這個設定其實在各種AI題材，高科技題材裏經常見—— 人類創造機器來解決問題，機器為了解決問題而要解決掉全部人類，人類最後沒辦法只能靠英雄來解決掉機器~~
這背後體現的人類對科技的反思。如果再要拔高一點，那就是人類對理性和感性的認知。
機器就是工具，工具是人類區別與動物最大的區別，也是人類引以為豪的理性的代表。從文藝復興以來，人類就認為理性是人類的根本特征，只有理效能夠使人類過得更好。
但是理性發展的極致，那就是冷冰冰的規律，在規律面前，人類因為無法擺脫自己的肉身，所以不得不面對這樣一個悖論——理性可以俯視全宇宙，而人類本身也被俯視了。
理性是不講究善惡對錯的，理性只有因果，而你要使用理性達成某種結果，就必須忽視解決問題過程中感性的因素，選擇最簡單快捷有效的方式。
而感性問題是繞不過的。比如說傳染病，從純理性的角度來看，快速殺死帶病體，是避免病毒蔓延最有效的方法。但是涉及人類本身，收到倫理、感情，乃至社會心理學等等方面的因素，是不可能這麽冷血的。所以最常見的方式是——隔離。 這個辦法相對來說要耗費更多的資源，而且風險也更大。但是這是人類能接受的最好的方法。
無他，你擺脫不了肉身，擺脫不了人類思維中感性的部份。所以純粹理性的人是不存在的，只能作為計算過程中假象的物件而已。
但是機器人是沒有這個負擔的，他們本身就是理性的產物，不會有任何感性的阻撓，所以他們只能從最簡單直接的邏輯出發。不會把人類的感受考慮在內。
而且，這種題材，這種思考，也是人類感性向理性的挑釁，上帝創造了上帝，那能不能創造自己？ 創造了自己的上帝，是不是也是被別人創造的？不能創造自己的上帝，還是全能的上帝嗎？
透過這樣的邏輯悖論，感性在挑戰壓制著理性的蔓延。同時也在指出理性的根本矛盾——理性是人類為了自身的利益而開發的工具，但是到最後卻發現，理性就是理性，根本不是為了某一個物體的利益而存在的，所謂天地不仁以萬物為芻狗，人類在理性面前，也只是芻狗的一部份而已。 對理性無節制的使用，相反有可能對人類的利益造成損害。
所以其實人們透過各種途徑，強調感性中強大、正面，以及優秀的方面，比如愛和希望等等，就是為了中和理性的冰冷，來試圖達到一種平衡。
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補充一下答案：
為什麽紅後的程式以保護人類為目標，可是又要殺人類呢？
這個其實是有個很龐大很龐大的背景，是讓生化危機系列昇華的一個設定。還要牽扯到電影版和遊戲版的不同，電影設定的展開，以及最後爛尾等等一大堆的事兒~ 全部說出來太長，而且我也沒有完全詳盡的了解過（其實這個才是重點），所以只能簡短說下：
紅後為什麽叫紅後? 毫無疑問是來自於愛麗絲漫遊奇境裏面的紅皇後。 但是，為什麽是紅皇後？
因為，在生物學界有一個理論，就叫「紅皇後理論」。 這個理論的具體內容大家可以百度，大意就是說，生物在前進演化中，必須不停的跟身邊其他物種相競爭，一旦前進演化中止，那麽這個物種會毫不留情的被淘汰掉。整個前進演化過程可以用一句中國古話來形容「逆水行舟，不進則退」，外國人是沒聽過這句話的，但是在愛麗絲漫遊奇境的故事裏，紅皇後對愛麗絲說過這麽一句話：「在這個世界裏，你必須不停的跑，才能使自己停在原地。」 所以科學家把這個理論命名為紅皇後理論。
所以，生化危機裏的紅後，指的是紅皇後理論，而不僅僅是一個童話人物。
根據這個理論，人類其實是要被淘汰掉的，因為人類自從科學發達之後，自身生理上的前進演化就中止了，成千上萬年以來人的肉體都沒什麽變化。
而生化危機裏，紅皇後程式顯然是以人類利益為最高準則，而愛麗絲的出現，讓紅皇後發生了變化。
愛麗絲是被註入病毒的研究物件，一般人感染了病毒，會變成僵屍，而愛麗絲卻可以免疫，不僅免疫，還變得更高更快更強，擁有了超強的身體能力~ 這就是人類的身體，發生了變化~~
實際上天傘公司，研究的本就不僅僅是病毒抗體，而是更高的「人類前進演化方向」，他們發現愛麗絲的「前進演化」以後，甚至還做了另一個對照標本馬特，讓她倆打，活下來的哪個就是未來的前進演化方向~ 跟養蠱似的~~
而身為主角，勝出的當然是愛麗絲。從此，愛麗絲就代表著未來，代表著人類的前進演化，代表著一切偉光正~~
但是，問題出現了~~ 兩個：
1、 前進演化後的愛麗絲，還是人類嗎？
2、 那些沒前進演化的普通人類，怎麽辦？
顯然，按照紅皇後的邏輯，前進演化了的愛麗絲，才是人類之光，是代表人類在自然前進演化中獲勝的王者，以愛麗絲為代表的「新人類」才是更適應這個病毒肆虐僵屍遍地的新世界，更加符合前進演化的「人」。
而那些普通人，則是應該被自然淘汰的過時產品，他們已經不能稱之為人類了，應該統統被掃入歷史的垃圾堆。
於是後面的劇情就開始了，紅皇後開始無差別消除普通人類，然後大規模複制愛麗絲~ 因為這就是人類賦予紅皇後的使命——去為了人類的利益而奮鬥~~
