生長素的主要合成部位是 根尖和莖尖 ，也有特殊條件下的局部合成。IAA 的合成方式可以分為 色胺酸(Trp)依賴的合成途徑 和 非色胺酸依賴的合成途徑 。 IAA 在植物細胞中主要存在於 細胞質及葉綠體 。盡管色胺酸的生物合成發生在葉綠體，生長素合成的中間產物只存在於細胞質， 在細胞質中完成 IAA 的從頭合成。
生長素在生長旺盛的區域合成，合成後透過擴散、極性運輸等方式被分配到植物的各組織器官發揮調節作用。傳統的觀點認為，生長素的生物合成主要發生在幼嫩組織，如根尖和莖尖頂端分生組織，被稱為 頂端生長素合成 (apical auxin biosynthesis)。
近來的研究發現，在特定環境條件或發育訊號誘導下，植物所有的組織或器官都能快速、有效地合成生長素，以響應環境或調控器官生長。這種由環境訊號或內源發育訊號特異性誘導的特定部位生長素合成被稱為 局部生長素合成 (local auxin biosynthesis)。
生長素的合成可以分為 色胺酸依賴的合成途徑 和 非色胺酸依賴的合成途徑。
依據 IAA 合成的中間產物不同，依賴色胺酸的生物合成過程通常又劃分成4條支路：吲哚乙醛肟途徑、吲哚丙酮酸途徑、色胺途徑和吲哚乙醯胺途徑。
目前已經明確的是， 阿拉伯芥中色胺酸（Trp）的生物合成發生在葉綠體 ，其中TSA和TSB 形成一個復合物，並將IGP轉化為Trp。然而，在非色胺酸依賴的合成途徑中， INS可能調動吲哚在胞質生成，並且啟動非色胺酸依賴的合成途徑 。這兩種途徑共同調控阿拉伯芥的胚胎發生和頂端發育。
煙草細胞中大約三分之一的 IAA 存在於葉綠體中，其他的 IAA 都存在於細胞質中，且生長素合成的中間產物只存在於細胞質中。 細胞質中， IAA 發生從頭的生物合成，與結合物軛合及發生非脫羧降解反應等。 葉綠體中，生長素受到保護，可以不受代謝的影響，其濃度受胞質中 IAA 濃度的平衡調節。
補充資料：
參考文獻：
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