神世界。原型可能是日本神道教的三聖器，對應關系為掌管知識的由克希為八咫鏡（智）、掌管感情的艾姆利多為八尺瓊勾玉（仁）和掌管意誌的亞克諾姆為天叢雲劍（勇）。
席多藍恩，本來設計出來是作為準神的（所以有性別），不過設計不出合適的退化型所以最後成了定點捕捉的神獸，然而唯一的傳說是曾經帕魯奇亞和帝牙盧卡一次戰鬥中掉下的碎片變成了席多藍恩，以至於淪落為了神獸裏的孤兒。
神奧三龍（帕魯奇亞 帝牙盧卡 騎拉帝納）艾爾宙斯創造了以塑造物質世界的三只寶可夢，分別代表空間、時間和反物質，騎拉帝納因為性格粗暴（明明在遊戲裏都是用它挨打的）而被流放到了反轉世界（後來還在人氣投票中惜敗於小磁怪位居第三）。
夢與月的寶可夢（克雷色利亞 達克雷伊）分別代表美夢和噩夢。
瑞吉奇卡斯，永恒的寶可夢的領導者（然而是四神柱裏最弱的一只），俗稱聖柱王。拖動大陸成型和創造三聖柱的寶可夢，設計原型基於板塊運動的中生代。
瑪納霏，滄海的王子。擁有引領所有生活在海洋裏的寶可夢的能力（包括前面兩位海神）。
霏歐納，滄海的平民，滄海的王子的私生子。由瑪納霏和百變怪生蛋而來，但不能前進演化成瑪納霏。
謝米，代表感謝的寶可夢（同時也是唯一一只在人氣投票中票數超過小磁怪的寶可夢）。
艾爾宙斯，創造了寶可夢世界的神（這麽說也就相當於寶可夢世界裏的田尻智）。
先寫到這裏，一會兒繼續更～
我回來啦！！！
v仔（比克提尼）自己一只寶可夢在島上玩，和其他神獸幻獸關系不大。
聖劍士，也叫三（sì）鬥神（勾帕路翁 畢利吉翁 代拉基翁和凱路迪歐）其中勾帕路翁是老三鬥神中另外兩只的領導者（遊戲中要先與他邂逅才能遇到另外兩只），凱路迪歐則是三鬥神青出於藍的徒弟，也是他們的領導者（四只裏唯一一只幻獸，並且會神秘之劍）。在遊戲黑白中有npc介紹說三鬥神曾在雪花濕地的一場大火中救起並收養了一只藍色的馬型寶可夢，很可能就是指凱路迪歐（同樣是大火，這邊被救起來的成了老大，隔壁三狗你們學著點）。三位老聖劍士中勾帕路翁的原型是阿多斯，下巴的山羊胡子也對應原型在原作中最為年長的特征。代拉基翁的原型是強壯的波爾托斯（你能想象它是速度最快的）。畢利吉翁的原型是浪漫溫柔的阿拉密斯。凱路迪歐的原型是原作小說的主角，後來加入三劍客的達達尼昂。
三雲神，也叫三基佬（龍卷雲 雷電雲 土地雲）龍卷雲和雷電雲是帶來災難的寶可夢，而土地雲（原型稻荷神）則是保佑土地的豐收之神，在另外兩只雲神作難時出面阻止（明明對戰裏是最兇殘的），並且種族值更高，被認為是三雲神中另外兩只的領導者。又因為美洛耶塔能解除海底遺跡的封印並得到讓雲神轉換形態的現形鏡，也有人認為美洛耶塔是三雲神的領導者。
道之三龍（捷克羅姆 雷希拉姆 丘雷姆）是由創立合眾地區的兩兄弟和一只神龍衍生出來的寶可夢。因為兩兄弟的分歧導致神龍分裂成了象征理想(ideal)的捷克羅姆（原型可能來自陰/雄性，或是電氣革命）和象征著真實(truth)的雷希拉姆（原型可能來自陽/雌性，或是蒸汽革命），而丘雷姆（不完整形態，原型可能來自無極，或者是工業革命前的時代）則是神龍分裂後留下的軀殼（雙龍市傳說）/另一塊龍之石從天而降後的化身（籠目鎮傳說）。由於丘雷姆可以使用基因之楔與黑白龍合體成為種族值更高的黑白丘雷姆（從uu變成ou和ub），因而被認為是道之三龍的領導者。
