单纯从渊源上确实没有多大联系 ——动画的小智和漫画特别篇的「小智」根本不是同一个人，两者都是作为游戏的衍生品而存在，各自之间没有交集，甚至致敬都很少。只是都是口袋妖怪跨媒体企划的一环而存在。
从时间先后来说，漫画【口袋妖怪特别篇】早于TV版口袋妖怪动画，但是从权威性上讲，动画反而更高一些，【口袋妖怪特别篇】是官方认可的同人。但是，从精彩程度而言，后者可以秒杀前者。
漫画【口袋妖怪特别篇】完全内容授权，作者可以自己放飞想象，所以才有火箭队掌握一半城市这种精彩的剧情，但是什么马志士、阿桔、娜姿均为火箭队干部，四天王是反派这些设定，几乎全都是漫画原创，游戏原作没有，不过就是这些没有的部分才精彩……
【口袋妖怪无印篇】动画，某种意义上「血缘」反而是更近，官方掌握程度更高，但是动画本身定位是开拓全年龄向市场和大众宣传，所以走的是阳光欢乐路线，反而没有那种大幅度原创和改编的精彩紧凑剧情，反而官方性越强导致管理得比较「紧」，没有漫画的生命力。
最后，还是提一句，就是口袋妖怪所谓的动画和漫画其实也都不是一家，动画上有：
漫画上没法一一列举，上百部漫画，除了其中人气较高的【口袋妖怪特别篇】之外，还有无厘头搞笑的【口袋妖怪欢乐祭】，还有各种改编……
口袋妖怪所有的漫画、动画本质上都是衍生品，原作只有一个，就是游戏，所以彼此之间其实是联系不大的 。只是现在口袋妖怪IP影响力太大了，衍生领域反客为主也不稀奇。
以上。
