01 南京市博物館
南京市博物館為南京市博物總館分支機構，是一座綜合性歷史藝術類博物館，是江蘇省、南京市愛國主義教育基地。館址朝天宮，為國家AAAA級景區，位於南京水西門內運瀆之北，背山面水，氣勢雄偉，為江南地區現存規模最大、保存最為完整的明清官式古建築群落，素有「金陵第一勝跡」之美譽，也是全國重點文物保護單位之一。
南京市博物館館藏文物十萬余件，上溯遠古，下迄民國，藏品內涵豐富，具有很高的歷史、藝術和科學價值。其中尤以南京人頭骨化石、青瓷釉下彩神鳥瑞獸盤口壺、王謝家族墓誌、青花蕭何月下追韓信圖梅瓶、鑲金托雲龍紋玉帶、漁翁戲荷琥珀杯、七寶鎏金阿育王塔等一批文物蜚聲中外，是各個歷史時期的文物精粹的典型代表。
常設展覽包括【龍蟠虎踞-南京城市史】、【玉堂佳器-館藏精品展】、【雲裳簪影-宋明服飾展】、【聖塔佛光-阿育王塔特別展】等。
02 太平天國歷史博物館
太平天國歷史博物館為南京市博物總館分支機構，是國家設立的唯一太平天國史專題博物館。是中國收藏太平天國文物最多、史料最豐富的專業研究機構。
館址瞻園，是南京現存歷史最久的一座園林，是江南四大名園之一，素有「金陵第一園」的美譽，全國重點文物保護單位。全園面積24500平米，其中建築面積9600平米，園林綠化面積15500平米。
它初為明中山王徐達府邸之「西圃」，入清改作江寧布政使衙署。乾隆二次南巡時曾駐蹕斯園，並禦題「瞻園」匾額。太平天國時期是東王府和幼西王府。民國時期為江蘇省省長公署、國民政府內政部等機構所在地。
太平天國歷史博物館常設【太平天國歷史陳列】、【明中山王徐達文物史料展】及【清江寧布政使衙署文物史料展】，館藏太平天國文物2800余件；各類文物及遺址、遺跡照片10000余張；清方原始檔案、函劄資料2000余卷宗。
其中包括團龍馬褂、太平天國印制的【欽定士階條例】、【欽定軍次實錄】、【欽定英傑歸真】原刻本等一批稀世珍品，真切、詳盡而全面地反映了這場轟轟烈烈的農民運動的始末。
03 梅園新村紀念館
中共代表團梅園新村紀念館為南京市博物總館分支機構，位於南京市玄武區梅園新村歷史文化街區漢府街18號-1，是紀念以周恩來為首的中共代表團，於1946年5月—1947年3月在南京與國民黨政府進行國共和平談判的革命歷史性紀念館。
中共代表團梅園新村紀念館是全國愛國主義教育示範基地、全國紅色旅遊經典景區、國家AAAA級旅遊景區。
中共代表團梅園新村紀念館由中共代表團辦事處舊址、國共南京談判史料陳列館、周恩來銅像、周恩來圖書館、八路軍駐京辦事處等組成。中共代表團辦事處舊址，是全國重點文物保護單位，包括梅園新村17號、30號、35號。
梅園新村30號是周恩來、鄧穎超辦公和居住的地方。梅園新村35號是董必武、李維漢、廖承誌、錢瑛等辦公和居住的地方。梅園新村17號是中共代表團辦事機構所在地。
常設展覽為【梅園風範—國共南京談判史料陳列】基本陳列，館藏文物、藏品及珍貴歷史資料近萬件，真實反映了中共代表團艱苦的談判歷程。
04 南京市民俗博物館
南京市民俗博物館（南京市非物質文化遺產館）為南京市博物館總館分支機構，是研究、展示、保護南京民俗文化以及南京非物質文化遺產的專業性博物館。
同時為了全方位地展示南京的非物質文化遺產，保護和傳承南京的非物質文化資源，在南京市民俗博物館的基礎之上又成立了南京市非物質文化遺產館，使南京市非物質文化遺產館成為全國首家民俗、非遺「雙博館」。
館址為全國重點文物保護單位——甘熙宅第。甘熙宅第又名「甘熙故居」，民間俗稱「九十九間半」、「甘家大院」，地處南京市白下區南捕廳15、17、19號和大板巷42、46號。
甘熙宅第為多進穿堂式古民居，是清代著名文人、方誌學家甘熙的故居，始建於清嘉慶年間，距今已有約二百年歷史，占地面積近萬平米，是中國大中城市中規模較大、保存較完整的清代民居建築群。
南京市民俗博物館的常設展覽包括【金陵甘氏家族歷史陳列】、【南京育兒、婚嫁習俗陳列】、【南京非物質文化遺產代表性傳承人展演】、【南京非物質文化遺產】展覽等。
05 渡江勝利紀念館
渡江勝利紀念館為南京市博物總館分支機構，位於南京市鼓樓區渡江路1號，由主館區、渡江勝利廣場、渡江勝利紀念碑等部份組成。總占地面積20000平方米，建築面積約9000平方米，展廳面積4000余平方米。1987年鄧小平為館題寫館名。
主館區使用仿木結構的外立面，並做成「木船」形狀，寓意「駛向勝利之船」。渡江勝利廣場上矗立著大型「千帆競渡」群雕。群雕共分為六組，呈紅色直線柱體形式，截面為紅色五角星。其中最高的一根紅色立柱長49.423公尺，象征著1949年4月23日南京解放。
渡江勝利紀念碑為省級文物保護單位, 雙帆船形,碑座為紫絳色船體,碑身為白色雙帆。紀念館的常設展覽為【天翻地覆慨而慷—渡江戰役勝利紀念展】基本陳列。
06 江寧織造博物館
江寧織造博物館為南京市博物總館分支機構，位於大行宮地區，是在清朝江寧織造遺址上建造的一座現代博物館，由著名建築學家、兩院院士吳良鏞先生擔綱設計。
江寧織造博物館建築整體風格取中國山水畫中深遠、高遠、平遠之意境，將北高南低的建築群盡可能用園林手法加以覆蓋。
建築內復建了織造署中原有的西池、楝亭、萱瑞堂、西堂等建築，從南望北疊疊高起，如同一幅江南山水畫，是現代建築的語言和傳統園林建築結合的經典之作。
江寧織造博物館常設展覽包括【江寧織造】、【雲錦天衣】、【紅樓夢曲】、【中國旗袍】、【雲錦精品】等，此外還設有【紅樓影院】、【時尚釋出中心】、【織署戲台】、【紅樓書場】、【紅樓夢圖書館】等展演和服務設施，是展示江寧織造、南京雲錦及紅樓夢歷史和文化的新型博物館。
07 六朝博物館
六朝博物館是南京最大的專題展示六朝文物、展示六朝歷史文化的專題斷代史博物館。六朝博物館為南京市博物總館分支機構，位於南京市玄武區長江路302號，館址系原六朝建康城遺址的一部份。建築面積為2.3萬多平方米，由美國貝氏建築事務所設計，體系化地將貝氏建築模數、貝式建築幾何、貝氏建築光影運用於此。
六朝博物館展陳的核心主題是展示「東方大都會」的風采，常設【六朝帝都】、【回望六朝】、【六朝風采】和【六朝人傑】四個展覽，2015年被評為第十二屆「全國十大陳列精品」。