美洛耶塔，有說法說是三雲神的領導者。
蓋諾賽克特，被改造的古生代巨大蟲類，跟其他神獸僅限於打過架的交情。
傳說的氣場寶可夢（哲爾尼亞斯 伊裴爾塔爾 基格爾德）中的哲爾尼亞斯擁有給予生命的能力和妖精氣場，伊裴爾塔爾則有奪取生命的能力和黑暗氣場，基格爾德則在暗處觀察兩神，在兩神起爭執時破壞兩神的氣場，因為類似烈空座的職能和完整形態更高的種族值被認為是傳說的氣場寶可夢的領導者。
蒂安希，鉆石礦國的公主，小碎鉆的親戚，在【特別篇】中救下了路比和拉帝歐斯。
胡帕，在電影【光輪的超魔神】中召喚神獸們來了場神仙打架（某不會飛神獸表示譴責），漫畫【特別篇】中跟隨米拉特並用自己的圓環幫助路比和千裏找回了烈空座，遊戲ORAS中用圓環傳送了好多神獸到豐緣地區。
波爾凱尼恩，在電影【波爾凱尼恩和機關人偶瑪姬雅娜】中在尼貝爾高原和和瑪姬雅娜一起生活，後在瑪姬雅娜被搶走後救回了瑪姬雅娜。
內容：空&銀伴戰獸，內容空原先是想制造出類似於艾爾宙斯的「內容：滿（Type:Full）」後因實驗失敗而成了內容：空，銀伴戰獸則是由第一個讓他掙破枷鎖的訓練家（你們的大舅子）命名。
阿羅拉守護神，也叫四島神（卡噗·鳴鳴 卡噗·蝶蝶 卡噗·哞哞 卡噗·鰭鰭）阿羅拉四個天然島的守護者，負責諸島巡禮和島嶼女王/島嶼之王的任命。
究極異獸（虛吾伊德 爆肌蚊 費洛梅螂 鐵火輝夜 紙禦劍 電束木 惡食大王 科斯莫古 科斯莫姆 索爾迦雷歐 露奈雅拉 奈克洛茲瑪 毒貝比 四顎針龍 壘磊石 砰頭小醜）究極空間裏隨處可見的寶可夢，在寶可夢世界裏有相當大的危險性。除了四顎針龍之外其他有代號的異獸單項種族值都是質數（奈克洛茲瑪僅限一般形態）科斯莫古 科斯莫姆 索爾迦雷歐 露奈雅拉和奈克洛茲瑪也屬於比較特別的異獸，不能帶入對戰設施，且除了奈克洛茲瑪在動畫中有代號漆黑之外，另外四只沒有代號。因為設定上來自於異空間，所以畫風和大多數寶可夢並不相同。（以下圖片僅列舉上述非特殊異獸）
傳說的宇宙寶可夢（科斯莫古 科斯莫姆 索爾迦雷歐 露奈雅拉 奈克洛茲瑪）分別被古阿羅拉人稱為星之子、星之繭、吞食太陽之獸、邀引月亮之獸和光之掠奪者。奈克洛茲瑪則被究極大都會人稱為光輝大神，因為可以和日月神合體所以奈克洛茲瑪也被認為是宇宙寶可夢的領導者。
瑪機雅娜，五百多年前被創造出來的機關人偶寶可夢，在電影中和波爾凱尼恩一起生活。
瑪夏多，電影【就決定是你了！】中潛入小智影子中帶著小智找到了鳳王棲息的（攝影師休息室）天青山。
捷拉奧拉，在tv動畫裏作為平行世界中帝亞的寶可夢與惡食大王打了好幾架並最後盼來了卡噗鳴鳴。在劇場版【我們的故事】中也有一只捷拉奧拉出場，不過那部劇場版我還沒有看過...
美錄坦&美錄梅塔，過去被認為是能產生鋼鐵的寶可夢，不過目前的故事線裏它和其他神獸還不是一個世界觀的所以沒得什麽故事...
2.13更新，應評論區朋友要求現補齊所有神獸證件照（不過解析度有限QwQ）
以下也是一些我之前關於寶可夢的回答啦～
